CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = L353L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N353L353LsynctGctT924186320.93409829330-29332
N353L353LsynCtgTtg92413320.035926829330-29332
N353L353LsynctGctA92411830.019803129330-29332
N353L353LsynctGctC9241940.010172129330-29332

Details of the mutation L353L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N353L353LctGctT86329241All0.001651
N353L353LCtgTtg3329241All0.000063
N353L353LctGctA1839241All0.000035
N353L353LctGctC949241All0.000018
N353L353LctGctT22682269AY.4.50.243792
N353L353LCtgTtg12269AY.4.50.000107
N353L353LctGctT13121439B.1.1.70.001175
N353L353LctGctA561439B.1.1.70.00005
N353L353LCtgTtg381439B.1.1.70.000034
N353L353LctGctC331439B.1.1.70.00003
N353L353LctGctT790790AY.330.052755
N353L353LctGctT638696AY.40.000993
N353L353LctGctC28696AY.40.000044
N353L353LCtgTtg28696AY.40.000044
N353L353LctGctA2696AY.40.000003
N353L353LctGctT630630B.1.1.4860.993691
N353L353LctGctT305421B.1.617.20.001148
N353L353LctGctA94421B.1.617.20.000354
N353L353LctGctC12421B.1.617.20.000045
N353L353LCtgTtg10421B.1.617.20.000038
N353L353LctGctT238248AY.430.001054
N353L353LctGctC6248AY.430.000027
N353L353LCtgTtg3248AY.430.000013
N353L353LctGctA1248AY.430.000004
N353L353LctGctT243243B.1.5090.21039
N353L353LctGctT155222B.1.20.001365
N353L353LCtgTtg66222B.1.20.000581
N353L353LctGctA1222B.1.20.000009
N353L353LctGctT192192AY.530.055204
N353L353LctGctT153153B.1.1.3020.317427
N353L353LctGctT125134AY.440.000761
N353L353LctGctA5134AY.440.00003
N353L353LCtgTtg2134AY.440.000012
N353L353LctGctC2134AY.440.000012
N353L353LctGctT122122AY.360.018082
N353L353LctGctT111114B.10.001017
N353L353LCtgTtg2114B.10.000018
N353L353LctGctA1114B.10.000009
N353L353LctGctT7490B.1.1.5190.002939
N353L353LCtgTtg1390B.1.1.5190.000516
N353L353LctGctC290B.1.1.5190.000079
N353L353LctGctA190B.1.1.5190.00004
N353L353LctGctT7274B.1.10.001306
N353L353LctGctA174B.1.10.000018
N353L353LCtgTtg174B.1.10.000018
N353L353LctGctT5757A.150.904762
N353L353LctGctT5357AY.250.000319
N353L353LCtgTtg357AY.250.000018
N353L353LctGctA157AY.250.000006
N353L353LctGctT4850AY.390.001186
N353L353LCtgTtg150AY.390.000025
N353L353LctGctC150AY.390.000025
N353L353LctGctT4448P.10.000693
N353L353LCtgTtg348P.10.000047
N353L353LctGctA148P.10.000016
N353L353LCtgTtg3846B.1.5260.000893
N353L353LctGctT846B.1.5260.000188
N353L353LctGctT4142AY.50.000847
N353L353LCtgTtg142AY.50.000021
N353L353LctGctT3641AY.1030.000224
N353L353LctGctA441AY.1030.000025
N353L353LCtgTtg141AY.1030.000006
N353L353LctGctT4141B.1.2350.103275
N353L353LctGctT2731AY.30.000269
N353L353LCtgTtg431AY.30.00004
N353L353LctGctT2629AY.1020.000689
N353L353LCtgTtg329AY.1020.00008
N353L353LctGctT2128AY.3.10.00179
N353L353LCtgTtg628AY.3.10.000512
N353L353LctGctA128AY.3.10.000085
N353L353LctGctT2323B.1.466.20.008998
N353L353LctGctT2222AY.540.002098
N353L353LctGctT2222B.1.177.860.004036
N353L353LctGctT2121AY.650.011194
N353L353LctGctT1420B.1.1770.000184
N353L353LctGctC420B.1.1770.000053
N353L353LCtgTtg220B.1.1770.000026
N353L353LctGctT1920B.1.2210.00135
N353L353LCtgTtg120B.1.2210.000071
N353L353LctGctT1720B.1.4290.0004
N353L353LCtgTtg320B.1.4290.000071
N353L353LctGctT1619AY.200.000622
N353L353LCtgTtg319AY.200.000117
N353L353LctGctT1619B.1.2430.001113
N353L353LCtgTtg319B.1.2430.000209
N353L353LctGctT1518AY.420.000603
N353L353LCtgTtg218AY.420.00008
N353L353LctGctC118AY.420.00004
N353L353LctGctT1818Q.80.002968
N353L353LCtgTtg917B.1.1600.000281
N353L353LctGctT817B.1.1600.00025
N353L353LctGctT1616B.1.3510.000476
N353L353LctGctT1515AY.460.001561
N353L353LctGctT1515AY.510.013636
N353L353LCtgTtg1414B.1.1.1890.02118
N353L353LctGctT1014B.1.4270.000505
N353L353LCtgTtg314B.1.4270.000151
N353L353LctGctC114B.1.4270.00005
N353L353LctGctT1313AY.730.008649
N353L353LctGctT1212AY.10.004749
N353L353LctGctT1212AY.230.000837
N353L353LctGctT1212B.1.1.2980.010345
N353L353LctGctT1212B.1.2580.000799
N353L353LctGctT1111AY.290.000174
N353L353LctGctT910AY.1190.000318
N353L353LctGctC110AY.1190.000035
N353L353LctGctT1010AY.4.20.000217
N353L353LctGctT910AY.450.001095
N353L353LCtgTtg110AY.450.000122
N353L353LctGctT1010AY.920.002873
N353L353LctGctT1010B.1.1.3060.004384
N353L353LctGctT99B.1.1.2140.000499
N353L353LctGctT99B.1.1.3500.36
N353L353LctGctT99B.1.3490.006433
N353L353LCtgTtg99B.1.3770.041096
N353L353LCtgTtg58AY.140.00044
N353L353LctGctT38AY.140.000264
N353L353LctGctT78AY.470.000218
N353L353LCtgTtg18AY.470.000031
N353L353LctGctT88AY.90.000541
N353L353LctGctT88B.1.2370.039801
N353L353LCtgTtg48B.1.360.000584
N353L353LctGctT48B.1.360.000584
N353L353LctGctT48B.1.6210.000354
N353L353LCtgTtg48B.1.6210.000354
N353L353LctGctT88C.160.008484
N353L353LctGctT88P.1.140.000382
N353L353LctGctT67AY.1210.000812
N353L353LCtgTtg17AY.1210.000135
N353L353LctGctT47AY.260.000113
N353L353LctGctA27AY.260.000057
N353L353LCtgTtg17AY.260.000028
N353L353LctGctT77AY.620.00305
N353L353LCtgTtg77B.1.1.390.003568
N353L353LctGctT77B.1.1.4060.045455
N353L353LctGctT66AY.1060.002009
N353L353LctGctT66AY.1110.001099
N353L353LctGctT66AY.370.001896
N353L353LctGctT46AY.99.20.000369
N353L353LctGctA26AY.99.20.000184
N353L353LctGctT66C.360.005464
N353L353LctGctT55AY.340.000485
N353L353LctGctT35AY.46.60.000217
N353L353LCtgTtg25AY.46.60.000144
N353L353LctGctT55AY.640.002976
N353L353LctGctT45AY.750.000224
N353L353LCtgTtg15AY.750.000056
N353L353LctGctT45AY.850.001709
N353L353LctGctA15AY.850.000427
N353L353LctGctT55B.1.1.3180.001509
N353L353LctGctT55B.1.1890.021459
N353L353LctGctT55B.1.4200.052083
N353L353LctGctT55B.1.619.10.003207
N353L353LCtgTtg35D.20.000225
N353L353LctGctA15D.20.000075
N353L353LctGctT15D.20.000075
N353L353LctGctT34A.20.001985
N353L353LCtgTtg14A.20.000662
N353L353LctGctT44AY.1170.000338
N353L353LctGctT44AY.1180.000251
N353L353LctGctT44AY.1200.000149
N353L353LctGctT44AY.690.000747
N353L353LctGctT34AY.980.000237
N353L353LCtgTtg14AY.980.000079
N353L353LctGctT44AY.98.10.000194
N353L353LctGctT44B.1.1.2220.000816
N353L353LctGctT44B.1.1.3680.012346
N353L353LctGctT44B.1.2340.000528
N353L353LctGctT44B.1.351.30.003506
N353L353LctGctT44B.1.36.10.004561
N353L353LctGctT44B.1.3890.004008
N353L353LCtgTtg34P.1.150.000697
N353L353LctGctT14P.1.150.000232
N353L353LctGctT230.111111
N353L353LctGctA130.055556
N353L353LctGctT33AY.1050.001929
N353L353LctGctT13AY.120.000316
N353L353LctGctC13AY.120.000316
N353L353LCtgTtg13AY.120.000316
N353L353LCtgTtg33AY.130.000483
N353L353LctGctT33AY.34.10.00153
N353L353LctGctT23AY.380.000999
N353L353LCtgTtg13AY.380.000499
N353L353LctGctT33AY.60.000123
N353L353LctGctT23AY.9.20.000073
N353L353LCtgTtg13AY.9.20.000037
N353L353LctGctT33AY.900.002053
N353L353LctGctT33AY.930.000819
N353L353LctGctT33B.1.1.10.00098
N353L353LctGctT33B.1.1.2160.002671
N353L353LctGctT23B.1.1.280.000622
N353L353LCtgTtg13B.1.1.280.000311
N353L353LctGctT33B.1.1.3260.005282
N353L353LctGctT33B.1.1.4120.022901
N353L353LctGctT33B.1.177.70.000495
N353L353LctGctT33B.1.2470.044776
N353L353LctGctT33B.1.4160.003807
N353L353LctGctT33B.1.5960.000261
N353L353LctGctT33P.1.120.001452
N353L353LctGctT23P.20.000373
N353L353LCtgTtg13P.20.000187
N353L353LctGctT22AY.1000.000092
N353L353LCtgTtg22AY.1140.000462
N353L353LctGctT22AY.20.000712
N353L353LctGctT22AY.29.10.000441
N353L353LctGctT22AY.300.000791
N353L353LctGctT22AY.39.10.000079
N353L353LctGctC12AY.480.000465
N353L353LctGctT12AY.480.000465
N353L353LctGctT22AY.5.30.000675
N353L353LctGctT22AY.560.00321
N353L353LctGctT22AY.610.00021
N353L353LctGctT12AY.630.000387
N353L353LCtgTtg12AY.630.000387
N353L353LctGctT22AY.80.001212
N353L353LctGctT22AY.880.001768
N353L353LctGctT22B0.000256
N353L353LctGctT22B.1.1.100.00223
N353L353LCtgTtg22B.1.1.2910.001485
N353L353LctGctT22B.1.1.3050.007722
N353L353LctGctT22B.1.1.3540.008772
N353L353LctGctT22B.1.1.4070.083333
N353L353LctGctT22B.1.1.4090.005666
N353L353LctGctT22B.1.1.4480.004065
N353L353LctGctT22B.1.1.500.001358
N353L353LCtgTtg12B.1.1700.00431
N353L353LctGctT12B.1.1700.00431
N353L353LctGctT22B.1.177.170.001642
N353L353LctGctT22B.1.177.210.000153
N353L353LCtgTtg22B.1.2400.000431
N353L353LctGctT22B.1.36.80.002
N353L353LctGctT12B.1.3670.000792
N353L353LCtgTtg12B.1.3670.000792
N353L353LCtgTtg12B.1.4700.001404
N353L353LctGctT12B.1.4700.001404
N353L353LctGctT22B.1.5250.000226
N353L353LctGctT22B.1.5600.009259
N353L353LctGctT22B.1.5950.000522
N353L353LctGctT22B.1.6090.000959
N353L353LctGctT22B.1.617.10.000258
N353L353LctGctT22B.1.6280.000705
N353L353LctGctT22C.370.000232
N353L353LctGctT22Q.70.002222
N353L353LctGctT11A0.000387
N353L353LctGctA11A.10.000282
N353L353LCtgTtg11A.2.50.000499
N353L353LctGctT11A.270.001656
N353L353LctGctT11AE.50.018519
N353L353LctGctT11AY.1010.00049
N353L353LctGctT11AY.1070.000466
N353L353LctGctT11AY.1080.001103
N353L353LctGctT11AY.1100.000113
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.