CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : CodonNum = 125

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp10125G125CG4378CnonsynGgtTgt4424410.99773813397-13399
ORF1ab/nsp10125G125CG4378CnonsynGgTTgC44210.0022624413397-13399
ORF1ab/nsp10125G125SG4378SnonsynGgtAgt103990.96116513397-13399
ORF1ab/nsp10125G125SG4378SnonsynGGTTCA10320.019417513397-13399
ORF1ab/nsp10125G125SG4378SnonsynGGTTCC10310.0097087413397-13399
ORF1ab/nsp10125G125SG4378SnonsynGGtTCt10310.0097087413397-13399
ORF1ab/nsp10125G125delG4378deldelGGT---7474113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125GG4378GsynggTggC65590.90769213397-13399
ORF1ab/nsp10125G125GG4378GsynggTggA6540.061538513397-13399
ORF1ab/nsp10125G125GG4378GsynggTggG6520.030769213397-13399
ORF1ab/nsp10125G125DG4378DnonsyngGtgAt24230.95833313397-13399
ORF1ab/nsp10125G125DG4378DnonsyngGTgAC2410.041666713397-13399
ORF1ab/nsp10125G125VG4378VnonsyngGtgTt2121113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125RG4378RnonsynGgtCgt1160.54545513397-13399
ORF1ab/nsp10125G125RG4378RnonsynGgTAgA1120.18181813397-13399
ORF1ab/nsp10125G125RG4378RnonsynGgTCgA1120.18181813397-13399
ORF1ab/nsp10125G125RG4378RnonsynGgTAgG1110.090909113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125AG4378AnonsyngGtgCt650.83333313397-13399
ORF1ab/nsp10125G125AG4378AnonsyngGTgCC610.16666713397-13399
ORF1ab/nsp10125G125XG4378XnonsynGgTTgA540.813397-13399
ORF1ab/nsp10125G125XG4378XnonsynGGTTAA510.213397-13399
ORF1ab/nsp10125G125TG4378TnonsynGGtACt11113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125del1G4378del1delGgt-gt11113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125YG4378YnonsynGGtTAt11113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125NG4378NnonsynGGtAAt11113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125KG4378KnonsynGGTAAA11113397-13399
ORF1ab/nsp10125G125del2G4378del2delgGTg--11113397-13399

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt441442All0.000084
ORF1ab/nsp10125G125CGgTTgC1442All0
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt326326AY.99.10.506211
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt99103All0.000019
ORF1ab/nsp10125G125SGGTTCA2103All0
ORF1ab/nsp10125G125SGGTTCC1103All0
ORF1ab/nsp10125G125SGGtTCt1103All0
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---7474All0.000014
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC5965All0.000011
ORF1ab/nsp10125G125GggTggA465All0.000001
ORF1ab/nsp10125G125GggTggG265All0
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---2727B.1.1.70.000024
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt2324All0.000004
ORF1ab/nsp10125G125DgGTgAC124All0
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt2121All0.000004
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt2121AY.640.0125
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt1515B.1.20.000132
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt1515B.1.617.20.000056
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt611All0.000001
ORF1ab/nsp10125G125RGgTCgA211All0
ORF1ab/nsp10125G125RGgTAgA211All0
ORF1ab/nsp10125G125RGgTAgG111All0
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt1111AY.30.000109
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt99AY.1030.000056
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt99AY.30.00009
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC99B.10.000082
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC99B.1.20.000079
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt88AY.440.000049
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt88B.10.000073
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt77AY.1030.000043
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt47AY.40.000006
ORF1ab/nsp10125G125SGGTTCA27AY.40.000003
ORF1ab/nsp10125G125SGGTTCC17AY.40.000002
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt77B.1.4270.000353
ORF1ab/nsp10125G125AgGtgCt56All0.000001
ORF1ab/nsp10125G125AgGTgCC16All0
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt56AY.40.000008
ORF1ab/nsp10125G125CGgTTgC16AY.40.000002
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt66AY.430.000027
ORF1ab/nsp10125G125XGgTTgA45All0.000001
ORF1ab/nsp10125G125XGGTTAA15All0
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC55AY.330.000334
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt55B.10.000046
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt44AY.1030.000025
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt44AY.250.000024
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---44AY.40.000006
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt44AY.9.10.000335
ORF1ab/nsp10125G125RGgTCgA24AY.990.002099
ORF1ab/nsp10125G125RGgTAgA14AY.990.001049
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt14AY.990.001049
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---44B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt33AY.1190.000106
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt33AY.290.000047
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt33AY.50.000062
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt33B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC33B.1.1600.000094
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt33B.1.177.580.003995
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt33B.1.3290.001823
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt33B.1.4180.047619
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt33B.1.617.20.000011
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---33P.10.000047
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---22AY.230.000139
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---22AY.350.000466
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt22AY.390.000049
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt22AY.40.000003
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC22AY.40.000003
ORF1ab/nsp10125G125XGgTTgA22AY.40.000003
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---22AY.4.50.000215
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt22AY.440.000012
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt22AY.7.10.000225
ORF1ab/nsp10125G125SGGtTCt12AY.840.000437
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt12AY.840.000437
ORF1ab/nsp10125G125AgGtgCt22B.10.000018
ORF1ab/nsp10125G125GggTggG12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC12B.1.10.000018
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp10125G125XGGTTAA12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125XGgTTgA12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt22B.1.177.860.000367
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt22B.1.6040.034483
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---22P.1.150.000465
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AH.30.003802
ORF1ab/nsp10125G125TGGtACt11All0
ORF1ab/nsp10125G125del1Ggt-gt11All0
ORF1ab/nsp10125G125YGGtTAt11All0
ORF1ab/nsp10125G125NGGtAAt11All0
ORF1ab/nsp10125G125KGGTAAA11All0
ORF1ab/nsp10125G125del2gGTg--11All0
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp10125G125XGgTTgA11AY.1100.000113
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.1170.000085
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.120.000316
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.120.10.000321
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.200.000039
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.230.00007
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.250.000006
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.260.000028
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt11AY.30.00001
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11AY.340.000097
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.34.10.00051
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11AY.4.2.10.000149
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp10125G125GggTggA11AY.430.000004
ORF1ab/nsp10125G125AgGtgCt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11AY.430.000004
ORF1ab/nsp10125G125del1Ggt-gt11AY.440.000006
ORF1ab/nsp10125G125AgGtgCt11AY.460.000104
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.470.000031
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11AY.480.000465
ORF1ab/nsp10125G125GggTggA11AY.50.000021
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.5.30.000337
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.510.000909
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.620.000436
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.670.000464
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.750.000056
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11AY.750.000056
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp10125G125GggTggA11AY.790.001211
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp10125G125TGGtACt11AY.840.000437
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt11AY.850.000427
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.9.20.000037
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11AY.990.001049
ORF1ab/nsp10125G125RGgTAgG11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.1.2140.000055
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.1.2200.001859
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.1.3480.000796
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp10125G125AgGtgCt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125KGGTAAA11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125RGgTAgA11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125NGGtAAt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125YGGtTAt11B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.1.700.000341
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.110.30.000718
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11B.1.1240.007812
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11B.1.130.002375
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11B.1.1390.000733
ORF1ab/nsp10125G125DgGtgAt11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt11B.1.177.190.001431
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.214.30.007143
ORF1ab/nsp10125G125GggTggG11B.1.2340.000132
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.2400.000216
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.258.100.011364
ORF1ab/nsp10125G125RGgtCgt11B.1.3750.00082
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11B.1.4000.000429
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp10125G125del2gGTg--11B.1.5210.004975
ORF1ab/nsp10125G125GggTggC11B.1.5240.001406
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp10125G125CGgtTgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp10125G125SGgtAgt11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11B.1.6120.002653
ORF1ab/nsp10125G125delGGT---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp10125G125VgGtgTt11B.1.617.30.002985
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