CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = S180I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	180	S180I		nonsyn	aGt	aTt	1635	1634	0.999388	28811-28813
N	180	S180I		nonsyn	aGT	aTC	1635	1	0.000611621	28811-28813

Details of the mutation S180I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	180	S180I	aGt	aTt	1634	1635	All	0.000313
N	180	S180I	aGT	aTC	1	1635	All	0
N	180	S180I	aGt	aTt	193	193	B.1.258	0.012844
N	180	S180I	aGt	aTt	149	149	AY.4	0.000232
N	180	S180I	aGt	aTt	116	116	A.1	0.032694
N	180	S180I	aGt	aTt	115	115	AY.43	0.00051
N	180	S180I	aGt	aTt	108	109	B.1.1.7	0.000097
N	180	S180I	aGT	aTC	1	109	B.1.1.7	0.000001
N	180	S180I	aGt	aTt	108	108	B.1	0.000989
N	180	S180I	aGt	aTt	79	79	AY.25	0.000475
N	180	S180I	aGt	aTt	68	68	B.1.617.2	0.000256
N	180	S180I	aGt	aTt	46	46	AY.26	0.001302
N	180	S180I	aGt	aTt	38	38	B.1.1.519	0.001509
N	180	S180I	aGt	aTt	36	36	AY.54	0.003432
N	180	S180I	aGt	aTt	24	24	AY.103	0.000149
N	180	S180I	aGt	aTt	22	22	AY.45	0.002677
N	180	S180I	aGt	aTt	20	20	AY.29	0.000315
N	180	S180I	aGt	aTt	20	20	B.1.358	1
N	180	S180I	aGt	aTt	19	19	B.1.160	0.000593
N	180	S180I	aGt	aTt	17	17	AY.42	0.000684
N	180	S180I	aGt	aTt	17	17	AY.6	0.000699
N	180	S180I	aGt	aTt	17	17	B.1.1	0.000308
N	180	S180I	aGt	aTt	15	15	AY.109	0.011095
N	180	S180I	aGt	aTt	15	15	AY.67	0.006964
N	180	S180I	aGt	aTt	15	15	B.1.2	0.000132
N	180	S180I	aGt	aTt	12	12	AY.44	0.000073
N	180	S180I	aGt	aTt	12	12	B.1.1.112	0.705882
N	180	S180I	aGt	aTt	11	11	AY.7	0.002156
N	180	S180I	aGt	aTt	11	11	B.1.617.1	0.001419
N	180	S180I	aGt	aTt	11	11	P.1	0.000173
N	180	S180I	aGt	aTt	10	10	B.3	0.008306
N	180	S180I	aGt	aTt	9	9	AY.5	0.000186
N	180	S180I	aGt	aTt	9	9	AY.61	0.000943
N	180	S180I	aGt	aTt	9	9	B.1.147	0.006803
N	180	S180I	aGt	aTt	8	8	B.1.1.302	0.016598
N	180	S180I	aGt	aTt	8	8	B.1.177	0.000105
N	180	S180I	aGt	aTt	7	7	AC.1	0.259259
N	180	S180I	aGt	aTt	7	7	AY.119	0.000247
N	180	S180I	aGt	aTt	7	7	B.1.177.86	0.001284
N	180	S180I	aGt	aTt	7	7	B.1.351	0.000208
N	180	S180I	aGt	aTt	7	7	P.1.17	0.001132
N	180	S180I	aGt	aTt	6	6	AY.3	0.00006
N	180	S180I	aGt	aTt	6	6	B.1.232	0.003224
N	180	S180I	aGt	aTt	6	6	B.1.429	0.000141
N	180	S180I	aGt	aTt	6	6	C.37	0.000696
N	180	S180I	aGt	aTt	5	5	AY.100	0.00023
N	180	S180I	aGt	aTt	5	5	AY.71	0.002375
N	180	S180I	aGt	aTt	5	5	B.1.1.311	0.001791
N	180	S180I	aGt	aTt	5	5	B.1.595	0.001305
N	180	S180I	aGt	aTt	5	5	D.2	0.000375
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	AY.102	0.000106
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	AY.16.1	0.00188
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	B.1.1.17	0.066667
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	B.1.160.10	0.032258
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	B.1.466.2	0.001565
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	B.1.474	0.007605
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	B.1.526	0.000094
N	180	S180I	aGt	aTt	4	4	B.1.609	0.001918
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	A.3	0.006289
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.13	0.000483
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.14	0.000264
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.36	0.000445
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.37	0.000948
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.4.2.1	0.000447
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.55	0.002752
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	AY.9	0.000203
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.214	0.000166
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.222	0.000612
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	B.1.413	0.012766
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	B.1.427	0.000151
N	180	S180I	aGt	aTt	3	3	B.1.590	0.013636
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.117	0.000169
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.33	0.000134
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.35	0.000466
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.39	0.000049
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.4.2	0.000043
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.70	0.000417
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.98.1	0.000097
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	AY.99.2	0.000184
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.318	0.000604
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.39	0.001019
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.50	0.001358
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.70	0.000682
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.438.1	0.000215
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.497	0.00063
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.621	0.000177
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.1.637	0.000146
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	B.42	0.066667
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	C.16	0.002121
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	C.35	0.001548
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	P.1.10	0.000539
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	Q.1	0.000253
N	180	S180I	aGt	aTt	2	2	R.1	0.00018
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	A	0.000387
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	A.2.5	0.000499
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	A.5	0.001923
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AU.2	0.002421
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AW.1	0.003049
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.107	0.000466
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.108	0.001103
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.111	0.000183
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.116.1	0.000311
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.12	0.000316
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.121	0.000135
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.16	0.00038
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.2	0.000356
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.24	0.000431
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.29.1	0.000221
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.30	0.000396
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.4.5	0.000107
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.40	0.000964
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.46	0.000104
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.46.4	0.000165
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.46.6	0.000072
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.47	0.000031
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.53	0.000288
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.72	0.001361
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.75.1	0.00018
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.77	0.001127
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.9.2	0.000037
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AY.98	0.000079
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	AZ.2	0.000821
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B	0.000128
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.207	0.001182
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.216	0.00089
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.232	0.001815
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.284	0.000107
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.459	0.015385
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.462	0.008621
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.110.1	0.1
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.113	0.015625
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.157	0.002985
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.169	0.014925
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.30	0.002513
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.8	0.000752
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.258.14	0.00098
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.3	0.002618
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.350	0.002933
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.351.2	0.000303
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.36	0.000146
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.36.24	0.006173
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.382	0.008929
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.396	0.000706
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.479	0.038462
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.492	0.007042
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.499	0.00105
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.504	0.03125
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.521	0.004975
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.1.612	0.002653
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.28	0.003279
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.39	0.002331
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.40	0.000364
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	B.6	0.00091
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	N.9	0.005952
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	P.1.14	0.000048
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	P.1.15	0.000232
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	P.1.2	0.001156
N	180	S180I	aGt	aTt	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.