CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 142

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1ab/nsp1142S142delS142deldelTCA---32673326731689-691
ORF1ab/nsp1142S142SS142SsyntcAtcG312021800.698718689-691
ORF1ab/nsp1142S142SS142SsyntcAtcT31209180.294231689-691
ORF1ab/nsp1142S142SS142SsyntcAtcC3120220.00705128689-691
ORF1ab/nsp1142S142LS142LnonsyntCatTa166716560.993401689-691
ORF1ab/nsp1142S142LS142LnonsynTCACTG166740.00239952689-691
ORF1ab/nsp1142S142LS142LnonsyntCAtTG166730.00179964689-691
ORF1ab/nsp1142S142LS142LnonsynTCACTC166720.00119976689-691
ORF1ab/nsp1142S142LS142LnonsynTCACTT166710.00059988689-691
ORF1ab/nsp1142S142LS142LnonsynTCaCTa166710.00059988689-691
ORF1ab/nsp1142S142PS142PnonsynTcaCca5695660.994728689-691
ORF1ab/nsp1142S142PS142PnonsynTcACcT56920.00351494689-691
ORF1ab/nsp1142S142PS142PnonsynTcACcC56910.00175747689-691
ORF1ab/nsp1142S142TS142TnonsynTcaAca57571689-691
ORF1ab/nsp1142S142AS142AnonsynTcaGca50480.96689-691
ORF1ab/nsp1142S142AS142AnonsynTcAGcC5020.04689-691
ORF1ab/nsp1142S142XS142XnonsyntCatAa19170.894737689-691
ORF1ab/nsp1142S142XS142XnonsyntCatGa1920.105263689-691
ORF1ab/nsp1142S142del1S142del1delTCA-NN1180.727273689-691
ORF1ab/nsp1142S142del1S142del1deltcAtc-1120.181818689-691
ORF1ab/nsp1142S142del1S142del1delTCa-Na1110.0909091689-691
ORF1ab/nsp1142S142FS142FnonsyntCAtTC860.75689-691
ORF1ab/nsp1142S142FS142FnonsyntCAtTT820.25689-691
ORF1ab/nsp1142S142del2S142del2delTCA--N771689-691
ORF1ab/nsp1142S142DS142DnonsynTCAGAT441689-691
ORF1ab/nsp1142S142YS142YnonsyntCAtAC420.5689-691
ORF1ab/nsp1142S142YS142YnonsyntCAtAT420.5689-691
ORF1ab/nsp1142S142VS142VnonsynTCaGTa320.666667689-691
ORF1ab/nsp1142S142VS142VnonsynTCAGTG310.333333689-691
ORF1ab/nsp1142S142IS142InonsynTCaATa111689-691

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3267332673All0.006249
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---41904190AY.40.006521
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---34493449AY.1100.388664
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG21803120All0.000417
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT9183120All0.000176
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcC223120All0.000004
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---29812981AY.700.62156
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---24512451AY.630.948162
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---21692169B.1.617.20.008167
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---17921792B.1.1.70.001604
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa16561667All0.000317
ORF1ab/nsp1142S142LTCACTG41667All0.000001
ORF1ab/nsp1142S142LtCAtTG31667All0.000001
ORF1ab/nsp1142S142LTCACTC21667All0
ORF1ab/nsp1142S142LTCACTT11667All0
ORF1ab/nsp1142S142LTCaCTa11667All0
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG10561072AY.40.001644
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT141072AY.40.000022
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcC21072AY.40.000003
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa10491049B.1.1600.032716
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT851856AY.4.20.018457
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG4856AY.4.20.000087
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcC1856AY.4.20.000022
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---743743AY.260.021034
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---711711AY.720.967347
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---665665AY.250.004
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---663663B.10.006073
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---629629AY.440.003829
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---602602AY.430.002667
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---596596AY.1200.022159
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca566569All0.000108
ORF1ab/nsp1142S142PTcACcT2569All0
ORF1ab/nsp1142S142PTcACcC1569All0
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---478478AY.1030.002968
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---456456AY.30.004536
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---319319B.1.1600.009949
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---315315AY.50.006505
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---312312AY.4.20.006767
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---304304AY.610.031852
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---260260B.1.160.170.442177
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---258258AY.750.014454
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---242242AY.46.60.017474
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG240240B.1.5950.06263
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---235235B.1.20.002069
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---214214AY.1020.005674
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG188190AY.440.001144
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT2190AY.440.000012
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---181181AY.16.10.085056
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---171171B.1.5260.004019
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---169169AY.460.01759
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---165165AY.390.004077
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca164164B.1.2580.010914
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---163163B.1.10.002957
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa161163B.1.1.70.000144
ORF1ab/nsp1142S142LtCAtTG1163B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1142S142LTCaCTa1163B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---148148B.1.1.5190.005877
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG117139B.1.617.20.000441
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT20139B.1.617.20.000075
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcC2139B.1.617.20.000008
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---137137AY.470.004261
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---137137P.10.002158
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---133133AY.210.252372
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---133133AY.4.50.014296
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---126126B.1.3510.003746
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---123123B.1.2580.008185
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---117117B.1.1770.001541
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---115115AY.540.010965
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---111111AY.330.007412
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa109109AY.250.000656
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG105105B.1.4290.002471
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---100100AY.120.10.032103
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9999AY.420.003983
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9999B.1.4290.002329
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9898B.1.6210.008675
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9797AY.9.10.008121
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9696D.20.007204
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9595AY.370.030025
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9595AY.39.10.003763
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9494AY.1190.003319
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca9192B.1.1.70.000081
ORF1ab/nsp1142S142PTcACcT192B.1.1.70.000001
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9191AY.9.20.003342
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---9191B.1.3721
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG8888AY.430.00039
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---8686B.1.2430.005984
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---7777AY.740.008905
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---6969B.1.1950.346734
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---6868B.1.6370.004969
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---6565AY.960.134855
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG6060B.1.1600.001871
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---6060B.1.177.210.004588
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---6060B.1.4270.00303
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG5959AY.90.003988
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5858AY.290.000915
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5858B.1.1.2140.003217
ORF1ab/nsp1142S142TTcaAca5757All0.000011
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5757AY.70.011172
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5555AY.1180.003446
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5555B.1.438.10.005899
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5454AY.140.004753
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG4754B.1.1.70.000042
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT454B.1.1.70.000004
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcC354B.1.1.70.000003
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5353AY.130.008532
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5353B.1.1.3180.015993
ORF1ab/nsp1142S142ATcaGca4850All0.000009
ORF1ab/nsp1142S142ATcAGcC250All0
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5050AY.1000.0023
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---5050AY.450.006084
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4848AY.200.001866
ORF1ab/nsp1142S142TTcaAca4747B.1.177.860.008622
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4545AY.3.10.003837
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4545AY.90.003042
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4545B.1.1.2220.00918
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4444AY.350.010254
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4444AY.910.03214
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca4244B.1.617.20.000158
ORF1ab/nsp1142S142PTcACcT144B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1142S142PTcACcC144B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4343AY.1090.031805
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4343AY.230.002999
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4343C.350.033282
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcG3942AY.1020.001034
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcC242AY.1020.000053
ORF1ab/nsp1142S142StcAtcT142AY.1020.000027
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---4242AY.75.10.007573
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3939AY.980.003081
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3939B.1.5960.003398
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3838AY.46.40.006251
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3636AY.98.10.001744
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3636B.1.2320.019344
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3535AY.100.018548
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3535AY.270.002265
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca3535AY.430.000155
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3434C.36.30.019285
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3333AY.1170.002789
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3333AY.99.20.003041
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3333B.1.258.170.003431
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa3232AY.40.00005
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3232AY.60.001316
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3232B.1.1.700.010914
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3131B0.003962
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3030B.1.1.370.005786
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---3030B.1.2210.002131
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2929AY.5.30.009784
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa2828AY.1030.000174
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2828AY.1070.013048
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2828AY.650.014925
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2828B.1.1.2840.003007
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca2828B.1.177.570.007867
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2727AY.1140.00624
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2727AY.9.2.10.05336
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa2727B.1.20.000238
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2626AY.550.023853
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2626B.1.1.3740.061758
ORF1ab/nsp1142S142PTcaCca2626B.1.177.600.005679
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2626B.1.595.10.152047
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2626B.1.6280.009161
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2626P.1.140.001243
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2525AE.10.284091
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2525AY.690.004667
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2424A.270.039735
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2424AY.120.2.10.011958
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2424B.1.258.220.064
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa2224B.1.617.20.000083
ORF1ab/nsp1142S142LTCACTT124B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1142S142LTCACTC124B.1.617.20.000004
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2323AY.10.009102
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2323AY.530.006613
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2323B.1.2340.003035
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2222AE.80.010758
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2222AY.710.010451
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2222B.1.2400.004742
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2121B.1.1.1760.009227
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2020AY.620.008715
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2020B.1.1.500.013578
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2020B.1.177.560.013351
ORF1ab/nsp1142S142LtCatTa2020P.1.170.003235
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---2020Q.10.002527
ORF1ab/nsp1142S142XtCatAa1719All0.000003
ORF1ab/nsp1142S142XtCatGa219All0
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---1919AY.340.001842
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---1919AY.360.002816
ORF1ab/nsp1142S142delTCA---1919AY.480.008837
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