CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 143

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1143F143delF143deldelTTT---32581325811692-694
ORF1ab/nsp1143F143LF143LnonsynTttCtt157913160.833439692-694
ORF1ab/nsp1143F143LF143LnonsynttTttA15792240.141862692-694
ORF1ab/nsp1143F143LF143LnonsynTtTCtA1579200.0126662692-694
ORF1ab/nsp1143F143LF143LnonsynttTttG1579160.010133692-694
ORF1ab/nsp1143F143LF143LnonsynTtTCtC157920.00126662692-694
ORF1ab/nsp1143F143LF143LnonsynTtTCtG157910.000633312692-694
ORF1ab/nsp1143F143FF143FsynttTttC6096091692-694
ORF1ab/nsp1143F143VF143VnonsynTttGtt54460.851852692-694
ORF1ab/nsp1143F143VF143VnonsynTtTGtA5450.0925926692-694
ORF1ab/nsp1143F143VF143VnonsynTtTGtC5420.037037692-694
ORF1ab/nsp1143F143VF143VnonsynTtTGtG5410.0185185692-694
ORF1ab/nsp1143F143SF143SnonsyntTttCt46370.804348692-694
ORF1ab/nsp1143F143SF143SnonsyntTTtCA4660.130435692-694
ORF1ab/nsp1143F143SF143SnonsyntTTtCC4620.0434783692-694
ORF1ab/nsp1143F143SF143SnonsynTTTAGC4610.0217391692-694
ORF1ab/nsp1143F143del2F143del2delTTT--N38280.736842692-694
ORF1ab/nsp1143F143del2F143del2delTTt--t38100.263158692-694
ORF1ab/nsp1143F143CF143CnonsyntTttGt22210.954545692-694
ORF1ab/nsp1143F143CF143CnonsyntTTtGC2210.0454545692-694
ORF1ab/nsp1143F143IF143InonsynTttAtt20201692-694
ORF1ab/nsp1143F143del1F143del1delTtt-tt1890.5692-694
ORF1ab/nsp1143F143del1F143del1delTTT-NN1850.277778692-694
ORF1ab/nsp1143F143del1F143del1delTtT-tA1820.111111692-694
ORF1ab/nsp1143F143del1F143del1delttTtt-1810.0555556692-694
ORF1ab/nsp1143F143del1F143del1delTTt-Nt1810.0555556692-694
ORF1ab/nsp1143F143GF143GnonsynTTTGGC16130.8125692-694
ORF1ab/nsp1143F143GF143GnonsynTTTGGA1620.125692-694
ORF1ab/nsp1143F143GF143GnonsynTTtGGt1610.0625692-694
ORF1ab/nsp1143F143YF143YnonsyntTttAt870.875692-694
ORF1ab/nsp1143F143YF143YnonsyntTTtAC810.125692-694
ORF1ab/nsp1143F143RF143RnonsynTTtCGt620.333333692-694
ORF1ab/nsp1143F143RF143RnonsynTTTCGC620.333333692-694
ORF1ab/nsp1143F143RF143RnonsynTTTCGA620.333333692-694
ORF1ab/nsp1143F143HF143HnonsynTTtCAt320.666667692-694
ORF1ab/nsp1143F143HF143HnonsynTTTCAC310.333333692-694
ORF1ab/nsp1143F143PF143PnonsynTTtCCt210.5692-694
ORF1ab/nsp1143F143PF143PnonsynTTTCCC210.5692-694
ORF1ab/nsp1143F143AF143AnonsynTTtGCt111692-694
ORF1ab/nsp1143F143NF143NnonsynTTtAAt111692-694
ORF1ab/nsp1143F143XF143XnonsyntTTtGA111692-694
ORF1ab/nsp1143F143MF143MnonsynTtTAtG111692-694

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3258132581All0.006232
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---41794179AY.40.006504
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---34443444AY.1100.3881
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---29782978AY.700.620934
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---24512451AY.630.948162
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---21672167B.1.617.20.00816
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---17861786B.1.1.70.001599
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt13161579All0.000252
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA2241579All0.000043
ORF1ab/nsp1143F143LTtTCtA201579All0.000004
ORF1ab/nsp1143F143LttTttG161579All0.000003
ORF1ab/nsp1143F143LTtTCtC21579All0
ORF1ab/nsp1143F143LTtTCtG11579All0
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---742742AY.260.021006
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---711711AY.720.967347
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---664664AY.250.003994
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---656656B.10.006009
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---623623AY.440.003792
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC609609All0.000116
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---597597AY.430.002645
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---596596AY.1200.022159
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt501501B.1.3110.137562
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---478478AY.1030.002968
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt465477B.1.1.70.000416
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA11477B.1.1.70.00001
ORF1ab/nsp1143F143LTtTCtG1477B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---458458AY.30.004555
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC339339AY.1030.002105
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---319319B.1.1600.009949
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---315315AY.50.006505
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---312312AY.4.20.006767
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---304304AY.610.031852
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---260260B.1.160.170.442177
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---258258AY.750.014454
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---242242AY.46.60.017474
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---229229B.1.20.002016
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---213213AY.1020.005647
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---181181AY.16.10.085056
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---169169B.1.5260.003972
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---167167AY.460.017381
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---165165AY.390.004077
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---163163B.1.10.002957
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---147147B.1.1.5190.005838
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt136139AY.40.000212
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA3139AY.40.000005
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---137137AY.470.004261
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---137137P.10.002158
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---133133AY.210.252372
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---133133AY.4.50.014296
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---127127B.1.3510.003775
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---123123B.1.2580.008185
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---117117B.1.1770.001541
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---115115AY.540.010965
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---112112AY.330.007479
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---100100AY.120.10.032103
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9999AY.420.003983
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9898B.1.6210.008675
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9797AY.9.10.008121
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9797B.1.4290.002282
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9696D.20.007204
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9595AY.370.030025
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9595AY.39.10.003763
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9494AY.1190.003319
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9191B.1.3721
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---9090AY.9.20.003306
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---8383B.1.2430.005776
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---7777AY.740.008905
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---6969B.1.1950.346734
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---6565B.1.6370.00475
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA6464AY.1210.00866
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---6464AY.960.13278
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---6060B.1.177.210.004588
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---6060B.1.4270.00303
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5858AY.290.000915
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5858B.1.1.2140.003217
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5757AY.70.011172
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5555AY.1180.003446
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5555B.1.438.10.005899
ORF1ab/nsp1143F143VTttGtt4654All0.000009
ORF1ab/nsp1143F143VTtTGtA554All0.000001
ORF1ab/nsp1143F143VTtTGtC254All0
ORF1ab/nsp1143F143VTtTGtG154All0
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5353AY.130.008532
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5353AY.140.004665
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5353B.1.1.3180.015993
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---5050AY.450.006084
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4949AY.1000.002254
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4848AY.200.001866
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA3048B.1.617.20.000113
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt1848B.1.617.20.000068
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt4647AY.330.003072
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA147AY.330.000067
ORF1ab/nsp1143F143StTttCt3746All0.000007
ORF1ab/nsp1143F143StTTtCA646All0.000001
ORF1ab/nsp1143F143StTTtCC246All0
ORF1ab/nsp1143F143STTTAGC146All0
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4545AY.3.10.003837
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4545AY.90.003042
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4545B.1.1.2220.00918
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4444AY.350.010254
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC4444AY.40.000068
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4444AY.910.03214
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4343AY.1090.031805
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4343C.350.033282
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4242AY.230.002929
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---4242AY.75.10.007573
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3939AY.980.003081
ORF1ab/nsp1143F143del2TTT--N2838All0.000005
ORF1ab/nsp1143F143del2TTt--t1038All0.000002
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3838AY.46.40.006251
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3838B.1.5960.003311
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3636AY.98.10.001744
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3636B.1.2320.019344
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3535AY.100.018548
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3535AY.270.002265
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC3434B.1.5260.000799
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3434C.36.30.019285
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3333AY.1170.002789
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3333AY.99.20.003041
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3333B.1.258.170.003431
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3232AY.60.001316
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3232B.1.1.700.010914
ORF1ab/nsp1143F143VTttGtt3131AY.250.000186
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3131B0.003962
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---3030B.1.1.370.005786
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2929AY.5.30.009784
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2929B.1.2210.00206
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2828AY.1070.013048
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2828AY.650.014925
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2828B.1.1.2840.003007
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2727AY.1140.00624
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2727AY.9.2.10.05336
ORF1ab/nsp1143F143LTtTCtA1226AY.430.000053
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA826AY.430.000035
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt626AY.430.000027
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2626AY.550.023853
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2626B.1.1.3740.061758
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2626B.1.595.10.152047
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2626B.1.6280.009161
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2626P.1.140.001243
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2525AE.10.284091
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2525AY.690.004667
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2424A.270.039735
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2424AY.120.2.10.011958
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt1724AY.440.000103
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA624AY.440.000037
ORF1ab/nsp1143F143LttTttG124AY.440.000006
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2424B.1.258.220.064
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2323AY.10.009102
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2323AY.530.006613
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2323B.1.2340.003035
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC2323B.1.617.20.000087
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2222AE.80.010758
ORF1ab/nsp1143F143CtTttGt2122All0.000004
ORF1ab/nsp1143F143CtTTtGC122All0
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC2222AY.1130.003133
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2222AY.340.002133
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2222AY.710.010451
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2222B.1.2400.004742
ORF1ab/nsp1143F143LTttCtt1821B.10.000165
ORF1ab/nsp1143F143LttTttG121B.10.000009
ORF1ab/nsp1143F143LttTttA121B.10.000009
ORF1ab/nsp1143F143LTtTCtA121B.10.000009
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2121B.1.1.1760.009227
ORF1ab/nsp1143F143ITttAtt2020All0.000004
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2020AY.620.008715
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2020B.1.1.500.013578
ORF1ab/nsp1143F143FttTttC2020B.1.1770.000263
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2020B.1.177.560.013351
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---2020Q.10.002527
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---1919AY.360.002816
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---1919AY.480.008837
ORF1ab/nsp1143F143delTTT---1919AY.510.017273
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