CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF1ab/nsp1 : CodonNum = 113

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF1ab/nsp1	113	E113E	E113E	syn	gaA	gaG	431	431	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113K	E113K	nonsyn	Gaa	Aaa	199	198	0.994975	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113K	E113K	nonsyn	GaA	AaG	199	1	0.00502513	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113G	E113G	nonsyn	gAa	gGa	162	162	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113D	E113D	nonsyn	gaA	gaC	63	35	0.555556	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113D	E113D	nonsyn	gaA	gaT	63	28	0.444444	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113del	E113del	del	GAA	---	48	48	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113A	E113A	nonsyn	gAa	gCa	42	42	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	E113Q	nonsyn	Gaa	Caa	29	29	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113X	E113X	nonsyn	Gaa	Taa	15	15	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113V	E113V	nonsyn	gAa	gTa	10	10	1	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	E113del1	del	gAa	g-a	7	4	0.571429	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	E113del1	del	Gaa	-aa	7	2	0.285714	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	E113del1	del	gAA	g-N	7	1	0.142857	602-604
ORF1ab/nsp1	113	E113M	E113M	nonsyn	GAA	ATG	1	1	1	602-604

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	431	431	All	0.000082
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	198	199	All	0.000038
ORF1ab/nsp1	113	E113K	GaA	AaG	1	199	All	0
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	162	162	All	0.000031
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	142	142	B.1.1.413	0.97931
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	84	84	B.1.1.7	0.000075
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	35	63	All	0.000007
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	28	63	All	0.000005
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	48	48	All	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	47	47	AY.4	0.000073
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	42	42	All	0.000008
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	35	35	AY.99.2	0.003226
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	Gaa	Caa	29	29	All	0.000006
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	29	29	AY.119	0.001024
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	26	26	B.1.1.451	1
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	Gaa	Caa	25	25	AY.43	0.000111
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	25	25	B.1.526	0.000588
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	22	22	AY.43	0.000097
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	21	21	AY.121	0.002842
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	19	19	AY.4	0.00003
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	19	19	B.1.1	0.000345
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	18	19	B.1.1.7	0.000016
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	1	19	B.1.1.7	0.000001
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	18	18	B.1.617.2	0.000068
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	17	17	B.1.587	0.032258
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	16	16	B.1.1.7	0.000014
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	16	16	B.1.617.2	0.00006
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	15	15	All	0.000003
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	15	15	B.1.1.7	0.000013
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	12	12	AY.102	0.000318
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	11	11	B.1.1.7	0.00001
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	11	11	B.1.429	0.000259
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	10	10	All	0.000002
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	10	10	B.1.617.2	0.000038
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	10	10	R.1	0.0009
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	9	9	AY.9.2	0.000331
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	gAa	g-a	4	7	All	0.000001
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	Gaa	-aa	2	7	All	0
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	gAA	g-N	1	7	All	0
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	7	7	B.1	0.000064
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	7	7	B.1.2	0.000062
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	7	7	P.1	0.00011
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	6	6	AY.3	0.00006
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	6	6	AY.4	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	6	6	AY.44	0.000037
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	5	5	AY.39.1	0.000198
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	5	5	B.1	0.000046
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	5	5	B.1.1.7	0.000004
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	5	5	B.1.160.15	0.024752
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	4	4		0.222222
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	4	4	AY.20	0.000155
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	4	4	AY.29	0.000063
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	4	4	AY.4	0.000006
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	4	4	AY.99.2	0.000369
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	4	4	B.1.1.33	0.001684
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	4	4	B.1.1.348	0.003185
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	4	4	B.1.177	0.000053
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	4	4	B.1.497	0.001259
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	4	4	D.2	0.0003
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	AY.100	0.000138
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	AY.103	0.000019
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	3	3	AY.119	0.000106
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	3	3	AY.25	0.000018
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	3	3	AY.29	0.000047
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	AY.3	0.00003
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	AY.33	0.0002
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	AY.39	0.000074
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	3	3	AY.43	0.000013
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.243	0.000209
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	3	3	B.1.525	0.000339
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.619.1	0.001924
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	3	3	P.1	0.000047
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	2	2	AY.102	0.000053
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	gAa	g-a	2	2	AY.103	0.000012
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	2	2	AY.20	0.000078
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	2	2	AY.25	0.000012
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	2	2	AY.3	0.00002
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	2	2	AY.39	0.000049
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	2	2	AY.4.2.1	0.000298
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	2	2	AY.43	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	2	2	AY.44	0.000012
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	AY.46.6	0.000144
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	gAA	g-N	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	gAa	g-a	1	2	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	2	2	B.1.1	0.000036
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.7	0.000002
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	2	2	B.1.177	0.000026
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	2	2	B.1.177.10	0.001756
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	2	2	B.1.2	0.000018
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	B.1.239	0.002442
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	2	2	B.1.349	0.00143
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	B.1.429	0.000047
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	B.1.525	0.000226
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	B.1.621	0.000177
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	2	2	C.36	0.001821
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	2	2	N.4	0.008511
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	2	2	N.6	0.014184
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	2	2	P.2	0.000373
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1		0.055556
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	A.28	0.002646
ORF1ab/nsp1	113	E113M	GAA	ATG	1	1	All	0
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	Gaa	Caa	1	1	AY.100	0.000046
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	1	1	AY.102	0.000027
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	1	1	AY.103	0.000006
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	AY.111	0.000183
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.113	0.000142
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.116	0.000287
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.117	0.000085
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	AY.118	0.000063
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	AY.119	0.000035
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.12	0.000316
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	AY.120	0.000037
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.120.2	0.001285
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.13	0.000161
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	AY.16	0.00038
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	Gaa	Caa	1	1	AY.23	0.00007
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.26	0.000028
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.27	0.000065
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	AY.29	0.000016
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	AY.3	0.00001
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	1	1	AY.35	0.000233
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.38	0.000499
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.39	0.000025
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.4.5	0.000107
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	AY.42	0.00004
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	Gaa	-aa	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.43	0.000004
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	AY.44	0.000006
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	AY.46	0.000104
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	AY.47	0.000031
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.52	0.000814
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	AY.54	0.000095
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	1	1	AY.6	0.000041
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.61	0.000105
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.65	0.000533
ORF1ab/nsp1	113	E113K	GaA	AaG	1	1	AY.67	0.000464
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	1	1	AY.69	0.000187
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.7	0.000196
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	AY.87	0.000833
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	AY.9	0.000068
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	AY.90	0.000684
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaT	1	1	AY.92	0.000287
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	AY.95	0.000761
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B	0.000128
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.1	0.000018
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.16	0.055556
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.174	0.003378
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.194	0.00495
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.198	0.001468
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	B.1.1.222	0.000204
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.316	0.000925
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.326	0.001761
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.54	0.003021
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.99	0.02381
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.160	0.000031
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	B.1.160.16	0.000929
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.177	0.000013
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.73	0.000566
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	B.1.177.84	0.006667
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.179	0.003759
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.2	0.000009
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.211	0.025
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	B.1.221	0.000071
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.240	0.000216
ORF1ab/nsp1	113	E113M	GAA	ATG	1	1	B.1.258	0.000067
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.258.17	0.000104
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.260	0.003344
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	B.1.311	0.000275
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.338	0.008621
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.351	0.00003
ORF1ab/nsp1	113	E113X	Gaa	Taa	1	1	B.1.351.2	0.000303
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.36	0.000146
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.36.21	0.00216
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.427	0.00005
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.429	0.000024
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.439	0.005917
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.466.2	0.000391
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	B.1.564	0.000426
ORF1ab/nsp1	113	E113Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.575.1	0.002439
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	113	E113del1	gAa	g-a	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.596	0.000087
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	113	E113D	gaA	gaC	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	B.1.635	0.017544
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.637	0.000073
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	B.1.93	0.000934
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	C.17	0.055556
ORF1ab/nsp1	113	E113del	GAA	---	1	1	C.35	0.000774
ORF1ab/nsp1	113	E113G	gAa	gGa	1	1	P.1	0.000016
ORF1ab/nsp1	113	E113V	gAa	gTa	1	1	P.1.12	0.000484
ORF1ab/nsp1	113	E113E	gaA	gaG	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp1	113	E113A	gAa	gCa	1	1	P.1.14	0.000048
ORF1ab/nsp1	113	E113K	Gaa	Aaa	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.