CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = I157I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	157	I157I		syn	atC	atT	10817	10714	0.990478	28742-28744
N	157	I157I		syn	atC	atA	10817	103	0.00952205	28742-28744

Details of the mutation I157I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	157	I157I	atC	atT	10714	10817	All	0.002049
N	157	I157I	atC	atA	103	10817	All	0.00002
N	157	I157I	atC	atT	3940	3951	B.1.1.7	0.003527
N	157	I157I	atC	atA	11	3951	B.1.1.7	0.00001
N	157	I157I	atC	atT	1146	1146	AY.110	0.129141
N	157	I157I	atC	atT	945	946	B.1.234	0.124687
N	157	I157I	atC	atA	1	946	B.1.234	0.000132
N	157	I157I	atC	atT	442	452	AY.4	0.000688
N	157	I157I	atC	atA	10	452	AY.4	0.000016
N	157	I157I	atC	atT	414	447	B.1.617.2	0.001559
N	157	I157I	atC	atA	33	447	B.1.617.2	0.000124
N	157	I157I	atC	atT	272	272	B.1.1.420	0.273642
N	157	I157I	atC	atT	232	235	B.1.2	0.002043
N	157	I157I	atC	atA	3	235	B.1.2	0.000026
N	157	I157I	atC	atT	207	208	B.1.1	0.003755
N	157	I157I	atC	atA	1	208	B.1.1	0.000018
N	157	I157I	atC	atT	165	176	AY.44	0.001004
N	157	I157I	atC	atA	11	176	AY.44	0.000067
N	157	I157I	atC	atT	174	175	B.1	0.001594
N	157	I157I	atC	atA	1	175	B.1	0.000009
N	157	I157I	atC	atT	167	172	AY.103	0.001037
N	157	I157I	atC	atA	5	172	AY.103	0.000031
N	157	I157I	atC	atT	134	134	AY.43	0.000594
N	157	I157I	atC	atT	119	119	AY.3	0.001184
N	157	I157I	atC	atT	100	100	P.1	0.001575
N	157	I157I	atC	atT	85	98	AY.25	0.000511
N	157	I157I	atC	atA	13	98	AY.25	0.000078
N	157	I157I	atC	atT	84	84	B.1.367	0.066561
N	157	I157I	atC	atT	82	83	AY.26	0.002321
N	157	I157I	atC	atA	1	83	AY.26	0.000028
N	157	I157I	atC	atT	79	79	AY.13	0.012717
N	157	I157I	atC	atT	65	65	AY.102	0.001723
N	157	I157I	atC	atT	65	65	AY.117	0.005494
N	157	I157I	atC	atT	65	65	B.1.177	0.000856
N	157	I157I	atC	atT	58	58	AY.119	0.002048
N	157	I157I	atC	atT	53	53	AY.23	0.003697
N	157	I157I	atC	atT	51	51	AY.39	0.00126
N	157	I157I	atC	atT	48	48	B.1.1.374	0.114014
N	157	I157I	atC	atT	48	48	B.1.400	0.020592
N	157	I157I	atC	atT	43	43	AY.42	0.00173
N	157	I157I	atC	atT	40	40	B.1.416.1	0.0625
N	157	I157I	atC	atT	36	36	B.1.1.519	0.00143
N	157	I157I	atC	atT	35	35	B.1.551	0.045161
N	157	I157I	atC	atT	33	33	D.2	0.002476
N	157	I157I	atC	atT	32	32	B.1.160	0.000998
N	157	I157I	atC	atT	31	31	B.1.1.317	0.012762
N	157	I157I	atC	atT	31	31	N.5	0.05477
N	157	I157I	atC	atT	30	30	B.1.243	0.002088
N	157	I157I	atC	atT	27	29	C.37	0.003134
N	157	I157I	atC	atA	2	29	C.37	0.000232
N	157	I157I	atC	atT	26	26	B.1.570	0.076471
N	157	I157I	atC	atT	24	24	A.2.4	0.080808
N	157	I157I	atC	atT	24	24	AY.4.2	0.000521
N	157	I157I	atC	atT	24	24	B.1.1.28	0.00747
N	157	I157I	atC	atT	23	23	B.1.258	0.001531
N	157	I157I	atC	atT	22	22	B.1.36.29	0.011381
N	157	I157I	atC	atT	22	22	B.1.429	0.000518
N	157	I157I	atC	atT	22	22	P.1.15	0.005112
N	157	I157I	atC	atT	21	21	B.1.560	0.097222
N	157	I157I	atC	atT	20	20	B.1.1.448	0.04065
N	157	I157I	atC	atT	20	20	B.1.525	0.002263
N	157	I157I	atC	atT	18	18	AY.34	0.001745
N	157	I157I	atC	atT	18	18	AY.47	0.00056
N	157	I157I	atC	atT	17	17	B.1.1.128	0.120567
N	157	I157I	atC	atT	16	16	AY.20	0.000622
N	157	I157I	atC	atT	16	16	AY.6	0.000658
N	157	I157I	atC	atT	15	15	AY.100	0.00069
N	157	I157I	atC	atT	14	14	AY.29	0.000221
N	157	I157I	atC	atT	14	14	B.1.265	0.017789
N	157	I157I	atC	atT	14	14	B.1.351	0.000416
N	157	I157I	atC	atT	13	13	AY.118	0.000814
N	157	I157I	atC	atT	13	13	AY.75	0.000728
N	157	I157I	atC	atT	13	13	P.1.17	0.002103
N	157	I157I	atC	atT	12	12	AY.39.1	0.000475
N	157	I157I	atC	atT	12	12	B.1.1.284	0.001289
N	157	I157I	atC	atT	11	11	AY.46.1	0.011294
N	157	I157I	atC	atT	11	11	AY.73	0.007319
N	157	I157I	atC	atT	11	11	AY.79	0.013317
N	157	I157I	atC	atT	10	10	AY.3.1	0.000853
N	157	I157I	atC	atT	10	10	B.1.1.216	0.008905
N	157	I157I	atC	atT	10	10	B.1.221	0.00071
N	157	I157I	atC	atT	10	10	B.1.526	0.000235
N	157	I157I	atC	atT	10	10	B.1.596	0.000871
N	157	I157I	atC	atT	10	10	C.36.3	0.005672
N	157	I157I	atC	atT	9	9	AY.45	0.001095
N	157	I157I	atC	atT	9	9	B.1.427	0.000454
N	157	I157I	atC	atT	9	9	C.18	0.023316
N	157	I157I	atC	atT	9	9	P.1.14	0.00043
N	157	I157I	atC	atT	9	9	R.1	0.00081
N	157	I157I	atC	atT	8	8	AY.46.6	0.000578
N	157	I157I	atC	atT	8	8	AY.75.1	0.001442
N	157	I157I	atC	atT	8	8	AY.84	0.0035
N	157	I157I	atC	atT	8	8	B.1.177.81	0.001515
N	157	I157I	atC	atT	8	8	B.1.428	0.008163
N	157	I157I	atC	atT	8	8	B.1.621	0.000708
N	157	I157I	atC	atT	8	8	B.1.637	0.000585
N	157	I157I	atC	atT	7	7	AY.33	0.000467
N	157	I157I	atC	atT	7	7	AY.36	0.001037
N	157	I157I	atC	atT	7	7	AY.54	0.000667
N	157	I157I	atC	atT	7	7	AY.9.2	0.000257
N	157	I157I	atC	atT	7	7	AY.98.1	0.000339
N	157	I157I	atC	atT	7	7	B.1.361	0.009021
N	157	I157I	atC	atT	7	7	C.38	0.056452
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AS.1	0.057143
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.113	0.000854
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.120	0.000223
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.27	0.000388
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.5.3	0.002024
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.5.4	0.00166
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.57	0.003937
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.61	0.000629
N	157	I157I	atC	atT	6	6	AY.9.1	0.000502
N	157	I157I	atC	atT	6	6	B	0.000767
N	157	I157I	atC	atT	6	6	B.1.1.33	0.002525
N	157	I157I	atC	atT	6	6	B.1.1.333	0.006459
N	157	I157I	atC	atT	6	6	B.1.311	0.001647
N	157	I157I	atC	atT	6	6	Q.8	0.000989
N	157	I157I	atC	atT	5	5	A.2	0.003309
N	157	I157I	atC	atT	5	5	AY.98	0.000395
N	157	I157I	atC	atT	5	5	AY.99.2	0.000461
N	157	I157I	atC	atT	5	5	B.1.1.306	0.002192
N	157	I157I	atC	atT	5	5	B.1.1.369	0.002231
N	157	I157I	atC	atT	5	5	B.1.1.37	0.000964
N	157	I157I	atC	atT	5	5	B.1.177.86	0.000917
N	157	I157I	atC	atT	5	5	B.1.36	0.00073
N	157	I157I	atC	atT	5	5	B.1.595	0.001305
N	157	I157I	atC	atT	5	5	Q.1	0.000632
N	157	I157I	atC	atT	4	4	AY.114	0.000924
N	157	I157I	atC	atT	4	4	AY.14	0.000352
N	157	I157I	atC	atT	4	4	AY.37	0.001264
N	157	I157I	atC	atT	4	4	AY.55	0.00367
N	157	I157I	atC	atT	4	4	AY.65	0.002132
N	157	I157I	atC	atT	4	4	B.1.214.2	0.002398
N	157	I157I	atC	atT	4	4	B.1.221.2	0.016064
N	157	I157I	atC	atT	4	4	B.1.241	0.003247
N	157	I157I	atC	atT	4	4	B.1.568	0.004444
N	157	I157I	atC	atT	4	4	B.1.619	0.003484
N	157	I157I	atC	atT	4	4	P.1.10	0.001078
N	157	I157I	atC	atT	3	3	A.2.5	0.001497
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.116	0.00086
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.32	0.001597
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.46	0.000312
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.46.2	0.001906
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.5	0.000062
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.74	0.000347
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AY.77	0.003382
N	157	I157I	atC	atT	3	3	AZ.3	0.004559
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.1.159	0.014019
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.1.222	0.000612
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.1.318	0.000905
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.1.432	0.003797
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.1.50	0.002037
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.240	0.000647
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.369	0.000856
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.396	0.002117
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.575	0.00091
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.1.621.1	0.001517
N	157	I157I	atC	atT	3	3	B.40	0.001093
N	157	I157I	atC	atT	3	3	P.1.1	0.000953
N	157	I157I	atC	atT	3	3	P.1.12	0.001452
N	157	I157I	atC	atT	3	3	P.1.16	0.001122
N	157	I157I	atC	atT	3	3	Q.4	0.001364
N	157	I157I	atC	atT	2	2	A	0.000774
N	157	I157I	atC	atT	2	2	A.1	0.000564
N	157	I157I	atC	atT	2	2	A.2.2	0.003378
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.1	0.000791
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.106	0.00067
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.109	0.001479
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.116.1	0.000623
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.16	0.000759
N	157	I157I	atC	atT	1	2	AY.40	0.000964
N	157	I157I	atC	atA	1	2	AY.40	0.000964
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.53	0.000575
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.59	0.001059
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.62	0.000871
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.67	0.000929
N	157	I157I	atC	atT	1	2	AY.68	0.000274
N	157	I157I	atC	atA	1	2	AY.68	0.000274
N	157	I157I	atC	atT	2	2	AY.9	0.000135
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.1.111	0.029412
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.1.25	0.001137
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.1.263	0.003115
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.1.354	0.008772
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.1.526	0.007092
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.110.3	0.001437
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.160.8	0.002577
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.177.35	0.001382
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.177.57	0.000562
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.177.8	0.001505
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.206	0.001631
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.258.17	0.000208
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.324	0.00321
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.349	0.00143
N	157	I157I	atC	atA	2	2	B.1.36.8	0.002
N	157	I157I	atC	atA	1	2	B.1.375	0.00082
N	157	I157I	atC	atT	1	2	B.1.375	0.00082
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.470	0.002809
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.561	0.000794
N	157	I157I	atC	atT	2	2	B.1.609	0.000959
N	157	I157I	atC	atT	2	2	C.30	0.003454
N	157	I157I	atC	atT	2	2	P.1.2	0.002312
N	157	I157I	atC	atT	2	2	P.2	0.000373
N	157	I157I	atC	atT	2	2	Q.3	0.00029
N	157	I157I	atC	atT	1	1	A.28	0.002646
N	157	I157I	atC	atT	1	1	A.3	0.002096
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AT.1	0.005128
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.111	0.000183
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.120.2.1	0.000498
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.16.1	0.00047
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.23.1	0.000417
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.28	0.00189
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.35	0.000233
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.4.1	0.000737
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.4.5	0.000107
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.5.2	0.002463
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.51	0.000909
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.52	0.000814
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.63	0.000387
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.69	0.000187
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.70	0.000209
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.71	0.000475
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.76	0.004831
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.85	0.000427
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.92	0.000287
N	157	I157I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
N	157	I157I	atC	atA	1	1	AY.94	0.000443
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.10	0.001115
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.132	0.014925
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.157	0.000913
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.189	0.001513
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.214	0.000055
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.225	0.007194
N	157	I157I	atC	atA	1	1	B.1.1.243	0.004082
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.269	0.001353
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.296	0.018182
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.304	0.002809
N	157	I157I	atC	atA	1	1	B.1.1.309	0.005848
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.311	0.000358
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.322	0.008772
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.363	0.005988
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.368	0.003086
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.372	0.000689
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.391	0.008547
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.397	0.002252
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.413	0.006897
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.416	0.000905
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.419	0.007407
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.433	0.001425
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.434	0.000349
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.447	0.035714
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.466	0.008696
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.5	0.008333
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.517	0.006803
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.523	0.001563
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.56	0.017857
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.1.8	0.003584
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.111	0.001175
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.126	0.001276
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.14	0.017544
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.147	0.000756
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.160.11	0.005714
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.169	0.014925
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.18	0.00116
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.4	0.000211
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.44	0.000519
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.5	0.001242
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.58	0.001332
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.69	0.001484
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.7	0.000165
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.177.75	0.001041
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.179	0.003759
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.232	0.000537
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.247	0.014925
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.258.3	0.001675
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.260	0.003344
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.274	0.011905
N	157	I157I	atC	atA	1	1	B.1.276	0.016949
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.319	0.003049
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.351.5	0.0006
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.36.1	0.00114
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.36.25	0.002208
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.395	0.007042
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.398	0.002976
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.416	0.001269
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.459	0.004082
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.465	0.003802
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.468	0.005714
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.489	0.043478
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.504	0.03125
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.530	0.007143
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.532	0.006211
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.536	0.02381
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.545	0.014493
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.564	0.000426
N	157	I157I	atC	atA	1	1	B.1.564.1	0.001577
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.565	0.00081
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.576	0.000907
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.577	0.000687
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.580	0.004065
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.588	0.00091
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.617.1	0.000129
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.623	0.000536
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.1.91	0.002075
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.11	0.005128
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.3.1	0.001658
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.39	0.002331
N	157	I157I	atC	atT	1	1	B.55	0.00295
N	157	I157I	atC	atT	1	1	C.14	0.004329
N	157	I157I	atC	atT	1	1	C.17	0.055556
N	157	I157I	atC	atT	1	1	C.26	0.007353
N	157	I157I	atC	atT	1	1	C.36.3.1	0.002717
N	157	I157I	atC	atT	1	1	G.1	0.041667
N	157	I157I	atC	atT	1	1	P.1.4	0.000977
N	157	I157I	atC	atT	1	1	P.1.9	0.004808
N	157	I157I	atC	atT	1	1	P.3	0.001595
N	157	I157I	atC	atT	1	1	P.7	0.004367
N	157	I157I	atC	atT	1	1	U.3	0.003861
N	157	I157I	atC	atA	1	1	W.1	0.008696
N	157	I157I	atC	atT	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.