CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : Mut = M85L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp185M85LM85LnonsynAtgCtg4052290.565432518-520
ORF1ab/nsp185M85LM85LnonsynAtgTtg4051730.427161518-520
ORF1ab/nsp185M85LM85LnonsynAtGCtT40530.00740741518-520

Details of the mutation M85L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg229405All0.000044
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg173405All0.000033
ORF1ab/nsp185M85LAtGCtT3405All0.000001
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg138138B.1.6280.048626
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg5253AY.40.000081
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg153AY.40.000002
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg1923B.1.617.20.000072
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg423B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg2022B.1.1.70.000018
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg222B.1.1.70.000002
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg2020AY.260.000566
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg1313AY.9.20.000477
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg611B.10.000055
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg411B.10.000037
ORF1ab/nsp185M85LAtGCtT111B.10.000009
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg1010AY.430.000044
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg89AY.1140.001849
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg19AY.1140.000231
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg89AY.440.000049
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg19AY.440.000006
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg79B.1.20.000062
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg29B.1.20.000018
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg67AY.250.000036
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg17AY.250.000006
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg55AY.230.000349
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg44AY.470.000124
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg23AY.200.000078
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg13AY.200.000039
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg33AY.4.20.000065
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg23B.1.10.000036
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg13B.1.10.000018
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg22AY.1060.00067
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg22AY.1200.000074
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg22AY.30.00002
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg22AY.340.000194
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg22AY.50.000041
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg12AY.750.000056
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg12AY.750.000056
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg12B.1.4290.000024
ORF1ab/nsp185M85LAtGCtT12B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg12B.1.5250.000113
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg22B.230.005848
ORF1ab/nsp185M85LAtGCtT12P.40.003802
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg12P.40.003802
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.1020.000027
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11AY.1030.000006
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.1160.000287
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.1180.000063
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.1190.000035
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.120.000316
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11AY.140.000088
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.290.000016
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.3.10.000085
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11AY.330.000067
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.370.000316
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.39.10.00004
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.420.00004
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.450.000122
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.46.40.000165
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.480.000465
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.540.000095
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.60.000041
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.690.000187
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.730.000665
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11AY.770.001127
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11AY.880.000884
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.9.10.000084
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.1.5190.00004
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.1600.000031
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.1770.000013
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.177.730.000566
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.2580.000067
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.3670.000792
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.4970.000315
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.5260.000024
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11B.1.5960.000087
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.6090.000479
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.6210.000089
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11B.1.6230.000536
ORF1ab/nsp185M85LAtgTtg11P.10.000016
ORF1ab/nsp185M85LAtgCtg11P.30.001595

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.