CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : CodonNum = 6

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF106V6del2delgTTg--7627590.99606329573-29575
ORF106V6del2delGTt--t76230.0039370129573-29575
ORF106V6VsyngtTgtA7525420.72074529573-29575
ORF106V6VsyngtTgtC7521400.1861729573-29575
ORF106V6VsyngtTgtG752700.093085129573-29575
ORF106V6InonsynGttAtt4374350.99542329573-29575
ORF106V6InonsynGtTAtA43720.0045766629573-29575
ORF106V6FnonsynGttTtt2112100.99526129573-29575
ORF106V6FnonsynGtTTtC21110.0047393429573-29575
ORF106V6deldelGTT---165165129573-29575
ORF106V6AnonsyngTtgCt8585129573-29575
ORF106V6del1delgtTgt-76590.77631629573-29575
ORF106V6del1delgTtg-t76120.15789529573-29575
ORF106V6del1delGtt-tt7630.039473729573-29575
ORF106V6del1delgTTg-N7620.026315829573-29575
ORF106V6GnonsyngTtgGt14110.78571429573-29575
ORF106V6GnonsyngTTgGG1420.14285729573-29575
ORF106V6GnonsyngTTgGA1410.071428629573-29575
ORF106V6LnonsynGttCtt1090.929573-29575
ORF106V6LnonsynGtTTtG1010.129573-29575
ORF106V6SnonsynGTtAGt11129573-29575
ORF106V6DnonsyngTTgAC11129573-29575
ORF106V6MnonsynGtTAtG11129573-29575

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF106V6del2gTTg--759762All0.000145
ORF106V6del2GTt--t3762All0.000001
ORF106V6VgtTgtA542752All0.000104
ORF106V6VgtTgtC140752All0.000027
ORF106V6VgtTgtG70752All0.000013
ORF106V6IGttAtt435437All0.000083
ORF106V6IGtTAtA2437All0
ORF106V6VgtTgtA397437B.1.1.70.000355
ORF106V6VgtTgtC20437B.1.1.70.000018
ORF106V6VgtTgtG20437B.1.1.70.000018
ORF106V6del2gTTg--420420B.1.6270.848485
ORF106V6FGttTtt210211All0.00004
ORF106V6FGtTTtC1211All0
ORF106V6delGTT---165165All0.000032
ORF106V6del2gTTg--134134AY.40.000209
ORF106V6AgTtgCt8585All0.000016
ORF106V6del1gtTgt-5976All0.000011
ORF106V6del1gTtg-t1276All0.000002
ORF106V6del1Gtt-tt376All0.000001
ORF106V6del1gTTg-N276All0
ORF106V6IGttAtt7575B.1.5260.001763
ORF106V6del2gTTg--6767AY.260.001897
ORF106V6IGttAtt6666B.1.1.70.000059
ORF106V6IGttAtt6161AY.570.040026
ORF106V6FGttTtt4545B.1.1.70.00004
ORF106V6IGttAtt4445B.1.617.20.000166
ORF106V6IGtTAtA145B.1.617.20.000004
ORF106V6FGttTtt4343AY.40.000067
ORF106V6VgtTgtA3241B.1.1770.000421
ORF106V6VgtTgtC841B.1.1770.000105
ORF106V6VgtTgtG141B.1.1770.000013
ORF106V6IGttAtt3535AY.250.000211
ORF106V6VgtTgtC1934AY.40.00003
ORF106V6VgtTgtG1434AY.40.000022
ORF106V6VgtTgtA134AY.40.000002
ORF106V6delGTT---2929AY.250.000174
ORF106V6VgtTgtC2929B.1.1110.034078
ORF106V6del2gTTg--2727B.1.617.20.000102
ORF106V6IGttAtt2626AY.40.00004
ORF106V6VgtTgtC2424B.1.177.40.005065
ORF106V6del1gtTgt-2223AY.40.000034
ORF106V6del1gTTg-N123AY.40.000002
ORF106V6VgtTgtA2323Q.20.01411
ORF106V6VgtTgtA1621AY.430.000071
ORF106V6VgtTgtC421AY.430.000018
ORF106V6VgtTgtG121AY.430.000004
ORF106V6delGTT---2121B.1.5260.000494
ORF106V6del1gtTgt-1919B.1.1.5190.000755
ORF106V6del2gTTg--1717AY.470.000529
ORF106V6FGttTtt1717B.1.2220.028765
ORF106V6IGttAtt1616AY.30.000159
ORF106V6del2gTTg--1616B.1.1.70.000014
ORF106V6IGttAtt1515AY.1180.00094
ORF106V6delGTT---1515B.1.1.70.000013
ORF106V6GgTtgGt1114All0.000002
ORF106V6GgTTgGG214All0
ORF106V6GgTTgGA114All0
ORF106V6AgTtgCt1414AY.250.000084
ORF106V6AgTtgCt1212B.1.1.70.000011
ORF106V6FGttTtt1111B.1.617.20.000041
ORF106V6LGttCtt910All0.000002
ORF106V6LGtTTtG110All0
ORF106V6delGTT---1010AY.40.000016
ORF106V6delGTT---1010B.10.000092
ORF106V6del2gTTg--1010B.1.20.000088
ORF106V6VgtTgtG910B.1.20.000079
ORF106V6VgtTgtA110B.1.20.000009
ORF106V6AgTtgCt1010P.10.000158
ORF106V6VgtTgtA1010P.1.10.003177
ORF106V6IGttAtt99AY.1030.000056
ORF106V6IGttAtt99AY.440.000055
ORF106V6VgtTgtA69AY.98.10.000291
ORF106V6VgtTgtC39AY.98.10.000145
ORF106V6VgtTgtG99B.1.5250.001018
ORF106V6VgtTgtA88AY.1170.000676
ORF106V6AgTtgCt88AY.40.000012
ORF106V6LGttCtt78B.1.1.70.000006
ORF106V6LGtTTtG18B.1.1.70.000001
ORF106V6delGTT---88B.1.617.20.00003
ORF106V6delGTT---77AY.1030.000043
ORF106V6FGttTtt77AY.140.000616
ORF106V6del2gTTg--77B.10.000064
ORF106V6AgTtgCt77B.10.000064
ORF106V6FGttTtt66AY.190.006842
ORF106V6del2gTTg--66AY.370.001896
ORF106V6IGttAtt66AY.420.000241
ORF106V6IGttAtt66AY.430.000027
ORF106V6FGttTtt66AY.440.000037
ORF106V6AgTtgCt66AY.46.40.000987
ORF106V6VgtTgtC66B.1.1.1860.020619
ORF106V6FGttTtt66B.1.1.280.001867
ORF106V6VgtTgtA66B.1.617.20.000023
ORF106V6del2gTTg--55AY.30.00005
ORF106V6AgTtgCt55AY.420.000201
ORF106V6FGttTtt55AY.430.000022
ORF106V6VgtTgtA55AY.610.000524
ORF106V6IGttAtt55AY.70.00098
ORF106V6VgtTgtA35B.1.177.330.004934
ORF106V6VgtTgtC25B.1.177.330.003289
ORF106V6delGTT---55B.1.2580.000333
ORF106V6VgtTgtA55B.1.258.140.004902
ORF106V6IGttAtt55B.1.5390.087719
ORF106V6AgTtgCt55B.1.617.20.000019
ORF106V6IGttAtt44AY.20.001425
ORF106V6FGttTtt44AY.30.00004
ORF106V6delGTT---44AY.440.000024
ORF106V6IGttAtt44AY.46.10.004107
ORF106V6FGttTtt44AY.750.000224
ORF106V6delGTT---44AY.90.00027
ORF106V6del2gTTg--44B.1.10.000073
ORF106V6del1gtTgt-34B.1.1.70.000003
ORF106V6del1Gtt-tt14B.1.1.70.000001
ORF106V6VgtTgtA34B.1.1600.000094
ORF106V6VgtTgtC14B.1.1600.000031
ORF106V6IGttAtt44B.1.20.000035
ORF106V6del2gTTg--44B.1.5260.000094
ORF106V6delGTT---44B.1.6270.008081
ORF106V6FGttTtt33AY.100.00159
ORF106V6IGttAtt33AY.1000.000138
ORF106V6del2gTTg--33AY.250.000018
ORF106V6VgtTgtG23AY.290.000032
ORF106V6VgtTgtC13AY.290.000016
ORF106V6FGttTtt33AY.4.20.000065
ORF106V6VgtTgtC23AY.420.00008
ORF106V6VgtTgtA13AY.420.00004
ORF106V6delGTT---33AY.430.000013
ORF106V6del2gTTg--33AY.50.000062
ORF106V6del1gtTgt-33AY.540.000286
ORF106V6FGttTtt33B.10.000027
ORF106V6VgtTgtC23B.10.000018
ORF106V6VgtTgtG13B.10.000009
ORF106V6del1gtTgt-33B.1.1.2220.000612
ORF106V6GgTtgGt33B.1.1.70.000003
ORF106V6AgTtgCt33B.1.20.000026
ORF106V6del2gTTg--33B.1.258.110.001189
ORF106V6del2gTTg--33B.1.5960.000261
ORF106V6FGttTtt33B.1.617.10.000387
ORF106V6IGttAtt22AY.10.000791
ORF106V6IGttAtt22AY.1020.000053
ORF106V6VgtTgtA12AY.1020.000027
ORF106V6VgtTgtC12AY.1020.000027
ORF106V6FGttTtt22AY.1030.000012
ORF106V6VgtTgtA12AY.1030.000006
ORF106V6VgtTgtG12AY.1030.000006
ORF106V6GgTtgGt22AY.250.000012
ORF106V6IGttAtt22AY.260.000057
ORF106V6VgtTgtA22AY.30.00002
ORF106V6delGTT---22AY.30.00002
ORF106V6FGttTtt22AY.370.000632
ORF106V6IGttAtt22AY.390.000049
ORF106V6AgTtgCt22AY.390.000049
ORF106V6VgtTgtC22AY.39.10.000079
ORF106V6IGttAtt22AY.4.20.000043
ORF106V6del1gtTgt-12AY.440.000006
ORF106V6del1gTtg-t12AY.440.000006
ORF106V6VgtTgtA22AY.46.60.000144
ORF106V6delGTT---22AY.470.000062
ORF106V6VgtTgtC22AY.620.000871
ORF106V6del2gTTg--22B0.000256
ORF106V6IGttAtt22B0.000256
ORF106V6del1gTtg-t12B.10.000009
ORF106V6del1gtTgt-12B.10.000009
ORF106V6delGTT---22B.1.10.000036
ORF106V6FGttTtt22B.1.10.000036
ORF106V6del1gtTgt-12B.1.10.000018
ORF106V6GgTtgGt12B.1.10.000018
ORF106V6del1gTtg-t12B.1.10.000018
ORF106V6GgTTgGA12B.1.10.000018
ORF106V6FGttTtt22B.1.1.3260.003521
ORF106V6delGTT---22B.1.1600.000062
ORF106V6del2GTt--t12B.1.1600.000031
ORF106V6del2gTTg--12B.1.1600.000031
ORF106V6VgtTgtA22B.1.177.750.002081
ORF106V6delGTT---22B.1.20.000018
ORF106V6FGttTtt22B.1.20.000018
ORF106V6del1gtTgt-22B.1.3750.001639
ORF106V6VgtTgtC22B.1.4270.000101
ORF106V6delGTT---22B.1.5250.000226
ORF106V6del2gTTg--22B.1.5640.000852
ORF106V6delGTT---22B.1.5960.000174
ORF106V6del1gtTgt-22B.1.617.20.000008
ORF106V6IGttAtt22B.1.6210.000177
ORF106V6del1gTtg-t22B.1.6210.000177
ORF106V6delGTT---22P.10.000032
ORF106V6GgTtgGt110.055556
ORF106V6VgtTgtG11A0.000387
ORF106V6AgTtgCt11A.10.000282
ORF106V6VgtTgtC11A.10.000282
ORF106V6delGTT---11A.20.000662
ORF106V6del1gTtg-t11A.2.50.000499
ORF106V6VgtTgtA11A.2.5.20.001572
ORF106V6del2gTTg--11AD.10.004115
ORF106V6VgtTgtG11AE.80.000489
ORF106V6DgTTgAC11All0
ORF106V6MGtTAtG11All0
ORF106V6SGTtAGt11All0
ORF106V6IGttAtt11AV.10.005051
ORF106V6delGTT---11AY.1000.000046
ORF106V6del2gTTg--11AY.1000.000046
ORF106V6del2gTTg--11AY.1010.00049
ORF106V6FGttTtt11AY.1020.000027
ORF106V6del2gTTg--11AY.1020.000027
ORF106V6del1gTtg-t11AY.1020.000027
ORF106V6GgTtgGt11AY.1040.001984
ORF106V6FGttTtt11AY.1060.000335
ORF106V6del2gTTg--11AY.1070.000466
ORF106V6AgTtgCt11AY.1140.000231
ORF106V6IGttAtt11AY.1140.000231
ORF106V6del1Gtt-tt11AY.1170.000085
ORF106V6AgTtgCt11AY.1180.000063
ORF106V6IGttAtt11AY.1190.000035
ORF106V6IGttAtt11AY.1200.000037
ORF106V6delGTT---11AY.1200.000037
ORF106V6IGttAtt11AY.120.20.001285
ORF106V6FGttTtt11AY.1210.000135
ORF106V6FGttTtt11AY.200.000039
ORF106V6AgTtgCt11AY.230.00007
ORF106V6GgTtgGt11AY.230.00007
ORF106V6FGttTtt11AY.23.10.000417
ORF106V6del1gTtg-t11AY.250.000006
ORF106V6VgtTgtC11AY.250.000006
ORF106V6FGttTtt11AY.250.000006
ORF106V6delGTT---11AY.260.000028
ORF106V6FGttTtt11AY.260.000028
ORF106V6VgtTgtA11AY.270.000065
ORF106V6delGTT---11AY.290.000016
ORF106V6del1Gtt-tt11AY.290.000016
ORF106V6del2gTTg--11AY.29.10.000221
ORF106V6FGttTtt11AY.330.000067
ORF106V6VgtTgtA11AY.330.000067
ORF106V6FGttTtt11AY.340.000097
ORF106V6VgtTgtA11AY.340.000097
ORF106V6del2gTTg--11AY.360.000148
ORF106V6FGttTtt11AY.360.000148
ORF106V6IGttAtt11AY.370.000316
ORF106V6delGTT---11AY.380.000499
ORF106V6VgtTgtG11AY.390.000025
ORF106V6delGTT---11AY.39.10.00004
ORF106V6LGttCtt11AY.40.000002
ORF106V6delGTT---11AY.4.20.000022
ORF106V6IGttAtt11AY.4.50.000107
ORF106V6FGttTtt11AY.400.000964
ORF106V6del2gTTg--11AY.430.000004
ORF106V6AgTtgCt11AY.430.000004
ORF106V6del2gTTg--11AY.440.000006
ORF106V6LGttCtt11AY.450.000122
ORF106V6VgtTgtA11AY.46.40.000165
ORF106V6delGTT---11AY.46.60.000072
ORF106V6del1gTTg-N11AY.470.000031
ORF106V6FGttTtt11AY.470.000031
ORF106V6delGTT---11AY.50.000021
ORF106V6FGttTtt11AY.5.40.000277
ORF106V6SGTtAGt11AY.510.000909
ORF106V6del2gTTg--11AY.540.000095
ORF106V6FGttTtt11AY.540.000095
ORF106V6IGttAtt11AY.550.000917
ORF106V6IGttAtt11AY.560.001605
ORF106V6VgtTgtG11AY.590.00053
ORF106V6IGttAtt11AY.60.000041
ORF106V6FGttTtt11AY.60.000041
ORF106V6del2gTTg--11AY.610.000105
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.