CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : CodonNum = 6

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF106V6del2delgTTg--7627590.99606329573-29575
ORF106V6del2delGTt--t76230.0039370129573-29575
ORF106V6VsyngtTgtA7525420.72074529573-29575
ORF106V6VsyngtTgtC7521400.1861729573-29575
ORF106V6VsyngtTgtG752700.093085129573-29575
ORF106V6InonsynGttAtt4374350.99542329573-29575
ORF106V6InonsynGtTAtA43720.0045766629573-29575
ORF106V6FnonsynGttTtt2112100.99526129573-29575
ORF106V6FnonsynGtTTtC21110.0047393429573-29575
ORF106V6deldelGTT---165165129573-29575
ORF106V6AnonsyngTtgCt8585129573-29575
ORF106V6del1delgtTgt-76590.77631629573-29575
ORF106V6del1delgTtg-t76120.15789529573-29575
ORF106V6del1delGtt-tt7630.039473729573-29575
ORF106V6del1delgTTg-N7620.026315829573-29575
ORF106V6GnonsyngTtgGt14110.78571429573-29575
ORF106V6GnonsyngTTgGG1420.14285729573-29575
ORF106V6GnonsyngTTgGA1410.071428629573-29575
ORF106V6LnonsynGttCtt1090.929573-29575
ORF106V6LnonsynGtTTtG1010.129573-29575
ORF106V6SnonsynGTtAGt11129573-29575
ORF106V6DnonsyngTTgAC11129573-29575
ORF106V6MnonsynGtTAtG11129573-29575

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF106V6del2gTTg--759762All0.000145
ORF106V6del2GTt--t3762All0.000001
ORF106V6VgtTgtA542752All0.000104
ORF106V6VgtTgtC140752All0.000027
ORF106V6VgtTgtG70752All0.000013
ORF106V6IGttAtt435437All0.000083
ORF106V6IGtTAtA2437All0
ORF106V6VgtTgtA397437B.1.1.70.000355
ORF106V6VgtTgtC20437B.1.1.70.000018
ORF106V6VgtTgtG20437B.1.1.70.000018
ORF106V6del2gTTg--420420B.1.6270.848485
ORF106V6FGttTtt210211All0.00004
ORF106V6FGtTTtC1211All0
ORF106V6delGTT---165165All0.000032
ORF106V6del2gTTg--134134AY.40.000209
ORF106V6AgTtgCt8585All0.000016
ORF106V6del1gtTgt-5976All0.000011
ORF106V6del1gTtg-t1276All0.000002
ORF106V6del1Gtt-tt376All0.000001
ORF106V6del1gTTg-N276All0
ORF106V6IGttAtt7575B.1.5260.001763
ORF106V6del2gTTg--6767AY.260.001897
ORF106V6IGttAtt6666B.1.1.70.000059
ORF106V6IGttAtt6161AY.570.040026
ORF106V6FGttTtt4545B.1.1.70.00004
ORF106V6IGttAtt4445B.1.617.20.000166
ORF106V6IGtTAtA145B.1.617.20.000004
ORF106V6FGttTtt4343AY.40.000067
ORF106V6VgtTgtA3241B.1.1770.000421
ORF106V6VgtTgtC841B.1.1770.000105
ORF106V6VgtTgtG141B.1.1770.000013
ORF106V6IGttAtt3535AY.250.000211
ORF106V6VgtTgtC1934AY.40.00003
ORF106V6VgtTgtG1434AY.40.000022
ORF106V6VgtTgtA134AY.40.000002
ORF106V6delGTT---2929AY.250.000174
ORF106V6VgtTgtC2929B.1.1110.034078
ORF106V6del2gTTg--2727B.1.617.20.000102
ORF106V6IGttAtt2626AY.40.00004
ORF106V6VgtTgtC2424B.1.177.40.005065
ORF106V6del1gtTgt-2223AY.40.000034
ORF106V6del1gTTg-N123AY.40.000002
ORF106V6VgtTgtA2323Q.20.01411
ORF106V6VgtTgtA1621AY.430.000071
ORF106V6VgtTgtC421AY.430.000018
ORF106V6VgtTgtG121AY.430.000004
ORF106V6delGTT---2121B.1.5260.000494
ORF106V6del1gtTgt-1919B.1.1.5190.000755
ORF106V6del2gTTg--1717AY.470.000529
ORF106V6FGttTtt1717B.1.2220.028765
ORF106V6IGttAtt1616AY.30.000159
ORF106V6del2gTTg--1616B.1.1.70.000014
ORF106V6IGttAtt1515AY.1180.00094
ORF106V6delGTT---1515B.1.1.70.000013
ORF106V6GgTtgGt1114All0.000002
ORF106V6GgTTgGG214All0
ORF106V6GgTTgGA114All0
ORF106V6AgTtgCt1414AY.250.000084
ORF106V6AgTtgCt1212B.1.1.70.000011
ORF106V6FGttTtt1111B.1.617.20.000041
ORF106V6LGttCtt910All0.000002
ORF106V6LGtTTtG110All0
ORF106V6delGTT---1010AY.40.000016
ORF106V6delGTT---1010B.10.000092
ORF106V6del2gTTg--1010B.1.20.000088
ORF106V6VgtTgtG910B.1.20.000079
ORF106V6VgtTgtA110B.1.20.000009
ORF106V6AgTtgCt1010P.10.000158
ORF106V6VgtTgtA1010P.1.10.003177
ORF106V6IGttAtt99AY.1030.000056
ORF106V6IGttAtt99AY.440.000055
ORF106V6VgtTgtA69AY.98.10.000291
ORF106V6VgtTgtC39AY.98.10.000145
ORF106V6VgtTgtG99B.1.5250.001018
ORF106V6VgtTgtA88AY.1170.000676
ORF106V6AgTtgCt88AY.40.000012
ORF106V6LGttCtt78B.1.1.70.000006
ORF106V6LGtTTtG18B.1.1.70.000001
ORF106V6delGTT---88B.1.617.20.00003
ORF106V6delGTT---77AY.1030.000043
ORF106V6FGttTtt77AY.140.000616
ORF106V6del2gTTg--77B.10.000064
ORF106V6AgTtgCt77B.10.000064
ORF106V6FGttTtt66AY.190.006842
ORF106V6del2gTTg--66AY.370.001896
ORF106V6IGttAtt66AY.420.000241
ORF106V6IGttAtt66AY.430.000027
ORF106V6FGttTtt66AY.440.000037
ORF106V6AgTtgCt66AY.46.40.000987
ORF106V6VgtTgtC66B.1.1.1860.020619
ORF106V6FGttTtt66B.1.1.280.001867
ORF106V6VgtTgtA66B.1.617.20.000023
ORF106V6del2gTTg--55AY.30.00005
ORF106V6AgTtgCt55AY.420.000201
ORF106V6FGttTtt55AY.430.000022
ORF106V6VgtTgtA55AY.610.000524
ORF106V6IGttAtt55AY.70.00098
ORF106V6VgtTgtA35B.1.177.330.004934
ORF106V6VgtTgtC25B.1.177.330.003289
ORF106V6delGTT---55B.1.2580.000333
ORF106V6VgtTgtA55B.1.258.140.004902
ORF106V6IGttAtt55B.1.5390.087719
ORF106V6AgTtgCt55B.1.617.20.000019
ORF106V6IGttAtt44AY.20.001425
ORF106V6FGttTtt44AY.30.00004
ORF106V6delGTT---44AY.440.000024
ORF106V6IGttAtt44AY.46.10.004107
ORF106V6FGttTtt44AY.750.000224
ORF106V6delGTT---44AY.90.00027
ORF106V6del2gTTg--44B.1.10.000073
ORF106V6del1gtTgt-34B.1.1.70.000003
ORF106V6del1Gtt-tt14B.1.1.70.000001
ORF106V6VgtTgtA34B.1.1600.000094
ORF106V6VgtTgtC14B.1.1600.000031
ORF106V6IGttAtt44B.1.20.000035
ORF106V6del2gTTg--44B.1.5260.000094
ORF106V6delGTT---44B.1.6270.008081
ORF106V6FGttTtt33AY.100.00159
ORF106V6IGttAtt33AY.1000.000138
ORF106V6del2gTTg--33AY.250.000018
ORF106V6VgtTgtG23AY.290.000032
ORF106V6VgtTgtC13AY.290.000016
ORF106V6FGttTtt33AY.4.20.000065
ORF106V6VgtTgtC23AY.420.00008
ORF106V6VgtTgtA13AY.420.00004
ORF106V6delGTT---33AY.430.000013
ORF106V6del2gTTg--33AY.50.000062
ORF106V6del1gtTgt-33AY.540.000286
ORF106V6FGttTtt33B.10.000027
ORF106V6VgtTgtC23B.10.000018
ORF106V6VgtTgtG13B.10.000009
ORF106V6del1gtTgt-33B.1.1.2220.000612
ORF106V6GgTtgGt33B.1.1.70.000003
ORF106V6AgTtgCt33B.1.20.000026
ORF106V6del2gTTg--33B.1.258.110.001189
ORF106V6del2gTTg--33B.1.5960.000261
ORF106V6FGttTtt33B.1.617.10.000387
ORF106V6IGttAtt22AY.10.000791
ORF106V6IGttAtt22AY.1020.000053
ORF106V6VgtTgtA12AY.1020.000027
ORF106V6VgtTgtC12AY.1020.000027
ORF106V6FGttTtt22AY.1030.000012
ORF106V6VgtTgtA12AY.1030.000006
ORF106V6VgtTgtG12AY.1030.000006
ORF106V6GgTtgGt22AY.250.000012
ORF106V6IGttAtt22AY.260.000057
ORF106V6VgtTgtA22AY.30.00002
ORF106V6delGTT---22AY.30.00002
ORF106V6FGttTtt22AY.370.000632
ORF106V6IGttAtt22AY.390.000049
ORF106V6AgTtgCt22AY.390.000049
ORF106V6VgtTgtC22AY.39.10.000079
ORF106V6IGttAtt22AY.4.20.000043
ORF106V6del1gtTgt-12AY.440.000006
ORF106V6del1gTtg-t12AY.440.000006
ORF106V6VgtTgtA22AY.46.60.000144
ORF106V6delGTT---22AY.470.000062
ORF106V6VgtTgtC22AY.620.000871
ORF106V6del2gTTg--22B0.000256
ORF106V6IGttAtt22B0.000256
ORF106V6del1gTtg-t12B.10.000009
ORF106V6del1gtTgt-12B.10.000009
ORF106V6delGTT---22B.1.10.000036
ORF106V6FGttTtt22B.1.10.000036
ORF106V6del1gtTgt-12B.1.10.000018
ORF106V6GgTtgGt12B.1.10.000018
ORF106V6del1gTtg-t12B.1.10.000018
ORF106V6GgTTgGA12B.1.10.000018
ORF106V6FGttTtt22B.1.1.3260.003521
ORF106V6delGTT---22B.1.1600.000062
ORF106V6del2GTt--t12B.1.1600.000031
ORF106V6del2gTTg--12B.1.1600.000031
ORF106V6VgtTgtA22B.1.177.750.002081
ORF106V6delGTT---22B.1.20.000018
ORF106V6FGttTtt22B.1.20.000018
ORF106V6del1gtTgt-22B.1.3750.001639
ORF106V6VgtTgtC22B.1.4270.000101
ORF106V6delGTT---22B.1.5250.000226
ORF106V6del2gTTg--22B.1.5640.000852
ORF106V6delGTT---22B.1.5960.000174
ORF106V6del1gtTgt-22B.1.617.20.000008
ORF106V6IGttAtt22B.1.6210.000177
ORF106V6del1gTtg-t22B.1.6210.000177
ORF106V6delGTT---22P.10.000032
ORF106V6GgTtgGt110.055556
ORF106V6VgtTgtG11A0.000387
ORF106V6AgTtgCt11A.10.000282
ORF106V6VgtTgtC11A.10.000282
ORF106V6delGTT---11A.20.000662
ORF106V6del1gTtg-t11A.2.50.000499
ORF106V6VgtTgtA11A.2.5.20.001572
ORF106V6del2gTTg--11AD.10.004115
ORF106V6VgtTgtG11AE.80.000489
ORF106V6DgTTgAC11All0
ORF106V6MGtTAtG11All0
ORF106V6SGTtAGt11All0
ORF106V6IGttAtt11AV.10.005051
ORF106V6delGTT---11AY.1000.000046
ORF106V6del2gTTg--11AY.1000.000046
ORF106V6del2gTTg--11AY.1010.00049
ORF106V6FGttTtt11AY.1020.000027
ORF106V6del2gTTg--11AY.1020.000027
ORF106V6del1gTtg-t11AY.1020.000027
ORF106V6GgTtgGt11AY.1040.001984
ORF106V6FGttTtt11AY.1060.000335
ORF106V6del2gTTg--11AY.1070.000466
ORF106V6AgTtgCt11AY.1140.000231
ORF106V6IGttAtt11AY.1140.000231
ORF106V6del1Gtt-tt11AY.1170.000085
ORF106V6AgTtgCt11AY.1180.000063
ORF106V6IGttAtt11AY.1190.000035
ORF106V6IGttAtt11AY.1200.000037
ORF106V6delGTT---11AY.1200.000037
ORF106V6IGttAtt11AY.120.20.001285
ORF106V6FGttTtt11AY.1210.000135
ORF106V6FGttTtt11AY.200.000039
ORF106V6AgTtgCt11AY.230.00007
ORF106V6GgTtgGt11AY.230.00007
ORF106V6FGttTtt11AY.23.10.000417
ORF106V6del1gTtg-t11AY.250.000006
ORF106V6VgtTgtC11AY.250.000006
ORF106V6FGttTtt11AY.250.000006
ORF106V6delGTT---11AY.260.000028
ORF106V6FGttTtt11AY.260.000028
ORF106V6VgtTgtA11AY.270.000065
ORF106V6delGTT---11AY.290.000016
ORF106V6del1Gtt-tt11AY.290.000016
ORF106V6del2gTTg--11AY.29.10.000221
ORF106V6FGttTtt11AY.330.000067
ORF106V6VgtTgtA11AY.330.000067
ORF106V6FGttTtt11AY.340.000097
ORF106V6VgtTgtA11AY.340.000097
ORF106V6del2gTTg--11AY.360.000148
ORF106V6FGttTtt11AY.360.000148
ORF106V6IGttAtt11AY.370.000316
ORF106V6delGTT---11AY.380.000499
ORF106V6VgtTgtG11AY.390.000025
ORF106V6delGTT---11AY.39.10.00004
ORF106V6LGttCtt11AY.40.000002
ORF106V6delGTT---11AY.4.20.000022
ORF106V6IGttAtt11AY.4.50.000107
ORF106V6FGttTtt11AY.400.000964
ORF106V6del2gTTg--11AY.430.000004
ORF106V6AgTtgCt11AY.430.000004
ORF106V6del2gTTg--11AY.440.000006
ORF106V6LGttCtt11AY.450.000122
ORF106V6VgtTgtA11AY.46.40.000165
ORF106V6delGTT---11AY.46.60.000072
ORF106V6del1gTTg-N11AY.470.000031
ORF106V6FGttTtt11AY.470.000031
ORF106V6delGTT---11AY.50.000021
ORF106V6FGttTtt11AY.5.40.000277
ORF106V6SGTtAGt11AY.510.000909
ORF106V6del2gTTg--11AY.540.000095
ORF106V6FGttTtt11AY.540.000095
ORF106V6IGttAtt11AY.550.000917
ORF106V6IGttAtt11AY.560.001605
ORF106V6VgtTgtG11AY.590.00053
ORF106V6IGttAtt11AY.60.000041
ORF106V6FGttTtt11AY.60.000041
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