CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = ORF10 : CodonNum = 12

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
ORF1012T12TsynacGacT13716132550.9663929591-29593
ORF1012T12TsynacGacA137164490.032735529591-29593
ORF1012T12TsynacGacC13716120.00087489129591-29593
ORF1012T12MnonsynaCgaTg16151615129591-29593
ORF1012T12AnonsynAcgGcg172172129591-29593
ORF1012T12deldelACG---2929129591-29593
ORF1012T12KnonsynaCgaAg1515129591-29593
ORF1012T12RnonsynaCgaGg1414129591-29593
ORF1012T12SnonsynAcgTcg1080.829591-29593
ORF1012T12SnonsynAcGTcT1010.129591-29593
ORF1012T12SnonsynAcGTcA1010.129591-29593
ORF1012T12del1delAcg-cg640.66666729591-29593
ORF1012T12del1delaCGaT-610.16666729591-29593
ORF1012T12del1delacGac-610.16666729591-29593
ORF1012T12InonsynaCGaTT430.7529591-29593
ORF1012T12InonsynaCGaTC410.2529591-29593
ORF1012T12VnonsynACgGTg33129591-29593
ORF1012T12del2delACG--A11129591-29593
ORF1012T12PnonsynAcgCcg11129591-29593
ORF1012T12FnonsynACGTTT11129591-29593
ORF1012T12YnonsynACGTAT11129591-29593
ORF1012T12XnonsynACgTAg11129591-29593
ORF1012T12GnonsynACGGGT11129591-29593
ORF1012T12NnonsynaCGaAT11129591-29593

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
ORF1012T12TacGacT1325513716All0.002535
ORF1012T12TacGacA44913716All0.000086
ORF1012T12TacGacC1213716All0.000002
ORF1012T12TacGacT1198911994AY.440.072974
ORF1012T12TacGacA511994AY.440.00003
ORF1012T12MaCgaTg16151615All0.000309
ORF1012T12MaCgaTg874874AY.40.00136
ORF1012T12TacGacT731737B.1.617.20.002753
ORF1012T12TacGacA6737B.1.617.20.000023
ORF1012T12MaCgaTg224224B.1.1.70.000201
ORF1012T12TacGacA208208AY.9.20.00764
ORF1012T12AAcgGcg172172All0.000033
ORF1012T12MaCgaTg169169B.1.177.810.031995
ORF1012T12TacGacT115128B.1.1.70.000103
ORF1012T12TacGacA11128B.1.1.70.00001
ORF1012T12TacGacC2128B.1.1.70.000002
ORF1012T12TacGacA101101B.1.1.700.034447
ORF1012T12TacGacT4951AY.420.001971
ORF1012T12TacGacC251AY.420.00008
ORF1012T12MaCgaTg4444B.1.1.3430.916667
ORF1012T12TacGacT4243B.1.10.000762
ORF1012T12TacGacA143B.1.10.000018
ORF1012T12TacGacT3843B.1.4290.000894
ORF1012T12TacGacA543B.1.4290.000118
ORF1012T12TacGacT3235AY.430.000142
ORF1012T12TacGacA335AY.430.000013
ORF1012T12TacGacT1933AY.40.00003
ORF1012T12TacGacA1333AY.40.00002
ORF1012T12TacGacC133AY.40.000002
ORF1012T12MaCgaTg3030AY.30.000298
ORF1012T12delACG---2929All0.000006
ORF1012T12MaCgaTg2929B.1.617.20.000109
ORF1012T12AAcgGcg2626AY.1190.000918
ORF1012T12AAcgGcg2525AY.40.000039
ORF1012T12TacGacA2024AY.1020.00053
ORF1012T12TacGacT324AY.1020.00008
ORF1012T12TacGacC124AY.1020.000027
ORF1012T12TacGacT2122AY.200.000816
ORF1012T12TacGacA122AY.200.000039
ORF1012T12MaCgaTg2020B.1.10.000363
ORF1012T12TacGacT1219B.10.00011
ORF1012T12TacGacA719B.10.000064
ORF1012T12AAcgGcg1818AY.30.000179
ORF1012T12TacGacT1616AY.1170.001352
ORF1012T12KaCgaAg1515All0.000003
ORF1012T12TacGacT1215AY.1030.000075
ORF1012T12TacGacA315AY.1030.000019
ORF1012T12AAcgGcg1515AY.990.01574
ORF1012T12TacGacA1515B.1.6370.001096
ORF1012T12RaCgaGg1414All0.000003
ORF1012T12TacGacT1313AY.930.00355
ORF1012T12TacGacT1313B.1.220.017128
ORF1012T12AAcgGcg1313B.1.617.20.000049
ORF1012T12TacGacA1112B.1.1770.000145
ORF1012T12TacGacT112B.1.1770.000013
ORF1012T12TacGacT1212B.1.2210.000852
ORF1012T12MaCgaTg1111AY.430.000049
ORF1012T12MaCgaTg1111AY.9.20.000404
ORF1012T12MaCgaTg1111B.1.1.2790.012332
ORF1012T12TacGacT1011B.1.20.000088
ORF1012T12TacGacA111B.1.20.000009
ORF1012T12SAcgTcg810All0.000002
ORF1012T12SAcGTcA110All0
ORF1012T12SAcGTcT110All0
ORF1012T12AAcgGcg1010B.1.10.000181
ORF1012T12AAcgGcg1010B.1.20.000088
ORF1012T12TacGacT1010P.10.000158
ORF1012T12TacGacT79AY.250.000042
ORF1012T12TacGacC29AY.250.000012
ORF1012T12TacGacT89AY.260.000226
ORF1012T12TacGacA19AY.260.000028
ORF1012T12MaCgaTg99B.10.000082
ORF1012T12AAcgGcg99B.1.1.70.000008
ORF1012T12MaCgaTg88AY.390.000198
ORF1012T12MaCgaTg88AY.4.20.000174
ORF1012T12MaCgaTg88AY.50.000165
ORF1012T12TacGacA77A0.002709
ORF1012T12MaCgaTg77AY.200.000272
ORF1012T12AAcgGcg77AY.250.000042
ORF1012T12MaCgaTg77AY.440.000043
ORF1012T12TacGacT77B.1.1.2160.006233
ORF1012T12MaCgaTg77B.1.5960.00061
ORF1012T12del1Acg-cg46All0.000001
ORF1012T12del1acGac-16All0
ORF1012T12del1aCGaT-16All0
ORF1012T12TacGacT56AY.1000.00023
ORF1012T12TacGacC16AY.1000.000046
ORF1012T12RaCgaGg66AY.1040.011905
ORF1012T12MaCgaTg66AY.3.10.000512
ORF1012T12MaCgaTg66B.1.20.000053
ORF1012T12RaCgaGg66B.1.617.20.000023
ORF1012T12MaCgaTg55AY.290.000079
ORF1012T12TacGacT45AY.330.000267
ORF1012T12TacGacA15AY.330.000067
ORF1012T12TacGacT35AY.390.000074
ORF1012T12TacGacC15AY.390.000025
ORF1012T12TacGacA15AY.390.000025
ORF1012T12TacGacT55AY.450.000608
ORF1012T12MaCgaTg55B.1.4290.000118
ORF1012T12TacGacT44A.210.01108
ORF1012T12IaCGaTT34All0.000001
ORF1012T12IaCGaTC14All0
ORF1012T12AAcgGcg44AY.1020.000106
ORF1012T12TacGacA44AY.1210.000541
ORF1012T12MaCgaTg44AY.250.000024
ORF1012T12MaCgaTg44AY.270.000259
ORF1012T12SAcgTcg44AY.60.000165
ORF1012T12MaCgaTg44AY.710.0019
ORF1012T12AAcgGcg44AY.98.10.000194
ORF1012T12MaCgaTg44B.1.1.3720.002755
ORF1012T12MaCgaTg44B.1.1.700.001364
ORF1012T12TacGacT44B.1.3510.000119
ORF1012T12TacGacT34B.1.4270.000151
ORF1012T12TacGacA14B.1.4270.00005
ORF1012T12MaCgaTg44B.1.617.10.000516
ORF1012T12MaCgaTg44P.10.000063
ORF1012T12MaCgaTg44P.1.150.000929
ORF1012T12VACgGTg33All0.000001
ORF1012T12TacGacT33AY.190.003421
ORF1012T12delACG---33AY.250.000018
ORF1012T12KaCgaAg33AY.250.000018
ORF1012T12AAcgGcg33AY.260.000085
ORF1012T12TacGacT33AY.30.00003
ORF1012T12TacGacT33AY.350.000699
ORF1012T12MaCgaTg33AY.420.000121
ORF1012T12MaCgaTg33AY.450.000365
ORF1012T12AAcgGcg33AY.470.000093
ORF1012T12KaCgaAg33AY.470.000093
ORF1012T12TacGacA23AY.470.000062
ORF1012T12TacGacT13AY.470.000031
ORF1012T12TacGacT33AY.540.000286
ORF1012T12TacGacT23AY.9.10.000167
ORF1012T12TacGacA13AY.9.10.000084
ORF1012T12MaCgaTg33AY.99.20.000276
ORF1012T12MaCgaTg33B0.000383
ORF1012T12TacGacA23B.1.1.280.000622
ORF1012T12TacGacT13B.1.1.280.000311
ORF1012T12MaCgaTg33B.1.1.2860.008696
ORF1012T12MaCgaTg33B.1.1600.000094
ORF1012T12MaCgaTg33B.1.1770.00004
ORF1012T12TacGacT33B.1.177.570.000843
ORF1012T12MaCgaTg33B.1.2340.000396
ORF1012T12AAcgGcg33B.1.4270.000151
ORF1012T12delACG---33B.1.617.20.000011
ORF1012T12AAcgGcg22AY.1030.000012
ORF1012T12AAcgGcg22AY.1180.000125
ORF1012T12TacGacT12AY.1200.000037
ORF1012T12TacGacA12AY.1200.000037
ORF1012T12MaCgaTg22AY.230.000139
ORF1012T12TacGacA22AY.23.10.000835
ORF1012T12SAcGTcT12AY.250.000006
ORF1012T12SAcgTcg12AY.250.000006
ORF1012T12MaCgaTg22AY.260.000057
ORF1012T12MaCgaTg22AY.330.000134
ORF1012T12MaCgaTg22AY.360.000296
ORF1012T12delACG---22AY.440.000012
ORF1012T12TacGacT22AY.460.000208
ORF1012T12MaCgaTg22AY.60.000082
ORF1012T12MaCgaTg22AY.7.20.001119
ORF1012T12MaCgaTg22AY.75.10.000361
ORF1012T12delACG---22B.10.000018
ORF1012T12KaCgaAg22B.1.10.000036
ORF1012T12MaCgaTg22B.1.1.250.001137
ORF1012T12MaCgaTg22B.1.1.5190.000079
ORF1012T12AAcgGcg22B.1.1.5190.000079
ORF1012T12delACG---22B.1.20.000018
ORF1012T12MaCgaTg22B.1.4970.00063
ORF1012T12MaCgaTg22B.1.5170.000854
ORF1012T12TacGacT22B.1.617.10.000258
ORF1012T12MaCgaTg22B.1.6210.000177
ORF1012T12TacGacT22B.60.00182
ORF1012T12delACG---22P.10.000032
ORF1012T12TacGacA22P.1.150.000465
ORF1012T12MaCgaTg22R.10.00018
ORF1012T12TacGacT110.055556
ORF1012T12IaCGaTT110.055556
ORF1012T12MaCgaTg110.055556
ORF1012T12delACG---11A.10.000282
ORF1012T12TacGacT11A.20.000662
ORF1012T12MaCgaTg11AE.80.000489
ORF1012T12YACGTAT11All0
ORF1012T12GACGGGT11All0
ORF1012T12FACGTTT11All0
ORF1012T12del2ACG--A11All0
ORF1012T12PAcgCcg11All0
ORF1012T12NaCGaAT11All0
ORF1012T12XACgTAg11All0
ORF1012T12TacGacT11AY.100.00053
ORF1012T12MaCgaTg11AY.1000.000046
ORF1012T12MaCgaTg11AY.1020.000027
ORF1012T12MaCgaTg11AY.1030.000006
ORF1012T12VACgGTg11AY.1030.000006
ORF1012T12RaCgaGg11AY.1140.000231
ORF1012T12TacGacT11AY.116.10.000311
ORF1012T12MaCgaTg11AY.1190.000035
ORF1012T12TacGacA11AY.1190.000035
ORF1012T12AAcgGcg11AY.1200.000037
ORF1012T12IaCGaTT11AY.120.10.000321
ORF1012T12TacGacT11AY.160.00038
ORF1012T12TacGacT11AY.16.10.00047
ORF1012T12RaCgaGg11AY.200.000039
ORF1012T12MaCgaTg11AY.220.002092
ORF1012T12VACgGTg11AY.230.00007
ORF1012T12MaCgaTg11AY.240.000431
ORF1012T12YACGTAT11AY.250.000006
ORF1012T12XACgTAg11AY.250.000006
ORF1012T12NaCGaAT11AY.250.000006
ORF1012T12del1Acg-cg11AY.260.000028
ORF1012T12AAcgGcg11AY.290.000016
ORF1012T12TacGacT11AY.29.10.000221
ORF1012T12delACG---11AY.30.00001
ORF1012T12TacGacT11AY.3.10.000085
ORF1012T12AAcgGcg11AY.330.000067
ORF1012T12TacGacT11AY.34.10.00051
ORF1012T12TacGacT11AY.360.000148
ORF1012T12TacGacT11AY.370.000316
ORF1012T12SAcgTcg11AY.390.000025
ORF1012T12delACG---11AY.39.10.00004
ORF1012T12KaCgaAg11AY.40.000002
ORF1012T12TacGacT11AY.4.20.000022
ORF1012T12del1Acg-cg11AY.4.50.000107
ORF1012T12MaCgaTg11AY.4.50.000107
ORF1012T12AAcgGcg11AY.430.000004
ORF1012T12SAcgTcg11AY.440.000006
ORF1012T12del1acGac-11AY.440.000006
ORF1012T12AAcgGcg11AY.440.000006
ORF1012T12AAcgGcg11AY.450.000122
ORF1012T12delACG---11AY.46.60.000072
ORF1012T12TacGacT11AY.46.60.000072
ORF1012T12MaCgaTg11AY.46.60.000072
ORF1012T12MaCgaTg11AY.470.000031
ORF1012T12del2ACG--A11AY.470.000031
ORF1012T12PAcgCcg11AY.470.000031
ORF1012T12AAcgGcg11AY.50.000021
ORF1012T12TacGacA11AY.50.000021
ORF1012T12SAcGTcA11AY.530.000288
ORF1012T12TacGacA11AY.550.000917
ORF1012T12TacGacT11AY.580.000907
ORF1012T12MaCgaTg11AY.590.00053
ORF1012T12TacGacA11AY.590.00053
ORF1012T12VACgGTg11AY.590.00053
ORF1012T12TacGacT11AY.60.000041
ORF1012T12MaCgaTg11AY.610.000105
ORF1012T12delACG---11AY.620.000436
ORF1012T12TacGacT11AY.620.000436
ORF1012T12delACG---11AY.650.000533
ORF1012T12TacGacC11AY.680.000274
ORF1012T12TacGacA11AY.690.000187
ORF1012T12MaCgaTg11AY.740.000116
ORF1012T12AAcgGcg11AY.740.000116
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.