CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 37

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	37	E37D	E37D	nonsyn	gaG	gaT	5637	5589	0.991485	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37D	E37D	nonsyn	gaG	gaC	5637	48	0.00851517	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37K	E37K	nonsyn	Gag	Aag	2026	2026	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37E	E37E	syn	gaG	gaA	1123	1123	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37G	E37G	nonsyn	gAg	gGg	185	180	0.972973	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37G	E37G	nonsyn	gAG	gGA	185	4	0.0216216	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37G	E37G	nonsyn	gAG	gGT	185	1	0.00540541	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37del	E37del	del	GAG	---	154	154	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37A	E37A	nonsyn	gAg	gCg	64	64	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37V	E37V	nonsyn	gAg	gTg	31	31	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37X	E37X	nonsyn	Gag	Tag	14	14	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37N	E37N	nonsyn	GaG	AaT	10	10	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37del2	E37del2	del	GAg	--g	7	7	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	E37Q	nonsyn	Gag	Cag	5	5	1	374-376
ORF1ab/nsp1	37	E37del1	E37del1	del	gaG	ga-	1	1	1	374-376

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5589	5637	All	0.001069
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	48	5637	All	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2026	2026	All	0.000387
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1350	1350	B.1.258	0.089838
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1123	1123	All	0.000215
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	927	927	B.1.1.333	0.997847
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	520	520	B.1.1.7	0.000466
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	434	466	B.1.1.7	0.000389
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	32	466	B.1.1.7	0.000029
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	378	378	B.1.177.15	0.238486
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	347	348	AY.4	0.00054
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	1	348	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	238	238	AY.46	0.024771
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	210	210	B.1.617.2	0.000791
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	180	185	All	0.000034
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGA	4	185	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGT	1	185	All	0
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	156	157	B.1.351	0.004637
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	1	157	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	154	154	All	0.000029
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	150	150	B.1.429	0.003529
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	144	144	B.1.1.7	0.000129
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	142	142	P.1	0.002237
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	130	130	AA.2	1
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	119	119	AY.43	0.000527
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	117	117	B.1.617.2	0.000441
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	110	110	AA.4	1
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	110	110	AY.25	0.000662
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	109	109	AA.7	1
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	108	108	AY.103	0.000671
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	101	101	AY.33	0.006745
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	101	101	B.1.575	0.030643
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	90	90	AY.42	0.003621
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	90	90	AY.6	0.003702
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	76	76	AY.4.2	0.001648
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	73	73	AY.14	0.006425
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	70	70	B.1.595	0.018267
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	67	67	B.1.2	0.00059
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	64	64	All	0.000012
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	62	62	AA.5	1
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	62	62	AA.6	1
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	62	62	AY.5	0.00128
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	59	59	B.1	0.00054
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	59	59	B.1.1.306	0.025866
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	55	55	AY.43	0.000244
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	50	50	AY.121	0.006766
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	44	44	A.1	0.012401
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	43	43	AY.54	0.0041
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	42	42	B.1.1.7	0.000038
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	40	40	AY.4	0.000062
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	39	39	AY.102	0.001034
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	39	39	AY.102	0.001034
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	39	39	AY.44	0.000237
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	31	39	B.1.1	0.000562
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	8	39	B.1.1	0.000145
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	38	38	AY.70	0.007923
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	37	37	AA.3	1
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	37	37	AY.58	0.033575
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	34	34	AY.100	0.001564
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	33	33	B.1.398	0.098214
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	31	31	All	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	31	31	B.1.429	0.000729
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	28	28	AY.27	0.001812
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	25	27	AY.3	0.000249
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	2	27	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	27	27	B.1	0.000247
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	27	27	B.1.221	0.001918
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	24	24	AE.6	0.923077
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	24	24	AY.39.1	0.000951
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	24	24	AY.98.1	0.001162
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	24	24	B.1.617.2	0.00009
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	23	23	AY.4	0.000036
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	23	23	AY.44	0.00014
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	23	23	B.1.234	0.003035
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	23	23	B.1.617.2	0.000087
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	22	22	B.1.177.87	0.016012
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	22	22	P.1.14	0.001052
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	21	21	AY.103	0.00013
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	21	21	AY.26	0.000595
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	21	21	B.1.1.519	0.000834
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	20	20	AY.64	0.011905
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	20	20	B.1.36	0.002918
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	19	19	B.1.1.7	0.000017
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	18	18	AY.29	0.000284
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	18	18	AY.4	0.000028
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	18	18	B.1.396	0.012703
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	17	17	B.1.2	0.00015
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	16	16	B.1.177	0.000211
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	15	15	AY.4.5	0.001612
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	14	14	All	0.000003
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	14	14	AY.118	0.000877
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	14	14	AY.20	0.000544
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	14	14	AY.75	0.000784
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	14	14	B.1	0.000128
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	14	14	B.1.177.81	0.002651
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	14	14	B.1.258.22	0.037333
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	14	14	B.1.582	0.006869
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	13	13	B.1.1	0.000236
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	13	13	B.1.160	0.000405
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	13	13	B.1.177	0.000171
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	12	12	AY.3	0.000119
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	12	12	B.1.36	0.001751
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	11	11	AY.103	0.000068
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	11	11	AY.39	0.000272
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	11	11	AY.45	0.001339
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	11	11	B.1.1.291	0.008166
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	11	11	B.1.526	0.000259
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	11	11	B.1.621	0.000974
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	11	11	Q.8	0.001814
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	10	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	10	10	AY.61	0.001048
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	10	10	AY.9.2	0.000367
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	9	10	B.1	0.000082
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGA	1	10	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	10	10	B.1.621	0.000885
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	9	9	AY.25	0.000054
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	9	9	AY.44	0.000055
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	9	9	AY.5	0.000186
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	9	9	AY.54	0.000858
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	9	9	AY.7.1	0.001014
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	9	9	B.1.2	0.000079
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	9	9	B.1.428.2	0.3
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	8	8	AE.8	0.003912
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	8	8	AY.102	0.000212
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	8	8	AY.20	0.000311
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	8	8	AY.39	0.000198
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	8	8	B.1.177	0.000105
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	8	8	B.1.240	0.001725
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	8	8	B.1.311	0.002197
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	8	8	C.37	0.000929
ORF1ab/nsp1	37	E37del2	GAg	--g	7	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	7	7	AY.119	0.000247
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	7	7	AY.25	0.000042
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	7	7	AY.4	0.000011
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	7	7	AY.43	0.000031
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	7	7	AY.46.6	0.000505
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	7	7	AY.9.1	0.000586
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	7	7	B.1.177.56	0.004673
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	7	7	B.1.356	0.01209
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	7	7	B.1.526	0.000165
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	7	7	B.1.609	0.003356
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	6	6	AA.1	0.043478
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	6	6	AY.100	0.000276
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	AY.114	0.001387
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	AY.116.1	0.001869
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	AY.42	0.000241
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	6	6	AY.46	0.000624
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	6	6	AY.47	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	AY.5.4	0.00166
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	AY.7.1	0.000676
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	6	6	B.1.1.27	0.033898
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	B.1.1.277	0.004552
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	6	6	B.1.177	0.000079
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	6	6	B.1.429	0.000141
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	6	6	B.1.617.1	0.000774
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	6	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	2	6	D.2	0.00015
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	Gag	Cag	5	5	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	AY.101	0.002452
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	AY.23	0.000349
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	AY.46	0.00052
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	AY.47	0.000156
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	AY.75.1	0.000902
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	5	5	B.1.1	0.000091
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	B.1.1.189	0.007564
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	B.1.1.28	0.001556
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	5	5	B.1.1.396	0.227273
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	B.1.1.398	0.016129
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	B.1.369	0.001426
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	5	5	B.1.599	0.018248
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	AY.100	0.000184
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	4	AY.109	0.002959
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	4	4	AY.118	0.000251
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	4	4	AY.23	0.000279
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	4	4	AY.3	0.00004
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	4	4	AY.95	0.003044
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B	0.000511
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	4	4	B.1.1.348	0.003185
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B.1.160	0.000125
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	4	B.1.177.51	0.018265
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	4	B.1.177.86	0.000734
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	4	B.1.22.1	0.125
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B.1.258	0.000266
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	4	B.1.258.14	0.003922
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	4	4	B.1.456	0.013072
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	4	4	B.1.612	0.01061
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	AE.8	0.001467
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.20	0.000117
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	3	3	AY.23	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	AY.36	0.000445
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp1	37	E37del2	GAg	--g	3	3	AY.4	0.000005
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.4.2	0.000065
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	3	3	AY.45	0.000365
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	3	3	AY.47	0.000093
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	AY.55	0.002752
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	AY.91	0.002191
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	AY.98	0.000237
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	3	3	B.1	0.000027
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.1.1	0.00098
ORF1ab/nsp1	37	E37del2	GAg	--g	3	3	B.1.1.7	0.000003
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	3	3	B.1.351	0.000089
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	B.1.36.10	0.014354
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.36.16	0.004274
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	3	3	B.1.36.17	0.001482
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.36.8	0.003
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.375	0.002459
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	B.1.396	0.002117
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.438.1	0.000322
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	B.1.526	0.000071
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.564	0.001278
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.577	0.002062
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.623	0.001609
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	3	3	B.1.637	0.000219
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	3	3	D.2	0.000225
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	A.1	0.000564
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	AY.106	0.00067
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.108	0.002205
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.116	0.000574
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.117	0.000169
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.118	0.000125
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.119	0.000071
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	2	2	AY.120	0.000074
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.120.1	0.000642
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.16	0.000759
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	AY.29	0.000032
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.30	0.000791
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	2	2	AY.32	0.001065
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.34	0.000194
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.4.1	0.001475
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	AY.4.2	0.000043
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.41	0.000588
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	AY.47	0.000062
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.53	0.000575
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.57	0.001312
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	AY.61	0.00021
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.67	0.000929
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.7	0.000392
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.70	0.000417
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.74	0.000231
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.9	0.000135
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	AY.92	0.000575
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	AY.98	0.000158
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	2	2	B.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.10	0.00223
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.214	0.000111
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.237	0.010811
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.273	0.013514
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.291	0.001485
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	2	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGA	1	2	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	2	2	B.1.1.37	0.000386
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	B.1.1.39	0.001019
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.507	0.017391
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.54	0.006042
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	B.1.1.74	0.008621
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	B.1.160	0.000062
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.160.9	0.014388
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.177.21	0.000153
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.243	0.000139
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.36.38	0.003284
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	2	2	B.1.369	0.00057
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.427	0.000101
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	B.1.596	0.000174
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.600	0.011696
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	B.1.621.1	0.001012
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	C.14	0.008658
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	C.36.3.1	0.005435
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	2	2	N.4	0.008511
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	P.1	0.000032
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	P.1.12	0.000968
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	2	2	P.1.14	0.000096
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	P.1.16	0.000748
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	2	2	P.1.17	0.000324
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	2	2	R.1	0.00018
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	A	0.000387
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	A.2	0.000662
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	A.2.2	0.001689
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	A.21	0.00277
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AD.2	0.000219
ORF1ab/nsp1	37	E37del1	gaG	ga-	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.101	0.00049
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.107	0.000466
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.115	0.005208
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	Gag	Cag	1	1	AY.14	0.000088
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.15	0.002222
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	Gag	Cag	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	Gag	Cag	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	AY.25	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.32	0.000532
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	AY.4	0.000002
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp1	37	E37del2	GAg	--g	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.40	0.000964
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	1	1	AY.41	0.000294
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.45	0.000122
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.5	0.000021
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	Gag	Cag	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.55	0.000917
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.62	0.000436
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.68	0.000274
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	1	1	AY.70	0.000209
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.71	0.000475
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.74	0.000116
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.77	0.001127
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.80	0.001129
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.85	0.000427
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	AY.93	0.000273
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	1	1	AY.94	0.000443
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.99	0.001049
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	AZ.3	0.00152
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGT	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37del1	gaG	ga-	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37Q	Gag	Cag	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.1	0.000327
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.1.121	0.002427
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.157	0.000913
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.1.232	0.001815
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.27	0.00565
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.284	0.000107
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	B.1.1.291	0.000742
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.1.294	0.001266
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.297	0.002237
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.298	0.000862
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.306	0.000438
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.1.322	0.008772
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.33	0.000421
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.356	0.008547
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.362	0.005618
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.369	0.000446
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.380	0.009804
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.416	0.000905
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.448	0.002033
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.487	0.005587
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.63	0.000386
ORF1ab/nsp1	37	E37N	GaG	AaT	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.70	0.000341
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.111	0.001175
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.139	0.000733
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.149	0.003425
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.11	0.001698
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.12	0.000152
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.20	0.001517
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.31	0.011494
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.33	0.001645
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.44	0.000519
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.54	0.000606
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.57	0.000281
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.60	0.000218
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.65	0.000665
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.69	0.001484
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.7	0.000165
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.177.9	0.001332
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.221.1	0.002907
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.235	0.002519
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.243	0.00007
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.258.12	0.007874
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.258.24	0.010753
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.258.7	0.001912
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.273	0.012987
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.276	0.016949
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.289	0.00266
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.351.3	0.000876
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	B.1.36.12	0.009615
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.361	0.001289
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	B.1.369	0.000285
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.375	0.00082
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.400	0.000429
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.415.1	0.007576
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.417	0.028571
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.422	0.000812
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.428	0.00102
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.462	0.007246
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.468	0.005714
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	1	1	B.1.470	0.001404
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.521	0.004975
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.525	0.000113
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGA	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.538	0.008065
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.541	0.004425
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaC	1	1	B.1.551	0.00129
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAg	gGg	1	1	B.1.560	0.00463
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.576	0.000907
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	B.1.595	0.000261
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.596.1	0.009346
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.1.611	0.04
ORF1ab/nsp1	37	E37G	gAG	gGA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	37	E37V	gAg	gTg	1	1	B.1.621	0.000089
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.625	0.002353
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.10	0.008264
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	B.26	0.014706
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	B.40	0.000364
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	C.36	0.000911
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	C.37	0.000116
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp1	37	E37A	gAg	gCg	1	1	D.2	0.000075
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	D.3	0.005917
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	L.1	0.001905
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	L.1	0.001905
ORF1ab/nsp1	37	E37X	Gag	Tag	1	1	P.1.1	0.000318
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	P.1.13	0.000898
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	P.1.15	0.000232
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	P.1.17	0.000162
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	P.2	0.000187
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	P.3	0.001595
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	Q.1	0.000126
ORF1ab/nsp1	37	E37D	gaG	gaT	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp1	37	E37K	Gag	Aag	1	1	Q.8	0.000165
ORF1ab/nsp1	37	E37E	gaG	gaA	1	1	S.1	0.00495
ORF1ab/nsp1	37	E37del	GAG	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.