CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 86

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp186V86delV86deldelGTT---16052160521521-523
ORF1ab/nsp186V86FV86FnonsynGttTtt257325731521-523
ORF1ab/nsp186V86IV86InonsynGttAtt6996991521-523
ORF1ab/nsp186V86VV86VsyngtTgtG6682780.416168521-523
ORF1ab/nsp186V86VV86VsyngtTgtA6682480.371257521-523
ORF1ab/nsp186V86VV86VsyngtTgtC6681420.212575521-523
ORF1ab/nsp186V86del2V86del2delGTt--t73470.643836521-523
ORF1ab/nsp186V86del2V86del2delGTT--N73230.315068521-523
ORF1ab/nsp186V86del2V86del2delgTTg--7320.0273973521-523
ORF1ab/nsp186V86del2V86del2delGTT--A7310.0136986521-523
ORF1ab/nsp186V86DV86DnonsyngTtgAt37360.972973521-523
ORF1ab/nsp186V86DV86DnonsyngTTgAC3710.027027521-523
ORF1ab/nsp186V86del1V86del1delGTt-Nt26150.576923521-523
ORF1ab/nsp186V86del1V86del1delGtt-tt2670.269231521-523
ORF1ab/nsp186V86del1V86del1delgTtg-t2640.153846521-523
ORF1ab/nsp186V86AV86AnonsyngTtgCt24241521-523
ORF1ab/nsp186V86GV86GnonsyngTtgGt11100.909091521-523
ORF1ab/nsp186V86GV86GnonsyngTTgGG1110.0909091521-523
ORF1ab/nsp186V86HV86HnonsynGTtCAt881521-523
ORF1ab/nsp186V86LV86LnonsynGttCtt860.75521-523
ORF1ab/nsp186V86LV86LnonsynGtTCtC810.125521-523
ORF1ab/nsp186V86LV86LnonsynGtTTtA810.125521-523
ORF1ab/nsp186V86MV86MnonsynGtTAtG551521-523
ORF1ab/nsp186V86TV86TnonsynGTTACA540.8521-523
ORF1ab/nsp186V86TV86TnonsynGTTACC510.2521-523
ORF1ab/nsp186V86EV86EnonsyngTTgAA111521-523
ORF1ab/nsp186V86SV86SnonsynGTtAGt111521-523

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1605216052All0.00307
ORF1ab/nsp186V86delGTT---40504050AY.40.006304
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt25732573All0.000492
ORF1ab/nsp186V86delGTT---13741374B.1.1.70.00123
ORF1ab/nsp186V86delGTT---10971097B.1.617.20.004131
ORF1ab/nsp186V86delGTT---930930AY.430.00412
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt699699All0.000134
ORF1ab/nsp186V86delGTT---675675AY.440.004109
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG278668All0.000053
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA248668All0.000047
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC142668All0.000027
ORF1ab/nsp186V86delGTT---540540AY.250.003248
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt409409B.1.6250.962353
ORF1ab/nsp186V86delGTT---396396AY.1200.014723
ORF1ab/nsp186V86delGTT---376376AY.30.00374
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt366366A.280.968254
ORF1ab/nsp186V86delGTT---361361AY.1030.002241
ORF1ab/nsp186V86delGTT---332332B.1.6210.029388
ORF1ab/nsp186V86delGTT---272272AY.260.0077
ORF1ab/nsp186V86delGTT---254254AY.4.20.005509
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA164249AY.40.000255
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG46249AY.40.000072
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC39249AY.40.000061
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt225225B.1.1.70.000201
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt187187AY.730.124418
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt183183A.290.973404
ORF1ab/nsp186V86delGTT---181181AY.390.004473
ORF1ab/nsp186V86delGTT---165165AY.50.003407
ORF1ab/nsp186V86delGTT---162162B.10.001484
ORF1ab/nsp186V86delGTT---161161AY.470.005008
ORF1ab/nsp186V86delGTT---160160AY.270.010355
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt137137B.1.20.001206
ORF1ab/nsp186V86delGTT---135135AY.1020.003579
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt131131B.1.617.20.000493
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG88123B.1.1.70.000079
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC24123B.1.1.70.000021
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA11123B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt119119AY.1030.000739
ORF1ab/nsp186V86delGTT---115115AY.750.006443
ORF1ab/nsp186V86delGTT---114114AY.190.129989
ORF1ab/nsp186V86delGTT---109109AY.100.057764
ORF1ab/nsp186V86delGTT---107107B.1.20.000942
ORF1ab/nsp186V86delGTT---9494AY.290.001483
ORF1ab/nsp186V86delGTT---9494AY.46.50.018651
ORF1ab/nsp186V86delGTT---9393AY.9.20.003416
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt9292AY.980.007268
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt8989B.1.2210.006322
ORF1ab/nsp186V86delGTT---8686AY.340.008339
ORF1ab/nsp186V86delGTT---8686AY.420.00346
ORF1ab/nsp186V86delGTT---8585AY.39.10.003367
ORF1ab/nsp186V86delGTT---8181AY.460.00843
ORF1ab/nsp186V86delGTT---7878B.1.1770.001027
ORF1ab/nsp186V86delGTT---7474B0.009458
ORF1ab/nsp186V86del2GTt--t4773All0.000009
ORF1ab/nsp186V86del2GTT--N2373All0.000004
ORF1ab/nsp186V86del2gTTg--273All0
ORF1ab/nsp186V86del2GTT--A173All0
ORF1ab/nsp186V86delGTT---7272B.1.5260.001692
ORF1ab/nsp186V86delGTT---7070AY.200.002721
ORF1ab/nsp186V86delGTT---6464AY.540.006102
ORF1ab/nsp186V86delGTT---6464AY.60.002632
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt6363B.10.000577
ORF1ab/nsp186V86delGTT---6060AY.1170.005071
ORF1ab/nsp186V86delGTT---5959AY.330.00394
ORF1ab/nsp186V86delGTT---5959B.1.10.00107
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt5757AY.40.000089
ORF1ab/nsp186V86delGTT---5757P.10.000898
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt5454AY.1200.002008
ORF1ab/nsp186V86delGTT---5252AY.70.010192
ORF1ab/nsp186V86delGTT---5252AY.90.003515
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4949AY.1190.00173
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4848AY.7.10.00541
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt4747B.1.1.70.000042
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4646AY.1000.002116
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4646P.1.140.002199
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4444B.1.3510.001308
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4242AY.46.60.003033
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4141B.1.4290.000965
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4040AY.1180.002506
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4040AY.120.012642
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG3940AY.430.000173
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA140AY.430.000004
ORF1ab/nsp186V86delGTT---4040B.1.1.5190.001588
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt4040B.1.20.000352
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3939AY.140.003432
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3939AY.650.020789
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3838AY.3.10.00324
ORF1ab/nsp186V86DgTtgAt3637All0.000007
ORF1ab/nsp186V86DgTTgAC137All0
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3737AY.9.10.003098
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3737AY.99.20.00341
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt3535AY.40.000054
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3535B.1.258.170.003639
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3434AY.4.2.10.005066
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt3434B.1.10.000617
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3434B.1.1600.00106
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt3434B.1.1600.00106
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt3434B.1.177.730.019253
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3333AY.120.10.010594
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3333AY.980.002607
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt3232AY.250.000192
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3232AY.4.50.00344
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3131B.1.2580.002063
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt3131B.1.617.20.000117
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt3030AY.1030.000186
ORF1ab/nsp186V86delGTT---3030AY.46.40.004935
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2929AY.450.003529
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt2828AY.30.000278
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt2828AY.440.00017
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA2128B.1.177.210.001606
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG728B.1.177.210.000535
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2727AY.230.001883
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt2727AY.440.000164
ORF1ab/nsp186V86del1GTt-Nt1526All0.000003
ORF1ab/nsp186V86del1Gtt-tt726All0.000001
ORF1ab/nsp186V86del1gTtg-t426All0.000001
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2626AY.110.034806
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt2626B.1.1770.000342
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2525AY.46.20.015883
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2525B.1.177.210.001912
ORF1ab/nsp186V86AgTtgCt2424All0.000005
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2424AY.620.010458
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2323AY.160.008732
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt2222B.1.4270.001111
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2121AY.360.003112
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt2121AY.430.000093
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2121AY.46.30.019608
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2121AY.75.10.003787
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG2121B.1.1.630.008102
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2020AY.1100.002254
ORF1ab/nsp186V86delGTT---2020AY.740.002313
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1919AY.130.003059
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1919B.1.1.2140.001054
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1818AY.710.008551
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1818B0.002301
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG918B.1.617.20.000034
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC518B.1.617.20.000019
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA418B.1.617.20.000015
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1717AY.1110.003114
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG817AY.250.000048
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC617AY.250.000036
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA317AY.250.000018
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1717AY.530.004888
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1717B.1.2340.002243
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1717B.1.2430.001183
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1717C.350.013158
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1717P.1.100.004581
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1616AU.10.020253
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1616AY.5.40.004427
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1616AY.940.007083
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1616B.1.1.5190.000635
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1616B.1.4270.000808
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1616P.10.000252
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1515AY.1020.000398
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1515AY.5.30.005061
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt1515B.1.10.000272
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1515B.1.1200.115385
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1515C.360.013661
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1414AY.1140.003235
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1414AY.380.00699
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1414B.1.1.390.007136
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt1414B.1.2340.001847
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1414B.1.4290.000329
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1414R.10.00126
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1313AY.1130.001851
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1313AY.120.2.10.006477
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1313AY.1210.001759
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1313B.1.1280.008259
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1313B.1.438.10.001394
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1313B.1.6370.00095
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC1012AY.1030.000062
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA112AY.1030.000006
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG112AY.1030.000006
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt1212AY.30.000119
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1212AY.350.002797
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt1212AY.430.000053
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1212AY.900.008214
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1212B.1.1.370.002314
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1212B.1.5250.001358
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1212C.370.001393
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1111A0.004257
ORF1ab/nsp186V86GgTtgGt1011All0.000002
ORF1ab/nsp186V86GgTTgGG111All0
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1111AY.1060.003684
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1111AY.370.003477
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC711AY.440.000043
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA311AY.440.000018
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG111AY.440.000006
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1111AY.80.006667
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtC711B.10.000064
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtG211B.10.000018
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA211B.10.000018
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt1111B.1.258.170.001144
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1111B.400.004007
ORF1ab/nsp186V86VgtTgtA1111C.160.011665
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1111P.1.130.009883
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1010AY.1050.006431
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1010AY.1090.007396
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1010AY.1160.002868
ORF1ab/nsp186V86IGttAtt1010AY.120.003161
ORF1ab/nsp186V86FGttTtt1010AY.540.000953
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1010AY.800.011287
ORF1ab/nsp186V86delGTT---1010B.1.1.3050.03861
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