CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : CodonNum = 37

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
ORF10	37	L37F		nonsyn	Ctc	Ttc	8681	8642	0.995507	29666-29668
ORF10	37	L37F		nonsyn	CtC	TtT	8681	39	0.00449257	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	ctC	ctT	1915	1845	0.963446	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	ctC	ctA	1915	38	0.0198433	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	CtC	TtA	1915	23	0.0120104	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	ctC	ctG	1915	7	0.00365535	29666-29668
ORF10	37	L37L		syn	CtC	TtG	1915	2	0.00104439	29666-29668
ORF10	37	L37I		nonsyn	Ctc	Atc	330	292	0.884848	29666-29668
ORF10	37	L37I		nonsyn	CtC	AtT	330	25	0.0757576	29666-29668
ORF10	37	L37I		nonsyn	CtC	AtA	330	13	0.0393939	29666-29668
ORF10	37	L37P		nonsyn	cTc	cCc	211	208	0.985782	29666-29668
ORF10	37	L37P		nonsyn	cTC	cCT	211	2	0.00947867	29666-29668
ORF10	37	L37P		nonsyn	cTC	cCA	211	1	0.00473934	29666-29668
ORF10	37	L37R		nonsyn	cTc	cGc	113	106	0.938053	29666-29668
ORF10	37	L37R		nonsyn	cTC	cGT	113	5	0.0442478	29666-29668
ORF10	37	L37R		nonsyn	CTC	AGA	113	1	0.00884956	29666-29668
ORF10	37	L37R		nonsyn	cTC	cGA	113	1	0.00884956	29666-29668
ORF10	37	L37del		del	CTC	---	98	98	1	29666-29668
ORF10	37	L37H		nonsyn	cTc	cAc	88	64	0.727273	29666-29668
ORF10	37	L37H		nonsyn	cTC	cAT	88	24	0.272727	29666-29668
ORF10	37	L37Y		nonsyn	CTc	TAc	46	27	0.586957	29666-29668
ORF10	37	L37Y		nonsyn	CTC	TAT	46	19	0.413043	29666-29668
ORF10	37	L37N		nonsyn	CTc	AAc	41	23	0.560976	29666-29668
ORF10	37	L37N		nonsyn	CTC	AAT	41	18	0.439024	29666-29668
ORF10	37	L37V		nonsyn	Ctc	Gtc	35	30	0.857143	29666-29668
ORF10	37	L37V		nonsyn	CtC	GtT	35	5	0.142857	29666-29668
ORF10	37	L37del1		del	ctC	ct-	15	9	0.6	29666-29668
ORF10	37	L37del1		del	Ctc	-tc	15	5	0.333333	29666-29668
ORF10	37	L37del1		del	CTC	-NN	15	1	0.0666667	29666-29668
ORF10	37	L37X		nonsyn	CTC	TAA	14	11	0.785714	29666-29668
ORF10	37	L37X		nonsyn	CTC	TAG	14	2	0.142857	29666-29668
ORF10	37	L37X		nonsyn	CTC	TGA	14	1	0.0714286	29666-29668
ORF10	37	L37K		nonsyn	CTC	AAA	12	10	0.833333	29666-29668
ORF10	37	L37K		nonsyn	CTC	AAG	12	2	0.166667	29666-29668
ORF10	37	L37Q		nonsyn	cTC	cAA	11	9	0.818182	29666-29668
ORF10	37	L37S		nonsyn	CTc	TCc	11	3	0.272727	29666-29668
ORF10	37	L37S		nonsyn	CTC	AGT	11	3	0.272727	29666-29668
ORF10	37	L37S		nonsyn	CTc	AGc	11	3	0.272727	29666-29668
ORF10	37	L37Q		nonsyn	cTC	cAG	11	2	0.181818	29666-29668
ORF10	37	L37S		nonsyn	CTC	TCA	11	1	0.0909091	29666-29668
ORF10	37	L37S		nonsyn	CTC	TCT	11	1	0.0909091	29666-29668
ORF10	37	L37C		nonsyn	CTc	TGc	7	4	0.571429	29666-29668
ORF10	37	L37C		nonsyn	CTC	TGT	7	3	0.428571	29666-29668
ORF10	37	L37A		nonsyn	CTC	GCT	3	2	0.666667	29666-29668
ORF10	37	L37A		nonsyn	CTc	GCc	3	1	0.333333	29666-29668
ORF10	37	L37M		nonsyn	CtC	AtG	2	2	1	29666-29668
ORF10	37	L37D		nonsyn	CTc	GAc	2	1	0.5	29666-29668
ORF10	37	L37T		nonsyn	CTC	ACT	2	1	0.5	29666-29668
ORF10	37	L37D		nonsyn	CTC	GAT	2	1	0.5	29666-29668
ORF10	37	L37T		nonsyn	CTc	ACc	2	1	0.5	29666-29668
ORF10	37	L37del2		del	CTC	T--	1	1	1	29666-29668

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	8642	8681	All	0.001653
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	39	8681	All	0.000007
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1845	1915	All	0.000353
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	38	1915	All	0.000007
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	23	1915	All	0.000004
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	7	1915	All	0.000001
ORF10	37	L37L	CtC	TtG	2	1915	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1521	1521	B.1.1.7	0.001362
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1212	1213	AY.44	0.007377
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	1213	AY.44	0.000006
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	988	988	AY.4.2	0.021428
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	713	714	B.1.2	0.006278
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	714	B.1.2	0.000009
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	684	684	AY.4	0.001065
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	682	682	B.1.617.2	0.002568
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	344	359	B.1	0.003151
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	10	359	B.1	0.000092
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	5	359	B.1	0.000046
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	292	330	All	0.000056
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	25	330	All	0.000005
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	13	330	All	0.000002
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	288	290	B.1.1.7	0.000258
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	2	290	B.1.1.7	0.000002
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	244	245	AY.103	0.001515
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	245	AY.103	0.000006
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	244	245	B.1.561	0.096864
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	245	B.1.561	0.000397
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	208	211	All	0.00004
ORF10	37	L37P	cTC	cCT	2	211	All	0
ORF10	37	L37P	cTC	cCA	1	211	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	201	201	AY.43	0.000891
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	135	136	AY.4	0.00021
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	136	AY.4	0.000002
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	122	122	B.1.621	0.010799
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	110	114	B.1.617.2	0.000414
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	4	114	B.1.617.2	0.000015
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	106	113	All	0.00002
ORF10	37	L37R	cTC	cGT	5	113	All	0.000001
ORF10	37	L37R	CTC	AGA	1	113	All	0
ORF10	37	L37R	cTC	cGA	1	113	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	113	113	AY.25	0.00068
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	108	108	AY.102	0.002864
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	102	108	B.1	0.000934
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	6	108	B.1	0.000055
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	105	105	B.1.2	0.000925
ORF10	37	L37del	CTC	---	98	98	All	0.000019
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	93	93	B.1.243	0.006471
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	64	88	All	0.000012
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	24	88	All	0.000005
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	85	86	B.1.177	0.001119
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	86	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	85	85	B.1.526	0.001998
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	81	83	B.1.221	0.005754
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	2	83	B.1.221	0.000142
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	81	82	AY.44	0.000493
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	82	AY.44	0.000006
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	71	77	B.1.1	0.001288
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	6	77	B.1.1	0.000109
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	74	74	P.1	0.001166
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	73	73	AY.103	0.000453
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	69	69	AY.98.1	0.003342
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	68	68	AY.9.2	0.002498
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	63	63	AY.26	0.001784
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	55	55	B.1.429	0.001294
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	53	53	B.1.258	0.003527
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	49	49	AY.47	0.001524
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	27	46	All	0.000005
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	19	46	All	0.000004
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	46	46	AY.3	0.000458
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	43	43	B.1.36.31	0.075306
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	23	41	All	0.000004
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	18	41	All	0.000003
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	41	41	AY.99	0.043022
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	40	40	AY.43	0.000177
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	39	40	B.1.160	0.001216
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	40	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	37	37	AY.4	0.000058
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	37	37	B.1.599	0.135036
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	36	36	B.1.617.2	0.000136
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	30	35	All	0.000006
ORF10	37	L37V	CtC	GtT	5	35	All	0.000001
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	34	34	AY.4	0.000053
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	27	32	B.1.177	0.000356
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	2	32	B.1.177	0.000026
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	2	32	B.1.177	0.000026
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	32	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	32	32	B.1.369	0.009127
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	29	29	AY.5	0.000599
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	28	28	B.1.258.14	0.027451
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	26	27	B.1.1.7	0.000023
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	27	B.1.1.7	0.000001
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	26	26	AY.80	0.029345
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	25	25	AY.29	0.000394
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	24	24	AY.102	0.000636
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	16	24	B.1	0.000147
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	5	24	B.1	0.000046
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	3	24	B.1	0.000027
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	21	21	AY.106	0.007033
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	21	21	AY.39	0.000519
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	17	17	AY.42	0.000684
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	17	17	B.1.617.1	0.002192
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	16	16	A.21	0.044321
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	16	16	AY.4.2	0.000347
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	16	16	AY.61	0.001676
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	16	16	AY.9	0.001082
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	16	16	B.1.2	0.000141
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	16	16	B.1.36	0.002334
ORF10	37	L37del1	ctC	ct-	9	15	All	0.000002
ORF10	37	L37del1	Ctc	-tc	5	15	All	0.000001
ORF10	37	L37del1	CTC	-NN	1	15	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	15	15	AY.118	0.00094
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	15	15	AY.119	0.00053
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	15	15	B.1.351	0.000446
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	11	14	All	0.000002
ORF10	37	L37X	CTC	TAG	2	14	All	0
ORF10	37	L37X	CTC	TGA	1	14	All	0
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	14	14	AY.102	0.000371
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	14	14	AY.121	0.001894
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	14	14	B.1.1.28	0.004357
ORF10	37	L37del	CTC	---	14	14	B.1.1.7	0.000013
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	14	14	B.1.429	0.000329
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	13	14	P.1	0.000205
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	14	P.1	0.000016
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	14	14	R.1	0.00126
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	13	13	AY.9.2	0.000477
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	13	13	B.1.177.12	0.001972
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	10	12	All	0.000002
ORF10	37	L37K	CTC	AAG	2	12	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	12	12	AY.100	0.000552
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	12	12	AY.25	0.000072
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	12	12	AY.75	0.000672
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	12	12	B.1.1.519	0.000477
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	10	12	B.1.160	0.000312
ORF10	37	L37L	CtC	TtG	1	12	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	12	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37del	CTC	---	12	12	B.1.177	0.000158
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	8	12	B.1.177.44	0.004152
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	4	12	B.1.177.44	0.002076
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	12	12	B.1.234	0.001583
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	12	12	B.1.239	0.014652
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	9	11	All	0.000002
ORF10	37	L37S	CTC	AGT	3	11	All	0.000001
ORF10	37	L37S	CTc	TCc	3	11	All	0.000001
ORF10	37	L37S	CTc	AGc	3	11	All	0.000001
ORF10	37	L37Q	cTC	cAG	2	11	All	0
ORF10	37	L37S	CTC	TCT	1	11	All	0
ORF10	37	L37S	CTC	TCA	1	11	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	11	11	AY.27	0.000712
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	11	11	AY.43	0.000049
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	11	11	AY.6	0.000452
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	10	10	AY.4	0.000016
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	10	10	AY.46	0.001041
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	9	10	B.1.1	0.000163
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	10	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	6	10	B.1.177.44	0.003114
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	4	10	B.1.177.44	0.002076
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	5	10	B.1.221	0.000355
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	4	10	B.1.221	0.000284
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	10	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	10	10	B.1.384	1
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	10	10	P.1.15	0.002323
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	9	9	AY.26	0.000255
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	AY.33	0.000601
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	9	9	AY.39	0.000222
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	AY.5	0.000186
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	9	9	AY.5.3	0.003036
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	AY.7.1	0.001014
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	AY.98	0.000711
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	5	9	B.1	0.000046
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	5	9	B.1	0.000046
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	4	9	B.1	0.000037
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	4	9	B.1	0.000037
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	7	9	B.1.1	0.000127
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	2	9	B.1.1	0.000036
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	B.1.1.350	0.36
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	9	9	B.1.1.434	0.003137
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	8	9	B.1.1.7	0.000007
ORF10	37	L37V	CtC	GtT	1	9	B.1.1.7	0.000001
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	B.1.177.20	0.013657
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	9	B.1.221	0.000497
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	9	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	9	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	B.1.396	0.006351
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	P.2	0.00168
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	9	9	Q.1	0.001137
ORF10	37	L37del1	ctC	ct-	8	8	AY.43	0.000035
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	8	8	AY.74	0.000925
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	4	8	B.1	0.000037
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	4	8	B.1	0.000037
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	3	8	B.1	0.000027
ORF10	37	L37R	cTC	cGT	3	8	B.1	0.000027
ORF10	37	L37R	cTC	cGA	1	8	B.1	0.000009
ORF10	37	L37R	CTC	AGA	1	8	B.1	0.000009
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	4	8	B.1.1	0.000073
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	4	8	B.1.1	0.000073
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	4	8	B.1.1	0.000073
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	4	8	B.1.1	0.000073
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	8	8	B.1.1.432	0.010127
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	8	8	B.1.1.7	0.000007
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	8	8	B.1.596	0.000697
ORF10	37	L37C	CTc	TGc	4	7	All	0.000001
ORF10	37	L37C	CTC	TGT	3	7	All	0.000001
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	7	AY.20	0.000233
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	7	AY.20	0.000039
ORF10	37	L37del	CTC	---	7	7	AY.25	0.000042
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	AY.26	0.000198
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	7	7	AY.29	0.00011
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	7	7	AY.4	0.000011
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	7	7	AY.42	0.000282
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	7	7	AY.46.6	0.000505
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	7	7	AY.69	0.001307
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	7	7	B.1.1.141	0.014085
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	7	7	B.1.1.192	0.016166
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	7	7	B.1.1.312	0.013384
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	B.1.1.519	0.000278
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	7	7	B.1.1.63	0.002701
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	4	7	B.1.177.44	0.002076
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	3	7	B.1.177.44	0.001557
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	4	7	B.1.221	0.000284
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	3	7	B.1.221	0.000213
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	B.1.564	0.002981
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	7	B.1.609	0.002876
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	7	B.1.609	0.000479
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	7	7	B.1.637	0.000512
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	7	7	Q.4	0.003183
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	6		0.222222
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	6		0.055556
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	6		0.055556
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	AY.104	0.011905
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	AY.107	0.002796
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	6	6	AY.120	0.000223
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	6	6	AY.29	0.000095
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	6	6	AY.29	0.000095
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	AY.3.1	0.000512
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	6	6	AY.44	0.000037
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	AY.45	0.00073
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	AY.6	0.000247
ORF10	37	L37del	CTC	---	6	6	B.1	0.000055
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	B.1.1.1	0.00196
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	6	6	B.1.1.519	0.000238
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	6	6	B.1.1.7	0.000005
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	3	6	B.1.177.44	0.001557
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	3	6	B.1.177.44	0.001557
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	B.1.177.74	0.090909
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	3	6	B.1.221	0.000213
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	3	6	B.1.221	0.000213
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	B.1.240	0.001293
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	6	6	B.1.258	0.000399
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	6	6	B.1.438	0.039216
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	6	6	Q.8	0.000989
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	5		0.166667
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	2	5		0.111111
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	AY.117	0.000423
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	5	AY.117	0.000338
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	5	AY.117	0.000085
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	5	AY.23	0.000209
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	5	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	5	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	5	5	AY.25	0.00003
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	AY.4.3	0.004209
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	5	5	AY.43	0.000022
ORF10	37	L37del	CTC	---	5	5	AY.44	0.00003
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	B.1.1.306	0.002192
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	B.1.1.381	0.2
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	5	B.1.1.385	0.017857
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	5	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	2	5	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	5	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	5	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	5	B.1.1.70	0.001364
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	5	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	2	5	B.1.146	0.008475
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	2	5	B.1.146	0.008475
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	5	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	3	5	B.1.160	0.000094
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	2	5	B.1.160	0.000062
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	5	5	B.1.177.44	0.002595
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	3	5	B.1.177.44	0.001557
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	2	5	B.1.177.44	0.001038
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	5	B.1.177.81	0.000568
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	1	5	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	5	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37del	CTC	---	5	5	B.1.2	0.000044
ORF10	37	L37del	CTC	---	5	5	B.1.258	0.000333
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	B.1.258.11	0.001982
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	B.1.258.3	0.008375
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	B.1.366	0.02439
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	B.1.427	0.000252
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	5	5	B.1.466.2	0.001956
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	5	5	B.1.526	0.000118
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	5	5	C.36	0.004554
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	C.36	0.004554
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	C.37	0.00058
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	5	P.1.1	0.000953
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	5	P.1.1	0.000953
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	5	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	5	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	5	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	1	5	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	5	5	P.1.14	0.000239
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.100	0.000184
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	4	AY.20	0.000117
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	4	AY.20	0.000039
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	4	4	AY.23	0.000279
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	3	4	AY.23	0.000209
ORF10	37	L37P	cTC	cCA	1	4	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	4	AY.34	0.000388
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	4	4	AY.4.5	0.00043
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	4	AY.41	0.001176
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.42	0.000161
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.47	0.000124
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	4	AY.54	0.000381
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	AY.62	0.001743
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	4	AY.67	0.001857
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	4	B	0.000511
ORF10	37	L37C	CTc	TGc	2	4	B.1	0.000018
ORF10	37	L37S	CTC	AGT	2	4	B.1	0.000018
ORF10	37	L37S	CTc	AGc	2	4	B.1	0.000018
ORF10	37	L37C	CTC	TGT	2	4	B.1	0.000018
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	4	4	B.1.1.157	0.003653
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.1.181	0.018182
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	4	B.1.1.39	0.001529
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	2	4	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	2	4	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	2	4	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	2	4	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	4	B.1.1.39	0.001019
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	4	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	4	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	4	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.1.521	0.02139
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	2	4	B.1.160	0.000062
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	2	4	B.1.160	0.000062
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	4	B.1.160	0.000062
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	2	4	B.1.160	0.000062
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	4	B.1.177	0.00004
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	4	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	4	B.1.177.33	0.003289
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	1	4	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	4	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	4	B.1.177.81	0.000568
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	4	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.234	0.000528
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.258.3	0.0067
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.36	0.000584
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.525	0.000453
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	4	4	B.1.596	0.000349
ORF10	37	L37del	CTC	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	4	4	B.1.637	0.000292
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	A	0.001161
ORF10	37	L37A	CTC	GCT	2	3	All	0
ORF10	37	L37A	CTc	GCc	1	3	All	0
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	3	3	AW.1	0.009146
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	AY.100	0.000138
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	AY.103	0.000019
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.13	0.000483
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	AY.13	0.000483
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	3	3	AY.20	0.000117
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.3	0.00003
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.32	0.001597
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	AY.35	0.000699
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.61	0.000314
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	AY.73	0.001996
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	2	3	B.1	0.000018
ORF10	37	L37X	CTC	TGA	1	3	B.1	0.000009
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	3	B.1.1.170	0.002494
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	3	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.1.189	0.004539
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.1.214	0.000166
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.1.222	0.000612
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.1.25	0.001706
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	3	B.1.1.277	0.001517
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	3	B.1.1.277	0.000759
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	B.1.1.294	0.003797
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.1.318	0.000905
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	3	B.1.1.372	0.001377
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	3	B.1.1.372	0.000689
ORF10	37	L37L	CtC	TtG	1	3	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	3	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.1.402	0.033333
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.1.409	0.002833
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.1.409	0.002833
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.1.409	0.002833
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.1.70	0.000341
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.110.3	0.002155
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	3	B.1.146	0.008475
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	1	3	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	3	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	3	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	3	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.177.4	0.000633
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.177.52	0.005272
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	3	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	3	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	3	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.177.86	0.00055
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.214.2	0.001799
ORF10	37	L37del	CTC	---	3	3	B.1.221	0.000213
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.243	0.000209
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	B.1.258	0.0002
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.36.18	0.001261
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.415	0.042857
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	B.1.617.1	0.000387
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	B.1.617.2	0.000011
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	B.1.628	0.001057
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	B.1.628	0.001057
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	3	3	C.36.3	0.001702
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	3	3	P.1	0.000047
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	3	P.1.1	0.000635
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	3	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	3	3	P.1.7	0.000958
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	3	3	P.1.9	0.014423
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	2		0.055556
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	2		0.055556
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	2		0.055556
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	2		0.055556
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	1	2		0.055556
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2		0.055556
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2		0.055556
ORF10	37	L37P	cTC	cCT	1	2		0.055556
ORF10	37	L37S	CTc	TCc	1	2		0.055556
ORF10	37	L37S	CTC	TCT	1	2		0.055556
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	A.2.5	0.000998
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	A.23.1	0.001408
ORF10	37	L37del	CTC	---	2	2	AD.2	0.000438
ORF10	37	L37M	CtC	AtG	2	2	All	0
ORF10	37	L37T	CTc	ACc	1	2	All	0
ORF10	37	L37T	CTC	ACT	1	2	All	0
ORF10	37	L37D	CTC	GAT	1	2	All	0
ORF10	37	L37D	CTc	GAc	1	2	All	0
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.113	0.000285
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	AY.113	0.000285
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.120	0.000074
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.121	0.000271
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.14	0.000176
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.23	0.000139
ORF10	37	L37S	CTc	TCc	1	2	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37S	CTC	TCA	1	2	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	2	2	AY.26	0.000057
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.27	0.000129
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	AY.3	0.00002
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	2	2	AY.3	0.00002
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	AY.3.1	0.000171
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	2	2	AY.33	0.000134
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.34	0.000194
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.34.1	0.00102
ORF10	37	L37del	CTC	---	2	2	AY.39	0.000049
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.39.1	0.000079
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.4.5	0.000215
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	AY.44	0.000012
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	AY.45	0.000243
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	2	2	AY.45	0.000243
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	2	2	AY.46	0.000208
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.46.4	0.000329
ORF10	37	L37del	CTC	---	2	2	AY.47	0.000062
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.5.4	0.000553
ORF10	37	L37del1	Ctc	-tc	2	2	AY.54	0.000191
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.55	0.001835
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.59	0.001059
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	AY.6	0.000082
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.7	0.000392
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.71	0.00095
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.74	0.000231
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	2	AY.75	0.000056
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	AY.75	0.000056
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.75.1	0.000361
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.78	0.003082
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.9	0.000135
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	AY.93	0.000546
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	AY.98	0.000158
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	2	2	AY.99.2	0.000184
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	2	2	B.1	0.000018
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	2	2	B.1	0.000018
ORF10	37	L37del1	CTC	-NN	1	2	B.1	0.000009
ORF10	37	L37del1	ctC	ct-	1	2	B.1	0.000009
ORF10	37	L37del	CTC	---	2	2	B.1.1	0.000036
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37C	CTc	TGc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37C	CTC	TGT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	2	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37R	cTC	cGT	1	2	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	B.1.1.129	0.018349
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.1.141	0.004024
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	2	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	1	2	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37del	CTC	---	2	2	B.1.1.194	0.009901
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.1.222	0.000408
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.1.28	0.000622
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	B.1.1.284	0.000215
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.1.317	0.000823
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.1.33	0.000842
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	1	2	B.1.1.372	0.000689
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	2	B.1.1.372	0.000689
ORF10	37	L37S	CTc	AGc	1	2	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37S	CTC	AGT	1	2	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37R	cTC	cGT	1	2	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	2	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.1.409	0.005666
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.1.434	0.000697
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.1.486	0.003155
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	B.1.1.70	0.000682
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	1	2	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	1	2	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	2	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	2	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.160.26	0.004843
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	2	2	B.1.177	0.000026
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	2	2	B.1.177	0.000026
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.177.32	0.002699
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	2	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	2	B.1.177.33	0.001645
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.177.35	0.001382
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.177.57	0.000562
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	2	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	1	2	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	2	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	1	2	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.177.87	0.001456
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	2	2	B.1.2	0.000018
ORF10	37	L37D	CTc	GAc	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37T	CTC	ACT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37T	CTc	ACc	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37D	CTC	GAT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37A	CTc	GCc	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37P	cTC	cCT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37A	CTC	GCT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37V	CtC	GtT	1	2	B.1.221	0.000071
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	2	2	B.1.258	0.000133
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.258.17	0.000208
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.340	0.008584
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.349	0.00143
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.351	0.000059
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	B.1.36	0.000292
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.36.16	0.002849
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.362.2	0.009434
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.369	0.00057
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.395	0.014085
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.408	0.00738
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.416.1	0.003125
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.420	0.020833
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	2	2	B.1.438.1	0.000215
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.466.2	0.000782
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.561	0.000794
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.565	0.001621
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	2	B.1.565	0.00081
ORF10	37	L37I	CtC	AtT	1	2	B.1.565	0.00081
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	2	B.1.565	0.00081
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	2	B.1.565	0.00081
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.568	0.002222
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.568	0.002222
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.575	0.000607
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.577	0.001375
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	B.1.580	0.00813
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.605	0.011905
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	2	2	B.1.617.2	0.000008
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.619	0.001742
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	B.1.619	0.000871
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	2	B.1.619	0.000871
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.620	0.001892
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.621	0.000177
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	2	2	B.1.623	0.001073
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	B.1.625	0.004706
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.625	0.004706
ORF10	37	L37del1	Ctc	-tc	2	2	B.1.627	0.00404
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.1.9.4	0.01227
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	2	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	B.35	0.015625
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	C.1.2	0.008511
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	C.35	0.001548
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	C.37	0.000232
ORF10	37	L37I	CtC	AtA	1	2	K.1	0.02381
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	2	K.1	0.02381
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	2	K.1	0.02381
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	2	K.1	0.02381
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	2	2	N.9	0.011905
ORF10	37	L37del	CTC	---	2	2	P.1	0.000032
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	2	2	P.1	0.000032
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	2	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	2	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	2	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37N	CTC	AAT	1	2	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37H	cTC	cAT	1	2	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	2	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	P.1.15	0.000465
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	2	2	R.1	0.00018
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	A	0.000387
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	A.1	0.000282
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	A.1	0.000282
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	A.1	0.000282
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	A.2	0.000662
ORF10	37	L37L	ctC	ctG	1	1	A.2.5	0.000499
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	A.23.1	0.000704
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AD.2	0.000219
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AD.2	0.000219
ORF10	37	L37del2	CTC	T--	1	1	All	0
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	AY.100	0.000046
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.101	0.00049
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	AY.102	0.000027
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.102	0.000027
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.103	0.000006
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.111	0.000183
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.111	0.000183
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.116	0.000287
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	AY.116	0.000287
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.117	0.000085
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.118	0.000063
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.12	0.000316
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	AY.120	0.000037
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.120.1	0.000321
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.120.2.1	0.000498
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	AY.121	0.000135
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.16	0.00038
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.16.1	0.00047
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	AY.20	0.000039
ORF10	37	L37Y	CTC	TAT	1	1	AY.20	0.000039
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.20	0.000039
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.21	0.001898
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	AY.23	0.00007
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.23.1	0.000417
ORF10	37	L37S	CTc	TCc	1	1	AY.25	0.000006
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	AY.25	0.000006
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.25	0.000006
ORF10	37	L37C	CTc	TGc	1	1	AY.25	0.000006
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.28	0.00189
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.3	0.00001
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.3	0.00001
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF10	37	L37L	CtC	TtA	1	1	AY.3.1	0.000085
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.30	0.000396
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.32	0.000532
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.34	0.000097
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.34	0.000097
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.35	0.000233
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.38	0.000499
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	AY.39.1	0.00004
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.4	0.000002
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.4.2	0.000022
ORF10	37	L37L	ctC	ctA	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	AY.4.2.1	0.000149
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.4.4	0.000409
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.40	0.000964
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.43	0.000004
ORF10	37	L37V	CtC	GtT	1	1	AY.43	0.000004
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	AY.46.1	0.001027
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.46.2	0.000635
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.46.4	0.000165
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.46.5	0.000198
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.46.6	0.000072
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	AY.47	0.000031
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.48	0.000465
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.5	0.000021
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.5.3	0.000337
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.5.4	0.000277
ORF10	37	L37V	CtC	GtT	1	1	AY.53	0.000288
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.54	0.000095
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	AY.58	0.000907
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.60	0.000938
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.61	0.000105
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.62	0.000436
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.65	0.000533
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.67	0.000464
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.7.2	0.000559
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.70	0.000209
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.71	0.000475
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	AY.75	0.000056
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.75.1	0.00018
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.76	0.004831
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.78	0.001541
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	AY.8	0.000606
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.86	0.00083
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.87	0.000833
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.9.1	0.000084
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.9.2	0.000037
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.90	0.000684
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	AY.91	0.00073
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.92	0.000287
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	AY.98.1	0.000048
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AY.99.2	0.000092
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	AZ.3	0.00152
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1	0.000009
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	B.1	0.000009
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1.1	0.000018
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.1.10	0.001115
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.128	0.007092
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.129	0.009174
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.135	0.004695
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.170	0.001247
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.180	0.010753
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.1.197	0.037037
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.207	0.001182
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.214	0.000055
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF10	37	L37V	CtC	GtT	1	1	B.1.1.216	0.00089
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.1.218	0.007692
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.265	0.003155
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.1.269	0.001353
ORF10	37	L37A	CTC	GCT	1	1	B.1.1.27	0.00565
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1.1.273	0.006757
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.277	0.000759
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.301	0.001179
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.305	0.003861
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.309	0.005848
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.317	0.000412
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.329	0.003846
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.372	0.000689
ORF10	37	L37M	CtC	AtG	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37X	CTC	TAG	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37Q	cTC	cAG	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37K	CTC	AAG	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.1.385	0.004464
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	B.1.1.39	0.00051
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.420	0.001006
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1.1.449	0.022727
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1.1.46	0.004367
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.464	0.001473
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.486	0.001577
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.1.50	0.000679
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.1.519	0.00004
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.523	0.001563
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.1.525	0.005464
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	B.1.1.7	0.000001
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.111	0.001175
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.139	0.000733
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	B.1.146	0.004237
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.157	0.002985
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.157	0.002985
ORF10	37	L37X	CTC	TAG	1	1	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37Q	cTC	cAG	1	1	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37del1	Ctc	-tc	1	1	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37K	CTC	AAG	1	1	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37M	CtC	AtG	1	1	B.1.160	0.000031
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.165	0.011905
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	1	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	B.1.177	0.000013
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.177.18	0.00116
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.177.21	0.000076
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.177.35	0.000691
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.177.4	0.000211
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.177.42	0.000894
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.177.51	0.004566
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.177.56	0.000668
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	B.1.177.58	0.001332
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	B.1.177.63	0.002703
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.177.75	0.001041
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.177.8	0.000752
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	B.1.177.81	0.000189
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	B.1.177.86	0.000183
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1.206	0.000816
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.206	0.000816
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.210	0.002132
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.214.3	0.007143
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	B.1.222	0.001692
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.232	0.000537
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	B.1.234	0.000132
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.237	0.004975
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.241	0.000812
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.247	0.014925
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	1	B.1.258	0.000067
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.258.11	0.000396
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.258.16	0.001637
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.264	0.012346
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.279	0.000514
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.298	0.002114
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.311	0.000275
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.351	0.00003
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.351.5	0.0006
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.36.17	0.000494
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.36.36	0.000602
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.36.7	0.004
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.36.8	0.001
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.360	0.012658
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.362	0.001541
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	B.1.369	0.000285
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.381	0.007812
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	B.1.398	0.002976
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.404	0.001302
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.409	0.000781
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.426	0.001009
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.438.1	0.000107
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.44	0.008333
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.444	0.015873
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.453	0.003236
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.459	0.004082
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.470	0.001404
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.478	0.011765
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.480	0.002488
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.509	0.000866
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	B.1.526	0.000024
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.533	0.009615
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.538	0.008065
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.545	0.014493
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.550	0.013699
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.567	0.003333
ORF10	37	L37F	CtC	TtT	1	1	B.1.581	0.009434
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.582	0.000491
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.587	0.001898
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.595	0.000261
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.596	0.000087
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.609	0.000479
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF10	37	L37del2	CTC	T--	1	1	B.1.617.2	0.000004
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.618	0.004032
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.621	0.000089
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.621.1	0.000506
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.1.634	0.003425
ORF10	37	L37P	cTc	cCc	1	1	B.1.637	0.000073
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.1.637	0.000073
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.1.78	0.008547
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	B.1.9.4	0.006135
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.15	0.017544
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	B.31	0.003731
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.39	0.002331
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	B.58	0.010204
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	B.6	0.00091
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	B.6.3	0.026316
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	C.13	0.025641
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	C.14	0.004329
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	C.37	0.000116
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	D.2	0.000075
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	D.2	0.000075
ORF10	37	L37H	cTc	cAc	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37N	CTc	AAc	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37Y	CTc	TAc	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	K.1	0.02381
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	N.7	0.029412
ORF10	37	L37R	cTc	cGc	1	1	P.1	0.000016
ORF10	37	L37V	Ctc	Gtc	1	1	P.1	0.000016
ORF10	37	L37X	CTC	TAA	1	1	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37Q	cTC	cAA	1	1	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37K	CTC	AAA	1	1	P.1.1	0.000318
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	P.1.16	0.000374
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	P.1.17	0.000162
ORF10	37	L37del	CTC	---	1	1	P.1.17	0.000162
ORF10	37	L37I	Ctc	Atc	1	1	P.1.17	0.000162
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	P.1.2	0.001156
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	P.1.2	0.001156
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	P.1.4	0.000977
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	P.1.7	0.000319
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	Q.3	0.000145
ORF10	37	L37F	Ctc	Ttc	1	1	W.1	0.008696
ORF10	37	L37L	ctC	ctT	1	1	W.2	0.004831

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.