CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp12 : CodonNum = 163

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp12163Y163YY4555YsyntaTtaC22602260113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163CY4555CnonsyntAttGt654654113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163HY4555HnonsynTatCat2222113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163FY4555FnonsyntAttTt2222113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163NY4555NnonsynTatAat1414113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163XY4555XnonsyntaTtaA850.62513927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163XY4555XnonsyntaTtaG830.37513927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163delY4555deldelTAT---77113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163IY4555InonsynTAtATt630.513927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163IY4555InonsynTATATA630.513927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163LY4555LnonsyntATtTA44113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163KY4555KnonsynTaTAaA33113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163SY4555SnonsyntAttCt33113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163VY4555VnonsynTAtGTt210.513927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163VY4555VnonsynTATGTA210.513927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163EY4555EnonsynTaTGaA11113927-13929
ORF1ab/nsp12163Y163DY4555DnonsynTatGat11113927-13929

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22602260All0.000432
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC14791479AY.390.036548
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt654654All0.000125
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC280280AY.40.000436
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt7878P.10.001229
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt7676B.1.1.70.000068
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC7676B.1.1.70.000068
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC7373B.1.3510.00217
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt6565AY.40.000101
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt6161AY.750.003417
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC5757B.430.814286
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt3737AY.50.000764
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC3535B.1.617.20.000132
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt3535B.1.6280.012333
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC2828B.420.933333
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt2727AY.30.000269
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC2727AY.430.00012
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt2626AY.1030.000161
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat2222All0.000004
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt2222All0.000004
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt2222AY.330.001469
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC1919B.1.1770.00025
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC1515AY.1180.00094
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt1515B.1.617.20.000056
ORF1ab/nsp12163Y163NTatAat1414All0.000003
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt1414AY.250.000084
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC1414B.1.20.000123
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC1414B.1.3490.010007
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt1212B.10.00011
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt1111AY.430.000049
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt1111AY.610.001153
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC1010AY.440.000061
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC1010B.10.000092
ORF1ab/nsp12163Y163XtaTtaA58All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163XtaTtaG38All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC88AY.1170.000676
ORF1ab/nsp12163Y163NTatAat88AY.440.000049
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC88AY.9.10.00067
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt88B.1.177.810.001515
ORF1ab/nsp12163Y163delTAT---77All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt77B.1.20.000062
ORF1ab/nsp12163Y163ITAtATt360.166667
ORF1ab/nsp12163Y163ITATATA360.166667
ORF1ab/nsp12163Y163ITATATA36All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163ITAtATt36All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC66AY.10.002374
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC66AY.1030.000037
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC66AY.230.000418
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC66AY.980.000474
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt66B.1.10.000109
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt66B.1.1.370.001157
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt66B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat66B.1.177.440.003114
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt55AY.1020.000133
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC55AY.250.00003
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC55AY.30.00005
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt55AY.99.20.000461
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC55B.1.177.620.005959
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp12163Y163LtATtTA44All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt44AY.1210.000541
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC44AY.160.001519
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt44AY.290.000063
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt44AY.30.00004
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt44AY.390.000099
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt44B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt44B.1.36.310.007005
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt44Q.80.00066
ORF1ab/nsp12163Y163XtaTtaA330.166667
ORF1ab/nsp12163Y163NTatAat330.166667
ORF1ab/nsp12163Y163LtATtTA330.166667
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt330.166667
ORF1ab/nsp12163Y163KTaTAaA330.166667
ORF1ab/nsp12163Y163StAttCt33All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163KTaTAaA33All0.000001
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt33AY.270.000194
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC33AY.3.10.000256
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC33AY.5.30.001012
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt33AY.90.000203
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC33B.1.1.3810.12
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC33B.1.1260.003827
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat33B.1.177.860.00055
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp12163Y163VTAtGTt12All0
ORF1ab/nsp12163Y163VTATGTA12All0
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp12163Y163NTatAat22AY.1030.000012
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.1180.000125
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.200.000078
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.260.000057
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat22AY.40.000003
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.4.20.000043
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22AY.450.000243
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.60.000082
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22AY.70.000392
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.75.10.000361
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp12163Y163VTATGTA12B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163VTAtGTt12B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163delTAT---22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC22B.1.619.10.001283
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt22P.1.120.000968
ORF1ab/nsp12163Y163DTatGat11All0
ORF1ab/nsp12163Y163ETaTGaA11All0
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.1070.000466
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.116.10.000311
ORF1ab/nsp12163Y163NTatAat11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.120.000316
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.140.000088
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.16.10.00047
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11AY.250.000006
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.260.000028
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11AY.30.00001
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.330.000067
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.360.000148
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.420.00004
ORF1ab/nsp12163Y163XtaTtaG11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12163Y163StAttCt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.460.000104
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.470.000031
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.50.000021
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.500.000799
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.560.001605
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.680.000274
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.7.20.000559
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.730.000665
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.740.000116
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.840.000437
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11AY.850.000427
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11AY.900.000684
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B0.000128
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11B0.000128
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163LtATtTA11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163DTatGat11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163XtaTtaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163ETaTGaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163delTAT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163StAttCt11B.10.000009
ORF1ab/nsp12163Y163XtaTtaA11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp12163Y163delTAT---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp12163Y163delTAT---11B.1.1.1390.022727
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11B.1.1.1610.003534
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.1.170.016667
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.1.1740.003378
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.1.2290.005747
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.1.280.000311
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp12163Y163delTAT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.177.650.000665
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.177.810.000189
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.177.840.006667
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.177.860.000183
ORF1ab/nsp12163Y163HTatCat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.2430.00007
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.3110.000275
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.3200.001245
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.36.210.00216
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.3690.000285
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.369.10.027027
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.4090.000781
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.4530.003236
ORF1ab/nsp12163Y163FtAttTt11B.1.5300.007143
ORF1ab/nsp12163Y163YtaTtaC11B.1.5820.000491
ORF1ab/nsp12163Y163StAttCt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp12163Y163CtAttGt11B.1.5960.000087
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