CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : Mut = S3del

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp13S3delS3deldelAGC---1781781272-274

Details of the mutation S3del within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp13S3delAGC---178178All0.000034
ORF1ab/nsp13S3delAGC---5050B.1.1.70.000045
ORF1ab/nsp13S3delAGC---1313AY.40.00002
ORF1ab/nsp13S3delAGC---1010AY.230.000697
ORF1ab/nsp13S3delAGC---1010AY.430.000044
ORF1ab/nsp13S3delAGC---77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp13S3delAGC---66AY.4.50.000645
ORF1ab/nsp13S3delAGC---44B.1.1.330.001684
ORF1ab/nsp13S3delAGC---44B.1.1.3480.003185
ORF1ab/nsp13S3delAGC---33AY.1200.000112
ORF1ab/nsp13S3delAGC---33AY.34.10.00153
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.120.000632
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.330.000134
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.4.40.000818
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.50.000041
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.600.001876
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.90.000135
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22AY.9.20.000073
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22B.1.177.40.000422
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22B.1.177.570.000562
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22B.1.360.000292
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22N.40.008511
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22N.60.014184
ORF1ab/nsp13S3delAGC---22P.20.000373
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11A.10.000282
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AD.20.000219
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.190.00114
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.250.000006
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.30.00001
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.380.000499
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.410.000294
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.450.000122
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.460.000104
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.46.20.000635
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.60.000041
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.680.000274
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.940.000443
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.950.000761
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.10.000009
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.10.000018
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.2320.001815
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.3110.000358
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.3120.001912
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.3220.008772
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1.4090.002833
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.180.00116
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.210.000076
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.560.000668
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.580.001332
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.630.002703
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.870.000728
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.177.90.001332
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.20.000009
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.36.180.00042
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp13S3delAGC---11C.350.000774