CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = T24I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	24	T24I		nonsyn	aCt	aTt	6214	6214	1	28343-28345

Details of the mutation T24I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	24	T24I	aCt	aTt	6214	6214	All	0.001189
N	24	T24I	aCt	aTt	597	597	AY.43	0.002645
N	24	T24I	aCt	aTt	592	592	B.1.1.7	0.00053
N	24	T24I	aCt	aTt	404	404	AY.116	0.115859
N	24	T24I	aCt	aTt	380	380	AY.103	0.002359
N	24	T24I	aCt	aTt	347	347	AY.26	0.009824
N	24	T24I	aCt	aTt	272	272	AY.44	0.001656
N	24	T24I	aCt	aTt	243	243	B.1.596	0.021175
N	24	T24I	aCt	aTt	237	237	AY.25	0.001426
N	24	T24I	aCt	aTt	189	189	B.1.617.2	0.000712
N	24	T24I	aCt	aTt	185	185	AY.4	0.000288
N	24	T24I	aCt	aTt	160	160	B.1.1	0.002903
N	24	T24I	aCt	aTt	100	100	AY.3	0.000995
N	24	T24I	aCt	aTt	99	99	B.1.2	0.000872
N	24	T24I	aCt	aTt	87	87	B.1	0.000797
N	24	T24I	aCt	aTt	79	79	P.1	0.001245
N	24	T24I	aCt	aTt	77	77	AY.42	0.003098
N	24	T24I	aCt	aTt	73	73	AY.39	0.001804
N	24	T24I	aCt	aTt	66	66	B.1.427	0.003333
N	24	T24I	aCt	aTt	63	63	AY.20	0.002449
N	24	T24I	aCt	aTt	58	58	AY.47	0.001804
N	24	T24I	aCt	aTt	58	58	B.1.221	0.00412
N	24	T24I	aCt	aTt	57	57	AY.7.2	0.031879
N	24	T24I	aCt	aTt	55	55	B.1.177	0.000724
N	24	T24I	aCt	aTt	54	54	AY.4.2	0.001171
N	24	T24I	aCt	aTt	54	54	B.1.241	0.043831
N	24	T24I	aCt	aTt	53	53	B.1.351	0.001576
N	24	T24I	aCt	aTt	49	49	AY.98.1	0.002373
N	24	T24I	aCt	aTt	47	47	AY.118	0.002944
N	24	T24I	aCt	aTt	47	47	AY.46	0.004892
N	24	T24I	aCt	aTt	44	44	AY.4.5	0.00473
N	24	T24I	aCt	aTt	42	42	B.1.595	0.01096
N	24	T24I	aCt	aTt	39	39	C.37	0.004526
N	24	T24I	aCt	aTt	36	36	AY.54	0.003432
N	24	T24I	aCt	aTt	35	35	B.1.526	0.000823
N	24	T24I	aCt	aTt	34	34	AY.61	0.003562
N	24	T24I	aCt	aTt	33	33	AY.33	0.002204
N	24	T24I	aCt	aTt	31	31	AY.5.4	0.008578
N	24	T24I	aCt	aTt	30	30	AY.46.1	0.030801
N	24	T24I	aCt	aTt	28	28	B.1.160.20	0.25
N	24	T24I	aCt	aTt	27	27	AY.34	0.002618
N	24	T24I	aCt	aTt	26	26	B.1.604	0.448276
N	24	T24I	aCt	aTt	25	25	AY.116.1	0.007786
N	24	T24I	aCt	aTt	25	25	B.1.429	0.000588
N	24	T24I	aCt	aTt	24	24	AY.119	0.000847
N	24	T24I	aCt	aTt	24	24	AY.5	0.000496
N	24	T24I	aCt	aTt	23	23	AY.75.1	0.004147
N	24	T24I	aCt	aTt	22	22	AY.14	0.001936
N	24	T24I	aCt	aTt	22	22	AY.71	0.010451
N	24	T24I	aCt	aTt	22	22	AY.9.2	0.000808
N	24	T24I	aCt	aTt	19	19	AY.100	0.000874
N	24	T24I	aCt	aTt	18	18	B.1.426	0.018163
N	24	T24I	aCt	aTt	17	17	P.1.14	0.000813
N	24	T24I	aCt	aTt	16	16	AY.113	0.002278
N	24	T24I	aCt	aTt	16	16	B.1.160	0.000499
N	24	T24I	aCt	aTt	16	16	B.1.309	0.761905
N	24	T24I	aCt	aTt	15	15	B.1.1.50	0.010183
N	24	T24I	aCt	aTt	15	15	B.1.1.519	0.000596
N	24	T24I	aCt	aTt	14	14	B.1.258	0.000932
N	24	T24I	aCt	aTt	13	13	A.1	0.003664
N	24	T24I	aCt	aTt	13	13	AY.49	0.041534
N	24	T24I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.39	0.006626
N	24	T24I	aCt	aTt	12	12	AY.67	0.005571
N	24	T24I	aCt	aTt	12	12	AY.99.2	0.001106
N	24	T24I	aCt	aTt	12	12	B.1.1.216	0.010686
N	24	T24I	aCt	aTt	12	12	B.1.351.5	0.007194
N	24	T24I	aCt	aTt	11	11	AY.46.6	0.000794
N	24	T24I	aCt	aTt	11	11	AY.72	0.014966
N	24	T24I	aCt	aTt	11	11	AY.98	0.000869
N	24	T24I	aCt	aTt	11	11	B.1.396	0.007763
N	24	T24I	aCt	aTt	11	11	P.1.17	0.001779
N	24	T24I	aCt	aTt	10	10	AY.68	0.002737
N	24	T24I	aCt	aTt	10	10	AY.75	0.00056
N	24	T24I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.317	0.004117
N	24	T24I	aCt	aTt	10	10	B.1.621	0.000885
N	24	T24I	aCt	aTt	10	10	P.1.1	0.003177
N	24	T24I	aCt	aTt	9	9	AY.102	0.000239
N	24	T24I	aCt	aTt	9	9	U.3	0.034749
N	24	T24I	aCt	aTt	8	8	AY.13	0.001288
N	24	T24I	aCt	aTt	8	8	AY.82	0.010855
N	24	T24I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.222	0.001632
N	24	T24I	aCt	aTt	8	8	B.1.36.29	0.004139
N	24	T24I	aCt	aTt	8	8	B.1.617.1	0.001032
N	24	T24I	aCt	aTt	7	7	AY.111	0.001282
N	24	T24I	aCt	aTt	7	7	AY.36	0.001037
N	24	T24I	aCt	aTt	7	7	B.1.609	0.003356
N	24	T24I	aCt	aTt	7	7	B.40	0.00255
N	24	T24I	aCt	aTt	7	7	P.1.7	0.002235
N	24	T24I	aCt	aTt	7	7	Q.1	0.000884
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	AY.23	0.000418
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	AY.29	0.000095
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	AY.45	0.00073
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	AY.53	0.001725
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	AY.6	0.000247
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	AY.9.1	0.000502
N	24	T24I	aCt	aTt	6	6	P.1.15	0.001394
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	AY.120	0.000186
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	AY.2	0.001781
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	AY.41	0.00147
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	AY.70	0.001043
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	AY.85	0.002136
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	B	0.000639
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	B.1.234	0.00066
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	B.1.243	0.000348
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	B.1.466.2	0.001956
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	B.1.488	1
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	C.16	0.005302
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	C.36.3	0.002836
N	24	T24I	aCt	aTt	5	5	P.2	0.000933
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	A.2.5	0.001996
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	AY.107	0.001864
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	AY.114	0.000924
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	AY.39.1	0.000158
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	AY.51	0.003636
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	AY.9	0.00027
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.348	0.003185
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	B.1.279	0.002054
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	B.1.436	0.004115
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	D.5	0.0199
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	N.5	0.007067
N	24	T24I	aCt	aTt	4	4	R.1	0.00036
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.1	0.001187
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.108	0.003308
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.117	0.000254
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.120.1	0.000963
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.24	0.001293
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.3.1	0.000256
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.38	0.001498
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.5.3	0.001012
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.62	0.001307
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.84	0.001312
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AY.92	0.000862
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	AZ.3	0.004559
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.294	0.003797
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.318	0.000905
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.397	0.006757
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.409	0.008499
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.8	0.010753
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.110.3	0.002155
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.160.14	0.006356
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.160.17	0.005102
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.210	0.006397
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.258.17	0.000312
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.36.17	0.001482
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.36.35	0.007812
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.525	0.000339
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.561	0.001191
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	B.1.621.1	0.001517
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	P.1.2	0.003468
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	Q.4	0.001364
N	24	T24I	aCt	aTt	3	3	Q.8	0.000495
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.101	0.000981
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.105	0.001286
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.110	0.000225
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.30	0.000791
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.46.5	0.000397
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.48	0.00093
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.58	0.001815
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.74	0.000231
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	AY.95	0.001522
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.161	0.007067
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.214	0.000111
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.243	0.008163
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.284	0.000215
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.291	0.001485
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.33	0.000842
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.370	0.025316
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.432	0.002532
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.528	0.009615
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.70	0.000682
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.149	0.006849
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.43	0.002954
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.57	0.000562
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.7	0.00033
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.86	0.000367
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.236	0.004107
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.36	0.000292
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.18	0.00084
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.36	0.001204
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.39	0.004435
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.384	0.2
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.456	0.006536
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.470	0.002809
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.480	0.004975
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.517	0.000854
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.565	0.001621
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	B.1.637	0.000146
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	D.2	0.00015
N	24	T24I	aCt	aTt	2	2	P.1.12	0.000968
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	A	0.000387
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AD.2	0.000219
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.106	0.000335
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.121	0.000135
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.16	0.00038
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.16.1	0.00047
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.27	0.000065
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.34.1	0.00051
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.35	0.000233
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.37	0.000316
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.39.2	0.001541
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.46.4	0.000165
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.60	0.000938
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.64	0.000595
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.7	0.000196
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.73	0.000665
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.8	0.000606
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	AY.99	0.001049
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.10	0.001115
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.117	0.009709
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.121	0.002427
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.219	0.005
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.25	0.000569
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.28	0.000311
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.297	0.002237
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.312	0.001912
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.316	0.000925
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.398	0.003226
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.434	0.000349
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.46	0.004367
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.464	0.001473
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.47	0.005348
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.512	0.028571
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.524	0.020833
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.54	0.003021
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.139	0.000733
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.158	0.02381
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.10	0.008065
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.30	0.002513
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.4	0.000211
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.60	0.000218
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.69	0.001484
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.73	0.000566
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.75	0.001041
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.77	0.000726
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.222	0.001692
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.240	0.000216
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.14	0.00098
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.311	0.000275
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.336	0.002439
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.35	0.008475
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.3	0.000876
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.31	0.001751
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.8	0.001
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.367	0.000792
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.375	0.00082
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.397	0.004854
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.400	0.000429
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.405	0.012346
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.453	0.003236
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.462	0.007246
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.497	0.000315
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.499	0.00105
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.521	0.004975
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.550	0.013699
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.560	0.00463
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.580	0.004065
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.589	0.007576
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.619	0.000871
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.619.1	0.000641
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.1.628	0.000352
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.4	0.002208
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	B.56	0.028571
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	C.2.1	0.006667
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	C.37.1	0.002618
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	P.1.10	0.000269
N	24	T24I	aCt	aTt	1	1	Q.2	0.000613

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.