CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : Mut = M85I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	85	M85I	M85I	nonsyn	atG	atT	1100	828	0.752727	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85I	M85I	nonsyn	atG	atA	1100	247	0.224545	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85I	M85I	nonsyn	atG	atC	1100	25	0.0227273	518-520

Details of the mutation M85I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	828	1100	All	0.000158
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	247	1100	All	0.000047
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	25	1100	All	0.000005
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	117	174	AY.4	0.000182
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	45	174	AY.4	0.00007
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	12	174	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	108	120	B.1.1.7	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	12	120	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	63	78	B.1.617.2	0.000237
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	14	78	B.1.617.2	0.000053
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	78	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	74	74	AY.25	0.000445
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	71	72	AY.34	0.006885
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	72	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	24	40	AY.43	0.000106
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	16	40	AY.43	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	30	34	AY.44	0.000183
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	4	34	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	32	32	AY.101	0.015694
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	27	28	AY.39	0.000667
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	28	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	22	26	AY.103	0.000137
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	4	26	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	13	24	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	7	24	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	4	24	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	12	22	B.1.2	0.000106
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	9	22	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	22	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	20	20	AY.20	0.000777
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	19	19	AY.14	0.001672
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	18	18	B.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	17	17	AY.113	0.002421
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	17	17	AY.4.2	0.000369
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	13	14	AY.121	0.001759
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	14	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	13	14	P.1	0.000205
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	14	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	12	12	AY.102	0.000318
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	10	11	AY.3	0.000099
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	11	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	9	9	AY.78	0.013867
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	9	9	B.1.177.35	0.00622
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	7	8	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	8	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	7	8	AY.47	0.000218
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	8	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	7	7	AY.23	0.000488
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	5	7	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	2	7	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	6	6	B.1.416	0.007614
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	4	5	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	5	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	4	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	4	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	4	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	4	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	4	4	AY.96	0.008299
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.106	0.001005
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	2	3	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	3	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.177.42	0.002683
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.609	0.001438
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	C.36.3	0.001702
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	2	3	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	3	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	2	2	AY.68	0.000547
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	B.1.1.518	0.012658
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	2	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AA.1	0.007246
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.1.230	0.009174
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.350	0.04
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.72	0.00339
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.306	0.005714
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.443	0.004673
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.527	0.003704
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.94	0.027027
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.56	0.028571
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	P.4	0.003802

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.