CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : Mut = E37E

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	37	E37E	E37E	syn	gaG	gaA	1123	1123	1	374-376

Details of the mutation E37E within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1123	1123	All	0.000215
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	238	238	AY.46	0.024771
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	144	144	B.1.1.7	0.000129
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	117	117	B.1.617.2	0.000441
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	90	90	AY.42	0.003621
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	59	59	B.1.1.306	0.025866
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	43	43	AY.54	0.0041
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	40	40	AY.4	0.000062
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	27	27	B.1	0.000247
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	24	24	AY.39.1	0.000951
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	24	24	AY.98.1	0.001162
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	23	23	AY.44	0.00014
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	21	21	AY.103	0.00013
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	15	15	AY.4.5	0.001612
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	14	14	B.1.177.81	0.002651
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	12	12	AY.3	0.000119
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	12	12	B.1.36	0.001751
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	11	11	B.1.1.291	0.008166
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	11	11	Q.8	0.001814
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	9	9	AY.7.1	0.001014
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	8	8	AY.102	0.000212
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	8	8	AY.39	0.000198
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	7	7	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	6	6	B.1.1.27	0.033898
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B	0.000511
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B.1.258	0.000266
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B.1.456	0.013072
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.55	0.002752
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	B.1.36.10	0.014354
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	B.1.396	0.002117
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.237	0.010811
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.273	0.013514
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.507	0.017391
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.36.38	0.003284
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.298	0.000862
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.276	0.016949
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.468	0.005714
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	S.1	0.00495

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.