CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : CodonNum = 30

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1030Y30YY4283YsyntaTtaC13001300113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30CY4283CnonsyntAttGt59580.98305113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30CY4283CnonsyntATtGC5910.016949213112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30delY4283deldelTAT---2525113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30NY4283NnonsynTatAat1818113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30HY4283HnonsynTatCat14130.92857113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30HY4283HnonsynTaTCaC1410.071428613112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30DY4283DnonsynTatGat430.7513112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30DY4283DnonsynTaTGaC410.2513112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30FY4283FnonsyntAttTt22113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30AY4283AnonsynTATGCA22113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30del1Y4283del1delTAt-Gt210.513112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30del1Y4283del1delTat-at210.513112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30KY4283KnonsynTaTAaG11113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30VY4283VnonsynTATGTA11113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30XY4283XnonsyntaTtaG11113112-13114
ORF1ab/nsp1030Y30GY4283GnonsynTATGGC11113112-13114

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC13001300All0.000249
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC706706B.1.619.10.452854
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC178178B.1.1.70.000159
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt5859All0.000011
ORF1ab/nsp1030Y30CtATtGC159All0
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC4444B.1.617.20.000166
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC4141B.1.6180.165323
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC3636B.1.1.1650.553846
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC2727B.10.000247
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---2525All0.000005
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC2121B.1.1.5190.000834
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat1818All0.000003
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1818AY.1000.000828
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1717AY.40.000026
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1515P.10.000236
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat1314All0.000002
ORF1ab/nsp1030Y30HTaTCaC114All0
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1313AY.1200.000483
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt1313B.1.1.70.000012
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1313B.1.5820.006379
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt1212AY.470.000373
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1212B.1.36.290.006208
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC1111AY.440.000067
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC99AY.250.000054
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC99AY.30.00009
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC99B.1.36.380.014778
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC88AY.330.000534
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC88B.1.1.2910.005939
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC77AY.1210.000947
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC77AY.430.000031
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC55AY.260.000142
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC55AY.610.000524
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt55B.1.1770.000066
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---440.222222
ORF1ab/nsp1030Y30DTatGat34All0.000001
ORF1ab/nsp1030Y30DTaTGaC14All0
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt44B.1.10.000073
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat44B.1.1.250.002274
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC44B.1.4290.000094
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC44B.1.5260.000094
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt33AY.40.000005
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt33B.1.1.5190.000119
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC33B.1.4000.001287
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC33B.1.6210.000266
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat33P.10.000047
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC33P.1.140.000143
ORF1ab/nsp1030Y30ATATGCA220.111111
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt220.111111
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat22A.10.000564
ORF1ab/nsp1030Y30FtAttTt22All0
ORF1ab/nsp1030Y30ATATGCA22All0
ORF1ab/nsp1030Y30del1TAt-Gt12All0
ORF1ab/nsp1030Y30del1Tat-at12All0
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp1030Y30CtATtGC12AY.1170.000085
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt12AY.1170.000085
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22AY.270.000129
ORF1ab/nsp1030Y30DTatGat12AY.430.000004
ORF1ab/nsp1030Y30DTaTGaC12AY.430.000004
ORF1ab/nsp1030Y30HTaTCaC12AY.440.000006
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat12AY.440.000006
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22AY.470.000062
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22AY.590.001059
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22AY.690.000373
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat22B0.000256
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat22B.10.000018
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22B.1.1.3170.000823
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---22B.1.1770.000026
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat22B.1.20.000018
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22B.1.2360.004107
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC22B.1.5250.000226
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11A0.000387
ORF1ab/nsp1030Y30GTATGGC11All0
ORF1ab/nsp1030Y30VTATGTA11All0
ORF1ab/nsp1030Y30KTaTAaG11All0
ORF1ab/nsp1030Y30XtaTtaG11All0
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat11AY.10.000396
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.1130.000142
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.130.000161
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp1030Y30del1Tat-at11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.410.000294
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp1030Y30del1TAt-Gt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.450.000122
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat11AY.46.60.000072
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.490.003195
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.50.000021
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11AY.550.000917
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.600.000938
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11AY.720.001361
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.790.001211
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11AY.860.00083
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat11B.10.000009
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11B.10.000009
ORF1ab/nsp1030Y30GTATGGC11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.1.4340.000349
ORF1ab/nsp1030Y30VTATGTA11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1030Y30KTaTAaG11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.177.100.000878
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.177.680.015152
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.177.830.001481
ORF1ab/nsp1030Y30XtaTtaG11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1030Y30FtAttTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.258.60.019608
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11B.1.3330.010526
ORF1ab/nsp1030Y30FtAttTt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11B.1.3510.00003
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.351.30.000876
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.36.10.00114
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11B.1.36.220.001208
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.36.390.002217
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.3910.001127
ORF1ab/nsp1030Y30DTatGat11B.1.438.10.000107
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11B.1.4460.02
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp1030Y30CtAttGt11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1030Y30HTatCat11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11B.1.6190.000871
ORF1ab/nsp1030Y30DTatGat11B.230.002924
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11B.340.013699
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11B.6.60.000889
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11N.40.004255
ORF1ab/nsp1030Y30delTAT---11P.10.000016
ORF1ab/nsp1030Y30NTatAat11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp1030Y30YtaTtaC11P.20.000187