CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
N | 18 | G18V | nonsyn | gGt | gTt | 36747 | 36746 | 0.999973 | 28325-28327 | |
N | 18 | G18V | nonsyn | gGT | gTA | 36747 | 1 | 0.0000272131 | 28325-28327 |
Details of the mutation G18V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 36746 | 36747 | All | 0.007028 |
N | 18 | G18V | gGT | gTA | 1 | 36747 | All | 0 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 30501 | 30502 | AY.47 | 0.948739 |
N | 18 | G18V | gGT | gTA | 1 | 30502 | AY.47 | 0.000031 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1292 | 1292 | AY.25 | 0.007771 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1073 | 1073 | AY.4 | 0.00167 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 595 | 595 | B.1.1.7 | 0.000533 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 479 | 479 | B.1.617.2 | 0.001804 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 213 | 213 | AY.42 | 0.008569 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 195 | 195 | B.1.637 | 0.014249 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 144 | 144 | B.1.526 | 0.003385 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 130 | 130 | AY.43 | 0.000576 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 114 | 114 | AY.103 | 0.000708 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 102 | 102 | AY.44 | 0.000621 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 94 | 94 | R.1 | 0.008461 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 73 | 73 | AY.102 | 0.001936 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 72 | 72 | B.1 | 0.000659 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 68 | 68 | AY.75.1 | 0.012261 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 54 | 54 | B.1.258.17 | 0.005614 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 52 | 52 | B.1.2 | 0.000458 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 49 | 49 | AY.75 | 0.002745 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 47 | 47 | B.1.1 | 0.000853 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 46 | 46 | AY.4.2 | 0.000998 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 42 | 42 | AY.3 | 0.000418 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 42 | 42 | B | 0.005368 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 40 | 40 | AY.100 | 0.00184 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 37 | 37 | AY.39 | 0.000914 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 37 | 37 | AY.61 | 0.003877 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 36 | 36 | AY.65 | 0.01919 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 35 | 35 | D.2 | 0.002626 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 33 | 33 | AY.46.6 | 0.002383 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 32 | 32 | AY.111 | 0.005861 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 31 | 31 | AY.26 | 0.000878 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 31 | 31 | AY.46 | 0.003226 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 31 | 31 | AY.62 | 0.013508 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 31 | 31 | B.1.1.62 | 0.837838 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 30 | 30 | B.1.177 | 0.000395 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 27 | 27 | B.1.258 | 0.001797 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 26 | 26 | B.1.160 | 0.000811 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 23 | 23 | AY.33 | 0.001536 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 23 | 23 | C.37 | 0.002669 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 21 | 21 | B.1.617.1 | 0.002708 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 19 | 19 | AY.5 | 0.000392 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 19 | 19 | P.1 | 0.000299 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 18 | 18 | B.1.429 | 0.000424 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 18 | 18 | P.1.14 | 0.00086 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 17 | 17 | A.7 | 0.944444 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 17 | 17 | AY.118 | 0.001065 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 16 | 16 | AY.120 | 0.000595 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 15 | 15 | AY.119 | 0.00053 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 15 | 15 | B.1.628 | 0.005285 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 14 | 14 | AY.9.2 | 0.000514 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.13 | 0.002093 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.54 | 0.00124 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 13 | 13 | B.1.469 | 0.046931 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.53 | 0.00345 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.39.1 | 0.000436 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.4.2.1 | 0.001639 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.45 | 0.001339 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 11 | 11 | Q.3 | 0.001595 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 10 | 10 | A.23.1 | 0.007042 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.114 | 0.002311 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.117 | 0.000845 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.98.1 | 0.000484 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 10 | 10 | B.1.438.1 | 0.001073 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 9 | 9 | AY.9 | 0.000608 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 8 | 8 | AY.23 | 0.000558 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 8 | 8 | AZ.3 | 0.012158 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 8 | 8 | B.1.177.56 | 0.00534 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 8 | 8 | B.1.351 | 0.000238 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 8 | 8 | B.1.621 | 0.000708 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.109 | 0.005178 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.120.2 | 0.008997 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.41 | 0.002058 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.7.2 | 0.003915 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | AY.74 | 0.00081 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.1.519 | 0.000278 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.177.44 | 0.003633 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.214 | 0.025641 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.503 | 0.017413 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.29 | 0.000095 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.5.3 | 0.002024 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.110.3 | 0.00431 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.110 | 0.000563 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.38 | 0.002496 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.68 | 0.001369 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.70 | 0.001043 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.99.2 | 0.000461 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.427 | 0.000252 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.525 | 0.000566 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.596 | 0.000436 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.113 | 0.00057 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.14 | 0.000352 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.16.1 | 0.00188 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.24 | 0.001724 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.30 | 0.001583 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.52 | 0.003257 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.59 | 0.002119 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.6 | 0.000165 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.71 | 0.0019 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.98 | 0.000316 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.25 | 0.002274 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.28 | 0.001245 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.420 | 0.004024 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.221 | 0.000284 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.612 | 0.01061 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | A | 0.001161 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | A.29 | 0.015957 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.28 | 0.005671 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.32 | 0.001597 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.34 | 0.000291 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.35 | 0.000699 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.5.4 | 0.00083 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.86 | 0.00249 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.1.440 | 0.035294 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.177.43 | 0.004431 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.177.57 | 0.000843 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | P.1.16 | 0.001122 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | P.3 | 0.004785 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 3 | 3 | Q.1 | 0.000379 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | A.2.5 | 0.000998 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.10 | 0.00106 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.101 | 0.000981 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.106 | 0.00067 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.108 | 0.002205 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.16 | 0.000759 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.37 | 0.000632 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.40 | 0.001929 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.46.2 | 0.001271 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.48 | 0.00093 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.5.1 | 0.007519 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.57 | 0.001312 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.58 | 0.001815 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.88 | 0.001768 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.92 | 0.000575 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.95 | 0.001522 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.216 | 0.001781 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.263 | 0.003115 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.391 | 0.017094 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.234 | 0.000264 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.240 | 0.000431 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.351.2 | 0.000605 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.351.5 | 0.001199 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.36.29 | 0.001035 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.36.8 | 0.002 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.366 | 0.009756 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.400 | 0.000858 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.575 | 0.000607 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.575.1 | 0.004878 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.8 | 0.003945 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.4 | 0.004415 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | C.36.3 | 0.001134 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | C.39 | 0.037736 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 2 | 2 | Q.8 | 0.00033 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.132 | 0.014925 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.141 | 0.002012 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.186 | 0.003436 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.207 | 0.001182 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.218 | 0.007692 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.255 | 0.00303 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.349 | 0.010309 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.368 | 0.003086 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.370 | 0.012658 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.389 | 0.006061 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.453 | 0.008475 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.524 | 0.020833 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.525 | 0.005464 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.146 | 0.004237 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.33 | 0.001645 |
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N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
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N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.361 | 0.001289 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.389 | 0.001002 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.391 | 0.001127 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.416 | 0.001269 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.474 | 0.001901 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.499 | 0.00105 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.516 | 0.001957 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.562 | 0.018519 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.597 | 0.00463 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.619 | 0.000871 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | D.3 | 0.005917 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.10 | 0.000269 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
N | 18 | G18V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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