CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 85

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	85	M85del	M85del	del	ATG	---	34865	34865	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85V	M85V	nonsyn	Atg	Gtg	9587	9532	0.994263	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85V	M85V	nonsyn	AtG	GtT	9587	55	0.00573694	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85K	M85K	nonsyn	aTg	aAg	1786	1782	0.99776	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85K	M85K	nonsyn	aTG	aAA	1786	4	0.00223964	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	Atg	-tg	1106	1058	0.9566	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	ATG	-NN	1106	24	0.0216998	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	AtG	-tN	1106	11	0.00994575	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	atG	at-	1106	7	0.00632911	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	AtG	-tT	1106	2	0.00180832	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	aTG	a-N	1106	2	0.00180832	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	aTg	a-g	1106	1	0.000904159	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	M85del1	del	ATg	-Ng	1106	1	0.000904159	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85I	M85I	nonsyn	atG	atT	1100	828	0.752727	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85I	M85I	nonsyn	atG	atA	1100	247	0.224545	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85I	M85I	nonsyn	atG	atC	1100	25	0.0227273	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85L	M85L	nonsyn	Atg	Ctg	405	229	0.565432	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85L	M85L	nonsyn	Atg	Ttg	405	173	0.427161	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85L	M85L	nonsyn	AtG	CtT	405	3	0.00740741	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85T	M85T	nonsyn	aTg	aCg	160	155	0.96875	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85T	M85T	nonsyn	aTG	aCT	160	4	0.025	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85T	M85T	nonsyn	aTG	aCA	160	1	0.00625	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	M85del2	del	aTG	a--	59	49	0.830508	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	M85del2	del	ATg	--g	59	10	0.169492	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85R	M85R	nonsyn	aTg	aGg	15	15	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85N	M85N	nonsyn	aTG	aAT	9	9	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85A	M85A	nonsyn	ATg	GCg	4	2	0.5	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85A	M85A	nonsyn	ATG	GCT	4	1	0.25	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85A	M85A	nonsyn	ATG	GCA	4	1	0.25	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85E	M85E	nonsyn	ATg	GAg	3	3	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85P	M85P	nonsyn	ATG	CCT	3	2	0.666667	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85P	M85P	nonsyn	ATG	CCA	3	1	0.333333	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85H	M85H	nonsyn	ATG	CAT	2	2	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85D	M85D	nonsyn	ATG	GAT	2	2	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85Q	M85Q	nonsyn	ATg	CAg	1	1	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85F	M85F	nonsyn	AtG	TtT	1	1	1	518-520
ORF1ab/nsp1	85	M85S	M85S	nonsyn	ATg	TCg	1	1	1	518-520

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	34865	34865	All	0.006668
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	9532	9587	All	0.001823
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	55	9587	All	0.000011
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8309	8309	AY.4	0.012932
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2730	2730	B.1.1.7	0.002444
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2600	2600	B.1.617.2	0.00979
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1936	1936	AY.43	0.008577
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1782	1786	All	0.000341
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTG	aAA	4	1786	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1714	1717	AY.4	0.002668
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	3	1717	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1532	1534	AY.26	0.043371
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	2	1534	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1137	1137	AY.44	0.006921
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1058	1106	All	0.000202
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	24	1106	All	0.000005
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	11	1106	All	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	7	1106	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	aTG	a-N	2	1106	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tT	2	1106	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATg	-Ng	1	1106	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	aTg	a-g	1	1106	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	828	1100	All	0.000158
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	247	1100	All	0.000047
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	25	1100	All	0.000005
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1066	1066	AY.25	0.006412
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	957	957	AY.103	0.005942
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	938	938	B.1.1.298	0.808621
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	776	776	AY.3	0.007718
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	775	775	B.1.1.7	0.000694
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	723	723	AY.26	0.020468
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	632	632	B.1.621	0.055944
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	619	620	B.1.617.2	0.002331
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	620	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	591	591	AY.120	0.021973
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	579	579	AY.4.2	0.012558
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	554	554	AY.4	0.000862
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	433	458	AY.43	0.001918
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	25	458	AY.43	0.000111
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	229	405	All	0.000044
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	173	405	All	0.000033
ORF1ab/nsp1	85	M85L	AtG	CtT	3	405	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	399	399	AY.80	0.450339
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	392	392	B.1	0.003591
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	351	351	AY.39	0.008674
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	341	341	AY.5	0.007041
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	332	332	AY.33	0.02217
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	312	312	AY.75	0.017479
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	280	280	AY.102	0.007424
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	261	261	B.1.1	0.004735
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	251	251	AY.46.6	0.018124
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	227	227	AY.98	0.017932
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	223	225	AY.25	0.001341
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	2	225	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	215	215	AY.98.1	0.010413
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	206	206	AY.44	0.001254
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	203	203	B.1.2	0.001787
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	198	198	AY.103	0.001229
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	189	189	AY.44	0.00115
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	186	186	AY.8	0.112727
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	182	184	AY.103	0.00113
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	184	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	1	184	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	181	181	AY.6	0.007444
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	179	179	AY.27	0.011585
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	175	175	AY.9.2	0.006428
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	117	174	AY.4	0.000182
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	45	174	AY.4	0.00007
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	12	174	AY.4	0.000019
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	169	169	AY.29	0.002666
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	168	168	AY.39.1	0.006655
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	168	168	AY.46.5	0.033333
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	166	167	AY.3	0.001651
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	167	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	166	166	AY.47	0.005163
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	157	161	AY.4.2	0.003405
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	4	161	AY.4.2	0.000087
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	155	160	All	0.00003
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCT	4	160	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCA	1	160	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	156	156	AY.120	0.0058
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	152	152	AY.119	0.005367
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	148	148	AY.42	0.005954
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	147	147	B.1.177	0.001936
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	144	145	AY.19	0.164196
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	145	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	138	138	B.1.628	0.048626
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	134	135	AY.25	0.000806
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	135	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	133	133	P.1	0.002095
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	131	131	B.1.526	0.003079
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	126	131	B.1.617.2	0.000474
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	2	131	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	2	131	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	131	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	127	130	B.1.1.7	0.000114
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTG	aAA	3	130	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	122	123	AY.42	0.004908
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	123	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	122	122	AY.34	0.01183
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	121	122	AY.75	0.006779
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	122	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	121	121	AY.74	0.013993
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	108	120	B.1.1.7	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	12	120	B.1.1.7	0.000011
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	119	119	AY.19	0.13569
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	118	118	B.1.234	0.015569
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	116	116	AY.20	0.004508
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	115	115	B.1.351	0.003419
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	114	114	AY.10	0.060413
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	114	114	AY.120.1	0.036597
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	111	111	AY.46	0.011553
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	110	110	AY.54	0.010488
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	105	106	AY.5	0.002168
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	106	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	106	106	B.1.2	0.000933
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	104	104	B.1.1.519	0.00413
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	101	101	AY.100	0.004647
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	98	98	B.1.1.214	0.005435
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	92	93	AY.39	0.002273
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	93	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	93	93	B.1.429	0.002188
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	92	92	AY.9	0.006219
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	90	90	AY.117	0.007606
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	90	90	AY.43	0.000399
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	88	88	B	0.011247
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	85	86	AY.102	0.002254
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	86	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	86	86	P.1.14	0.004111
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	85	85	AY.118	0.005325
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	83	83	B.1.617.2	0.000313
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	80	81	B.1	0.000733
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	81	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	78	78	AY.14	0.006865
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	78	78	AY.7.1	0.008791
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	63	78	B.1.617.2	0.000237
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	14	78	B.1.617.2	0.000053
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	78	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	75	77	AY.3	0.000746
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	1	77	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	77	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	74	74	AY.25	0.000445
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	74	74	AY.47	0.002302
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	71	72	AY.34	0.006885
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	72	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	71	71	AY.25	0.000427
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	71	71	AY.4.2.1	0.010578
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	71	71	AY.9.1	0.005944
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	71	71	B.1.160	0.002214
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	70	70	AY.7	0.01372
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	69	69	AY.3.1	0.005883
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	69	69	AY.61	0.00723
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	67	67	AY.99.2	0.006175
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	66	66	B.1.160	0.002058
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	61	61	AY.35	0.014216
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	61	61	AY.4.5	0.006557
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	61	61	AY.45	0.007423
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	61	61	AY.46.6	0.004405
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	49	59	All	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	ATg	--g	10	59	All	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	59	59	AY.39.1	0.002337
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	58	58	AY.44	0.000353
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	58	58	AY.47	0.001804
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	58	58	B.1.258	0.00386
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	57	57	AY.23	0.003976
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	57	57	AY.46.5	0.01131
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	55	55	AY.13	0.008854
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	54	54	AY.121	0.007307
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	54	54	AY.65	0.028785
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	53	54	B.1.177	0.000698
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	54	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	53	53	AY.111	0.009707
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	53	53	AY.3	0.000527
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	52	53	AY.4	0.000081
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	53	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	51	52	AY.26	0.001444
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	1	52	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	52	52	AY.39.1.1	0.037681
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	52	52	AY.56	0.083467
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	51	51	AY.103	0.000317
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	51	51	AY.46.4	0.00839
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	50	50	AY.71	0.023753
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	49	49	AY.46.4	0.008061
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	48	48	B.1.177.21	0.003671
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	48	48	B.1.258.17	0.004991
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	45	45	AY.12	0.014223
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	44	44	B.1.243	0.003062
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	43	43	AY.120	0.001599
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	42	42	AY.113	0.00598
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	42	42	AY.119	0.001483
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	42	42	AY.62	0.018301
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	41	41	AY.6	0.001686
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	24	40	AY.43	0.000106
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	16	40	AY.43	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	39	39	AY.46	0.004059
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	39	39	P.1	0.000614
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	38	38	AY.101	0.018637
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	38	38	AY.36	0.005632
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	38	38	B.1.177.21	0.002906
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	37	37	AY.16	0.014047
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	37	37	AY.4	0.000058
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	36	36	AY.118	0.002255
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	36	36	AY.3.1	0.003069
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	36	36	AY.33	0.002404
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	36	36	AY.90	0.024641
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	34	34	AY.110	0.003831
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	30	34	AY.44	0.000183
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	4	34	AY.44	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	34	34	AY.70	0.007089
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	34	34	B.1.637	0.002484
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	33	33	AY.99.2	0.003041
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	33	33	B.1.1	0.000599
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	33	33	B.1.1.318	0.009958
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	32	32	AY.101	0.015694
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	32	32	AY.46.2	0.02033
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	32	32	AY.7.2	0.017897
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	32	32	B.1.427	0.001616
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	31	31	AY.29	0.000489
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	30	30	B.1.497	0.009443
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	29	29	AY.8	0.017576
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	29	29	AY.9.2	0.001065
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	29	29	B.1	0.000266
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	29	29	B.1.526	0.000682
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	28	28	AY.114	0.006471
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	28	28	AY.20	0.001088
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	27	28	AY.39	0.000667
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	28	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	28	28	AY.4.1	0.020649
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	28	28	AY.51	0.025455
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	28	28	AY.60	0.026266
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	28	28	AY.9.1	0.002344
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	28	28	B.1.525	0.003168
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	27	27	AY.11	0.036145
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	27	27	AY.20	0.001049
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	27	27	AY.24	0.011638
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	27	27	AY.37	0.008534
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	27	27	AY.75	0.001513
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	27	27	D.2	0.002026
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	22	26	AY.103	0.000137
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	4	26	AY.103	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	26	26	AY.93	0.0071
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	26	26	B.1.1.214	0.001442
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	26	26	B.1.1.50	0.017651
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	26	26	B.1.1.519	0.001032
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	26	26	Q.1	0.003284
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	25	25	AY.106	0.008372
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	25	25	AY.34	0.002424
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	25	25	AY.53	0.007188
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	25	25	AY.54	0.002384
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	25	25	AY.7	0.0049
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	25	25	AY.75.1	0.004508
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	25	25	B.1.258	0.001664
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	24	24	AY.109	0.017751
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	24	24	AY.75.1	0.004327
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	13	24	B.1	0.000119
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	7	24	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	4	24	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	23	24	B.1.1.7	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCT	1	24	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	23	23	AY.102	0.00061
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	23	23	AY.12	0.007269
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	23	23	AY.16.1	0.010808
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	23	23	AY.4.5	0.002472
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	23	23	AY.47	0.000715
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	23	23	AY.5.3	0.00776
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	23	23	B.1.351	0.000684
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	19	23	B.1.617.2	0.000072
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	4	23	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	23	23	C.37	0.002669
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	22	22	AY.5	0.000454
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	22	22	AY.5.4	0.006087
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	22	22	AY.98	0.001738
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	20	22	B.1.1.7	0.000018
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	2	22	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	12	22	B.1.2	0.000106
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	9	22	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	22	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	22	22	B.1.221	0.001563
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	22	22	B.1.429	0.000518
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	21	21	AY.119	0.000741
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	21	21	AY.13	0.003381
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	19	20	AY.14	0.001672
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	1	20	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	20	20	AY.16	0.007593
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	20	20	AY.20	0.000777
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	20	20	AY.26	0.000566
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	19	20	AY.39	0.00047
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	20	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	20	20	AY.7.1	0.002254
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	20	20	B.1.1.39	0.010194
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	19	20	B.1.621	0.001682
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	20	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	20	20	B.40	0.007286
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	20	20	P.1.10	0.005389
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	19	19	AY.14	0.001672
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	19	19	AY.39	0.00047
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	19	19	AY.44	0.000116
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	19	19	B.1.1.284	0.002041
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	18	19	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	19	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	19	19	B.1.438.1	0.002038
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	19	19	P.1.1	0.006036
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	18	18	AY.26	0.00051
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	18	18	AY.4.2	0.00039
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	18	18	AY.87	0.014988
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	18	18	B.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	18	18	B.1.1.70	0.006139
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	17	17	AU.1	0.021519
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	17	17	AY.1	0.006727
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	17	17	AY.113	0.002421
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	17	17	AY.12	0.005373
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	16	17	AY.35	0.003729
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	17	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	17	17	AY.4.2	0.000369
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	17	17	AY.46.3	0.015873
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	17	17	AY.53	0.004888
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	17	17	AY.94	0.007525
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	17	17	B.1.1.434	0.005925
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	16	16	AY.105	0.010289
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	16	16	AY.37	0.005057
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	16	16	AY.38	0.007988
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	6	16	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	4	16	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	3	16	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATg	-Ng	1	16	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tT	1	16	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	16	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	16	16	AY.70	0.003336
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	16	16	B.1.2	0.000141
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	16	16	B.1.427	0.000808
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	16	16	B.1.596	0.001394
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	16	16	R.1	0.00144
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	15	15	All	0.000003
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	15	15	AY.120.2.1	0.007474
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	15	15	AY.23	0.001046
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	15	15	AY.65	0.007996
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	15	15	AY.75	0.00084
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	15	15	AY.9	0.001014
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	15	15	B.1.1.311	0.005372
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	15	15	B.1.1.37	0.002893
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	15	15	B.1.120	0.115385
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	15	15	B.1.621.1	0.007587
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	14	14	AD.2	0.003065
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.111	0.002564
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.121	0.001894
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	13	14	AY.121	0.001759
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	14	AY.121	0.000135
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.14	0.001232
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.27	0.000906
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.36	0.002075
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.4.2.1	0.002086
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	14	14	AY.64	0.008333
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	14	14	AY.9.2	0.000514
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	14	14	AY.91	0.010226
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	14	14	AY.92	0.004022
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	14	14	AY.93	0.003823
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	13	14	P.1	0.000205
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	14	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	A.15	0.206349
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	AE.8	0.006357
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	13	13	AY.100	0.000598
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	AY.116	0.003728
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	13	13	AY.29	0.000205
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	AY.32	0.006922
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	AY.4.4	0.005319
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	AY.48	0.006047
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	13	13	AY.9.2	0.000477
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	B.1.1.222	0.002652
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	13	13	B.1.617.2	0.000049
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	P.1.17.1	0.011374
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	P.2	0.002426
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	13	13	Q.8	0.002144
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	12	12	AY.102	0.000318
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	12	12	AY.118	0.000752
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	9	12	AY.43	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	3	12	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	12	12	AY.88	0.01061
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	12	12	B.1.1.318	0.003621
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	12	12	B.1.240	0.002587
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	12	12	C.36.3	0.006807
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	12	12	P.1.13	0.010782
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	12	12	P.1.14	0.000574
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	11	11	AY.117	0.00093
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	10	11	AY.3	0.000099
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	11	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	11	11	AY.41	0.003233
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	11	11	AY.55	0.010092
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	11	11	AY.7	0.002156
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	11	11	AY.92	0.00316
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	6	11	B.1	0.000055
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	4	11	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85L	AtG	CtT	1	11	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	11	11	B.1.1.523	0.017188
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	11	11	B.1.2	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	11	11	B.1.258.17	0.001144
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	10	11	P.1.16	0.003741
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	11	P.1.16	0.000374
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	10	10	A.2.5	0.00499
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	10	10	AY.22	0.020921
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	10	10	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	10	10	AY.4.4	0.004092
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	10	10	AY.42	0.000402
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	10	10	AY.43	0.000044
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	10	10	AY.73	0.006653
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	10	10	AY.83	0.017241
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	10	10	B.1.1.305	0.03861
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	10	10	B.1.177.54	0.006064
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	10	10	B.1.243	0.000696
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	9	10	B.1.596	0.000784
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	10	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	10	10	P.1.17	0.001618
ORF1ab/nsp1	85	M85N	aTG	aAT	9	9	All	0.000002
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	AY.1	0.003562
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	8	9	AY.114	0.001849
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	9	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	9	9	AY.116.1	0.002803
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	AY.116.1	0.002803
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	8	9	AY.44	0.000049
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	9	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	9	9	AY.71	0.004276
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	9	9	AY.78	0.013867
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	AY.99	0.009444
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	B.1.1.348	0.007166
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	B.1.1.420	0.009054
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	9	9	B.1.1.50	0.00611
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	9	9	B.1.177.35	0.00622
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	B.1.177.42	0.00805
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	7	9	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	2	9	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	9	9	B.1.234	0.001187
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	B.1.258.16	0.01473
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	9	9	B.1.526	0.000212
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	9	9	B.1.623	0.004828
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	9	9	B.1.637	0.000658
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	A.1	0.002255
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	8	8	AY.10	0.00424
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	AY.107	0.003728
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	8	8	AY.110	0.000902
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	8	8	AY.117	0.000676
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	AY.120.2	0.010283
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	8	8	AY.3.1	0.000682
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	7	8	AY.33	0.000467
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	8	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	8	8	AY.35	0.001864
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	7	8	AY.47	0.000218
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	8	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	AY.50	0.006395
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	8	8	AY.74	0.000925
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.1.82	0.307692
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.104	0.02952
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.177.26	0.055944
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.177.60	0.001747
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.349	0.005718
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.351.5	0.004796
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.36	0.001167
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.36.18	0.003361
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.36.9	0.025723
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.377	0.03653
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.400	0.003432
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.1.628	0.002819
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	B.4	0.01766
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	8	8	P.1.1	0.002541
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	8	8	P.3	0.012759
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	A.2	0.004633
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	A.27	0.011589
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	AY.100	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	7	7	AY.106	0.002344
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	7	7	AY.11	0.009371
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	7	7	AY.120.1	0.002247
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	6	7	AY.13	0.000966
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	1	7	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	AY.14	0.000616
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	7	7	AY.23	0.000488
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	6	7	AY.25	0.000036
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	7	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	AY.34	0.000679
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.34.1	0.00357
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	AY.39.1	0.000277
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	6	7	AY.39.1	0.000238
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	7	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.4.3	0.005892
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	7	7	AY.45	0.000852
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	7	7	AY.46.3	0.006536
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.52	0.0057
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.58	0.006352
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.59	0.003708
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	5	7	AY.61	0.000524
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	2	7	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.63	0.002708
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.66	0.007487
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.68	0.001916
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.82	0.009498
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	AY.84	0.003062
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	AY.99	0.007345
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.1.170	0.008728
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.1.232	0.012704
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.1.304	0.019663
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.1.416	0.006335
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.111	0.008226
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	B.1.177	0.000092
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.177.81	0.001325
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.177.86	0.001284
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.214.2	0.004197
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.351.2	0.002118
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	7	7	B.1.429	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	7	7	B.1.595	0.001827
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	B.1.609	0.003356
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	7	7	B.1.621	0.00062
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	7	7	P.1.16	0.002619
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	AT.1	0.030769
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	6	6	AY.105	0.003859
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	6	6	AY.113	0.000854
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	6	6	AY.113	0.000854
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.120.1	0.001926
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	6	AY.16.1	0.00235
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	6	AY.16.1	0.00047
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	AY.2	0.002137
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.20	0.000233
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	ATg	--g	5	6	AY.26	0.000142
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	6	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	AY.29.1	0.001323
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	AY.30	0.002374
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.4.2.1	0.000894
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.45	0.00073
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.46.6	0.000433
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	5	6	AY.5	0.000103
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	6	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	AY.69	0.00112
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	6	6	AY.9.1	0.000502
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	AY.99.1	0.009317
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	5	6	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCT	1	6	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.1.132	0.089552
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.1.28	0.001867
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.1.317	0.00247
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	5	6	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	ATg	--g	1	6	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.110.1	0.6
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	6	6	B.1.128	0.003812
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.177.12	0.00091
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.177.43	0.008863
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	5	6	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	aTg	a-g	1	6	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85N	aTG	aAT	6	6	B.1.210	0.012793
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.22	0.007905
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.36.25	0.013245
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.378	0.041096
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.1.409	0.004687
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	6	6	B.1.416	0.007614
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	B.29	0.021053
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	6	6	D.2	0.00045
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	P.1.15	0.001394
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	6	6	Q.3	0.00087
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	A	0.001935
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	A.23.1	0.003521
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	AY.108	0.005513
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	AY.116	0.001434
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	AY.119	0.000177
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	AY.24	0.002155
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	AY.38	0.002496
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	5	5	AY.4.2	0.000108
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	AY.40	0.004822
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	5	5	AY.43	0.000022
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	AY.46.2	0.003177
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	AY.62	0.002179
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	AY.64	0.002976
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	AY.7.1	0.000564
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.1.198	0.007342
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.1.288	0.009579
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.1.33	0.002104
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	B.1.1.434	0.001743
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	B.1.1.523	0.007812
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.177.44	0.002595
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.177.7	0.000824
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	B.1.221	0.000355
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.311	0.001373
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	B.1.351	0.000149
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	B.1.36	0.00073
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.380	0.033113
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	5	5	B.1.429	0.000118
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	B.1.429	0.000118
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	4	5	B.1.429	0.000094
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	5	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	B.1.438.1	0.000536
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	B.1.517	0.002135
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.575	0.001517
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.595	0.001305
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.617.1	0.000645
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	B.1.632	0.033557
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	C.36	0.004554
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	5	5	C.37	0.00058
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	5	5	P.1.7	0.001596
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATg	GCg	2	4	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATG	GCA	1	4	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATG	GCT	1	4	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	4	4	AY.107	0.001864
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	4	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	4	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	4	4	AY.2	0.001425
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	AY.21	0.00759
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.23.1	0.001669
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	AY.23.1	0.001669
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	4	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	4	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	ATg	--g	2	4	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	2	4	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	4	4	AY.34	0.000388
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.36	0.000593
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	4	4	AY.42	0.000161
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.46	0.000416
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.46.5	0.000794
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	4	4	AY.47	0.000124
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	4	AY.5.3	0.001012
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	4	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	AY.59	0.002119
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.6	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	AY.61	0.000419
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	AY.69	0.000747
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	AY.7.2	0.002237
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	AY.72	0.005442
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	AY.78	0.006163
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	AY.9	0.00027
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	AY.94	0.001771
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	AY.95	0.003044
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	4	4	AY.96	0.008299
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B	0.000511
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.1	0.001307
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.138	0.024242
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.1.207	0.004728
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	B.1.1.214	0.000222
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.1.218	0.030769
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.306	0.001754
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.307	0.010127
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.327	0.4
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.409	0.011331
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.1.432	0.005063
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.110.3	0.002874
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.160.11	0.022857
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.177.30	0.01005
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.177.4	0.000844
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.177.6	0.003906
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.177.87	0.002911
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	B.1.210	0.008529
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.214.4	0.036364
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	B.1.234	0.000528
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	B.1.243	0.000278
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.279	0.002054
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.351.2	0.00121
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.36.29	0.002069
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.404	0.005208
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.466.2	0.001565
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.497	0.001259
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.565	0.003241
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	B.1.617.1	0.000516
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.634	0.013699
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.1.8	0.00789
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.3	0.003322
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	B.39	0.009324
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	4	4	P.1.10	0.001078
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	4	4	P.1.12	0.001936
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	4	4	P.1.14	0.000191
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	4	4	P.1.7	0.001277
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	A.2	0.001985
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	3	A.27	0.003311
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	3	A.27	0.001656
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AD.2	0.000657
ORF1ab/nsp1	85	M85E	ATg	GAg	3	3	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85P	ATG	CCT	2	3	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85P	ATG	CCA	1	3	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.106	0.001005
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.120.2	0.003856
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	3	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	3	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.26	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	3	AY.35	0.000466
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tN	1	3	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AY.39.2	0.004622
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.40	0.002893
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.41	0.000882
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	3	3	AY.48	0.001395
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AY.49	0.009585
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.5.4	0.00083
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.51	0.002727
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.52	0.002443
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.58	0.002722
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AY.67	0.001393
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.68	0.000821
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AY.72	0.004082
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.74	0.000347
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	AY.75	0.000168
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AY.77	0.003382
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.88	0.002653
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	AY.91	0.002191
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	2	3	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	3	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	3	3	AY.99.2	0.000276
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AZ.1	0.002602
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	AZ.2	0.002463
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	3	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	2	3	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	3	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1.1	0.00098
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.129	0.027523
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1.176	0.001318
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.176	0.001318
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.189	0.004539
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.207	0.003546
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.216	0.002671
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.218	0.023077
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.277	0.002276
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.1.284	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1.298	0.002586
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.299	0.036585
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.316	0.002775
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.369	0.001339
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.1.369	0.001339
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.486	0.004732
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.52	0.036585
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.1.528	0.014423
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.108	0.017442
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.110	0.013575
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.128	0.001906
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.147	0.002268
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.160.26	0.007264
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.160.7	0.006237
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.160.8	0.003866
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.177.16	0.001993
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	B.1.177.21	0.000229
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.177.42	0.002683
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.177.57	0.000843
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.177.8	0.002257
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.177.82	0.001432
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	B.1.258	0.0002
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.1.279	0.001541
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.320	0.003736
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.329	0.001823
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.351.3	0.002629
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.356	0.005181
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.36.21	0.006479
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.361	0.003866
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.366	0.014634
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.375	0.002459
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.396	0.002117
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	3	3	B.1.400	0.001287
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.425	0.008982
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.428	0.003061
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.499	0.003151
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.509	0.002597
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.582	0.001472
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.588	0.00273
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	B.1.609	0.001438
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.619	0.002613
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.1.620	0.002838
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	B.40	0.001093
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	B.55	0.00885
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	C.1	0.007177
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	C.16	0.003181
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	C.30.1	0.020134
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	C.36.3	0.001702
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	2	3	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	3	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	3	3	P.1.17	0.000485
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	P.1.4	0.00293
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	P.2	0.00056
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	Q.2	0.00184
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	3	3	Q.7	0.003333
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	3	3	R.1	0.00027
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	A	0.000774
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	A.2.3	0.009479
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	A.2.5	0.000998
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	A.2.5.2	0.003145
ORF1ab/nsp1	85	M85D	ATG	GAT	2	2	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85H	ATG	CAT	2	2	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AU.3	0.004219
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	AY.1	0.000791
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	AY.100	0.000092
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.110	0.000225
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.114	0.000462
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.116.1	0.000623
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.120.2.1	0.000997
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.13	0.000322
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.15	0.004444
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.2	0.000712
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.27	0.000129
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	2	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	2	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.39.1.1	0.001449
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.4.1	0.001475
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.4.1	0.001475
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	2	2	AY.46	0.000208
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.5.3	0.000675
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCT	1	2	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	2	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	2	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	2	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.57	0.001312
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.57	0.001312
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.60	0.001876
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.65	0.001066
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.66	0.002139
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.66	0.002139
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	2	2	AY.68	0.000547
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.7.2	0.001119
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.73	0.001331
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	2	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	2	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	AY.77	0.002255
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.79	0.002421
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.80	0.002257
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.81	0.003984
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.82	0.002714
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	AY.84	0.000437
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.85	0.000854
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.86	0.00166
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	AY.87	0.001665
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.89	0.009804
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.90	0.001369
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.91.1	0.00813
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	AY.96	0.004149
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.10	0.00223
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.101	0.02
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.169	0.036364
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.170	0.002494
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.207	0.002364
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.224	0.028571
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.240	0.00939
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.243	0.008163
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.265	0.006309
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.269	0.002706
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.286	0.005797
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.294	0.002532
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.297	0.004474
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.303	0.005525
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.349	0.020619
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.377	0.002762
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.411	0.029412
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.448	0.004065
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.46	0.008734
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.464	0.002946
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.47	0.010695
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.1.513	0.024691
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	B.1.1.518	0.012658
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.1.89	0.012121
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.126	0.002551
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	2	2	B.1.128	0.001271
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.139	0.001466
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	B.1.147	0.001512
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.151	0.022222
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.157	0.00597
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.160.18	0.014599
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.160.26	0.004843
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.15	0.001262
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.18	0.00232
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.31	0.022989
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.35	0.001382
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.177.43	0.002954
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.177.44	0.001038
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.5	0.002484
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.54	0.001213
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.70	0.011834
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.72	0.00678
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.177.73	0.001133
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.177.81	0.000379
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.177.86	0.000367
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.179	0.007519
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.190	0.02
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.206	0.001631
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	2	B.1.206	0.000816
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.214.2	0.001199
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.22	0.002635
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.221.2	0.008032
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.221.3	0.001667
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.222	0.003384
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.223	0.005556
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.239	0.002442
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.241	0.001623
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.258.14	0.001961
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.258.2	0.009009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.258.7	0.003824
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.265	0.002541
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.289	0.005319
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.292	0.117647
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.311	0.000549
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.324	0.00321
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.336	0.004878
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.344	0.016393
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.349	0.00143
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.35	0.016949
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	B.1.351	0.000059
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.356	0.003454
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.36.18	0.00084
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.36.22	0.002415
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.36.36	0.001204
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.36.7	0.008
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.400	0.000858
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.422	0.001625
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.424	0.016129
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.425	0.005988
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.426	0.002018
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	2	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	2	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.469	0.00722
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.471	0.005464
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.474	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.480	0.004975
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	2	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp1	85	M85L	AtG	CtT	1	2	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	2	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	2	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.561	0.000794
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.564	0.000852
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.564	0.000852
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.568	0.002222
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.575	0.000607
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.577	0.001375
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.587	0.003795
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.588	0.00182
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.600	0.011696
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.618	0.008065
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.619.1	0.001283
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.1.622	0.025974
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	2	2	B.1.623	0.001073
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.1.639	0.043478
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.23	0.005848
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	2	2	B.23	0.005848
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	B.3	0.001661
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.30	0.029412
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.5	0.076923
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	B.6	0.00182
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	C.1.2	0.008511
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	C.18	0.005181
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	C.31	0.035714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	C.35	0.001548
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	C.36.3	0.001134
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	2	2	C.37	0.000232
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	C.38	0.016129
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	N.4	0.008511
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	P.1.15	0.000465
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	P.1.2	0.002312
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	P.1.6	0.003891
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	P.1.7	0.000639
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	2	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85L	AtG	CtT	1	2	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	Q.7	0.002222
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	2	2	W.2	0.009662
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	2	2	W.4	0.002703
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	A.23	0.010526
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	A.23.1	0.000704
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	A.29	0.005319
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	A.5	0.001923
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AA.1	0.007246
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AA.2	0.007692
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AB.1	0.008197
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AE.1	0.011364
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp1	85	M85Q	ATg	CAg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85S	ATg	TCg	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85F	AtG	TtT	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AP.1	0.001502
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AW.1	0.003049
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AW.1	0.003049
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.10	0.00053
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AY.104	0.001984
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.108	0.001103
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.114	0.000231
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85N	aTG	aAT	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.15	0.002222
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.2	0.000356
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.22	0.002092
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	85	M85D	ATG	GAT	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.28	0.00189
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.29.1	0.000221
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCT	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp1	85	M85E	ATg	GAg	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.34.1	0.00051
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.39.1.1	0.000725
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	AY.39.2	0.001541
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	aTG	a-N	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85N	aTG	aAT	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	ATg	--g	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATg	GCg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85P	ATG	CCT	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.48	0.000465
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AY.5.1	0.003759
ORF1ab/nsp1	85	M85D	ATG	GAT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.50	0.000799
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.56	0.001605
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.58	0.000907
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATG	GCA	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.64	0.000595
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.79	0.001211
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.86	0.00083
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	AY.88	0.000884
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AY.9.2.1	0.001976
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AZ.2.1	0.00813
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AZ.2.1	0.00813
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AZ.4	0.003356
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	AZ.4	0.003356
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	AZ.5	0.003509
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	AZ.5	0.003509
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	ATg	--g	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTG	aCA	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.101	0.01
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.125	0.010204
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.128	0.007092
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.13	0.035714
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.132	0.014925
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.134	0.011364
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.159	0.004673
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.161	0.003534
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.171	0.003676
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.192	0.002309
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.204	0.00304
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.1.208	0.012195
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.220	0.001859
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.228	0.003049
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.1.230	0.009174
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.234	0.012048
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.251	0.007937
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.253	0.002506
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.263	0.001558
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.280	0.003086
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.289	0.002083
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.303	0.002762
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.308	0.011765
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.315	0.008475
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.1.318	0.000302
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.334	0.016393
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.338	0.017241
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.350	0.04
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.351	0.002793
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.360	0.03125
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.37	0.000193
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.38	0.058824
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.382	0.035714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.384	0.02381
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.397	0.002252
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.398	0.003226
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.406	0.006494
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.41	0.006329
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp1	85	M85V	AtG	GtT	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.421	0.030303
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.428	0.009434
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.428	0.009434
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.447	0.035714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.458	0.041667
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.463	0.0625
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.5	0.008333
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.500	0.02
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.507	0.008696
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.518	0.006329
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.57	0.011494
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atC	1	1	B.1.1.61	0.008772
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.67	0.004566
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.67	0.004566
ORF1ab/nsp1	85	M85E	ATg	GAg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.71	0.006061
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.1.8	0.003584
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.105	0.009615
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.105	0.009615
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.108	0.005814
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.112	0.005181
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.112	0.005181
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.126	0.001276
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.127	0.002198
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.142	0.002899
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.143	0.021277
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85E	ATg	GAg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.10	0.008065
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.14	0.002119
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.17	0.001701
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.19	0.035714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.21	0.020408
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.24	0.004425
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.28	0.002924
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.160.32	0.004292
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.160.8	0.001289
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.161	0.017241
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.10	0.000878
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	aTG	a-N	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.177.17	0.000821
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.19	0.001431
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATg	GCg	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.23	0.003236
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.27	0.009434
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.38	0.010417
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.177.42	0.000894
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.45	0.000381
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.46	0.000918
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.53	0.002392
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.6	0.000977
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.72	0.00339
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.76	0.002494
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.77	0.000726
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.79	0.002342
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.82	0.000477
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.177.83	0.001481
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.177.84	0.006667
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.177.89	0.02439
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.177.89	0.02439
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.189	0.004292
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.190	0.01
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.199	0.004132
ORF1ab/nsp1	85	M85F	AtG	TtT	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85R	aTg	aGg	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.211	0.025
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.213	0.014925
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.214	0.003663
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.214.2	0.0006
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.221.4	0.004167
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.221.4	0.004167
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.232	0.000537
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	1	B.1.234	0.000132
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.235	0.002519
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.236	0.002053
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	ATG	-NN	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.241	0.000812
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.250	0.014493
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.252	0.006623
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.254	0.025
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.256	0.017241
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.258.14	0.00098
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.258.21	0.007752
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.258.9	0.005
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.274	0.011905
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.277	0.02381
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.279	0.000514
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.287	0.030303
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.289	0.00266
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.289	0.00266
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.298	0.002114
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.305	0.002151
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.306	0.005714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.306	0.005714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.313	0.006579
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.314	0.007519
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.324	0.001605
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.326	0.007576
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.340	0.004292
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.346	0.001311
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.350	0.002933
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.36.1	0.00114
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.36.27	0.000763
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.36.31	0.001751
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.36.34	0.021277
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.36.35	0.002604
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.36.38	0.001642
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.362	0.001541
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	atG	at-	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.371	0.001122
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.378	0.006849
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.380	0.006623
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.380	0.006623
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.390	0.010638
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.391	0.001127
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.396	0.000706
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.397	0.004854
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.402	0.009804
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.403	0.003268
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.406	0.006061
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.408	0.00369
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.411	0.003704
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.416	0.001269
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.421	0.007463
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.423	0.010204
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.424	0.008065
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.433	0.003195
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.434	0.052632
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.436	0.001029
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.439	0.005917
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.443	0.004673
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.450	0.011364
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.463	0.008065
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.465	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.468	0.005714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.487	0.019608
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.491	0.052632
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.497	0.000315
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.505	0.004386
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.506	0.02381
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.517	0.000427
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.523	0.002451
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.523	0.002451
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.527	0.003704
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.532	0.006211
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.533	0.009615
ORF1ab/nsp1	85	M85P	ATG	CCA	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.540	0.009709
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.541	0.004425
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.542	0.03125
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.543	0.01
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.545	0.014493
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.550	0.013699
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.554	0.004405
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.556	0.007519
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.561	0.000397
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.562	0.018519
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.565	0.00081
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.568	0.001111
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.571	0.009709
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.575	0.000303
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.577	0.000687
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	B.1.580	0.004065
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.581	0.009434
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	B.1.582	0.000491
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.586	0.010989
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.589	0.007576
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.593	0.01087
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.595.1	0.005848
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.595.3	0.026316
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.596.1	0.009346
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.597	0.00463
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.599	0.00365
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.601	0.030303
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.602	0.006536
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.605	0.005952
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.605	0.005952
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.606	0.006024
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.612	0.002653
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp1	85	M85H	ATG	CAT	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85S	ATg	TCg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.617.3	0.002985
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.618	0.004032
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.620	0.000946
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85P	ATG	CCT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85A	ATG	GCT	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	B.1.623	0.000536
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.626	0.005714
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.627	0.00202
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.630	0.005236
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.631	0.003367
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.634	0.003425
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.84	0.020833
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.1.88.1	0.004808
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.91	0.002075
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.1.94	0.027027
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.1.94	0.027027
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.29	0.003509
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.3.1	0.001658
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.31	0.003731
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.35	0.007812
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.4.4	0.018868
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.4.4	0.018868
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.45	0.003831
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	B.49	0.05
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.53	0.011765
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	B.56	0.028571
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	B.6	0.00091
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	C.2	0.016129
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	C.26	0.007353
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	C.30	0.001727
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	C.36.1	0.004149
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	C.36.3	0.000567
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	C.36.3.1	0.002717
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	C.37.1	0.002618
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	C.8	0.004464
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	D.5	0.004975
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	L.1	0.001905
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	L.3	0.003546
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	N.1	0.016949
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	N.10	0.029412
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	N.2	0.038462
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	N.3	0.005814
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	N.4	0.004255
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	N.5	0.001767
ORF1ab/nsp1	85	M85del2	aTG	a--	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ttg	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	P.1.10	0.000269
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	P.1.6	0.001946
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atA	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	85	M85L	Atg	Ctg	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp1	85	M85H	ATG	CAT	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85Q	ATg	CAg	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85N	aTG	aAT	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85I	atG	atT	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	P.4	0.003802
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	P.5	0.013699
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	AtG	-tT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	Q.2	0.000613
ORF1ab/nsp1	85	M85T	aTg	aCg	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	Q.3	0.000145
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	Q.6	0.006623
ORF1ab/nsp1	85	M85V	Atg	Gtg	1	1	Q.6	0.006623
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTG	aAA	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp1	85	M85del1	Atg	-tg	1	1	R.1	0.00009
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	S.1	0.00495
ORF1ab/nsp1	85	M85del	ATG	---	1	1	U.3	0.003861
ORF1ab/nsp1	85	M85K	aTg	aAg	1	1	W.4	0.001351

---

---