CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = L139L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N139L139LsynTtgCtg177613700.77139628688-28690
N139L139LsynttGttA17763650.20551828688-28690
N139L139LsynTtGCtC1776400.022522528688-28690
N139L139LsynTtGCtT177610.00056306328688-28690

Details of the mutation L139L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N139L139LTtgCtg13701776All0.000262
N139L139LttGttA3651776All0.00007
N139L139LTtGCtC401776All0.000008
N139L139LTtGCtT11776All0
N139L139LTtgCtg472528B.1.1.70.000423
N139L139LTtGCtC40528B.1.1.70.000036
N139L139LttGttA16528B.1.1.70.000014
N139L139LTtgCtg425425B.40.93819
N139L139LttGttA127127AY.1190.004484
N139L139LTtgCtg9999B.4.71
N139L139LTtgCtg8181B.4.50.964286
N139L139LttGttA7071B.1.5880.063694
N139L139LTtgCtg171B.1.5880.00091
N139L139LTtgCtg6060B.4.61
N139L139LTtgCtg5252B.4.40.981132
N139L139LttGttA3434AY.980.002686
N139L139LTtgCtg2727B.4.10.509434
N139L139LttGttA1824B.1.617.20.000068
N139L139LTtgCtg624B.1.617.20.000023
N139L139LTtgCtg1219AY.40.000019
N139L139LttGttA719AY.40.000011
N139L139LttGttA1215AY.250.000072
N139L139LTtgCtg315AY.250.000018
N139L139LTtgCtg1515B.4.21
N139L139LTtgCtg1414B0.001789
N139L139LTtgCtg1414B.4.81
N139L139LTtgCtg913B.10.000082
N139L139LttGttA313B.10.000027
N139L139LTtGCtT113B.10.000009
N139L139LTtgCtg1113B.1.10.0002
N139L139LttGttA213B.1.10.000036
N139L139LTtgCtg813B.1.20.00007
N139L139LttGttA513B.1.20.000044
N139L139LttGttA99AY.750.000504
N139L139LttGttA88B.1.1.370.001543
N139L139LTtgCtg47AY.440.000024
N139L139LttGttA37AY.440.000018
N139L139LttGttA77B.1.5260.000165
N139L139LttGttA35B.1.1770.00004
N139L139LTtgCtg25B.1.1770.000026
N139L139LttGttA55B.1.3110.001373
N139L139LttGttA45D.20.0003
N139L139LTtgCtg15D.20.000075
N139L139LttGttA34AY.50.000062
N139L139LTtgCtg14AY.50.000021
N139L139LttGttA34B.1.1.250.001706
N139L139LTtgCtg14B.1.1.250.000569
N139L139LTtgCtg24B.1.1.5190.000079
N139L139LttGttA24B.1.1.5190.000079
N139L139LTtgCtg44B.1.3910.00451
N139L139LttGttA33AY.290.000047
N139L139LTtgCtg23AY.30.00002
N139L139LttGttA13AY.30.00001
N139L139LTtgCtg33AY.430.000013
N139L139LTtgCtg33AY.460.000312
N139L139LTtgCtg33AY.540.000286
N139L139LttGttA33B.1.36.310.005254
N139L139LTtgCtg33N.50.0053
N139L139LttGttA12AY.1030.000006
N139L139LTtgCtg12AY.1030.000006
N139L139LTtgCtg22AY.1210.000271
N139L139LTtgCtg12AY.470.000031
N139L139LttGttA12AY.470.000031
N139L139LttGttA12B.1.1.330.000421
N139L139LTtgCtg12B.1.1.330.000421
N139L139LttGttA22B.1.2430.000139
N139L139LTtgCtg22B.1.36.290.001035
N139L139LTtgCtg22P.1.70.000639
N139L139LttGttA22P.20.000373
N139L139LTtgCtg22Q.80.00033
N139L139LttGttA110.055556
N139L139LTtgCtg11A.23.10.000704
N139L139LTtgCtg11AY.1010.00049
N139L139LTtgCtg11AY.1130.000142
N139L139LttGttA11AY.1200.000037
N139L139LttGttA11AY.200.000039
N139L139LTtgCtg11AY.3.10.000085
N139L139LTtgCtg11AY.330.000067
N139L139LTtgCtg11AY.390.000025
N139L139LttGttA11AY.4.50.000107
N139L139LTtgCtg11AY.46.40.000165
N139L139LttGttA11AY.850.000427
N139L139LTtgCtg11AY.920.000287
N139L139LTtgCtg11B.1.1.1610.003534
N139L139LTtgCtg11B.1.1.2220.000204
N139L139LTtgCtg11B.1.1.2940.001266
N139L139LTtgCtg11B.1.1.3060.000438
N139L139LTtgCtg11B.1.1.3110.000358
N139L139LTtgCtg11B.1.1.3760.005952
N139L139LttGttA11B.1.1.4000.05
N139L139LTtgCtg11B.1.1.500.000679
N139L139LTtgCtg11B.1.1570.002985
N139L139LttGttA11B.1.1600.000031
N139L139LTtgCtg11B.1.2210.000071
N139L139LTtgCtg11B.1.3510.00003
N139L139LttGttA11B.1.4290.000024
N139L139LTtgCtg11B.1.4410.009615
N139L139LttGttA11B.1.617.10.000129
N139L139LTtgCtg11B.1.6280.000352
N139L139LTtgCtg11B.6.60.000889
N139L139LttGttA11R.10.00009