CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : CodonNum = 39

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1039X39YnonsyntaGtaT4914620.94093729672-29674
ORF1039X39YnonsyntaGtaC491290.059063129672-29674
ORF1039X39XsyntaGtaA3973960.99748129672-29674
ORF1039X39XsyntAGtGA39710.0025188929672-29674
ORF1039X39QnonsynTagCag2562540.99218829672-29674
ORF1039X39QnonsynTaGCaA25620.007812529672-29674
ORF1039X39LnonsyntAgtTg1211040.85950429672-29674
ORF1039X39LnonsyntAGtTA121120.099173629672-29674
ORF1039X39LnonsynTAGCTT12120.016528929672-29674
ORF1039X39LnonsynTAGCTC12110.0082644629672-29674
ORF1039X39LnonsynTAGCTA12110.0082644629672-29674
ORF1039X39LnonsynTAgCTg12110.0082644629672-29674
ORF1039X39WnonsyntAgtGg105105129672-29674
ORF1039X39deldelTAG---101101129672-29674
ORF1039X39KnonsynTagAag39300.76923129672-29674
ORF1039X39KnonsynTaGAaA3990.23076929672-29674
ORF1039X39SnonsyntAgtCg34320.94117629672-29674
ORF1039X39SnonsynTAGAGT3410.029411829672-29674
ORF1039X39SnonsyntAGtCT3410.029411829672-29674
ORF1039X39InonsynTAGATA1370.53846229672-29674
ORF1039X39InonsynTAGATT1350.38461529672-29674
ORF1039X39InonsynTAGATC1310.076923129672-29674
ORF1039X39NnonsynTaGAaT12100.83333329672-29674
ORF1039X39NnonsynTaGAaC1220.16666729672-29674
ORF1039X39FnonsyntAGtTT1190.81818229672-29674
ORF1039X39FnonsyntAGtTC1120.18181829672-29674
ORF1039X39MnonsynTAgATg99129672-29674
ORF1039X39HnonsynTaGCaC850.62529672-29674
ORF1039X39HnonsynTaGCaT830.37529672-29674
ORF1039X39EnonsynTagGag430.7529672-29674
ORF1039X39del2deltAGt--430.7529672-29674
ORF1039X39del2delTAg--g410.2529672-29674
ORF1039X39EnonsynTaGGaA410.2529672-29674
ORF1039X39VnonsynTAGGTA310.33333329672-29674
ORF1039X39VnonsynTAGGTT310.33333329672-29674
ORF1039X39VnonsynTAgGTg310.33333329672-29674
ORF1039X39CnonsyntAGtGT22129672-29674
ORF1039X39del1deltaGta-22129672-29674
ORF1039X39RnonsynTAgAGg210.529672-29674
ORF1039X39RnonsynTAGAGA210.529672-29674
ORF1039X39TnonsynTAgACg210.529672-29674
ORF1039X39TnonsynTAGACT210.529672-29674
ORF1039X39DnonsynTaGGaT11129672-29674

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1039X39YtaGtaT462491All0.000088
ORF1039X39YtaGtaC29491All0.000006
ORF1039X39XtaGtaA396397All0.000076
ORF1039X39XtAGtGA1397All0
ORF1039X39QTagCag254256All0.000049
ORF1039X39QTaGCaA2256All0
ORF1039X39QTagCag162162B.10.001484
ORF1039X39LtAgtTg104121All0.00002
ORF1039X39LtAGtTA12121All0.000002
ORF1039X39LTAGCTT2121All0
ORF1039X39LTAgCTg1121All0
ORF1039X39LTAGCTA1121All0
ORF1039X39LTAGCTC1121All0
ORF1039X39WtAgtGg105105All0.00002
ORF1039X39delTAG---101101All0.000019
ORF1039X39YtaGtaT9191B.1.1.3330.097955
ORF1039X39YtaGtaT8585AY.250.000511
ORF1039X39XtaGtaA7979B.1.617.20.000297
ORF1039X39WtAgtGg6565AY.250.000391
ORF1039X39YtaGtaT6060AY.4.20.001301
ORF1039X39LtAgtTg4747C.350.036378
ORF1039X39XtaGtaA4646AY.780.070878
ORF1039X39XtaGtaA4242B.1.1.70.000038
ORF1039X39KTagAag3039All0.000006
ORF1039X39KTaGAaA939All0.000002
ORF1039X39StAgtCg3234All0.000006
ORF1039X39StAGtCT134All0
ORF1039X39STAGAGT134All0
ORF1039X39YtaGtaT2934B.1.1.70.000026
ORF1039X39YtaGtaC534B.1.1.70.000004
ORF1039X39QTagCag2727AY.40.000042
ORF1039X39XtaGtaA2525B.1.258.170.002599
ORF1039X39YtaGtaT1920B.1.617.20.000072
ORF1039X39YtaGtaC120B.1.617.20.000004
ORF1039X39XtaGtaA1818AY.1020.000477
ORF1039X39LtAgtTg1718B.10.000156
ORF1039X39LtAGtTA118B.10.000009
ORF1039X39YtaGtaT1818B.1.4270.000909
ORF1039X39XtaGtaA1717AY.50.000351
ORF1039X39XtaGtaA1616AY.390.000395
ORF1039X39StAgtCg1515AY.1020.000398
ORF1039X39delTAG---1515B.1.1.70.000013
ORF1039X39ITAGATA713All0.000001
ORF1039X39ITAGATT513All0.000001
ORF1039X39ITAGATC113All0
ORF1039X39YtaGtaT1313AY.40.00002
ORF1039X39XtaGtaA1313AY.430.000058
ORF1039X39NTaGAaT1012All0.000002
ORF1039X39NTaGAaC212All0
ORF1039X39XtaGtaA1212AY.1030.000075
ORF1039X39YtaGtaT1112B.1.10.0002
ORF1039X39YtaGtaC112B.1.10.000018
ORF1039X39FtAGtTT911All0.000002
ORF1039X39FtAGtTC211All0
ORF1039X39LtAgtTg1111AY.40.000017
ORF1039X39XtaGtaA1111B.10.000101
ORF1039X39YtaGtaT911B.10.000082
ORF1039X39YtaGtaC211B.10.000018
ORF1039X39delTAG---1111B.1.1770.000145
ORF1039X39YtaGtaT1010AY.440.000061
ORF1039X39MTAgATg99All0.000002
ORF1039X39XtaGtaA99AY.40.000014
ORF1039X39HTaGCaC58All0.000001
ORF1039X39HTaGCaT38All0.000001
ORF1039X39delTAG---88AY.250.000048
ORF1039X39WtAgtGg88AY.40.000012
ORF1039X39YtaGtaT88AY.430.000035
ORF1039X39KTagAag88AY.430.000035
ORF1039X39XtaGtaA88B.1.20.00007
ORF1039X39YtaGtaT48P.10.000063
ORF1039X39YtaGtaC48P.10.000063
ORF1039X39WtAgtGg77AY.1030.000043
ORF1039X39XtaGtaA77AY.250.000042
ORF1039X39XtaGtaA77AY.330.000467
ORF1039X39QTagCag67B.1.1.70.000005
ORF1039X39QTaGCaA17B.1.1.70.000001
ORF1039X39LtAGtTA27B.1.177.810.000379
ORF1039X39LtAgtTg27B.1.177.810.000379
ORF1039X39LTAGCTT17B.1.177.810.000189
ORF1039X39LTAgCTg17B.1.177.810.000189
ORF1039X39LTAGCTA17B.1.177.810.000189
ORF1039X39YtaGtaC56AY.470.000156
ORF1039X39YtaGtaT16AY.470.000031
ORF1039X39XtaGtaA66B.1.177.810.001136
ORF1039X39YtaGtaT56D.20.000375
ORF1039X39YtaGtaC16D.20.000075
ORF1039X39YtaGtaT55AY.1020.000133
ORF1039X39QTagCag55AY.200.000194
ORF1039X39WtAgtGg55AY.210.009488
ORF1039X39XtaGtaA55AY.260.000142
ORF1039X39XtaGtaA55AY.290.000079
ORF1039X39StAgtCg55AY.390.000124
ORF1039X39StAgtCg55AY.40.000008
ORF1039X39delTAG---55AY.440.00003
ORF1039X39QTagCag55AY.50.000103
ORF1039X39delTAG---55B.10.000046
ORF1039X39XtaGtaA55B.1.1600.000156
ORF1039X39delTAG---55B.1.20.000044
ORF1039X39YtaGtaT55B.1.20.000044
ORF1039X39delTAG---55B.1.2580.000333
ORF1039X39XtaGtaA55P.10.000079
ORF1039X39KTaGAaA340.166667
ORF1039X39LtAGtTA240.111111
ORF1039X39LtAgtTg240.111111
ORF1039X39KTagAag140.055556
ORF1039X39XtaGtaA44AD.20.000876
ORF1039X39ETagGag34All0.000001
ORF1039X39del2tAGt--34All0.000001
ORF1039X39del2TAg--g14All0
ORF1039X39ETaGGaA14All0
ORF1039X39YtaGtaT34AY.1030.000019
ORF1039X39YtaGtaC14AY.1030.000006
ORF1039X39QTagCag44AY.430.000018
ORF1039X39YtaGtaT44AY.9.10.000335
ORF1039X39NTaGAaT34B.1.10.000054
ORF1039X39NTaGAaC14B.1.10.000018
ORF1039X39YtaGtaT44B.1.1.4340.001394
ORF1039X39LtAgtTg44B.1.1.70.000004
ORF1039X39LtAGtTA24B.1.177.330.003289
ORF1039X39LtAgtTg24B.1.177.330.003289
ORF1039X39YtaGtaT44B.1.177.810.000757
ORF1039X39YtaGtaT44B.1.3510.000119
ORF1039X39QTagCag44B.1.5450.057971
ORF1039X39delTAG---44B.1.617.20.000015
ORF1039X39StAgtCg44B.1.617.20.000015
ORF1039X39VTAGGTT13All0
ORF1039X39VTAgGTg13All0
ORF1039X39VTAGGTA13All0
ORF1039X39QTagCag33AY.30.00003
ORF1039X39YtaGtaT33AY.340.000291
ORF1039X39XtaGtaA33AY.4.20.000065
ORF1039X39YtaGtaT33AY.60.000123
ORF1039X39QTagCag33AY.60.000123
ORF1039X39YtaGtaC33AY.940.001328
ORF1039X39KTagAag23B.10.000018
ORF1039X39KTaGAaA13B.10.000009
ORF1039X39KTagAag33B.1.10.000054
ORF1039X39ITAGATT23B.1.10.000036
ORF1039X39FtAGtTT23B.1.10.000036
ORF1039X39ITAGATC13B.1.10.000018
ORF1039X39FtAGtTC13B.1.10.000018
ORF1039X39YtaGtaT33B.1.1.3060.001315
ORF1039X39WtAgtGg33B.1.1.70.000003
ORF1039X39KTagAag23B.1.1600.000062
ORF1039X39LtAgtTg23B.1.1600.000062
ORF1039X39LtAGtTA13B.1.1600.000031
ORF1039X39KTaGAaA13B.1.1600.000031
ORF1039X39XtaGtaA33B.1.1770.00004
ORF1039X39delTAG---33B.1.2210.000213
ORF1039X39YtaGtaT33B.1.2430.000209
ORF1039X39YtaGtaT33B.1.4290.000071
ORF1039X39WtAgtGg33B.1.617.20.000011
ORF1039X39WtAgtGg33P.10.000047
ORF1039X39delTAG---33P.10.000047
ORF1039X39KTagAag23P.1.10.000635
ORF1039X39StAgtCg13P.1.10.000318
ORF1039X39STAGAGT13P.1.10.000318
ORF1039X39StAGtCT13P.1.10.000318
ORF1039X39KTaGAaA13P.1.10.000318
ORF1039X39XtaGtaA220.111111
ORF1039X39delTAG---22AD.20.000438
ORF1039X39del1taGta-22All0
ORF1039X39CtAGtGT22All0
ORF1039X39TTAgACg12All0
ORF1039X39RTAGAGA12All0
ORF1039X39TTAGACT12All0
ORF1039X39RTAgAGg12All0
ORF1039X39QTagCag22AY.1030.000012
ORF1039X39YtaGtaT22AY.1190.000071
ORF1039X39XtaGtaA22AY.16.10.00094
ORF1039X39XtaGtaA22AY.200.000078
ORF1039X39LtAgtTg12AY.200.000039
ORF1039X39ITAGATA12AY.200.000039
ORF1039X39LtAGtTA12AY.200.000039
ORF1039X39ITAGATT12AY.200.000039
ORF1039X39XtaGtaA22AY.230.000139
ORF1039X39YtaGtaT22AY.290.000032
ORF1039X39QTagCag22AY.290.000032
ORF1039X39YtaGtaT22AY.30.00002
ORF1039X39delTAG---22AY.3.10.000171
ORF1039X39YtaGtaT22AY.34.10.00102
ORF1039X39YtaGtaT22AY.390.000049
ORF1039X39HTaGCaT12AY.39.10.00004
ORF1039X39LTAGCTT12AY.39.10.00004
ORF1039X39HTaGCaC12AY.39.10.00004
ORF1039X39FtAGtTT12AY.39.10.00004
ORF1039X39FtAGtTC12AY.39.10.00004
ORF1039X39YtaGtaT12AY.39.10.00004
ORF1039X39LTAGCTC12AY.39.10.00004
ORF1039X39YtaGtaC12AY.39.10.00004
ORF1039X39delTAG---22AY.40.000003
ORF1039X39LtAgtTg22AY.4.20.000043
ORF1039X39YtaGtaC12AY.420.00004
ORF1039X39YtaGtaT12AY.420.00004
ORF1039X39LtAgtTg22AY.430.000009
ORF1039X39XtaGtaA22AY.440.000012
ORF1039X39XtaGtaA22AY.580.001815
ORF1039X39XtaGtaA22AY.750.000112
ORF1039X39delTAG---22AY.750.000112
ORF1039X39YtaGtaT22AY.75.10.000361
ORF1039X39ITAGATA12B.10.000009
ORF1039X39ITAGATT12B.10.000009
ORF1039X39LtAgtTg22B.1.10.000036
ORF1039X39MTAgATg22B.1.10.000036
ORF1039X39XtaGtaA22B.1.10.000036
ORF1039X39delTAG---22B.1.1.1940.009901
ORF1039X39XtaGtaA22B.1.1.5190.000079
ORF1039X39NTaGAaC12B.1.1390.000733
ORF1039X39NTaGAaT12B.1.1390.000733
ORF1039X39YtaGtaC12B.1.1390.000733
ORF1039X39YtaGtaT12B.1.1390.000733
ORF1039X39XtaGtaA22B.1.177.330.003289
ORF1039X39XtaGtaA22B.1.177.620.002384
ORF1039X39FtAGtTT22B.1.177.810.000379
ORF1039X39ITAGATA12B.1.177.810.000189
ORF1039X39QTagCag12B.1.177.810.000189
ORF1039X39KTaGAaA12B.1.177.810.000189
ORF1039X39ITAGATT12B.1.177.810.000189
ORF1039X39KTagAag12B.1.177.810.000189
ORF1039X39QTaGCaA12B.1.177.810.000189
ORF1039X39KTaGAaA12B.1.2210.000071
ORF1039X39LtAgtTg12B.1.2210.000071
ORF1039X39LtAGtTA12B.1.2210.000071
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