CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : Mut = L37L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF10	37	L37L		syn	ctC	ctT	1915	1845	0.963446	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	ctC	ctA	1915	38	0.0198433	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	CtC	TtA	1915	23	0.0120104	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	ctC	ctG	1915	7	0.00365535	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	CtC	TtG	1915	2	0.00104439	29666-29668

Details of the mutation L37L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1845	1915	All	0.000353
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	38	1915	All	0.000007
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	23	1915	All	0.000004
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	7	1915	All	0.000001
ORF10	37	L37L	CtC	TtG	2	1915	All	0
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	344	359	B.1	0.003151
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	10	359	B.1	0.000092
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	5	359	B.1	0.000046
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	288	290	B.1.1.7	0.000258
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	2	290	B.1.1.7	0.000002
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	244	245	AY.103	0.001515
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	245	AY.103	0.000006
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	135	136	AY.4	0.00021
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	136	AY.4	0.000002
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	110	114	B.1.617.2	0.000414
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	4	114	B.1.617.2	0.000015
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	105	105	B.1.2	0.000925
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	81	82	AY.44	0.000493
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	82	AY.44	0.000006
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	27	32	B.1.177	0.000356
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	2	32	B.1.177	0.000026
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	2	32	B.1.177	0.000026
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	32	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	29	29	AY.5	0.000599
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	28	28	B.1.258.14	0.027451
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	24	24	AY.102	0.000636
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	14	14	B.1.429	0.000329
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	13	14	P.1	0.000205
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	14	P.1	0.000016
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	13	13	AY.9.2	0.000477
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	13	13	B.1.177.12	0.001972
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	12	12	AY.25	0.000072
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	10	12	B.1.160	0.000312
ORF10	37	L37L	CtC	TtG	1	12	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	12	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	11	11	AY.43	0.000049
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	11	11	AY.6	0.000452
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	9	10	B.1.1	0.000163
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	10	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	10	10	B.1.384	1
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	9	9	AY.39	0.000222
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	9	9	B.1.1.434	0.003137
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	9	B.1.221	0.000497
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	9	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	9	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	8	8	AY.74	0.000925
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	AY.26	0.000198
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	B.1.1.519	0.000278
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	B.1.564	0.002981
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	Q.4	0.003183
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	6		0.222222
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	6		0.055556
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	6		0.055556
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	6	6	AY.120	0.000223
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	6	6	AY.29	0.000095
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	5	AY.117	0.000338
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	5	AY.117	0.000085
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	5	AY.23	0.000209
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	5	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	5	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	2	5	B.1.146	0.008475
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	2	5	B.1.146	0.008475
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	5	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	5	5	B.1.177.44	0.002595
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	5	5	B.1.526	0.000118
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	5	5	C.36	0.004554
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	5	P.1.1	0.000953
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	5	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	5	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.100	0.000184
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	4	AY.20	0.000117
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	4	AY.20	0.000039
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.42	0.000161
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.47	0.000124
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.62	0.001743
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.1.181	0.018182
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	4	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	4	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	4	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.1.521	0.02139
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.258.3	0.0067
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.36	0.000584
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.525	0.000453
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.637	0.000292
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	A	0.001161
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.13	0.000483
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.3	0.00003
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.32	0.001597
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.61	0.000314
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.73	0.001996
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	3	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37L	CtC	TtG	1	3	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.1.409	0.002833
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.1.409	0.002833
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.1.409	0.002833
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.243	0.000209
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.36.18	0.001261
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.628	0.001057
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	P.1.9	0.014423
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	A.23.1	0.001408
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.121	0.000271
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.14	0.000176
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.27	0.000129
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.34	0.000194
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	AY.75	0.000056
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	2	AY.75	0.000056
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.78	0.003082
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.9	0.000135
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.98	0.000158
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.1.486	0.003155
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.177.35	0.001382
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.177.87	0.001456
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.351	0.000059
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.362.2	0.009434
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.369	0.00057
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.395	0.014085
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.565	0.001621
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.568	0.002222
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.577	0.001375
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	B.1.619	0.000871
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	2	B.1.619	0.000871
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.621	0.000177
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.625	0.004706
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	2	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	C.1.2	0.008511
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	C.37	0.000232
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	K.1	0.02381
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	2	K.1	0.02381
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	P.1.15	0.000465
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	R.1	0.00018
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	1	A.2.5	0.000499
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AD.2	0.000219
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.118	0.000063
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.30	0.000396
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.35	0.000233
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.40	0.000964
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.54	0.000095
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.67	0.000464
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.71	0.000475
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.86	0.00083
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.87	0.000833
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.92	0.000287
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.214.3	0.007143
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.237	0.004975
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.241	0.000812
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.264	0.012346
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.279	0.000514
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.426	0.001009
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.44	0.008333
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.444	0.015873
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.533	0.009615
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.545	0.014493
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.567	0.003333
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ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.31	0.003731
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ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	N.7	0.029412
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.