CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 201

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12201I201VI4593VnonsynAttGtt13031303114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201TI4593TnonsynaTtaCt3939114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201II4593IsynatTatC39300.76923114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201II4593IsynatTatA3990.23076914041-14043
ORF1ab/nsp12201I201delI4593deldelATT---2222114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201FI4593FnonsynAttTtt1717114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201LI4593LnonsynAttCtt1111114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201SI4593SnonsynaTtaGt55114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201MI4593MnonsynatTatG33114041-14043
ORF1ab/nsp12201I201del1I4593del1delAtt-tt320.66666714041-14043
ORF1ab/nsp12201I201del1I4593del1delatTat-310.33333314041-14043

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt13031303All0.000249
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt420420B.10.003847
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt129129B.1.1.70.000115
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt6666B.1.617.20.000249
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt5454AY.40.000084
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt4949AY.440.000298
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt3939All0.000007
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC3039All0.000006
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA939All0.000002
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt3535AY.1030.000217
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt3434AY.430.000151
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt3434B.1.20.000299
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt3232AY.250.000192
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt3131AY.30.000308
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt3030B.1.3480.545455
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt2929AY.260.000821
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt2727AY.60.00111
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt2323AY.4.50.002472
ORF1ab/nsp12201I201delATT---2222All0.000004
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt2121A.23.10.014789
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt2020AY.200.000777
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt1717All0.000003
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1616B.1.1.280.00498
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1313AY.470.000404
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1212AY.540.001144
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1212AY.610.001257
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt1111All0.000002
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt1111AY.1030.000068
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1111AY.99.20.001014
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1010B.1.10.000181
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt1010B.1.2210.00071
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1010B.1.258.170.00104
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt1010B.1.360.001459
ORF1ab/nsp12201I201delATT---99B.1.1.70.000008
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt88AY.1000.000368
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt88AY.710.0038
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC58B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA38B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt88B.1.3200.009963
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt88B.1.4270.000404
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt77AK.10.088608
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt77AY.1020.000186
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt77AY.390.000173
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt66AY.39.10.000238
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt66AY.520.004886
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt66B.1.2220.010152
ORF1ab/nsp12201I201SaTtaGt55All0.000001
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt55P.10.000079
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt44AY.1210.000541
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC44AY.40.000006
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt44B.1.177.210.000306
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp12201I201MatTatG33All0.000001
ORF1ab/nsp12201I201del1Att-tt23All0
ORF1ab/nsp12201I201del1atTat-13All0
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt33AY.230.000209
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt33AY.290.000047
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt33AY.420.000121
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt33AY.980.000237
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt33B.10.000027
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC33P.10.000047
ORF1ab/nsp12201I201SaTtaGt22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22AY.16.10.00094
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC22AY.430.000009
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22AY.450.000243
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp12201I201delATT---22AY.990.002099
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC22B.10.000018
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt22B.10.000018
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.1.3220.017544
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.1.5190.000079
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.2410.001623
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA22B.1.3510.000059
ORF1ab/nsp12201I201delATT---22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.5820.000981
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.5960.000174
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC22D.20.00015
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC22P.1.70.000639
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt11A.10.000282
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AW.10.003049
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.1040.001984
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp12201I201SaTtaGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12201I201del1atTat-11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp12201I201MatTatG11AY.50.000021
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.590.00053
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11AY.650.000533
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.690.000187
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.70.000196
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA11AY.7.10.000113
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.740.000116
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.750.000056
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.800.001129
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.860.00083
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11AY.90.000068
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.900.000684
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp12201I201del1Att-tt11B0.000128
ORF1ab/nsp12201I201SaTtaGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.2770.000759
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.3020.002075
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11B.1.1.3260.001761
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.3450.043478
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.3540.004386
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.4480.002033
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp12201I201MatTatG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt11B.1.3330.010526
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.5600.00463
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.5610.000397
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.5680.001111
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp12201I201IatTatA11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12201I201MatTatG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12201I201LAttCtt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp12201I201delATT---11B.340.013699
ORF1ab/nsp12201I201del1Att-tt11B.550.00295
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp12201I201SaTtaGt11P.10.000016
ORF1ab/nsp12201I201TaTtaCt11P.10.000016
ORF1ab/nsp12201I201FAttTtt11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp12201I201IatTatC11P.1.140.000048
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11Q.40.000455
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11Q.80.000165
ORF1ab/nsp12201I201VAttGtt11R.10.00009