CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 179

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12179G179CG4571CnonsynGgtTgt34463446113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179GG4571GsynggTggC5733910.68237313975-13977
ORF1ab/nsp12179G179GG4571GsynggTggA5731490.26003513975-13977
ORF1ab/nsp12179G179GG4571GsynggTggG573330.057591613975-13977
ORF1ab/nsp12179G179SG4571SnonsynGgtAgt214214113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179NG4571NnonsynGGtAAt165165113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179delG4571deldelGGT---2929113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179VG4571VnonsyngGtgTt1414113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179AG4571AnonsyngGtgCt77113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179DG4571DnonsyngGtgAt650.83333313975-13977
ORF1ab/nsp12179G179DG4571DnonsyngGTgAC610.16666713975-13977
ORF1ab/nsp12179G179RG4571RnonsynGgtCgt55113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179del1G4571del1delGgt-gt33113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179FG4571FnonsynGGtTTt22113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179LG4571LnonsynGGTCTG22113975-13977
ORF1ab/nsp12179G179del2G4571del2delgGTg--22113975-13977

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt34463446All0.000659
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt20422042AE.80.998533
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt843843B.1.1.70.000755
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC391573All0.000075
ORF1ab/nsp12179G179GggTggA149573All0.000028
ORF1ab/nsp12179G179GggTggG33573All0.000006
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC319319B.1.5260.007498
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt214214All0.000041
ORF1ab/nsp12179G179NGGtAAt165165All0.000032
ORF1ab/nsp12179G179NGGtAAt160160AY.40.000249
ORF1ab/nsp12179G179GggTggA142146B.1.1.70.000127
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC4146B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt9696AY.40.000149
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt7676P.10.001197
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt7070B.1.617.20.000264
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt4040B.1.1.70.000036
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt3131AY.1030.000192
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt3030AY.250.00018
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---2929All0.000006
ORF1ab/nsp12179G179GggTggG2222AY.1000.001012
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt2222AY.420.000885
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1919B.10.000174
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC1119B.1.617.20.000041
ORF1ab/nsp12179G179GggTggG519B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp12179G179GggTggA319B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1818P.1.170.002912
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1616AY.1200.000595
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1515AY.1020.000398
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1515B.1.10.000272
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1515B.1.1.3060.006576
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt1414All0.000003
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1414B.1.1770.000184
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1414B.1.5380.112903
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1414P.10.000221
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1313AY.30.000129
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt1313AY.5.30.004386
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt1111AY.390.000272
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt1111AY.40.000017
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt99AY.260.000255
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC99AY.40.000014
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt88B.1.1.3110.002865
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt88B.1.20.00007
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt88B.1.3510.000238
ORF1ab/nsp12179G179AgGtgCt77All0.000001
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC67AY.1030.000037
ORF1ab/nsp12179G179GggTggG17AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---77B.1.1.70.000006
ORF1ab/nsp12179G179DgGtgAt56All0.000001
ORF1ab/nsp12179G179DgGTgAC16All0
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt66AY.290.000095
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC46AY.430.000018
ORF1ab/nsp12179G179GggTggA26AY.430.000009
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt66B.1.617.20.000023
ORF1ab/nsp12179G179RGgtCgt55All0.000001
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC55AY.390.000124
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt55AY.430.000022
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt55AY.430.000022
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC55AY.440.00003
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt55AY.920.001436
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC35B.10.000027
ORF1ab/nsp12179G179GggTggG25B.10.000018
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt55B.1.617.10.000645
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt44A.2.40.013468
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt44AY.1000.000184
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt44B.1.1.5190.000159
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt44B.1.1.890.024242
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt44B.1.2650.005083
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC44B.1.5950.001044
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt33A.2.50.001497
ORF1ab/nsp12179G179del1Ggt-gt33All0.000001
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt33AY.90.000203
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt33B.10.000027
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC33P.10.000047
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp12179G179del2gGTg--22All0
ORF1ab/nsp12179G179LGGTCTG22All0
ORF1ab/nsp12179G179FGGtTTt22All0
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.1190.000071
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.120.000632
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---22AY.350.000466
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp12179G179NGGtAAt22AY.420.00008
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.460.000208
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.50.000041
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22AY.840.000875
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt22B.10.000018
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt22B.1.10.000036
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.1.1590.009346
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.1.1740.006757
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp12179G179RGgtCgt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.350.016949
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.4270.000101
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp12179G179NGGtAAt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp12179G179del1Ggt-gt22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22C.180.005181
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22C.370.000232
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt22D.20.00015
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---22Q.10.000253
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11A.190.009434
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.100.00053
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.230.00007
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp12179G179FGGtTTt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp12179G179DgGTgAC11AY.300.000396
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp12179G179DgGtgAt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.340.000097
ORF1ab/nsp12179G179GggTggA11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12179G179DgGtgAt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12179G179AgGtgCt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.540.000095
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11AY.610.000105
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.720.001361
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.90.000068
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.91.10.004065
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.960.002075
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11AY.990.001049
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11AZ.20.000821
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11B0.000128
ORF1ab/nsp12179G179FGGtTTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp12179G179AgGtgCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12179G179del1Ggt-gt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12179G179GggTggA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.1130.006993
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11B.1.1.2880.001916
ORF1ab/nsp12179G179del2gGTg--11B.1.1.3150.008475
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.3540.004386
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11B.1.1.3680.003086
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.3720.000689
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.4130.006897
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp12179G179del2gGTg--11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12179G179AgGtgCt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.1690.014925
ORF1ab/nsp12179G179SGgtAgt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12179G179delGGT---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12179G179RGgtCgt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp12179G179VgGtgTt11B.1.177.320.00135
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.177.450.000381
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.177.460.000918
ORF1ab/nsp12179G179LGGTCTG11B.1.177.70.000165
ORF1ab/nsp12179G179AgGtgCt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12179G179RGgtCgt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp12179G179GggTggC11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp12179G179RGgtCgt11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.2360.002053
ORF1ab/nsp12179G179DgGtgAt11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp12179G179CGgtTgt11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp12179G179GggTggG11B.1.3320.003497
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