CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = L339L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N339L339LsynTtgCtg399135500.88950129288-29290
N339L339LsynttGttA39914400.11024829288-29290
N339L339LsynTtGCtT399110.00025056429288-29290

Details of the mutation L339L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N339L339LTtgCtg35503991All0.000679
N339L339LttGttA4403991All0.000084
N339L339LTtGCtT13991All0
N339L339LTtgCtg31713214AY.40.004935
N339L339LttGttA433214AY.40.000067
N339L339LTtgCtg103180B.1.1.70.000092
N339L339LttGttA77180B.1.1.70.000069
N339L339LTtgCtg6487B.1.617.20.000241
N339L339LttGttA2387B.1.617.20.000087
N339L339LttGttA3465AY.390.00084
N339L339LTtgCtg3165AY.390.000766
N339L339LttGttA5353B.1.4440.84127
N339L339LttGttA3443AY.430.000151
N339L339LTtgCtg943AY.430.00004
N339L339LttGttA3131AY.1030.000192
N339L339LTtgCtg2228B.1.20.000194
N339L339LttGttA628B.1.20.000053
N339L339LTtgCtg2323AY.950.017504
N339L339LttGttA1919AY.70.003724
N339L339LTtgCtg1717AY.540.001621
N339L339LttGttA816AY.1020.000212
N339L339LTtgCtg816AY.1020.000212
N339L339LttGttA1414B.1.5170.005978
N339L339LTtgCtg1111AY.60.000452
N339L339LttGttA1010B.1.177.820.004773
N339L339LttGttA59B.1.10.000091
N339L339LTtgCtg49B.1.10.000073
N339L339LTtgCtg88B.1.2360.016427
N339L339LTtgCtg88P.10.000126
N339L339LTtgCtg77AY.4.50.000752
N339L339LTtgCtg57AY.440.00003
N339L339LttGttA27AY.440.000012
N339L339LttGttA66AY.1200.000223
N339L339LttGttA66B.1.1.1150.053571
N339L339LTtgCtg66B.1.1.5190.000238
N339L339LttGttA36B.1.5260.000071
N339L339LTtgCtg36B.1.5260.000071
N339L339LttGttA66B.1.6190.005226
N339L339LttGttA55AY.1000.00023
N339L339LttGttA45AY.200.000155
N339L339LTtgCtg15AY.200.000039
N339L339LTtgCtg55AY.290.000079
N339L339LTtgCtg55AY.420.000201
N339L339LttGttA55AY.7.10.000564
N339L339LTtgCtg35B.10.000027
N339L339LttGttA25B.10.000018
N339L339LttGttA45R.10.00036
N339L339LTtgCtg15R.10.00009
N339L339LTtgCtg34AY.230.000209
N339L339LttGttA14AY.230.00007
N339L339LTtgCtg34B.1.1770.00004
N339L339LttGttA14B.1.1770.000013
N339L339LTtgCtg44C.270.074074
N339L339LTtgCtg24C.370.000232
N339L339LttGttA24C.370.000232
N339L339LTtgCtg44Q.80.00066
N339L339LttGttA33AY.250.000018
N339L339LTtgCtg23AY.50.000041
N339L339LttGttA13AY.50.000021
N339L339LTtgCtg33B.1.1120.015544
N339L339LTtgCtg22AY.1050.001286
N339L339LttGttA22AZ.50.007018
N339L339LttGttA22B.1.1190.021053
N339L339LttGttA22B.1.3960.001411
N339L339LttGttA22B.1.4290.000047
N339L339LTtgCtg22B.1.5250.000226
N339L339LttGttA22C.360.001821
N339L339LTtgCtg11AY.1180.000063
N339L339LttGttA11AY.120.10.000321
N339L339LTtgCtg11AY.140.000088
N339L339LttGttA11AY.240.000431
N339L339LTtgCtg11AY.270.000065
N339L339LttGttA11AY.320.000532
N339L339LttGttA11AY.340.000097
N339L339LTtgCtg11AY.34.10.00051
N339L339LTtgCtg11AY.360.000148
N339L339LttGttA11AY.460.000104
N339L339LTtgCtg11AY.470.000031
N339L339LTtgCtg11AY.670.000464
N339L339LttGttA11AY.9.20.000037
N339L339LTtgCtg11AY.980.000079
N339L339LttGttA11AY.98.10.000048
N339L339LttGttA11AY.99.20.000092
N339L339LttGttA11B.1.1.1760.000439
N339L339LttGttA11B.1.1.1940.00495
N339L339LttGttA11B.1.1.2070.001182
N339L339LTtGCtT11B.1.1.270.00565
N339L339LTtgCtg11B.1.1.3060.000438
N339L339LttGttA11B.1.1.3180.000302
N339L339LttGttA11B.1.1.3720.000689
N339L339LttGttA11B.1.2430.00007
N339L339LttGttA11B.1.2580.000067
N339L339LTtgCtg11B.1.3510.00003
N339L339LttGttA11B.1.351.50.0006
N339L339LttGttA11B.1.36.390.002217
N339L339LttGttA11B.1.4270.00005
N339L339LttGttA11B.1.428.30.012821
N339L339LttGttA11B.1.466.20.000391
N339L339LttGttA11B.1.5760.000907
N339L339LttGttA11B.6.60.000889