CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : CodonNum = 12

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1012T12IT4265InonsynaCtaTt13367133660.99992513058-13060
ORF1ab/nsp1012T12IT4265InonsynaCTaTC1336710.000074811113058-13060
ORF1ab/nsp1012T12TT4265TsynacTacC6525990.91871213058-13060
ORF1ab/nsp1012T12TT4265TsynacTacG652360.055214713058-13060
ORF1ab/nsp1012T12TT4265TsynacTacA652170.026073613058-13060
ORF1ab/nsp1012T12ST4265SnonsynaCtaGt1271200.94488213058-13060
ORF1ab/nsp1012T12ST4265SnonsynActTct12770.055118113058-13060
ORF1ab/nsp1012T12AT4265AnonsynActGct3838113058-13060
ORF1ab/nsp1012T12delT4265deldelACT---2121113058-13060
ORF1ab/nsp1012T12NT4265NnonsynaCtaAt1919113058-13060
ORF1ab/nsp1012T12del2T4265del2delaCTa--430.7513058-13060
ORF1ab/nsp1012T12del2T4265del2delACt--t410.2513058-13060
ORF1ab/nsp1012T12del1T4265del1delacTac-320.66666713058-13060
ORF1ab/nsp1012T12del1T4265del1delAct-ct310.33333313058-13060
ORF1ab/nsp1012T12FT4265FnonsynACtTTt11113058-13060

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1336613367All0.002556
ORF1ab/nsp1012T12IaCTaTC113367All0
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1132811328B.1.1.70.010141
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC599652All0.000115
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG36652All0.000007
ORF1ab/nsp1012T12TacTacA17652All0.000003
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC548548B.1.1.3330.589882
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt387387AY.40.000602
ORF1ab/nsp1012T12SaCtaGt120127All0.000023
ORF1ab/nsp1012T12SActTct7127All0.000001
ORF1ab/nsp1012T12SaCtaGt109109AY.40.00017
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt9999B.1.10.001796
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt8080AY.1030.000497
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt7070B.1.1260.089286
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt6666Q.10.008338
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt5959B.1.1770.000777
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt5959B.1.617.20.000222
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt5657AY.440.000341
ORF1ab/nsp1012T12IaCTaTC157AY.440.000006
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt5151B.10.000467
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt4242B.1.1.2140.002329
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt4141AY.290.000647
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt4141AY.430.000182
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt4141P.10.000646
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3939B.1.1.250.022172
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3939B.1.4090.030469
ORF1ab/nsp1012T12AActGct3838All0.000007
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3838B.1.20.000335
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3535AY.90.002366
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3434AY.250.000205
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3232B.1.5260.000752
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt3131AY.30.000308
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt2727B.1.3510.000803
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt2626B.1.1.5190.001032
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt2525B.1.910.051867
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt2424AY.4.2.10.003576
ORF1ab/nsp1012T12AActGct2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp1012T12delACT---2121All0.000004
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt1919All0.000004
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1919C.370.002205
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1818AY.4.20.00039
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1717B.1.5960.001481
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1616AY.98.10.000775
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1515B.1.2320.00806
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1414B.1.2340.001847
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1414B.1.4290.000329
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1313AY.50.000268
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1313B.1.1.2730.087838
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1212AY.390.000297
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1212B.1.1600.000374
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1111B.1.2430.000765
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC911B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp1012T12TacTacA211B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1010AY.740.001156
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt1010B.1.2580.000665
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC69AY.40.000009
ORF1ab/nsp1012T12TacTacA39AY.40.000005
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt99B.1.3960.006351
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt99B.1.5880.008189
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt88AY.260.000226
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp1012T12TacTacA77AY.300.00277
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77AY.4.50.000752
ORF1ab/nsp1012T12SaCtaGt77AY.430.000031
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77AY.470.000218
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77AY.9.20.000257
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77B.1.1490.023973
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77B.1.177.70.001154
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG37B.1.20.000026
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC37B.1.20.000026
ORF1ab/nsp1012T12TacTacA17B.1.20.000009
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77B.1.6370.000512
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt77P.1.140.000335
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66AY.1020.000159
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66AY.200.000233
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66AY.330.000401
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66AY.39.10.000238
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66AY.610.000629
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC46B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG26B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66B.1.3460.007864
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC66B.1.360.000875
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt66Q.80.000989
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55AY.1130.000712
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55AY.140.00044
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt55AY.98.10.000242
ORF1ab/nsp1012T12delACT---55B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55B.1.177.830.007407
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55B.1.2210.000355
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55B.1.4000.002145
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt55C.10.011962
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44AE.80.001956
ORF1ab/nsp1012T12del2aCTa--34All0.000001
ORF1ab/nsp1012T12del2ACt--t14All0
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44AY.1200.000149
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44AY.1210.000541
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC44AY.610.000419
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44AY.720.005442
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44B.1.1.2940.005063
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44B.1.1.3970.009009
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44B.1.5770.002749
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt44B.1.6230.002146
ORF1ab/nsp1012T12del1acTac-23All0
ORF1ab/nsp1012T12del1Act-ct13All0
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC33AY.1050.001929
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33AY.130.000483
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG33AY.260.000085
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG33AY.440.000018
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp1012T12SActTct33B.10.000027
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC23B.10.000018
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG13B.10.000009
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.1.2220.000612
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC33B.1.1.250.001706
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.1.4090.008499
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.1.5230.004687
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.177.860.00055
ORF1ab/nsp1012T12AActGct33B.1.20.000026
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.2110.075
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.2400.000647
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG33B.1.2430.000209
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.3110.000824
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.3130.019737
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.351.20.000908
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG33B.1.4270.000151
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.466.20.001174
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG33B.1.5100.078947
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt33B.1.6280.001057
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22A0.000774
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.1000.000092
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG12AY.1030.000006
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.116.10.000623
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.190.002281
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.29.10.000441
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.340.000194
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.400.001929
ORF1ab/nsp1012T12AActGct22AY.440.000012
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.460.000208
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.790.002421
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.860.00166
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.9.10.000167
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.1.1340.022727
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.1.1350.00939
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt22B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp1012T12SaCtaGt12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1012T12SActTct12B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.1110.00235
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.177.210.000153
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.177.430.002954
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.177.530.004785
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.177.730.001133
ORF1ab/nsp1012T12TacTacA22B.1.1920.018519
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG22B.1.2320.001075
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.258.140.001961
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.351.30.001753
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.351.50.001199
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.36.310.003503
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.3990.003868
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG22B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC22B.1.5170.000854
ORF1ab/nsp1012T12SActTct22B.1.5260.000047
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.5650.001621
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.5760.001813
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.6020.013072
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.617.10.000258
ORF1ab/nsp1012T12SaCtaGt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1012T12AActGct22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt22B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.6250.004706
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22B.1.6270.00404
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22C.350.001548
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22C.360.001821
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22D.20.00015
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22P.1.100.000539
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22Q.20.001227
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt22R.10.00018
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt110.055556
ORF1ab/nsp1012T12AActGct11A0.000387
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11A.20.000662
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11A.270.001656
ORF1ab/nsp1012T12FACtTTt11All0
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.10.000396
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.100.00053
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG11AY.100.00053
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt11AY.1110.000183
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp1012T12del2aCTa--11AY.1200.000037
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.160.00038
ORF1ab/nsp1012T12delACT---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.20.000356
ORF1ab/nsp1012T12AActGct11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1012T12TacTacG11AY.250.000006
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC11AY.30.00001
ORF1ab/nsp1012T12AActGct11AY.30.00001
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.300.000396
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.320.000532
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.350.000233
ORF1ab/nsp1012T12TacTacC11AY.390.000025
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt11AY.390.000025
ORF1ab/nsp1012T12NaCtaAt11AY.40.000002
ORF1ab/nsp1012T12SaCtaGt11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp1012T12delACT---11AY.4.50.000107
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.450.000122
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.46.50.000198
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.5.40.000277
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.510.000909
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.520.000814
ORF1ab/nsp1012T12IaCtaTt11AY.540.000095
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