CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : Mut = G179G

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	179	G179G		syn	ggC	ggT	780	732	0.938462	28808-28810
N	179	G179G		syn	ggC	ggA	780	48	0.0615385	28808-28810

Details of the mutation G179G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	179	G179G	ggC	ggT	732	780	All	0.00014
N	179	G179G	ggC	ggA	48	780	All	0.000009
N	179	G179G	ggC	ggT	122	122	P.1	0.001922
N	179	G179G	ggC	ggT	96	109	B.1.1.7	0.000086
N	179	G179G	ggC	ggA	13	109	B.1.1.7	0.000012
N	179	G179G	ggC	ggT	82	82	AZ.1	0.071119
N	179	G179G	ggC	ggT	47	70	AY.4	0.000073
N	179	G179G	ggC	ggA	23	70	AY.4	0.000036
N	179	G179G	ggC	ggT	65	65	B.1.2	0.000572
N	179	G179G	ggC	ggT	25	25	B.1.551	0.032258
N	179	G179G	ggC	ggT	21	23	B.1.617.2	0.000079
N	179	G179G	ggC	ggA	2	23	B.1.617.2	0.000008
N	179	G179G	ggC	ggT	22	22	AY.36	0.003261
N	179	G179G	ggC	ggT	16	17	B.1.1	0.00029
N	179	G179G	ggC	ggA	1	17	B.1.1	0.000018
N	179	G179G	ggC	ggT	15	15	B.1.429	0.000353
N	179	G179G	ggC	ggT	14	14	AY.25	0.000084
N	179	G179G	ggC	ggT	12	12	AY.43	0.000053
N	179	G179G	ggC	ggT	11	11	P.1.14	0.000526
N	179	G179G	ggC	ggT	10	10	AY.44	0.000061
N	179	G179G	ggC	ggT	8	8	A	0.003096
N	179	G179G	ggC	ggT	8	8	AY.4.2.1	0.001192
N	179	G179G	ggC	ggT	7	7	AY.102	0.000186
N	179	G179G	ggC	ggT	5	7	AY.103	0.000031
N	179	G179G	ggC	ggA	2	7	AY.103	0.000012
N	179	G179G	ggC	ggT	7	7	AY.118	0.000439
N	179	G179G	ggC	ggT	7	7	AY.119	0.000247
N	179	G179G	ggC	ggT	7	7	B.1.160	0.000218
N	179	G179G	ggC	ggT	5	6	AY.26	0.000142
N	179	G179G	ggC	ggA	1	6	AY.26	0.000028
N	179	G179G	ggC	ggT	6	6	AY.47	0.000187
N	179	G179G	ggC	ggT	5	5	AY.3	0.00005
N	179	G179G	ggC	ggT	5	5	AY.4.2	0.000108
N	179	G179G	ggC	ggT	5	5	AY.61	0.000524
N	179	G179G	ggC	ggT	4	4	AY.111	0.000733
N	179	G179G	ggC	ggT	4	4	AY.32	0.00213
N	179	G179G	ggC	ggT	4	4	AY.34	0.000388
N	179	G179G	ggC	ggT	4	4	B.1.221	0.000284
N	179	G179G	ggC	ggT	4	4	B.1.351	0.000119
N	179	G179G	ggC	ggT	2	3	AY.39	0.000049
N	179	G179G	ggC	ggA	1	3	AY.39	0.000025
N	179	G179G	ggC	ggT	3	3	AY.42	0.000121
N	179	G179G	ggC	ggT	3	3	AY.45	0.000365
N	179	G179G	ggC	ggT	2	3	AY.5	0.000041
N	179	G179G	ggC	ggA	1	3	AY.5	0.000021
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.121	0.000271
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.14	0.000176
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.2	0.000712
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.29	0.000032
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.46.4	0.000329
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.54	0.000191
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.84	0.000875
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.85	0.000854
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.9.2	0.000073
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	AY.98	0.000158
N	179	G179G	ggC	ggA	2	2	B.1	0.000018
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	B.1.1.1	0.000653
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	B.1.177	0.000026
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	B.1.596	0.000174
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	B.1.609	0.000959
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	D.2	0.00015
N	179	G179G	ggC	ggT	2	2	Q.8	0.00033
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AD.2	0.000219
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.100	0.000046
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.117	0.000085
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.20	0.000039
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.23	0.00007
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.33	0.000067
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.39.1	0.00004
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.46.6	0.000072
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.75	0.000056
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.9	0.000068
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.9.1	0.000084
N	179	G179G	ggC	ggA	1	1	AY.91	0.00073
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	AY.98.1	0.000048
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.1.305	0.003861
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.1.317	0.000412
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.1.318	0.000302
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.1.39	0.00051
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.1.519	0.00004
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.111	0.001175
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.149	0.003425
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.158	0.02381
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.177.4	0.000211
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.177.75	0.001041
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.177.81	0.000189
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.177.87	0.000728
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.320	0.001245
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.371	0.001122
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.509	0.000866
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.526	0.000024
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.568	0.001111
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.1.618	0.004032
N	179	G179G	ggC	ggA	1	1	B.1.619	0.000871
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	B.40	0.000364
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	C.1.2	0.004255
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	C.37	0.000116
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	N.6	0.007092
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	P.1.12	0.000484
N	179	G179G	ggC	ggT	1	1	P.1.13	0.000898

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.