CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 227

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp12	227	P227L	P4619L	nonsyn	cCa	cTa	173112	172986	0.999272	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227L	P4619L	nonsyn	CCa	TTa	173112	125	0.000722076	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227L	P4619L	nonsyn	cCA	cTC	173112	1	0.00000577661	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227S	P4619S	nonsyn	Cca	Tca	4196	4195	0.999762	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227S	P4619S	nonsyn	CcA	TcT	4196	1	0.000238322	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227P	P4619P	syn	ccA	ccG	2864	2223	0.776187	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227P	P4619P	syn	ccA	ccC	2864	515	0.179818	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227P	P4619P	syn	ccA	ccT	2864	126	0.0439944	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227T	P4619T	nonsyn	Cca	Aca	112	111	0.991071	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227T	P4619T	nonsyn	CcA	AcC	112	1	0.00892857	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227A	P4619A	nonsyn	Cca	Gca	101	101	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227Q	P4619Q	nonsyn	cCa	cAa	43	42	0.976744	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227Q	P4619Q	nonsyn	cCA	cAG	43	1	0.0232558	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227del	P4619del	del	CCA	---	14	14	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227R	P4619R	nonsyn	cCa	cGa	9	7	0.777778	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227R	P4619R	nonsyn	cCA	cGT	9	2	0.222222	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227I	P4619I	nonsyn	CCa	ATa	2	2	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227X	P4619X	nonsyn	CCa	TGa	2	1	0.5	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227X	P4619X	nonsyn	CCa	TAa	2	1	0.5	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227V	P4619V	nonsyn	CCa	GTa	1	1	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227C	P4619C	nonsyn	CCA	TGT	1	1	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227E	P4619E	nonsyn	CCa	GAa	1	1	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227H	P4619H	nonsyn	cCA	cAT	1	1	1	14119-14121
ORF1ab/nsp12	227	P227Y	P4619Y	nonsyn	CCA	TAT	1	1	1	14119-14121

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	172986	173112	All	0.033086
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	125	173112	All	0.000024
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCA	cTC	1	173112	All	0
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	159088	159206	B.1.1.7	0.142419
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	118	159206	B.1.1.7	0.000106
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	4195	4196	All	0.000802
ORF1ab/nsp12	227	P227S	CcA	TcT	1	4196	All	0
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	3019	3019	AY.41	0.887419
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	2223	2864	All	0.000425
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccC	515	2864	All	0.000098
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccT	126	2864	All	0.000024
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	2239	2240	Q.8	0.369228
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	1	2240	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	1981	1981	AY.75.1	0.357194
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	1029	1029	AY.4	0.001602
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	965	966	B.1.1	0.017506
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	1	966	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	893	893	B.1.177.60	0.195063
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	776	778	AY.103	0.004818
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	2	778	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	692	693	B.1.470	0.97191
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	1	693	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	627	627	B.1	0.005743
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	607	607	AY.25	0.003651
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	588	588	AY.5	0.012142
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	497	497	B.1.617.2	0.001871
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	494	494	P.1	0.007782
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccC	334	412	B.1.1.7	0.000299
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	69	412	B.1.1.7	0.000062
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccT	9	412	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	309	309	AY.118	0.019358
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	284	284	B.1.2	0.002501
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	184	184	B.1.1.204	0.559271
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	177	178	Q.1	0.02236
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	1	178	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	176	176	P.1.14	0.008413
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	171	171	B.1.1.7	0.000153
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	169	169	B.1.526	0.003972
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccC	150	151	AY.6	0.006169
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	1	151	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	149	149	B.1.575	0.045206
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	137	137	AY.43	0.000607
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	123	124	AY.29	0.00194
ORF1ab/nsp12	227	P227L	CCa	TTa	1	124	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	117	117	B.1.177	0.001541
ORF1ab/nsp12	227	P227T	Cca	Aca	111	112	All	0.000021
ORF1ab/nsp12	227	P227T	CcA	AcC	1	112	All	0
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	112	112	B.1.499	0.117647
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	110	110	AY.39	0.002718
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	103	103	AY.4	0.00016
ORF1ab/nsp12	227	P227A	Cca	Gca	101	101	All	0.000019
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	100	100	AY.44	0.000609
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	89	89	B.1.177.73	0.050396
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	84	84	B.1.1.519	0.003336
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	80	80	AY.100	0.003681
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	76	76	B.1.526	0.001786
ORF1ab/nsp12	227	P227A	Cca	Gca	70	70	AY.103	0.000435
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	69	69	B.1.234	0.009104
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	68	68	AY.103	0.000422
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	64	64	AY.102	0.001697
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	63	63	B.1.1.371	0.65625
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	62	62	AY.4.2	0.001345
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	62	62	B.1.258	0.004126
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	58	58	AY.27	0.003754
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	55	55	AY.3	0.000547
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccT	51	51	B.1.621	0.004514
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	50	50	B.1	0.000458
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	47	47	B.1.36.29	0.024315
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	46	46	B.1.596	0.004008
ORF1ab/nsp12	227	P227Q	cCa	cAa	42	43	All	0.000008
ORF1ab/nsp12	227	P227Q	cCA	cAG	1	43	All	0
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	29	43	AY.4	0.000045
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccT	7	43	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccC	7	43	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	43	43	B.1.1.464	0.063328
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	41	41	AY.46.6	0.002961
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	40	40	B.1.400	0.01716
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	40	40	C.37	0.004643
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	39	39	B.1.1.222	0.007956
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	39	39	B.1.517	0.016652
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	37	37	B.1.221	0.002628
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	33	33	AY.93	0.009011
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	33	33	B.1.429	0.000776
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	31	31	AY.120	0.001153
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	30	30	B.1.243	0.002088
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	29	29	B.1.177	0.000382
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccT	21	27	AY.103	0.00013
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	6	27	AY.103	0.000037
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	27	27	AY.98.1	0.001308
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	26	26	B.1.427	0.001313
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	25	25	AY.44	0.000152
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	25	25	AY.47	0.000778
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	24	24	AY.119	0.000847
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	24	24	B.1.1.311	0.008596
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	23	23	AY.39.1	0.000911
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	23	23	AY.61	0.00241
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	22	22	B.1.2	0.000194
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	22	22	B.1.243	0.001531
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	22	22	B.1.595	0.005741
ORF1ab/nsp12	227	P227T	Cca	Aca	21	21	B.1.1.318	0.006337
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	21	21	B.1.1.432	0.026582
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	21	21	B.1.160	0.000655
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	20	20	AY.20	0.000777
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	20	20	B.1.1.159	0.093458
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	20	20	B.1.1.214	0.001109
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	20	20	B.1.1.39	0.010194
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	20	20	B.1.351	0.000595
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	20	20	B.1.375	0.016393
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	20	20	B.1.577	0.013746
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	19	19	AY.14	0.001672
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	19	19	AY.26	0.000538
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	19	19	B.1.177.21	0.001453
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	19	19	B.1.36	0.002772
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	19	19	R.1	0.00171
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	18	18	AY.43	0.00008
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	18	18	B.1.1.241	0.037267
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	18	18	Q.3	0.002611
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	8	17	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccC	7	17	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccT	2	17	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	17	17	AY.75.1	0.003065
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	17	17	B.1.177.7	0.002803
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	17	17	B.1.351	0.000505
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	17	17	B.1.576	0.015413
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	16	16	AY.23	0.001116
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	16	16	AY.75	0.000896
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	16	16	B.1.1.507	0.13913
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	16	16	B.1.232	0.008598
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	16	16	B.1.617.2	0.00006
ORF1ab/nsp12	227	P227T	Cca	Aca	15	15	AY.119	0.00053
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	15	15	AY.42	0.000603
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	15	15	AY.9.2.1	0.029644
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	15	15	B.1.240	0.003233
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	15	15	B.1.617.1	0.001934
ORF1ab/nsp12	227	P227del	CCA	---	14	14	All	0.000003
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	14	14	P.1	0.000221
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	13	13	B.1.1.28	0.004046
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	13	13	B.1.369	0.003708
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	12	12	AY.29.1	0.002646
ORF1ab/nsp12	227	P227T	Cca	Aca	12	12	AY.4	0.000019
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ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp12	227	P227L	cCa	cTa	1	1	P.1.8	0.004785
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	1	1	Q.4	0.000455
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ORF1ab/nsp12	227	P227P	ccA	ccG	1	1	Q.7	0.001111
ORF1ab/nsp12	227	P227S	Cca	Tca	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.