CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = S327L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N327S327LnonsyntCgtTg59465594440.99964729252-29254
N327S327LnonsyntCGtTA59465210.00035314929252-29254

Details of the mutation S327L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N327S327LtCgtTg5944459465All0.011369
N327S327LtCGtTA2159465All0.000004
N327S327LtCgtTg4140641406AY.50.855001
N327S327LtCgtTg31813181AY.40.004951
N327S327LtCgtTg29212921AY.5.40.808246
N327S327LtCgtTg22242224AY.5.30.750337
N327S327LtCgtTg15611561B.1.1.70.001397
N327S327LtCgtTg897897B.1.617.20.003378
N327S327LtCgtTg589589B.1.4290.013858
N327S327LtCgtTg573573AY.970.97449
N327S327LtCgtTg572572B.1.20.005037
N327S327LtCgtTg405405AY.5.20.997537
N327S327LtCgtTg265265AY.430.001174
N327S327LtCgtTg265265AY.5.10.996241
N327S327LtCgtTg213213AY.470.006625
N327S327LtCgtTg208208AY.250.001251
N327S327LtCgtTg189189B.10.001731
N327S327LtCgtTg179179AY.30.00178
N327S327LtCgtTg167179AY.440.001016
N327S327LtCGtTA12179AY.440.000073
N327S327LtCgtTg159159AY.1030.000987
N327S327LtCgtTg132132P.10.00208
N327S327LtCgtTg131131AY.1200.00487
N327S327LtCgtTg114114B.1.1770.001501
N327S327LtCgtTg104104R.10.009361
N327S327LtCgtTg9091B.1.2210.006393
N327S327LtCGtTA191B.1.2210.000071
N327S327LtCgtTg8585AY.4.2.10.012664
N327S327LtCgtTg8282AY.420.003299
N327S327LtCgtTg8080B.1.5260.00188
N327S327LtCgtTg7878B.1.2430.005428
N327S327LtCgtTg7676B.1.1.2220.015504
N327S327LtCgtTg6769AY.290.001057
N327S327LtCGtTA269AY.290.000032
N327S327LtCgtTg5858AY.3.10.004945
N327S327LtCgtTg5858B.1.360.008462
N327S327LtCgtTg5656AY.46.50.011111
N327S327LtCgtTg5353AY.4.20.00115
N327S327LtCgtTg5050B.1.10.000907
N327S327LtCgtTg5050P.20.009332
N327S327LtCgtTg4949AY.630.018956
N327S327LtCgtTg4646AY.60.001892
N327S327LtCgtTg4545P.1.100.012126
N327S327LtCgtTg4343B.1.5700.126471
N327S327LtCgtTg4242AY.200.001632
N327S327LtCgtTg4141P.1.70.013091
N327S327LtCgtTg4040AY.230.00279
N327S327LtCgtTg4040C.370.004643
N327S327LtCgtTg3737AY.29.10.008159
N327S327LtCgtTg3737AY.690.006907
N327S327LtCgtTg3636AY.390.00089
N327S327LtCgtTg3636B.1.258.170.003743
N327S327LtCgtTg3333Q.10.004169
N327S327LtCgtTg3131AY.260.000878
N327S327LtCgtTg3131B.1.1.5190.001231
N327S327LtCgtTg3131B.1.3510.000922
N327S327LtCgtTg2929AY.120.10.00931
N327S327LtCgtTg2929B.1.1600.000904
N327S327LtCgtTg2929B.1.177.810.00549
N327S327LtCgtTg2828AY.1190.000989
N327S327LtCgtTg2828AY.39.10.001109
N327S327LtCgtTg2727AY.1180.001692
N327S327LtCgtTg2727AY.400.026037
N327S327LtCgtTg2727AY.99.20.002488
N327S327LtCgtTg2727B.1.6040.465517
N327S327LtCgtTg2626AY.1110.004762
N327S327LtCgtTg2626B.1.2580.00173
N327S327LtCgtTg2626B.1.6210.002301
N327S327LtCgtTg2525B.1.438.10.002682
N327S327LtCgtTg2323AY.1020.00061
N327S327LtCgtTg2323B.1.351.20.006959
N327S327LtCgtTg2222AY.920.00632
N327S327LtCgtTg2121AY.460.002186
N327S327LtCgtTg2121AY.750.001176
N327S327LtCgtTg2121B.1.2340.002771
N327S327LtCgtTg2121B.1.5960.00183
N327S327LtCgtTg2020AY.410.005879
N327S327LtCgtTg2020B.1.177.40.004221
N327S327LtCgtTg2020P.1.140.000956
N327S327LtCgtTg1818AY.1170.001521
N327S327LtCgtTg1717P.1.40.016602
N327S327LtCgtTg1616AY.930.004369
N327S327LtCgtTg1616AY.980.001264
N327S327LtCgtTg1515AY.120.20.01928
N327S327LtCgtTg1515AY.450.001825
N327S327LtCgtTg1515P.1.150.003485
N327S327LtCgtTg1414AY.1060.004689
N327S327LtCgtTg1414AY.116.10.00436
N327S327LtCgtTg1414AY.540.001335
N327S327LtCgtTg1414B.1.4270.000707
N327S327LtCgtTg1313AY.580.011797
N327S327LtCgtTg1212AY.590.006356
N327S327LtCgtTg1212B.1.1.2140.000665
N327S327LtCgtTg1212B.1.3690.003423
N327S327LtCgtTg1212B.1.80.023669
N327S327LtCgtTg1111AY.98.10.000533
N327S327LtCgtTg1111B.1.1.4220.5
N327S327LtCgtTg1010AY.350.00233
N327S327LtCgtTg1010AY.840.004374
N327S327LtCgtTg1010B.1.36.290.005173
N327S327LtCgtTg99AY.9.20.000331
N327S327LtCgtTg99B.1.177.210.000688
N327S327LtCgtTg99B.1.177.870.00655
N327S327LtCgtTg99B.1.3360.021951
N327S327LtCgtTg99B.1.6370.000658
N327S327LtCgtTg88A.270.013245
N327S327LtCgtTg88AY.320.00426
N327S327LtCgtTg88AY.46.60.000578
N327S327LtCgtTg88AY.680.00219
N327S327LtCgtTg88AY.990.008395
N327S327LtCgtTg88B.1.1.2650.025237
N327S327LtCgtTg88B.1.177.170.006568
N327S327LtCgtTg88B.1.5250.000905
N327S327LtCgtTg88B.1.5820.003925
N327S327LtCgtTg77AY.140.000616
N327S327LtCgtTg77AY.75.10.001262
N327S327LtCgtTg77AY.910.005113
N327S327LtCgtTg77AY.950.005327
N327S327LtCgtTg77B.1.1.2430.028571
N327S327LtCgtTg77B.1.177.600.001529
N327S327LtCgtTg77B.1.5170.002989
N327S327LtCgtTg77B.1.6090.003356
N327S327LtCgtTg77B.1.6280.002467
N327S327LtCgtTg66AY.340.000582
N327S327LtCgtTg66B.1.1.2160.005343
N327S327LtCgtTg56B.1.1.3060.002192
N327S327LtCGtTA16B.1.1.3060.000438
N327S327LtCgtTg66B.1.1.390.003058
N327S327LtCgtTg66B.1.177.110.010187
N327S327LtCgtTg66B.1.1990.024793
N327S327LtCgtTg66B.1.5640.002555
N327S327LtCgtTg66B.1.5650.004862
N327S327LtCgtTg66B.1.617.10.000774
N327S327LtCgtTg66P.1.120.002904
N327S327LtCgtTg55AY.100.00265
N327S327LtCgtTg55AY.1130.000712
N327S327LtCgtTg55AY.1140.001156
N327S327LtCgtTg55AY.46.40.000823
N327S327LtCgtTg55AY.570.003281
N327S327LtCgtTg55AZ.20.004105
N327S327LtCgtTg55B0.000639
N327S327LtCgtTg55B.1.1.250.002843
N327S327LtCgtTg55B.1.1.3330.005382
N327S327LtCgtTg55B.1.1.3720.003444
N327S327LtCgtTg55B.1.2060.004078
N327S327LtCgtTg55B.1.5750.001517
N327S327LtCGtTA55S.10.024752
N327S327LtCgtTg440.222222
N327S327LtCgtTg44AY.1010.001962
N327S327LtCgtTg44AY.1050.002572
N327S327LtCgtTg44AY.1090.002959
N327S327LtCgtTg44AY.160.001519
N327S327LtCgtTg44B.1.1.2770.003035
N327S327LtCgtTg44B.1.1.3110.001433
N327S327LtCgtTg44B.1.1.3160.0037
N327S327LtCgtTg44B.1.177.560.00267
N327S327LtCgtTg44B.1.2400.000862
N327S327LtCgtTg44B.1.36.380.006568
N327S327LtCgtTg44B.1.466.20.001565
N327S327LtCgtTg44P.1.170.000647
N327S327LtCgtTg33A.10.000846
N327S327LtCgtTg33AY.1000.000138
N327S327LtCgtTg33AY.1160.00086
N327S327LtCgtTg33AY.330.0002
N327S327LtCgtTg33AY.360.000445
N327S327LtCgtTg33AY.4.50.000322
N327S327LtCgtTg33AY.740.000347
N327S327LtCgtTg33AY.860.00249
N327S327LtCgtTg33B.1.1.280.000934
N327S327LtCgtTg33B.1.1.2840.000322
N327S327LtCgtTg33B.1.1.3740.007126
N327S327LtCgtTg33B.1.160.140.006356
N327S327LtCgtTg33B.1.177.160.001993
N327S327LtCgtTg33B.1.177.860.00055
N327S327LtCgtTg33B.1.2390.003663
N327S327LtCgtTg33B.1.36.100.014354
N327S327LtCgtTg33B.1.36.180.001261
N327S327LtCgtTg33B.1.36.80.003
N327S327LtCgtTg33B.1.3900.031915
N327S327LtCgtTg33B.1.4560.009804
N327S327LtCgtTg33B.1.4890.130435
N327S327LtCgtTg33B.1.4990.003151
N327S327LtCgtTg33C.36.30.001702
N327S327LtCgtTg33D.20.000225
N327S327LtCgtTg33P.30.004785
N327S327LtCgtTg33Q.40.001364
N327S327LtCgtTg33Q.80.000495
N327S327LtCgtTg22A.30.004193
N327S327LtCgtTg22AE.80.000978
N327S327LtCgtTg22AY.1040.003968
N327S327LtCgtTg22AY.34.10.00102
N327S327LtCgtTg22AY.46.20.001271
N327S327LtCgtTg22AY.490.00639
N327S327LtCgtTg22AY.550.001835
N327S327LtCgtTg22AY.650.001066
N327S327LtCgtTg22AY.70.000392
N327S327LtCgtTg22AY.700.000417
N327S327LtCgtTg22AY.810.003984
N327S327LtCgtTg22AY.870.001665
N327S327LtCgtTg22AY.960.004149
N327S327LtCgtTg22B.1.1.10.000653
N327S327LtCgtTg22B.1.1.1530.002191
N327S327LtCgtTg22B.1.1.1570.001826
N327S327LtCgtTg22B.1.1.3530.041667
N327S327LtCgtTg22B.1.1.3880.090909
N327S327LtCgtTg22B.1.1.4320.002532
N327S327LtCgtTg22B.1.1.5250.010929
N327S327LtCgtTg22B.1.1.700.000682
N327S327LtCgtTg22B.1.177.100.001756
N327S327LtCgtTg22B.1.177.180.00232
N327S327LtCgtTg22B.1.177.460.001837
N327S327LtCgtTg22B.1.177.570.000562
N327S327LtCgtTg22B.1.258.110.000793
N327S327LtCgtTg22B.1.258.200.031746
N327S327LtCgtTg22B.1.258.220.005333
N327S327LtCgtTg22B.1.3110.000549
N327S327LtCgtTg22B.1.351.50.001199
N327S327LtCgtTg22B.1.36.170.000988
N327S327LtCgtTg22B.1.3750.001639
N327S327LtCgtTg22B.1.390.007812
N327S327LtCgtTg22B.1.4130.008511
N327S327LtCgtTg22B.1.4160.002538
N327S327LtCgtTg22B.1.5610.000794
N327S327LtCgtTg22B.1.619.10.001283
N327S327LtCgtTg22B.1.6230.001073
N327S327LtCgtTg22B.1.780.017094
N327S327LtCgtTg22B.400.000729
N327S327LtCgtTg22C.300.003454
N327S327LtCgtTg22C.360.001821
N327S327LtCgtTg22N.40.008511
N327S327LtCgtTg11A0.000387
N327S327LtCgtTg11A.2.50.000499
N327S327LtCgtTg11A.23.10.000704
N327S327LtCgtTg11A.60.005128
N327S327LtCgtTg11AD.20.000219
N327S327LtCgtTg11AE.10.011364
N327S327LtCgtTg11AE.50.018519
N327S327LtCgtTg11AM.40.003571
N327S327LtCgtTg11AU.30.00211
N327S327LtCgtTg11AW.10.003049
N327S327LtCgtTg11AY.1100.000113
N327S327LtCgtTg11AY.120.000316
N327S327LtCgtTg11AY.120.2.10.000498
N327S327LtCgtTg11AY.190.00114
N327S327LtCgtTg11AY.20.000356
N327S327LtCgtTg11AY.220.002092
N327S327LtCgtTg11AY.240.000431
N327S327LtCgtTg11AY.280.00189
N327S327LtCgtTg11AY.300.000396
N327S327LtCgtTg11AY.370.000316
N327S327LtCgtTg11AY.380.000499
N327S327LtCgtTg11AY.4.30.000842
N327S327LtCgtTg11AY.46.10.001027
N327S327LtCgtTg11AY.500.000799
N327S327LtCgtTg11AY.530.000288
N327S327LtCgtTg11AY.600.000938
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.