CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 257

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12257V257FV4649FnonsynGttTtt575257510.99982614209-14211
ORF1ab/nsp12257V257FV4649FnonsynGtTTtC575210.00017385314209-14211
ORF1ab/nsp12257V257AV4649AnonsyngTtgCt104510440.99904314209-14211
ORF1ab/nsp12257V257AV4649AnonsyngTTgCC104510.00095693814209-14211
ORF1ab/nsp12257V257VV4649VsyngtTgtC3242430.7514209-14211
ORF1ab/nsp12257V257VV4649VsyngtTgtA324450.13888914209-14211
ORF1ab/nsp12257V257VV4649VsyngtTgtG324360.11111114209-14211
ORF1ab/nsp12257V257IV4649InonsynGttAtt210210114209-14211
ORF1ab/nsp12257V257delV4649deldelGTT---1414114209-14211
ORF1ab/nsp12257V257LV4649LnonsynGttCtt88114209-14211
ORF1ab/nsp12257V257del1V4649del1delgTtg-t430.7514209-14211
ORF1ab/nsp12257V257del1V4649del1delgTTg-C410.2514209-14211
ORF1ab/nsp12257V257GV4649GnonsyngTtgGt22114209-14211
ORF1ab/nsp12257V257SV4649SnonsynGTtTCt210.514209-14211
ORF1ab/nsp12257V257SV4649SnonsynGTTTCC210.514209-14211

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt57515752All0.0011
ORF1ab/nsp12257V257FGtTTtC15752All0
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt21852185AY.4.40.894026
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt10441045All0.0002
ORF1ab/nsp12257V257AgTTgCC11045All0
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt842842AY.40.001311
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt840840B.1.5260.019744
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt416416AY.220.870293
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt358358B.1.1.70.00032
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC243324All0.000046
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA45324All0.000009
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG36324All0.000007
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt210210All0.00004
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt172172AY.430.000762
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt154154AY.40.00024
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt149149B.1.617.20.000561
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt123123B.10.001127
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt114114AY.200.004431
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt100100B.1.1770.001317
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt9999AY.30.000985
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC6797B.1.1.70.00006
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA2797B.1.1.70.000024
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG397B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt8686AY.580.07804
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt8484AY.3.10.007162
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC7878P.1.170.012617
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt5858AY.490.185304
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt5757B.1.20.000502
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt5555B.1.2210.003907
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt4747B.1.20.000414
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt4242AY.1030.000261
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt4141AY.1020.001087
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt3333P.10.00052
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt3131AY.1140.007164
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt3030B.1.10.000544
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt3030B.1.4010.245902
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt2727AY.440.000164
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC1726AY.40.000026
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG826AY.40.000012
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA126AY.40.000002
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt2626B.1.1.2690.035183
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt2626B.1.1.70.000023
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt2121AY.1060.007033
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt2121AY.250.000126
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt2121AY.40.000033
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt2020B.1.110.30.014368
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1919AY.1200.000706
ORF1ab/nsp12257V257delGTT---1414All0.000003
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1414AY.50.000289
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1414AY.90.000946
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1313AY.120.004109
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1313B.1.2390.015873
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1212B.1.1.4480.02439
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1212B.1.2580.000799
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1212B.1.3510.000357
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt1212B.1.617.20.000045
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG1111AY.230.000767
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1111B.1.1.2220.002244
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1010AY.420.000402
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt1010AY.9.20.000367
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt99AY.390.000222
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC89B.1.20.00007
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA19B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12257V257LGttCtt88All0.000002
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt88B.1.10.000145
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt88B.1.1.1870.070796
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt88B.1.177.360.129032
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt88B.1.3260.060606
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt88B.1.4290.000188
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt88C.370.000929
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt77AY.1060.002344
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC57AY.30.00005
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG27AY.30.00002
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt77AY.300.00277
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt77B.1.1610.12069
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt77B.1.2180.036082
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC67B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG17B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt77P.1.20.008092
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC66A.270.009934
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66AY.1210.000812
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66AY.330.000401
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66AY.610.000629
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66B.1.1.1860.020619
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG66B.1.1.3480.004777
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66B.1.1600.000187
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66B.1.177.750.006243
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt66B.1.5960.000523
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC66Q.10.000758
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55AY.1000.00023
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55AY.250.00003
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55AY.30.00005
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55AY.39.10.000198
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55AY.440.00003
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55AY.460.00052
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55AY.470.000156
ORF1ab/nsp12257V257LGttCtt55AY.720.006803
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55AY.840.002187
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55AY.860.004149
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55AY.980.000395
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55B.1.1.2320.009074
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55B.1.1.5230.007812
ORF1ab/nsp12257V257delGTT---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt55B.1.110.30.003592
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55B.1.1460.021186
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA45B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC15B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt55P.1.140.000239
ORF1ab/nsp12257V257del1gTtg-t34All0.000001
ORF1ab/nsp12257V257del1gTTg-C14All0
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44AY.370.001264
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA24AY.430.000009
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG14AY.430.000004
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC14AY.430.000004
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44AY.680.001095
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44AY.770.00451
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44AY.780.006163
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt44B.10.000037
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt44B.1.1.3440.043011
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.1.630.001543
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.177.40.000844
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt44B.1.20.000035
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.2340.000528
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.4270.000202
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44B.1.6210.000354
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC44B.340.054795
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt44C.160.004242
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC44P.10.000063
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.1000.000138
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA23AY.1030.000012
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC13AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.1160.00086
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt33AY.1180.000188
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.450.000365
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.46.40.000494
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.550.002752
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33AY.750.000168
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC33AZ.30.004559
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtG13B.10.000009
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA13B.10.000009
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC13B.10.000009
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33B.1.1.480.008621
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33B.1.2190.028302
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33B.1.351.30.002629
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33C.36.10.012448
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt33P.1.170.000485
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33P.20.00056
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt33Q.30.000435
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt33R.10.00027
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt120.055556
ORF1ab/nsp12257V257FGtTTtC120.055556
ORF1ab/nsp12257V257AgTTgCC120.055556
ORF1ab/nsp12257V257SGTtTCt120.055556
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt120.055556
ORF1ab/nsp12257V257SGTTTCC120.055556
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22A0.000774
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22A.2.50.000998
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22A.230.021053
ORF1ab/nsp12257V257GgTtgGt22All0
ORF1ab/nsp12257V257SGTtTCt12All0
ORF1ab/nsp12257V257SGTTTCC12All0
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.1130.000285
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.1150.010417
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.230.000139
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC22AY.250.000012
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtA22AY.320.001065
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.340.000194
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.350.000466
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.360.000296
ORF1ab/nsp12257V257VgtTgtC22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.560.00321
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.600.001876
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.690.000373
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.710.00095
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt22AY.90.000135
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.920.000575
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp12257V257AgTtgCt22B.10.000018
ORF1ab/nsp12257V257IGttAtt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22B.1.1.1890.003026
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22B.1.1.2140.000111
ORF1ab/nsp12257V257FGttTtt22B.1.1.2160.001781
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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