CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : CodonNum = 7

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF107F7deldelTTC---11311131129576-29578
ORF107F7FsynttCttT686686129576-29578
ORF107F7LnonsynttCttA3893260.83804629576-29578
ORF107F7LnonsynTtcCtc389400.10282829576-29578
ORF107F7LnonsynttCttG389230.05912629576-29578
ORF107F7SnonsyntTctCc54530.98148129576-29578
ORF107F7SnonsyntTCtCA5410.018518529576-29578
ORF107F7del2deltTCt--39200.51282129576-29578
ORF107F7del2delTTc--c39180.46153829576-29578
ORF107F7del2delTTC--N3910.02564129576-29578
ORF107F7CnonsyntTctGc2424129576-29578
ORF107F7VnonsynTtcGtc23160.69565229576-29578
ORF107F7VnonsynTtCGtT2360.2608729576-29578
ORF107F7VnonsynTtCGtG2310.043478329576-29578
ORF107F7del1delTtc-tc21130.61904829576-29578
ORF107F7del1delttCtt-2130.14285729576-29578
ORF107F7del1delTTc-Ac2120.095238129576-29578
ORF107F7del1delTTc-Gc2110.04761929576-29578
ORF107F7del1deltTCtC-2110.04761929576-29578
ORF107F7del1delTtC-tT2110.04761929576-29578
ORF107F7YnonsyntTctAc17160.94117629576-29578
ORF107F7YnonsyntTCtAT1710.058823529576-29578
ORF107F7InonsynTtcAtc16150.937529576-29578
ORF107F7InonsynTtCAtA1610.062529576-29578
ORF107F7RnonsynTTCAGG22129576-29578
ORF107F7NnonsynTTcAAc11129576-29578
ORF107F7PnonsynTTcCCc11129576-29578
ORF107F7DnonsynTTcGAc11129576-29578
ORF107F7GnonsynTTcGGc11129576-29578

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF107F7delTTC---11311131All0.000216
ORF107F7FttCttT686686All0.000131
ORF107F7delTTC---425425B.1.6270.858586
ORF107F7LttCttA326389All0.000062
ORF107F7LTtcCtc40389All0.000008
ORF107F7LttCttG23389All0.000004
ORF107F7delTTC---168168AY.40.000261
ORF107F7FttCttT164164B.1.1.70.000147
ORF107F7LttCttA145145B.1.1.1530.158817
ORF107F7delTTC---8383B.1.1.70.000074
ORF107F7FttCttT7575AY.40.000117
ORF107F7delTTC---6969B.1.617.20.00026
ORF107F7delTTC---6767AY.260.001897
ORF107F7LttCttA5858AY.330.003873
ORF107F7StTctCc5354All0.00001
ORF107F7StTCtCA154All0
ORF107F7FttCttT5353AY.250.000319
ORF107F7FttCttT4343C.370.004991
ORF107F7delTTC---4141AY.470.001275
ORF107F7del2tTCt--2039All0.000004
ORF107F7del2TTc--c1839All0.000003
ORF107F7del2TTC--N139All0
ORF107F7FttCttT3838B.10.000348
ORF107F7LttCttA2638B.1.1.70.000023
ORF107F7LttCttG1038B.1.1.70.000009
ORF107F7LTtcCtc238B.1.1.70.000002
ORF107F7delTTC---3333B.1.5260.000776
ORF107F7FttCttT3131B.1.1770.000408
ORF107F7delTTC---2929AY.250.000174
ORF107F7FttCttT2626B.1.1.1630.198473
ORF107F7StTctCc2626B.1.1.70.000023
ORF107F7CtTctGc2424All0.000005
ORF107F7VTtcGtc1623All0.000003
ORF107F7VTtCGtT623All0.000001
ORF107F7VTtCGtG123All0
ORF107F7del1Ttc-tc1321All0.000002
ORF107F7del1ttCtt-321All0.000001
ORF107F7del1TTc-Ac221All0
ORF107F7del1TTc-Gc121All0
ORF107F7del1TtC-tT121All0
ORF107F7del1tTCtC-121All0
ORF107F7LttCttA2121B.1.1600.000655
ORF107F7FttCttT2020AY.260.000566
ORF107F7delTTC---2020B.1.1.5190.000794
ORF107F7FttCttT2020B.1.617.20.000075
ORF107F7delTTC---1919B.10.000174
ORF107F7del2tTCt--1919B.1.160.140.040254
ORF107F7YtTctAc1617All0.000003
ORF107F7YtTCtAT117All0
ORF107F7FttCttT1717AY.440.000103
ORF107F7ITtcAtc1516All0.000003
ORF107F7ITtCAtA116All0
ORF107F7FttCttT1616B.1.1.3170.006587
ORF107F7FttCttT1515B.1.1110.017626
ORF107F7FttCttT1313AY.980.001027
ORF107F7delTTC---1212B.1.20.000106
ORF107F7LttCttA1112B.1.4290.000259
ORF107F7LTtcCtc112B.1.4290.000024
ORF107F7delTTC---1111AY.30.000109
ORF107F7delTTC---1111AY.440.000067
ORF107F7YtTctAc1111B.1.1.70.00001
ORF107F7LTtcCtc510B.1.617.20.000019
ORF107F7LttCttA510B.1.617.20.000019
ORF107F7delTTC---99AY.1020.000239
ORF107F7FttCttT99AY.430.00004
ORF107F7FttCttT99B.1.20.000079
ORF107F7LttCttG99B.1.5250.001018
ORF107F7FttCttT88AY.1030.00005
ORF107F7LttCttA88AY.250.000048
ORF107F7ITtcAtc88P.10.000126
ORF107F7delTTC---77AY.1030.000043
ORF107F7delTTC---77AY.370.002212
ORF107F7delTTC---66AY.1180.000376
ORF107F7delTTC---66AY.50.000124
ORF107F7LttCttA56B.10.000046
ORF107F7LTtcCtc16B.10.000009
ORF107F7delTTC---66B.1.1770.000079
ORF107F7LttCttA56B.1.5260.000118
ORF107F7LttCttG16B.1.5260.000024
ORF107F7delTTC---66B.1.5960.000523
ORF107F7VTtcGtc56B.1.617.20.000019
ORF107F7VTtCGtT16B.1.617.20.000004
ORF107F7FttCttT55AY.30.00005
ORF107F7LTtcCtc45AY.40.000006
ORF107F7LttCttA15AY.40.000002
ORF107F7FttCttT55AY.470.000156
ORF107F7FttCttT55B.1.10.000091
ORF107F7LttCttA55B.1.10.000091
ORF107F7delTTC---55B.1.10.000091
ORF107F7FttCttT55B.1.1.410.031646
ORF107F7VTtcGtc35B.1.1.70.000003
ORF107F7VTtCGtT25B.1.1.70.000002
ORF107F7FttCttT55B.1.6210.000443
ORF107F7FttCttT44AY.1000.000184
ORF107F7delTTC---44AY.390.000099
ORF107F7del1Ttc-tc24AY.40.000003
ORF107F7del1TTc-Gc14AY.40.000002
ORF107F7del1TTc-Ac14AY.40.000002
ORF107F7delTTC---44AY.430.000018
ORF107F7delTTC---44AY.540.000381
ORF107F7delTTC---44AY.90.00027
ORF107F7FttCttT44AY.9.20.000147
ORF107F7FttCttT44B.1.1.2220.000816
ORF107F7LttCttA44B.1.1.250.002274
ORF107F7StTctCc44B.1.177.580.005326
ORF107F7FttCttT44B.1.2430.000278
ORF107F7FttCttT44B.1.36.80.004
ORF107F7LTtcCtc23AY.1000.000092
ORF107F7LttCttA13AY.1000.000046
ORF107F7FttCttT33AY.1190.000106
ORF107F7LttCttA33AY.230.000209
ORF107F7del2TTc--c33AY.250.000018
ORF107F7del1Ttc-tc33AY.250.000018
ORF107F7FttCttT33AY.390.000074
ORF107F7ITtcAtc33AY.40.000005
ORF107F7FttCttT33AY.420.000121
ORF107F7StTctCc33AY.430.000013
ORF107F7VTtcGtc33AY.450.000365
ORF107F7StTctCc33B.10.000027
ORF107F7delTTC---33B.1.1.2220.000612
ORF107F7FttCttT33B.1.1600.000094
ORF107F7delTTC---33B.1.1600.000094
ORF107F7LTtcCtc33B.1.160.260.007264
ORF107F7del1Ttc-tc23B.1.2580.000133
ORF107F7del1TTc-Ac13B.1.2580.000067
ORF107F7delTTC---33B.1.258.110.001189
ORF107F7LttCttA23B.1.3110.000549
ORF107F7LttCttG13B.1.3110.000275
ORF107F7FttCttT33B.1.5650.002431
ORF107F7FttCttT33B.1.5960.000261
ORF107F7FttCttT33C.1.20.012766
ORF107F7delTTC---33P.10.000047
ORF107F7LttCttA22A.2.50.000998
ORF107F7RTTCAGG22All0
ORF107F7delTTC---22AY.1000.000092
ORF107F7LTtcCtc12AY.1020.000027
ORF107F7LttCttA12AY.1020.000027
ORF107F7StTctCc22AY.1030.000012
ORF107F7FttCttT22AY.116.10.000623
ORF107F7FttCttT22AY.200.000078
ORF107F7LTtcCtc22AY.270.000129
ORF107F7LTtcCtc12AY.390.000025
ORF107F7LttCttA12AY.390.000025
ORF107F7del2TTc--c22AY.40.000003
ORF107F7LttCttA22AY.4.50.000215
ORF107F7VTtCGtT12AY.430.000004
ORF107F7VTtCGtG12AY.430.000004
ORF107F7VTtcGtc22AY.5.30.000675
ORF107F7LTtcCtc22AY.530.000575
ORF107F7FttCttT22AY.600.001876
ORF107F7FttCttT22AY.750.000112
ORF107F7delTTC---22AY.750.000112
ORF107F7FttCttT22AY.870.001665
ORF107F7LttCttA22AY.9.20.000073
ORF107F7delTTC---22B0.000256
ORF107F7CtTctGc22B.1.1.2220.000408
ORF107F7LTtcCtc22B.1.1.5170.013605
ORF107F7StTctCc22B.1.1.5190.000079
ORF107F7del2TTc--c22B.1.1.70.000002
ORF107F7CtTctGc22B.1.1.70.000002
ORF107F7delTTC---22B.1.1.700.000682
ORF107F7delTTC---22B.1.1280.001271
ORF107F7CtTctGc22B.1.1840.117647
ORF107F7CtTctGc22B.1.20.000018
ORF107F7CtTctGc22B.1.2430.000139
ORF107F7delTTC---22B.1.3750.001639
ORF107F7delTTC---22B.1.4270.000101
ORF107F7FttCttT22B.1.4290.000047
ORF107F7delTTC---22B.1.438.10.000215
ORF107F7FttCttT22B.1.5750.000607
ORF107F7CtTctGc22B.1.617.20.000008
ORF107F7FttCttT22B.1.6280.000705
ORF107F7delTTC---22N.100.058824
ORF107F7FttCttT22P.10.000032
ORF107F7StTctCc22P.10.000032
ORF107F7delTTC---11A.20.000662
ORF107F7delTTC---11AD.10.004115
ORF107F7DTTcGAc11All0
ORF107F7PTTcCCc11All0
ORF107F7NTTcAAc11All0
ORF107F7GTTcGGc11All0
ORF107F7delTTC---11AY.1010.00049
ORF107F7LTtcCtc11AY.1030.000006
ORF107F7ITtcAtc11AY.1030.000006
ORF107F7delTTC---11AY.1070.000466
ORF107F7FttCttT11AY.1110.000183
ORF107F7LttCttA11AY.1170.000085
ORF107F7FttCttT11AY.1170.000085
ORF107F7del1TtC-tT11AY.1200.000037
ORF107F7delTTC---11AY.1200.000037
ORF107F7FttCttT11AY.120.10.000321
ORF107F7FttCttT11AY.130.000161
ORF107F7LttCttA11AY.140.000088
ORF107F7LTtcCtc11AY.16.10.00047
ORF107F7StTctCc11AY.200.000039
ORF107F7LTtcCtc11AY.200.000039
ORF107F7delTTC---11AY.230.00007
ORF107F7FttCttT11AY.230.00007
ORF107F7LttCttA11AY.23.10.000417
ORF107F7FttCttT11AY.23.10.000417
ORF107F7FttCttT11AY.240.000431
ORF107F7CtTctGc11AY.250.000006
ORF107F7StTctCc11AY.250.000006
ORF107F7VTtCGtT11AY.250.000006
ORF107F7LTtcCtc11AY.260.000028
ORF107F7del2TTc--c11AY.260.000028
ORF107F7delTTC---11AY.270.000065
ORF107F7delTTC---11AY.290.000016
ORF107F7FttCttT11AY.290.000016
ORF107F7delTTC---11AY.29.10.000221
ORF107F7del2TTc--c11AY.30.00001
ORF107F7del1ttCtt-11AY.30.00001
ORF107F7LTtcCtc11AY.30.00001
ORF107F7delTTC---11AY.3.10.000085
ORF107F7FttCttT11AY.3.10.000085
ORF107F7FttCttT11AY.300.000396
ORF107F7FttCttT11AY.340.000097
ORF107F7LTtcCtc11AY.340.000097
ORF107F7FttCttT11AY.350.000233
ORF107F7delTTC---11AY.360.000148
ORF107F7VTtcGtc11AY.390.000025
ORF107F7delTTC---11AY.39.10.00004
ORF107F7CtTctGc11AY.40.000002
ORF107F7LttCttA11AY.4.20.000022
ORF107F7FttCttT11AY.4.20.000022
ORF107F7delTTC---11AY.4.20.000022
ORF107F7delTTC---11AY.4.40.000409
ORF107F7GTTcGGc11AY.400.000964
ORF107F7LTtcCtc11AY.420.00004
ORF107F7del2TTc--c11AY.430.000004
ORF107F7LTtcCtc11AY.430.000004
ORF107F7NTTcAAc11AY.430.000004
ORF107F7del1Ttc-tc11AY.430.000004
ORF107F7LttCttA11AY.440.000006
ORF107F7StTctCc11AY.440.000006
ORF107F7CtTctGc11AY.440.000006
ORF107F7FttCttT11AY.450.000122
ORF107F7LTtcCtc11AY.450.000122
ORF107F7delTTC---11AY.46.60.000072
ORF107F7del2TTC--N11AY.470.000031
ORF107F7FttCttT11AY.50.000021
ORF107F7LTtcCtc11AY.510.000909
ORF107F7LTtcCtc11AY.570.000656
ORF107F7delTTC---11AY.610.000105
ORF107F7delTTC---11AY.620.000436
ORF107F7FttCttT11AY.620.000436
ORF107F7YtTctAc11AY.620.000436
ORF107F7delTTC---11AY.650.000533
ORF107F7delTTC---11AY.7.10.000113
ORF107F7FttCttT11AY.720.001361
ORF107F7LTtcCtc11AY.750.000056
ORF107F7CtTctGc11AY.75.10.00018
ORF107F7delTTC---11AY.75.10.00018
ORF107F7LttCttA11AY.860.00083
ORF107F7CtTctGc11AY.9.20.000037
ORF107F7LttCttA11AY.920.000287
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