CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 60

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	60	V60V	V60V	syn	gtT	gtC	174706	174629	0.999559	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60V	V60V	syn	gtT	gtA	174706	41	0.00023468	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60V	V60V	syn	gtT	gtG	174706	36	0.00020606	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60I	V60I	nonsyn	Gtt	Att	1952	1860	0.952869	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60I	V60I	nonsyn	GtT	AtC	1952	92	0.0471311	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60A	V60A	nonsyn	gTt	gCt	958	954	0.995825	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60A	V60A	nonsyn	gTT	gCC	958	3	0.00313152	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60A	V60A	nonsyn	gTT	gCG	958	1	0.00104384	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del	V60del	del	GTT	---	529	529	1	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60F	V60F	nonsyn	Gtt	Ttt	340	336	0.988235	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60F	V60F	nonsyn	GtT	TtC	340	4	0.0117647	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	V60del1	del	gTt	g-t	146	142	0.972603	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	V60del1	del	gTT	g-N	146	1	0.00684932	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	V60del1	del	Gtt	-tt	146	1	0.00684932	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	V60del1	del	gtT	gt-	146	1	0.00684932	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	V60del1	del	GTT	-NN	146	1	0.00684932	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60G	V60G	nonsyn	gTt	gGt	41	39	0.951219	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60G	V60G	nonsyn	gTT	gGG	41	1	0.0243902	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60G	V60G	nonsyn	gTT	gGC	41	1	0.0243902	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60L	V60L	nonsyn	Gtt	Ctt	20	19	0.95	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60L	V60L	nonsyn	GtT	CtA	20	1	0.05	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	V60del2	del	gTT	g--	16	10	0.625	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	V60del2	del	GTt	--t	16	3	0.1875	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	V60del2	del	GTT	--C	16	2	0.125	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	V60del2	del	GTT	A--	16	1	0.0625	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60T	V60T	nonsyn	GTt	ACt	1	1	1	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60D	V60D	nonsyn	gTt	gAt	1	1	1	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60R	V60R	nonsyn	GTt	CGt	1	1	1	443-445
ORF1ab/nsp1	60	V60S	V60S	nonsyn	GTt	TCt	1	1	1	443-445

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	174629	174706	All	0.0334
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	41	174706	All	0.000008
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	36	174706	All	0.000007
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	74288	74289	B.1.177	0.978194
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	74289	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	12915	12915	B.1.177.21	0.987612
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	6563	6563	B.1.177.12	0.995601
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5959	5959	B.1.177.7	0.982361
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5343	5343	B.1.177.86	0.980187
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5227	5227	B.1.177.81	0.989587
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4711	4711	B.1.177.4	0.994301
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4555	4555	B.1.177.60	0.994976
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3538	3538	B.1.177.57	0.994099
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2607	2607	B.1.177.45	0.9939
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2087	2087	B.1.177.82	0.996181
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1860	1952	All	0.000356
ORF1ab/nsp1	60	V60I	GtT	AtC	92	1952	All	0.000018
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1842	1842	B.1.177.44	0.95589
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1645	1645	B.1.177.54	0.997574
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1583	1583	B.1.177.15	0.998738
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1500	1500	B.1.177.65	0.998004
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1496	1496	B.1.177.16	0.99402
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1491	1491	B.1.177.56	0.995327
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1439	1439	B.1.177.35	0.994471
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1366	1366	B.1.177.77	0.992012
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1363	1363	B.1.177.87	0.991994
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1325	1325	B.1.177.8	0.99699
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1224	1225	B.1	0.011211
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1225	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1223	1223	B.1.177.73	0.692525
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1216	1216	B.1.177.17	0.998358
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1139	1139	B.1.177.10	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1115	1115	B.1.177.42	0.997317
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1085	1085	B.1.177.46	0.996327
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	995	995	B.1.177.6	0.97168
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	954	958	All	0.000182
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTT	gCC	3	958	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTT	gCG	1	958	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	953	953	B.1.177.75	0.991675
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	859	859	B.1.177.18	0.99652
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	823	823	B.1.177.62	0.98093
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	806	806	AY.4	0.001254
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	805	805	B.1.177.5	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	765	765	B.1.177.24	0.990933
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	764	764	B.1.221	0.054269
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	748	748	B.1.177.58	0.996005
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	741	741	B.1.177.9	0.986684
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	731	731	W.4	0.987838
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	726	726	B.1.177.32	0.979757
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	698	698	B.1.177.19	0.998569
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	672	672	B.1.177.69	0.997033
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	669	669	B.1.177.83	0.991111
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	654	654	B.1.177.20	0.992413
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	640	640	B.1.177.43	0.945347
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	601	601	B.1.177.33	0.988487
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	587	587	B.1.177.11	0.996604
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	560	560	B.1.177.52	0.984183
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	529	529	All	0.000101
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	523	523	B.1.177.80	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	427	427	B.1.177.55	0.995338
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	427	427	B.1.177.79	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	417	417	B.1.177.53	0.997608
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	415	415	B.1.1.7	0.000372
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	398	398	B.1.177.76	0.992519
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	394	394	B.1.177.30	0.98995
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	390	390	B.1.177.41	0.975
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	368	368	B.1.177.63	0.994595
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	344	344	Z.1	0.99422
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	342	342	AY.43	0.001515
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	336	340	All	0.000064
ORF1ab/nsp1	60	V60F	GtT	TtC	4	340	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	317	317	B.1.177.48	0.990625
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	293	293	B.1.177.23	0.94822
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	293	293	B.1.177.72	0.99322
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	259	259	U.3	1
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	237	237	AY.4	0.000369
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	220	224	B.1.1	0.003991
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	3	224	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	1	224	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	219	219	B.1.177.2	0.995455
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	212	212	B.1.177.51	0.968037
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	208	208	B.1.177.50	0.976526
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	202	202	W.2	0.975845
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	193	193	B.1.177.40	0.994845
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	189	189	W.3	0.994737
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	181	181	B.1.177.85	0.983696
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	166	166	B.1.177.70	0.982249
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	164	164	B.1.177.14	1
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	142	146	All	0.000027
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gtT	gt-	1	146	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTT	g-N	1	146	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	GTT	-NN	1	146	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	Gtt	-tt	1	146	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	143	143	B.1.177.84	0.953333
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	142	142	B.1.2	0.00125
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	141	141	B.1.177.26	0.986014
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	138	138	AY.4	0.000215
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	137	137	AA.1	0.992754
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	134	134	B.1.177.28	0.992593
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	131	131	B.1.177.3	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	130	130	AA.2	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	130	130	B.1.177.67	0.992366
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	126	129	B.1.1.7	0.000113
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	3	129	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	114	114	B.1.160.30	0.339286
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	114	114	U.2	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	114	114	W.1	0.991304
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	110	110	AA.4	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	109	109	AA.7	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	106	106	B.1.177.27	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	103	103	B.1.177.78	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	99	99	B.1.177.71	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	96	96	B.1.177.38	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	90	90	B.1.160	0.002807
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	86	86	AY.4	0.000134
ORF1ab/nsp1	60	V60I	GtT	AtC	83	83	B.1.177	0.001093
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	80	80	B.1.177.88	0.987654
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	78	78	U.1	1
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	76	76	B.1.1.519	0.003018
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	76	76	Y.1	0.974359
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	74	74	B.1.177.47	0.961039
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	72	72	AY.44	0.000438
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	69	69	AY.119	0.002436
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	68	68	B.1.1.7	0.000061
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	67	67	B.1.177.25	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	65	65	B.1.177.39	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	65	65	B.1.177.68	0.984848
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	62	62	AA.5	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	62	62	AA.6	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	62	62	B.1.177.59	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	62	62	B.1.177.74	0.939394
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	60	60	AY.44	0.000365
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	60	60	B.1.177.36	0.967742
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	47	47	B.1.1.174	0.158784
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	46	46	AY.86	0.038174
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	45	45	AA.8	1
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	45	45	B.1.617.2	0.000169
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	45	45	XA	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	44	44	V.1	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	42	42	B.1.177.31	0.482759
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	39	41	All	0.000007
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTT	gGC	1	41	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTT	gGG	1	41	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	41	41	B.1.258	0.002728
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	40	40	B.1.617.2	0.000151
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	39	39	B.1.1.7	0.000035
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	38	38	B.1.617.2	0.000143
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	37	37	AA.3	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	37	37	B.1.177.37	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	36	36	B.1.177.89	0.878049
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	19	33	AY.4	0.00003
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	10	33	AY.4	0.000016
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	4	33	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	28	31	AY.25	0.000168
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	3	31	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	31	31	V.2	1
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	29	30	AY.44	0.000177
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTT	gCC	1	30	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	30	30	B.1.160.20	0.267857
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	28	28	AY.103	0.000174
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	26	26	AY.25	0.000156
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	26	26	B.1.177.49	0.962963
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	26	26	B.1.36	0.003793
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	24	25	AY.4	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	GTT	-NN	1	25	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	24	24	B.1.177.66	1
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	23	23	B.1.177.61	1
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	22	22	A.2.5	0.010978
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	22	22	AY.3	0.000219
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	22	22	AY.44	0.000134
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	22	22	P.1	0.000347
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	19	20	All	0.000004
ORF1ab/nsp1	60	V60L	GtT	CtA	1	20	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	19	19	AY.46.4	0.003126
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	18	18	B	0.002301
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	18	18	B.1.177.34	0.947368
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	15	18	B.1.2	0.000132
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	3	18	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	18	18	B.1.617.2	0.000068
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	18	18	C.37	0.002089
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	17	17	B.1.1.39	0.008665
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	17	17	B.1.1.416	0.015385
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	15	17	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gtT	gt-	1	17	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	Gtt	-tt	1	17	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	17	17	B.1.36.39	0.037694
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	10	16	All	0.000002
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTt	--t	3	16	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTT	--C	2	16	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTT	A--	1	16	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	16	16	AY.25	0.000096
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	16	16	AY.43	0.000071
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	15	15	AY.46.6	0.001083
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	15	15	B.1.1.135	0.070423
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	15	15	B.1.177.29	1
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	14	14	AY.3	0.000139
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	12	14	AY.44	0.000073
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	14	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	1	14	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	14	14	B.1.617.2	0.000053
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	5	14	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5	14	B.1.617.2	0.000019
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	4	14	B.1.617.2	0.000015
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	13	13	AY.26	0.000368
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	13	13	B.1.1.222	0.002652
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	12	12	B.1	0.00011
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	7	11	AY.100	0.000322
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	11	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	11	11	AY.43	0.000049
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	11	11	AY.5	0.000227
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	11	11	B.1.177.64	1
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	11	11	P.1.10	0.002964
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	10	10	AY.25	0.00006
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	10	10	AY.33	0.000668
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	10	10	AY.47	0.000311
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	9	9	AY.103	0.000056
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	9	9	AY.119	0.000318
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	9	9	AY.26	0.000255
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	9	9	AY.4.2	0.000195
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	9	9	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	8	9	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTT	gCG	1	9	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	9	9	B.1.1.7	0.000008
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	8	8	AY.103	0.00005
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	8	8	AY.20	0.000311
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	8	8	AY.3	0.00008
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	8	8	AY.33	0.000534
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	8	8	AY.39	0.000198
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	8	8	AY.4.2	0.000174
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	8	8	AY.43	0.000035
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	8	8	AY.46.3	0.00747
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	8	8	B.1.160.32	0.034335
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	8	8	B.1.564	0.003407
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	7	7	AY.26	0.000198
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	7	7	AY.29	0.00011
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	7	7	AY.29	0.00011
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	7	7	AY.4.2	0.000152
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	7	7	AY.5	0.000145
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	7	7	AY.90	0.004791
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	7	7	B.1.1.70	0.002387
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	7	7	B.1.526	0.000165
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	7	7	B.1.628	0.002467
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	7	7	B.4.1	0.132075
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	6	6	AY.26	0.00017
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	6	6	AY.3	0.00006
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	6	6	B.1.1	0.000109
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	6	6	B.1.1.27	0.033898
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	6	6	B.1.1.285	0.039216
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	6	6	B.1.2	0.000053
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	6	6	B.1.221	0.000426
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	6	6	B.1.258	0.000399
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	6	6	B.1.258.11	0.002378
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	6	6	B.1.351	0.000178
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	6	6	B.1.416.1	0.009375
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	6	B.1.509	0.003463
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	2	6	B.1.509	0.001732
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	5	5	AT.1	0.025641
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	5	5	AY.102	0.000133
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5	5	AY.118	0.000313
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	5	5	AY.25	0.00003
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	5	AY.3.1	0.000341
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	5	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	5	5	AY.4	0.000008
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	5	5	AY.94	0.002213
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	4	5	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTT	g-N	1	5	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5	5	B.1.1.170	0.006234
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5	5	B.1.1.311	0.001791
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.2	0.000044
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	5	5	D.2	0.000375
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5	5	P.1	0.000079
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	5	5	P.2	0.000933
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	5	5	Q.1	0.000632
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.102	0.000106
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	4	AY.102	0.00008
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	4	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.116	0.001147
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	4	4	AY.119	0.000141
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	4	4	AY.25	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.3.1	0.000341
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	4	4	AY.33	0.000267
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	4	4	AY.39	0.000099
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	4	4	AY.39.1	0.000158
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	4	4	AY.4.2	0.000087
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.4.2.1	0.000596
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.46.4	0.000658
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	4	4	AY.46.6	0.000289
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	AY.5	0.000083
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	4	4	AY.9.2	0.000147
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	B	0.000511
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	4	4	B.1	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	B.1.1.306	0.001754
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	4	B.1.1.315	0.033898
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	4	4	B.1.1.348	0.003185
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	4	B.1.1.37	0.000771
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	4	4	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	4	B.1.160.16	0.003717
ORF1ab/nsp1	60	V60I	GtT	AtC	4	4	B.1.177.62	0.004768
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	4	B.1.351	0.000119
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	4	4	B.1.36	0.000584
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	4	B.1.596	0.000349
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	3	4	B.1.617.2	0.000011
ORF1ab/nsp1	60	V60L	GtT	CtA	1	4	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	4	4	Q.1	0.000505
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	3	3	AY.118	0.000188
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	AY.120	0.000112
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	3	3	AY.121	0.000406
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.4.5	0.000322
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	3	3	AY.42	0.000121
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	3	3	AY.44	0.000018
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.54	0.000286
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.6	0.000123
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	AY.61	0.000314
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	AY.8	0.001818
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	3	3	AY.9.1	0.000251
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.95	0.002283
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	AY.98.1	0.000145
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	3	3	B	0.000383
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	B.1.1	0.000054
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	B.1.1.220	0.005576
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	B.1.1.317	0.001235
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	B.1.160.28	0.008772
ORF1ab/nsp1	60	V60I	GtT	AtC	3	3	B.1.177.81	0.000568
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	3	3	B.1.2	0.000026
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	B.1.258.17	0.000312
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	B.1.305	0.006452
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	3	3	B.1.429	0.000071
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	B.1.473	0.057692
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	3	3	B.1.576	0.00272
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTT	--C	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2		0.111111
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	A	0.000774
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	AY.111	0.000366
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.113	0.000285
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	AY.121	0.000271
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	AY.26	0.000057
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTt	--t	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	2	2	AY.4	0.000003
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.42	0.00008
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.45	0.000243
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	AY.5	0.000041
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.6	0.000082
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.75	0.000112
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.84	0.000875
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	AY.9.2	0.000073
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	AY.91	0.001461
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	2	2	AY.98.1	0.000097
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	B	0.000256
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.1	0.000653
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.141	0.004024
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.141	0.004024
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.1.169	0.036364
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	2	2	B.1.1.301	0.002358
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	B.1.1.318	0.000604
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.421	0.060606
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.1.521	0.010695
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	B.1.128	0.001271
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.139	0.001466
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.160.10	0.016129
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.160.14	0.004237
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.160.9	0.014388
ORF1ab/nsp1	60	V60F	GtT	TtC	2	2	B.1.177.12	0.000303
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTT	gCC	2	2	B.1.177.46	0.001837
ORF1ab/nsp1	60	V60I	GtT	AtC	2	2	B.1.177.65	0.001331
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.236	0.004107
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.240	0.000431
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	2	2	B.1.258	0.000133
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	B.1.258.16	0.003273
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.36.17	0.000988
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.375	0.001639
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.389	0.002004
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.462	0.014493
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	B.1.499	0.002101
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	2	2	B.1.526	0.000047
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.530	0.014286
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.599	0.007299
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	B.1.609	0.000959
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	C.30	0.003454
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	C.36.1	0.008299
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	N.4	0.008511
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	2	2	Q.8	0.00033
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	A.1	0.000282
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	A.2.5	0.000499
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	A.2.5.1	0.004808
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	A.2.5.2	0.001572
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	A.22	0.066667
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AE.8	0.000489
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AF.1	0.037037
ORF1ab/nsp1	60	V60T	GTt	ACt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60S	GTt	TCt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60D	gTt	gAt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60R	GTt	CGt	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AP.1	0.001502
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.1	0.000396
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.106	0.000335
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.109	0.00074
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.11	0.001339
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.110	0.000113
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.19	0.00114
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.20	0.000039
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTt	--t	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.30	0.000396
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.33	0.000067
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.34	0.000097
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.36	0.000148
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.37	0.000316
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.4.1	0.000737
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.51	0.000909
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.53	0.000288
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtG	1	1	AY.57	0.000656
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp1	60	V60R	GTt	CGt	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTT	gGG	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.7.1	0.000113
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.73	0.000665
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	AY.98	0.000079
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	60	V60S	GTt	TCt	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.153	0.001095
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.176	0.000439
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.189	0.001513
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.204	0.00304
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.231	0.003096
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.243	0.004082
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.25	0.000569
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.275	0.011236
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.28	0.000311
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.288	0.001916
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.298	0.000862
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.368	0.003086
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.1.4	0.002976
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.405	0.083333
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.433	0.001425
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.1.434	0.000349
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.44	0.00241
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.47	0.005348
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.517	0.006803
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.1.526	0.003546
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp1	60	V60D	gTt	gAt	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.108	0.005814
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.149	0.003425
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.157	0.002985
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.160.26	0.002421
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.160.29	0.004219
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.164	0.014925
ORF1ab/nsp1	60	V60F	GtT	TtC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTT	gGC	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp1	60	V60F	GtT	TtC	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.177.89	0.02439
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.22	0.001318
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.222	0.001692
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp1	60	V60T	GTt	ACt	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.268	0.010417
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.280	0.007143
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.281	0.021739
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.301	0.005917
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.36.27	0.000763
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.36.9	0.003215
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.366	0.004878
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.367	0.000792
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.390	0.010638
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.399	0.001934
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1	B.1.409	0.000781
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtA	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.437	0.020833
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.456	0.003268
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.466	0.023256
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.499	0.00105
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.523	0.002451
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	gTT	g--	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.526	0.000024
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.537	0.02
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.540	0.009709
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.581	0.009434
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.606	0.006024
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	1	1	B.1.609	0.000479
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	60	V60del2	GTT	A--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	B.1.636	0.006711
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	60	V60G	gTt	gGt	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	B.1.78	0.008547
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	B.23	0.002924
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.32	0.027027
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	B.4	0.002208
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	B.6.6	0.000889
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp1	60	V60F	Gtt	Ttt	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp1	60	V60del	GTT	---	1	1	P.1.9	0.004808
ORF1ab/nsp1	60	V60A	gTt	gCt	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	60	V60I	Gtt	Att	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp1	60	V60del1	gTt	g-t	1	1	Q.4	0.000455
ORF1ab/nsp1	60	V60L	Gtt	Ctt	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp1	60	V60V	gtT	gtC	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.