CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : Mut = G82del

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	82	G82del	G82del	del	GGT	---	23009	23009	1	509-511

Details of the mutation G82del within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	23009	23009	All	0.004401
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	4930	4930	AY.4	0.007673
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	1865	1865	B.1.1.7	0.00167
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	1629	1629	AY.26	0.046117
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	1478	1478	B.1.617.2	0.005565
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	1380	1380	AY.4.2	0.02993
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	1190	1190	AY.43	0.005272
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	760	760	AY.44	0.004626
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	648	648	AY.25	0.003898
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	503	503	AY.120	0.018701
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	464	464	AY.103	0.002881
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	444	444	AY.3	0.004416
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	326	326	B.1.621	0.028857
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	260	260	AY.19	0.296465
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	245	245	AY.5	0.005059
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	244	244	AY.39	0.00603
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	209	209	AY.102	0.005541
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	203	203	B.1	0.001859
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	200	200	AY.8	0.121212
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	195	195	AY.75	0.010924
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	160	160	AY.27	0.010355
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	160	160	B.1.2	0.001409
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	143	143	AY.46.5	0.028373
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	129	129	AY.47	0.004013
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	127	127	AY.42	0.005109
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	124	124	B.1.177	0.001633
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	122	122	AY.39.1	0.004833
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	113	113	B.1.1.214	0.006267
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	106	106	AY.9.2	0.003893
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	100	100	AY.46	0.010408
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	98	98	AY.6	0.004031
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	92	92	AY.29	0.001451
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	91	91	AY.46.6	0.006571
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	90	90	AY.74	0.010408
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	90	90	B.1.526	0.002115
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	89	89	AY.33	0.005943
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	88	88	AY.119	0.003107
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	83	83	B.1.1	0.001506
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	82	82	P.1	0.001292
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	77	77	AY.54	0.007342
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	75	75	B.1.177.21	0.005735
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	73	73	AY.46.4	0.012009
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	73	73	B	0.00933
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	70	70	AY.20	0.002721
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	69	69	AY.99.2	0.006359
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	61	61	AY.117	0.005156
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	59	59	AY.118	0.003696
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	59	59	AY.9	0.003988
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	57	57	B.1.1.519	0.002264
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	57	57	B.1.351	0.001694
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	55	55	B.1.429	0.001294
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	53	53	AY.9.1	0.004437
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	52	52	P.1.14	0.002486
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	51	51	AY.65	0.027186
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	51	51	AY.7.1	0.005748
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	50	50	B.1.258	0.003327
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	49	49	AY.100	0.002254
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	47	47	AY.14	0.004137
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	47	47	AY.3.1	0.004007
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	47	47	AY.34	0.004557
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	45	45	B.1.160	0.001403
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	43	43	AY.7	0.008428
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	38	38	AY.120.1	0.012199
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	38	38	AY.23	0.00265
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	38	38	AY.4.5	0.004085
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	38	38	AY.75.1	0.006852
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	37	37	AY.16	0.014047
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	37	37	AY.4.2.1	0.005513
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	37	37	B.1.258.17	0.003847
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	36	36	AY.13	0.005795
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	34	34	AY.11	0.045515
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	34	34	AY.12	0.010746
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	34	34	B.1.427	0.001717
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	33	33	AY.53	0.009488
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	31	31	AY.46.2	0.019695
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	31	31	AY.98	0.002449
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	30	30	AY.111	0.005495
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	28	28	AY.36	0.00415
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	27	27	AY.35	0.006292
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	27	27	AY.45	0.003285
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	25	25	B.1.234	0.003299
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	23	23	B.1.1.318	0.00694
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	23	23	B.1.243	0.0016
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	22	22	AY.121	0.002977
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	22	22	AY.37	0.006953
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	22	22	B.1.637	0.001608
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	21	21	AY.1	0.00831
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	21	21	AY.70	0.004379
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	20	20	AY.93	0.005461
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	20	20	P.1.16	0.007482
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	19	19	AY.38	0.009486
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	19	19	P.1.10	0.00512
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	18	18	AY.62	0.007843
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	18	18	B.1.438.1	0.001931
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	17	17	AY.105	0.010932
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	17	17	AY.113	0.002421
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	17	17	AY.92	0.004884
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	17	17	AY.94	0.007525
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	16	16	AU.1	0.020253
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	16	16	AY.110	0.001803
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	16	16	AY.116	0.004588
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	16	16	B.1.517	0.006832
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	15	15	AY.106	0.005023
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	15	15	AY.46.3	0.014006
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	15	15	AY.5.3	0.005061
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	15	15	B.40	0.005464
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	15	15	C.37	0.001741
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	AY.114	0.003235
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	AY.4.4	0.005728
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	AY.5.4	0.003874
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	AY.64	0.008333
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	B.1.1.39	0.007136
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	B.1.240	0.003018
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	B.1.525	0.001584
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	D.2	0.001051
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	14	14	P.1.1	0.004447
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	13	13	AD.2	0.002847
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	13	13	AY.71	0.006176
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	13	13	B.1.1.50	0.008826
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	13	13	B.1.400	0.005577
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	13	13	B.1.596	0.001133
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	12	12	AY.120.2.1	0.005979
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	12	12	AY.16.1	0.005639
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	11	11	AY.80	0.012415
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	11	11	B.1.1.434	0.003834
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	11	11	B.1.177.54	0.006671
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	11	11	B.1.36	0.001605
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	11	11	P.1.13	0.009883
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	AY.10	0.005299
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	AY.24	0.00431
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	AY.55	0.009174
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	AY.7.2	0.005593
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	AY.88	0.008842
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	B.1.1.305	0.03861
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	10	10	P.1.17.1	0.008749
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	AY.107	0.004194
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	AY.109	0.006657
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	AY.87	0.007494
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	AY.90	0.00616
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	AY.91	0.006574
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	B.1.595	0.002349
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	9	9	P.2	0.00168
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	AY.120.2	0.010283
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	AY.48	0.003721
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	AY.68	0.00219
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	B.1.177.26	0.055944
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	B.1.349	0.005718
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	B.1.36.18	0.003361
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	8	8	B.1.575	0.002427
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	A.1	0.001973
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	AY.22	0.014644
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	AY.51	0.006364
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	AY.69	0.001307
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	AY.72	0.009524
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.1.207	0.008274
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.1.284	0.000752
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.1.304	0.019663
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.160.26	0.016949
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.177.43	0.01034
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.36.9	0.022508
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	B.1.623	0.003755
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	7	7	R.1	0.00063
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	AY.101	0.002943
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	AY.41	0.001764
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	AY.52	0.004886
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.1.222	0.001224
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.1.33	0.002525
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.1.523	0.009375
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.110.1	0.6
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.128	0.003812
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.177.30	0.015075
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.177.7	0.000989
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.177.81	0.001136
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.22	0.007905
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.380	0.039735
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.497	0.001889
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	6	6	C.36	0.005464
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.116.1	0.001557
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.4.1	0.003687
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.4.3	0.004209
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.40	0.004822
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.58	0.004537
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.60	0.00469
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.1.294	0.006329
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.1.37	0.000964
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.1.416	0.004525
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.1.70	0.001705
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.111	0.005875
ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.177.4	0.001055
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ORF1ab/nsp1	82	G82del	GGT	---	5	5	B.1.221	0.000355
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.