CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = R203I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	203	R203I		nonsyn	aGG	aTT	1679	1092	0.650387	28880-28882
N	203	R203I		nonsyn	aGG	aTA	1679	413	0.24598	28880-28882
N	203	R203I		nonsyn	aGG	aTC	1679	174	0.103633	28880-28882

Details of the mutation R203I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	203	R203I	aGG	aTT	1092	1679	All	0.000209
N	203	R203I	aGG	aTA	413	1679	All	0.000079
N	203	R203I	aGG	aTC	174	1679	All	0.000033
N	203	R203I	aGG	aTT	247	253	AY.98.1	0.011962
N	203	R203I	aGG	aTA	6	253	AY.98.1	0.000291
N	203	R203I	aGG	aTC	131	206	AY.44	0.000797
N	203	R203I	aGG	aTT	61	206	AY.44	0.000371
N	203	R203I	aGG	aTA	14	206	AY.44	0.000085
N	203	R203I	aGG	aTT	116	149	B.1.617.2	0.000437
N	203	R203I	aGG	aTA	27	149	B.1.617.2	0.000102
N	203	R203I	aGG	aTC	6	149	B.1.617.2	0.000023
N	203	R203I	aGG	aTT	105	130	AY.43	0.000465
N	203	R203I	aGG	aTA	24	130	AY.43	0.000106
N	203	R203I	aGG	aTC	1	130	AY.43	0.000004
N	203	R203I	aGG	aTT	94	115	AY.4	0.000146
N	203	R203I	aGG	aTA	13	115	AY.4	0.00002
N	203	R203I	aGG	aTC	8	115	AY.4	0.000012
N	203	R203I	aGG	aTA	94	95	AY.5.3	0.031714
N	203	R203I	aGG	aTT	1	95	AY.5.3	0.000337
N	203	R203I	aGG	aTT	79	79	AY.45	0.009613
N	203	R203I	aGG	aTT	49	55	AY.3	0.000487
N	203	R203I	aGG	aTA	4	55	AY.3	0.00004
N	203	R203I	aGG	aTC	2	55	AY.3	0.00002
N	203	R203I	aGG	aTT	30	50	AY.25	0.00018
N	203	R203I	aGG	aTA	18	50	AY.25	0.000108
N	203	R203I	aGG	aTC	2	50	AY.25	0.000012
N	203	R203I	aGG	aTA	46	47	B.1	0.000421
N	203	R203I	aGG	aTT	1	47	B.1	0.000009
N	203	R203I	aGG	aTT	26	40	AY.103	0.000161
N	203	R203I	aGG	aTC	10	40	AY.103	0.000062
N	203	R203I	aGG	aTA	4	40	AY.103	0.000025
N	203	R203I	aGG	aTT	37	37	AY.119	0.001306
N	203	R203I	aGG	aTT	26	29	AY.102	0.000689
N	203	R203I	aGG	aTA	2	29	AY.102	0.000053
N	203	R203I	aGG	aTC	1	29	AY.102	0.000027
N	203	R203I	aGG	aTA	26	26	B.1.1.7	0.000023
N	203	R203I	aGG	aTT	21	23	AY.20	0.000816
N	203	R203I	aGG	aTA	1	23	AY.20	0.000039
N	203	R203I	aGG	aTC	1	23	AY.20	0.000039
N	203	R203I	aGG	aTT	19	21	AY.47	0.000591
N	203	R203I	aGG	aTA	2	21	AY.47	0.000062
N	203	R203I	aGG	aTA	18	20	AY.4.2	0.00039
N	203	R203I	aGG	aTT	2	20	AY.4.2	0.000043
N	203	R203I	aGG	aTC	11	19	AY.29	0.000174
N	203	R203I	aGG	aTT	7	19	AY.29	0.00011
N	203	R203I	aGG	aTA	1	19	AY.29	0.000016
N	203	R203I	aGG	aTT	16	17	AY.9.2	0.000588
N	203	R203I	aGG	aTA	1	17	AY.9.2	0.000037
N	203	R203I	aGG	aTT	14	15	AY.100	0.000644
N	203	R203I	aGG	aTC	1	15	AY.100	0.000046
N	203	R203I	aGG	aTT	15	15	AY.99.2	0.001382
N	203	R203I	aGG	aTA	7	11	AY.23	0.000488
N	203	R203I	aGG	aTT	4	11	AY.23	0.000279
N	203	R203I	aGG	aTT	10	10	AY.14	0.00088
N	203	R203I	aGG	aTT	9	9	AY.46	0.000937
N	203	R203I	aGG	aTA	4	8	AY.26	0.000113
N	203	R203I	aGG	aTT	4	8	AY.26	0.000113
N	203	R203I	aGG	aTT	8	8	AY.33	0.000534
N	203	R203I	aGG	aTT	5	8	AY.75.1	0.000902
N	203	R203I	aGG	aTA	3	8	AY.75.1	0.000541
N	203	R203I	aGG	aTA	8	8	P.1	0.000126
N	203	R203I	aGG	aTT	6	7	AY.5.4	0.00166
N	203	R203I	aGG	aTA	1	7	AY.5.4	0.000277
N	203	R203I	aGG	aTT	5	6	AY.113	0.000712
N	203	R203I	aGG	aTA	1	6	AY.113	0.000142
N	203	R203I	aGG	aTA	5	6	AY.27	0.000324
N	203	R203I	aGG	aTT	1	6	AY.27	0.000065
N	203	R203I	aGG	aTA	5	6	B	0.000639
N	203	R203I	aGG	aTT	1	6	B	0.000128
N	203	R203I	aGG	aTA	3	5	AY.120	0.000112
N	203	R203I	aGG	aTT	2	5	AY.120	0.000074
N	203	R203I	aGG	aTA	3	5	AY.5	0.000062
N	203	R203I	aGG	aTT	2	5	AY.5	0.000041
N	203	R203I	aGG	aTT	5	5	AY.60	0.00469
N	203	R203I	aGG	aTT	5	5	AY.78	0.007704
N	203	R203I	aGG	aTA	5	5	AY.92	0.001436
N	203	R203I	aGG	aTT	4	4	AY.19	0.004561
N	203	R203I	aGG	aTT	4	4	AY.36	0.000593
N	203	R203I	aGG	aTT	4	4	AY.39	0.000099
N	203	R203I	aGG	aTA	4	4	AY.39.1	0.000158
N	203	R203I	aGG	aTA	3	4	AY.42	0.000121
N	203	R203I	aGG	aTT	1	4	AY.42	0.00004
N	203	R203I	aGG	aTA	4	4	AY.52	0.003257
N	203	R203I	aGG	aTT	4	4	AY.61	0.000419
N	203	R203I	aGG	aTA	2	3	AY.30	0.000791
N	203	R203I	aGG	aTT	1	3	AY.30	0.000396
N	203	R203I	aGG	aTT	3	3	AY.46.6	0.000217
N	203	R203I	aGG	aTT	3	3	AY.54	0.000286
N	203	R203I	aGG	aTA	2	3	AY.68	0.000547
N	203	R203I	aGG	aTT	1	3	AY.68	0.000274
N	203	R203I	aGG	aTT	3	3	AY.73	0.001996
N	203	R203I	aGG	aTA	2	3	AY.80	0.002257
N	203	R203I	aGG	aTT	1	3	AY.80	0.001129
N	203	R203I	aGG	aTA	3	3	AY.9.1	0.000251
N	203	R203I	aGG	aTA	3	3	B.1.1	0.000054
N	203	R203I	aGG	aTA	3	3	B.1.375	0.002459
N	203	R203I	aGG	aTA	3	3	B.1.576	0.00272
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	AY.110	0.000225
N	203	R203I	aGG	aTT	2	2	AY.114	0.000462
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	AY.116.1	0.000623
N	203	R203I	aGG	aTA	1	2	AY.117	0.000085
N	203	R203I	aGG	aTT	1	2	AY.117	0.000085
N	203	R203I	aGG	aTT	2	2	AY.121	0.000271
N	203	R203I	aGG	aTA	1	2	AY.13	0.000161
N	203	R203I	aGG	aTT	1	2	AY.13	0.000161
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	AY.34	0.000194
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	AY.4.2.1	0.000298
N	203	R203I	aGG	aTT	2	2	AY.46.3	0.001867
N	203	R203I	aGG	aTT	2	2	AY.6	0.000082
N	203	R203I	aGG	aTT	1	2	AY.75	0.000056
N	203	R203I	aGG	aTA	1	2	AY.75	0.000056
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	AY.95	0.001522
N	203	R203I	aGG	aTT	2	2	AY.98	0.000158
N	203	R203I	aGG	aTT	2	2	AY.99	0.002099
N	203	R203I	aGG	aTA	1	2	B.1.617.1	0.000129
N	203	R203I	aGG	aTT	1	2	B.1.617.1	0.000129
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	C.37.1	0.005236
N	203	R203I	aGG	aTA	2	2	P.1.17	0.000324
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	A	0.000387
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.106	0.000335
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.108	0.001103
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.11	0.001339
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.118	0.000063
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.16	0.00038
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.16.1	0.00047
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.23.1	0.000417
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.3.1	0.000085
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.32	0.000532
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.34.1	0.00051
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.4.5	0.000107
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.51	0.000909
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.55	0.000917
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.58	0.000907
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.65	0.000533
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.71	0.000475
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AY.77	0.001127
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.87	0.000833
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.88	0.000884
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	AY.99.1	0.001553
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	AZ.2	0.000821
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.1.413	0.006897
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.131	0.008772
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.2	0.000009
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.301	0.005917
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.432	0.011236
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.433	0.003195
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.581	0.009434
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	B.1.623	0.000536
N	203	R203I	aGG	aTT	1	1	C.36.3	0.000567
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	C.36.3.1	0.002717
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	C.37	0.000116
N	203	R203I	aGG	aTA	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.