CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 85 & Codon = aAg

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp185M85KM85KnonsynaTgaAg178617820.99776518-520

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg17821786All0.000341
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg554554AY.40.000862
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg127130B.1.1.70.000114
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg9090AY.430.000399
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg8383B.1.617.20.000313
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg7474AY.470.002302
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg7171AY.250.000427
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg5858AY.440.000353
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg5353AY.30.000527
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg5151AY.1030.000317
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg4343AY.1200.001599
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg2929B.10.000266
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg2323AY.1020.00061
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg2323AY.120.007269
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg2222AY.50.000454
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1919AY.390.00047
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1818AY.260.00051
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1818AY.4.20.00039
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1616B.1.20.000141
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1515AY.750.00084
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1414AY.9.20.000514
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1313AY.290.000205
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1111AY.70.002156
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg1010AY.420.000402
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg99B.1.5260.000212
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg88AY.350.001864
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77AY.1000.000322
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77AY.140.000616
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77AY.340.000679
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77AY.39.10.000277
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77AY.990.007345
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77B.1.1770.000092
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg77B.1.6210.00062
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.120.10.001926
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.200.000233
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.3.10.000512
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.4.2.10.000894
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.450.00073
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.46.60.000433
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg66AY.9.10.000502
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55AY.1180.000313
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55AY.1190.000177
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55AY.7.10.000564
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55B.1.1.5230.007812
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55B.1.3510.000149
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55B.1.4290.000118
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg55P.10.000079
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.23.10.001669
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.360.000593
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.4.50.00043
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.460.000416
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.46.40.000658
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.46.50.000794
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.60.000165
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44AY.90.00027
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44B.1.1.2140.000222
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44B.1.1600.000125
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44B.1.2100.008529
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44B.1.2340.000528
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44B.1.2430.000278
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg44P.1.140.000191
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33A.20.001985
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33AY.330.0002
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33AY.540.000286
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33B.1.10.000054
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33B.1.177.210.000229
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33B.1.2580.0002
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg33B.1.4000.001287
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.1100.000225
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.1140.000462
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.120.2.10.000997
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.1210.000271
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.130.000322
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.160.000759
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.270.000129
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.39.1.10.001449
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.4.10.001475
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.5.30.000675
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.5.40.000553
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.650.001066
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.660.002139
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.7.20.001119
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.900.001369
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22AY.99.20.000184
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.1.1700.002494
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.1.2070.002364
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.1.2220.000408
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.1.2430.008163
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.1.5130.024691
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.177.810.000379
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.2400.000431
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.3110.000549
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.3490.00143
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22B.1.438.10.000215
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg22C.370.000232
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg110.055556
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11A.2.50.000499
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11A.23.10.000704
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AW.10.003049
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.100.00053
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.1060.000335
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.1080.001103
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.1090.00074
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.150.002222
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.29.10.000221
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.300.000396
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.320.000532
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.4.40.000409
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.410.000294
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.520.000814
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.610.000105
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.710.000475
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.740.000116
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.75.10.00018
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.790.001211
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.850.000427
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.940.000443
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.980.000079
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AY.98.10.000048
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11AZ.50.003509
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B0.000128
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.10.000327
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.2180.007692
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.2840.000107
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.2940.001266
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.3690.000446
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.370.000193
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.390.00051
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.4160.000905
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.4330.001425
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.460.004367
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.500.000679
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1.5260.003546
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1050.009615
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.1120.005181
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.177.170.000821
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.177.420.000894
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.177.840.006667
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.214.20.0006
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.2210.000071
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.221.40.004167
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.2320.000537
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.258.170.000104
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.2790.000514
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.2890.00266
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.36.10.00114
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.36.160.001425
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.3610.001289
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.3710.001122
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.3800.006623
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.3990.001934
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.4160.001269
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.4270.00005
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.5640.000426
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.5650.00081
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.5750.000303
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.5770.000687
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.5950.000261
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.617.10.000129
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.6300.005236
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11B.1.6370.000073
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11C.36.30.000567
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11P.1.10.000318
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11P.1.100.000269
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11P.1.170.000162
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11P.40.003802
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11Q.10.000126
ORF1ab/nsp185M85KaTgaAg11W.40.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.