CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : Mut = T102I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp10102T102IT4355InonsynaCtaTt1155211552113328-13330

Details of the mutation T102I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1155211552All0.002209
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt35623562B.1.1.70.003189
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt32413241P.1.100.87335
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt13641364AY.40.002123
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt321321B.1.617.20.001209
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt256256B.1.5260.006017
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt192192AY.430.000851
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt192192B.1.177.560.128171
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt178178AY.1030.001105
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt173173P.10.002725
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt121121P.1.160.045267
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt101101AY.30.001005
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt9494AY.440.000572
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt8686P.1.10.10.699187
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt7979B.1.3510.002348
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt5353AY.50.001094
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt5353B.10.000485
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4646AY.250.000277
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4545AY.290.00071
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4444B.1.20.000387
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4242B.1.5610.016673
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4141B.1.1770.00054
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4040AY.9.10.003349
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3838B.1.4290.000894
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3737AY.1020.000981
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3737B.1.10.000671
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3434AY.1190.0012
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3333B.1.1600.001029
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3232AY.1000.001472
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2929B.1.6370.002119
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2525AY.390.000618
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2323AY.340.00223
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2323AY.4.50.002472
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2323P.1.10.20.958333
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2121B.1.2580.001397
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2121P.1.140.001004
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020AD.20.004379
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020AY.4.20.000434
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020B.1.177.550.04662
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020C.370.002321
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1818AY.240.007759
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1818R.10.00162
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1616AY.1200.000595
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1616B.6.21
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515AY.1170.001268
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515AY.470.000467
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515B.1.1.5190.000596
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515Q.80.002474
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414AY.34.10.007139
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414AY.610.001467
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414AY.980.001106
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414B.1.4270.000707
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414Q.10.001769
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1313AY.99.20.001198
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1313W.40.017568
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1212B.1.6210.001062
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1111AY.590.005826
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010AT.10.051282
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010AY.750.00056
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010B.1.2340.001319
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010B.1.6090.004794
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt99AY.4.2.10.001341
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt99AY.5.30.003036
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt99AY.620.003922
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.1180.000501
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.120.10.002568
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.420.000322
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.60.000329
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.1.1590.037383
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.1.3040.022472
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.4230.081633
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88Q.70.008889
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt77AY.710.003325
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt77P.1.70.002235
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66AY.16.10.00282
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66AY.450.00073
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66AY.98.10.000291
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66B.1.1.2140.000333
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66B.1.1310.052632
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66B.1.5960.000523
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55AY.1140.001156
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55AY.790.006053
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55AY.90.000338
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55B.1.1.3110.001791
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55P.1.150.001162
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.300.001583
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.460.000416
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.660.004278
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.690.000747
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.840.00175
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.1.700.001364
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.177.770.002905
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.466.10.028777
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44P.1.120.001936
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44Q.20.002454
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AE.80.001467
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.130.000483
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.160.001139
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.230.000209
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.330.0002
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.780.004622
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.850.001282
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B0.000383
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.177.570.000843
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.258.30.005025
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.438.10.000322
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.595.10.017544
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33P.1.10.000953
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33P.20.00056
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.120.2.10.000997
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.29.10.000441
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.350.000466
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.4.30.001684
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.480.00093
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.5.10.007519
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.570.001312
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.740.000231
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.920.000575
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.950.001522
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.2410.004141
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.3290.007692
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.160.120.012821
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.177.810.000379
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.2320.001075
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.3240.00321
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.351.20.000605
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.36.220.002415
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.3690.00057
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.3750.001639
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.3960.001411
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.4000.000858
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.4700.002809
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.4920.014085
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.619.10.001283
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.6280.000705
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22C.36.30.001134
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22P.1.130.001797
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22P.1.170.000324
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22Q.40.00091
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11A0.000387
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11A.2.20.001689
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11A.2.30.004739
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11A.60.005128
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.1010.00049
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.120.20.001285
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.1210.000135
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.170.008197
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.20.000356
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.23.10.000417
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.270.000065
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.360.000148
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.370.000316
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.39.20.001541
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.400.000964
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.5.20.002463
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.70.000196
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.700.000209
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.900.000684
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AY.960.002075
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11AZ.10.000867
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.1230.017857
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.1270.0625
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.1530.001095
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.2190.005
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.270.00565
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.3060.000438
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.3070.002532
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.3220.008772
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.5230.001563
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.5280.004808
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1.630.000386
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1190.010526
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1280.000635
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1490.003425
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1510.011111
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.1570.002985
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.160.140.002119
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.160.160.000929
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.160.70.002079
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.177.110.001698
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.177.120.000152
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt11B.1.177.320.00135
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.