CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : CodonNum = 84

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1084P84SP4337SnonsynCcaTca25932593113274-13276
ORF1ab/nsp1084P84LP4337LnonsyncCacTa142014180.99859213274-13276
ORF1ab/nsp1084P84LP4337LnonsynCCaTTa142020.0014084513274-13276
ORF1ab/nsp1084P84QP4337QnonsyncCacAa298298113274-13276
ORF1ab/nsp1084P84PP4337PsynccAccG76490.64473713274-13276
ORF1ab/nsp1084P84PP4337PsynccAccT76250.32894713274-13276
ORF1ab/nsp1084P84PP4337PsynccAccC7620.026315813274-13276
ORF1ab/nsp1084P84delP4337deldelCCA---7575113274-13276
ORF1ab/nsp1084P84del1P4337del1delCca-ca21170.80952413274-13276
ORF1ab/nsp1084P84del1P4337del1delccAcc-2140.19047613274-13276
ORF1ab/nsp1084P84TP4337TnonsynCcaAca16140.87513274-13276
ORF1ab/nsp1084P84TP4337TnonsynCcAAcG1620.12513274-13276
ORF1ab/nsp1084P84RP4337RnonsyncCAcGT650.83333313274-13276
ORF1ab/nsp1084P84RP4337RnonsyncCacGa610.16666713274-13276
ORF1ab/nsp1084P84IP4337InonsynCCaATa22113274-13276
ORF1ab/nsp1084P84AP4337AnonsynCcaGca11113274-13276

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca25932593All0.000496
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa14181420All0.000271
ORF1ab/nsp1084P84LCCaTTa21420All0
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa470470AY.40.000732
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca449449AY.40.000699
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa298298All0.000057
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca264264B.1.1.70.000236
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa187187AY.40.000291
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa179179AY.1140.041368
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca168168AY.250.00101
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca163163AY.370.051517
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa158158B.1.20.001391
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca126126AY.440.000767
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa122122B.1.1.70.000109
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca100100B.1.5900.454545
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca9494B.1.5911
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca8585B.1.617.20.00032
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG4976All0.000009
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT2576All0.000005
ORF1ab/nsp1084P84PccAccC276All0
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca7676AY.30.000756
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca7676AY.430.000337
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---7575All0.000014
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca6666B.1.6090.03164
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa5657B.1.617.20.000211
ORF1ab/nsp1084P84LCCaTTa157B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa5656P.50.767123
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca5252AY.1030.000323
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca4848B.1.20.000423
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca4545AY.99.20.004147
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa3939B.10.000357
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3939B.1.1600.001216
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3838B.1.10.000689
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3636AY.260.001019
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3636B.10.00033
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3535B.1.2580.002329
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3434B.1.1770.000448
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3333P.10.00052
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3131AY.750.001737
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca3131AY.980.002449
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---3030B.1.1.70.000027
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa2525B.1.1770.000329
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca2525B.1.5510.032258
ORF1ab/nsp1084P84del1Cca-ca1721All0.000003
ORF1ab/nsp1084P84del1ccAcc-421All0.000001
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa2121AY.250.000126
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1919B.1.4290.000447
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1818AY.290.000284
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1818AY.430.00008
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1818B.1.5610.007146
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1717AE.80.008313
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1717AY.350.003962
ORF1ab/nsp1084P84TCcaAca1416All0.000003
ORF1ab/nsp1084P84TCcAAcG216All0
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG1616B.1.1.70.000014
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1616B.1.360.002334
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa1515B.1.1.70.000013
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa1515B.1.1770.000198
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1414AY.390.000346
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa1414B.1.617.20.000053
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1313AY.1110.002381
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1313AY.4.10.009587
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1313B.1.1.1530.014239
ORF1ab/nsp1084P84del1Cca-ca1213B.1.1.70.000011
ORF1ab/nsp1084P84del1ccAcc-113B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1212AY.440.000073
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1212AY.50.000248
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1212B.1.2430.000835
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1111AY.1030.000068
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa1111AY.30.000109
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa1010AY.1020.000265
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa1010AY.1030.000062
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1010B.1.1.1760.004394
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1010B.1.1.5190.000397
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca1010B.1.5950.00261
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca99AY.1000.000414
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa99AY.440.000055
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa99B.1.10.000163
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca99B.1.5090.007792
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca99D.20.000675
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca88AY.98.10.000387
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca77AY.1020.000186
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa77AY.30.00007
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca77AY.39.10.000277
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca77B.1.1.2140.000388
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca77B.1.4270.000353
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca77B.1.4290.000165
ORF1ab/nsp1084P84RcCAcGT56All0.000001
ORF1ab/nsp1084P84RcCacGa16All0
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa66AY.1180.000376
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca66AY.230.000418
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca66AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca66AY.4.20.00013
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG66AY.440.000037
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca66AY.90.000406
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG66P.10.000095
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT66P.1.170.000971
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55AY.200.000194
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55AY.290.000079
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa55AY.300.001979
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa55AY.390.000124
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55AY.840.002187
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55B.1.2400.001078
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa55B.1.5260.000118
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa55B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55B.1.5960.000436
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55N.50.008834
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca55Z.10.014451
ORF1ab/nsp1084P84RcCAcGT440.222222
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca44AY.1070.001864
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa44AY.1130.00057
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca44AY.1200.000149
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa44AY.16.10.00188
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG44AY.40.000006
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca44AY.450.000487
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca44B.1.1.2650.012618
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca44B.1.3510.000119
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa44B.1.5820.001963
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca44B.1.617.10.000516
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa44D.20.0003
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33A0.001161
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33AY.120.000948
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33AY.1210.000406
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG33AY.200.000117
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT23AY.250.000012
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG13AY.250.000006
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33AY.340.000291
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp1084P84TCcaAca33AY.430.000013
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33AY.9.20.00011
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33AY.91.10.012195
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa33AY.980.000237
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa33B.10.000027
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33B.1.1.3170.001235
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa33B.1.1.4330.004274
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33B.1.177.810.000568
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33B.1.2140.010989
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa33B.1.3510.000089
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33B.1.36.290.001552
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33B.1.5260.000071
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa33B.1.6370.000219
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33C.370.000348
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca33Q.30.000435
ORF1ab/nsp1084P84ICCaATa220.111111
ORF1ab/nsp1084P84TCcAAcG220.111111
ORF1ab/nsp1084P84ICCaATa22All0
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AT.10.010256
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.1170.000169
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.200.000078
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.230.000139
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa22AY.260.000057
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.260.000057
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT22AY.260.000057
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa22AY.270.000129
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.330.000134
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.340.000194
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.350.000466
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa22AY.39.10.000079
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.420.00008
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.460.000208
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.46.50.000397
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.46.60.000144
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.540.000191
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.680.000547
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.740.000231
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.810.003984
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---22B.10.000018
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.1.2540.022472
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.1.280.000622
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.1.4110.029412
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22B.1.1.5210.010695
ORF1ab/nsp1084P84TCcaAca22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22B.1.177.330.003289
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.4800.004975
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.5240.002813
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.5750.000607
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.5770.001375
ORF1ab/nsp1084P84LCCaTTa12B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa12B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp1084P84TCcaAca22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1084P84delCCA---22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1084P84del1Cca-ca12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1084P84del1ccAcc-12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1084P84PccAccT12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1084P84PccAccC12B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1084P84LcCacTa22B.1.6210.000177
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22B.1.6370.000146
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22C.1.20.008511
ORF1ab/nsp1084P84QcCacAa22C.370.000232
ORF1ab/nsp1084P84PccAccG22L.30.007092
ORF1ab/nsp1084P84SCcaTca22N.60.014184
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