CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp10 : CodonNum = 102

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp10102T102IT4355InonsynaCtaTt1155211552113328-13330
ORF1ab/nsp10102T102NT4355NnonsynaCtaAt188188113328-13330
ORF1ab/nsp10102T102TT4355TsynacTacG149960.64429513328-13330
ORF1ab/nsp10102T102TT4355TsynacTacC149450.30201313328-13330
ORF1ab/nsp10102T102TT4355TsynacTacA14980.053691313328-13330
ORF1ab/nsp10102T102AT4355AnonsynActGct125125113328-13330
ORF1ab/nsp10102T102delT4355deldelACT---5757113328-13330
ORF1ab/nsp10102T102PT4355PnonsynActCct4545113328-13330
ORF1ab/nsp10102T102ST4355SnonsynaCtaGt20160.813328-13330
ORF1ab/nsp10102T102ST4355SnonsynActTct2040.213328-13330
ORF1ab/nsp10102T102KT4355KnonsynaCTaAA11113328-13330
ORF1ab/nsp10102T102del1T4355del1delacTac-11113328-13330

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1155211552All0.002209
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt35623562B.1.1.70.003189
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt32413241P.1.100.87335
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt13641364AY.40.002123
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt321321B.1.617.20.001209
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt256256B.1.5260.006017
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt192192AY.430.000851
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt192192B.1.177.560.128171
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt188188All0.000036
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt178178AY.1030.001105
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt173173P.10.002725
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG96149All0.000018
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC45149All0.000009
ORF1ab/nsp10102T102TacTacA8149All0.000002
ORF1ab/nsp10102T102AActGct125125All0.000024
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt121121P.1.160.045267
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt101101AY.30.001005
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt100100P.10.001575
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt9494AY.440.000572
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt8686P.1.10.10.699187
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt7979B.1.3510.002348
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG6571B.1.1.70.000058
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC671B.1.1.70.000005
ORF1ab/nsp10102T102delACT---5757All0.000011
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt5353AY.50.001094
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt5353B.10.000485
ORF1ab/nsp10102T102AActGct5151B.1.1.70.000046
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4646AY.250.000277
ORF1ab/nsp10102T102PActCct4545All0.000009
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4545AY.290.00071
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4444B.1.20.000387
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4242B.1.5610.016673
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4141B.1.1770.00054
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt4040AY.9.10.003349
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3838B.1.4290.000894
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3737AY.1020.000981
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3737B.1.10.000671
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3434AY.1190.0012
ORF1ab/nsp10102T102AActGct3333B.1.1.700.011255
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3333B.1.1600.001029
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt3232AY.1000.001472
ORF1ab/nsp10102T102PActCct2929AY.98.10.001404
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2929B.1.6370.002119
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2525AY.390.000618
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2323AY.340.00223
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2323AY.4.50.002472
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2323P.1.10.20.958333
ORF1ab/nsp10102T102delACT---2222B.1.1.70.00002
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2121B.1.2580.001397
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2121P.1.140.001004
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020AD.20.004379
ORF1ab/nsp10102T102SaCtaGt1620All0.000003
ORF1ab/nsp10102T102SActTct420All0.000001
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020AY.4.20.000434
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020B.1.177.550.04662
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt2020C.370.002321
ORF1ab/nsp10102T102AActGct1919AY.390.00047
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1818AY.240.007759
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt1818AY.420.000724
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1818R.10.00162
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG1117AY.40.000017
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC617AY.40.000009
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1616AY.1200.000595
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1616B.6.21
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515AY.1170.001268
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515AY.200.000583
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515AY.470.000467
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515B.1.1.5190.000596
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1515Q.80.002474
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414AY.34.10.007139
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414AY.610.001467
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414AY.980.001106
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414B.1.4270.000707
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1414Q.10.001769
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1313AY.99.20.001198
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1313W.40.017568
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1212B.1.6210.001062
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1111AY.590.005826
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010AT.10.051282
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010AY.260.000283
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010AY.750.00056
ORF1ab/nsp10102T102PActCct1010B.1.1.70.000009
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010B.1.2340.001319
ORF1ab/nsp10102T102SaCtaGt1010B.1.2430.000696
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt1010B.1.6090.004794
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt99AY.40.000014
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt99AY.4.2.10.001341
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt99AY.5.30.003036
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt99AY.620.003922
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt88AY.1170.000676
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.1180.000501
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.120.10.002568
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.420.000322
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88AY.60.000329
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.1.1590.037383
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.1.3040.022472
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.4230.081633
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88B.1.5250.000905
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt88Q.70.008889
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt77AY.710.003325
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt77P.1.70.002235
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66AY.16.10.00282
ORF1ab/nsp10102T102AActGct66AY.200.000233
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66AY.450.00073
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66AY.98.10.000291
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC46B.1.10.000073
ORF1ab/nsp10102T102TacTacA16B.1.10.000018
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG16B.1.10.000018
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66B.1.1.2140.000333
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66B.1.1310.052632
ORF1ab/nsp10102T102delACT---66B.1.1770.000079
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt66B.1.177.210.000459
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt66B.1.5960.000523
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55AY.1140.001156
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55AY.790.006053
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55AY.90.000338
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55B.1.1.3110.001791
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC55B.1.1.5190.000199
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC45B.1.1770.000053
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG15B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt55P.1.150.001162
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt44AY.1020.000106
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.3.10.000341
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.300.001583
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.460.000416
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.660.004278
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.690.000747
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44AY.840.00175
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt44B.10.000037
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.1.280.001245
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt44B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.1.700.001364
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG44B.1.177.750.004162
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.177.770.002905
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.2400.000862
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44B.1.466.10.028777
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt44B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC24B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG24B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44P.1.120.001936
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt44Q.20.002454
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt330.166667
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AE.80.001467
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt33AY.1030.000019
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.1130.000427
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.130.000483
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.160.001139
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.230.000209
ORF1ab/nsp10102T102AActGct33AY.250.000018
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.330.0002
ORF1ab/nsp10102T102delACT---33AY.4.50.000322
ORF1ab/nsp10102T102delACT---33AY.430.000013
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt33AY.440.000018
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.46.60.000217
ORF1ab/nsp10102T102AActGct33AY.750.000168
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.780.004622
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33AY.850.001282
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B0.000383
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG33B.1.1.3480.002389
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC33B.1.1.5260.010638
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.177.570.000843
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.258.30.005025
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC23B.1.4290.000047
ORF1ab/nsp10102T102TacTacA13B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.438.10.000322
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.595.10.017544
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33B.1.617.10.000387
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33P.1.10.000953
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt33P.20.00056
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.1050.001286
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.120.2.10.000997
ORF1ab/nsp10102T102NaCtaAt22AY.290.000032
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.29.10.000441
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.350.000466
ORF1ab/nsp10102T102delACT---22AY.40.000003
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.4.30.001684
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG22AY.430.000009
ORF1ab/nsp10102T102TacTacA12AY.440.000006
ORF1ab/nsp10102T102TacTacG12AY.440.000006
ORF1ab/nsp10102T102SaCtaGt22AY.470.000062
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.480.00093
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.5.10.007519
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.570.001312
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.740.000231
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.920.000575
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22AY.950.001522
ORF1ab/nsp10102T102TacTacC22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.2410.004141
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.2840.000215
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.3180.000604
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1.3290.007692
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.1390.001466
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.160.120.012821
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.177.810.000379
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.2210.000142
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.2320.001075
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.3240.00321
ORF1ab/nsp10102T102IaCtaTt22B.1.351.20.000605
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