CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : CodonNum = 64

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1064D64DD4317DsyngaTgaC1446814468113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64ED4317EnonsyngaTgaG3803680.96842113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64ED4317EnonsyngaTgaA380120.031578913214-13216
ORF1ab/nsp1064D64YD4317YnonsynGatTat1616113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64GD4317GnonsyngAtgGt1414113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64delD4317deldelGAT---1212113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64ND4317NnonsynGatAat1010113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64VD4317VnonsyngAtgTt22113214-13216
ORF1ab/nsp1064D64HD4317HnonsynGatCat22113214-13216

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1446814468All0.002767
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1072710727AY.99.20.988572
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC14171417B.1.20.012477
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC617617AY.99.10.958075
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC500500AY.990.524659
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG368380All0.00007
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA12380All0.000002
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC346346B.1.5260.008133
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG339339B.1.1.3720.233471
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC300300B.1.1.70.000269
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC6363AY.250.000379
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC4747B.1.617.20.000177
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC3232AY.40.00005
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC2828AY.440.00017
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC2727B.10.000247
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC2323AY.540.002193
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1919AY.1030.000118
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1717AY.430.000075
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat1616All0.000003
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1515P.10.000236
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt1414All0.000003
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1414B.1.3710.015713
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1313AY.30.000129
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1313AY.5.30.004386
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---1212All0.000002
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1111AY.1090.008136
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1111B.1.177.770.007988
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1111B.1.3510.000327
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat1010All0.000002
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC1010B.1.1.3740.023753
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC99AY.50.000186
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG89B.1.1.70.000007
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA19B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC88AY.1190.000282
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC88AY.230.000558
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC88B.1.10.000145
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC77AY.1180.000439
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC77B.1.5960.00061
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC66AY.360.000889
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC55AY.460.00052
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC55AY.750.00028
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat55B.10.000046
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG55B.1.10.000091
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC55B.1.4270.000252
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat440.222222
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA44AY.250.000024
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44AY.330.000267
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44AY.46.20.002541
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44AY.470.000124
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44AY.840.00175
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44B.1.2370.0199
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC44Q.30.00058
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA330.166667
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33AY.1170.000254
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33AY.390.000074
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33B0.000383
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt33B.10.000027
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33B.1.1.4090.008499
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33B.1.1770.00004
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33B.1.177.170.002463
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC33B.1.4290.000071
ORF1ab/nsp1064D64HGatCat220.111111
ORF1ab/nsp1064D64HGatCat22All0
ORF1ab/nsp1064D64VgAtgTt22All0
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.130.000322
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat22AY.250.000012
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.300.000791
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.46.50.000397
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG22AY.470.000062
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.500.001599
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.590.001059
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.600.001876
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22AY.610.00021
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG22AY.900.001369
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt22AY.98.10.000097
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.1.2030.033898
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.1.4480.004065
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.1.5260.007092
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.2430.000139
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.466.20.000782
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.5950.000522
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22C.370.000232
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22D.20.00015
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22P.1.10.000635
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC22P.1.140.000096
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11A0.000387
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.1000.000046
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.1050.000643
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA11AY.200.000039
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat11AY.200.000039
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.290.000016
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.340.000097
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.350.000233
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.410.000294
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1064D64VgAtgTt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.46.10.001027
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.46.30.000934
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.520.000814
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt11AY.610.000105
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.620.000436
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.640.000595
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11AY.70.000196
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat11AY.740.000116
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11AY.920.000287
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11B0.000128
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA11B.10.000009
ORF1ab/nsp1064D64VgAtgTt11B.10.000009
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11B.10.000009
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.2160.00089
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.3180.000302
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaA11B.1.1.3980.003226
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.1.4200.001006
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.177.750.001041
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.2100.002132
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.214.30.007143
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.3330.010526
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.36.260.002857
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.36.80.001
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.3960.000706
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt11B.1.4260.001009
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.4460.02
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11B.1.466.20.000391
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.5090.000866
ORF1ab/nsp1064D64GgAtgGt11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp1064D64NGatAat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.5270.003704
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.5300.007143
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.5800.004065
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.6060.006024
ORF1ab/nsp1064D64YGatTat11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11B.1.830.015385
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11P.10.000016
ORF1ab/nsp1064D64EgaTgaG11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11P.1.120.000484
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp1064D64DgaTgaC11P.1.70.000319
ORF1ab/nsp1064D64delGAT---11Q.20.000613