CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 84

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	84	I84V		nonsyn	Att	Gtt	744	742	0.997312	28523-28525
N	84	I84V		nonsyn	AtT	GtG	744	1	0.00134409	28523-28525
N	84	I84V		nonsyn	AtT	GtA	744	1	0.00134409	28523-28525
N	84	I84I		syn	atT	atC	17	13	0.764706	28523-28525
N	84	I84T		nonsyn	aTt	aCt	17	12	0.705882	28523-28525
N	84	I84T		nonsyn	aTT	aCG	17	5	0.294118	28523-28525
N	84	I84I		syn	atT	atA	17	4	0.235294	28523-28525
N	84	I84S		nonsyn	aTt	aGt	9	9	1	28523-28525
N	84	I84del		del	ATT	---	8	8	1	28523-28525
N	84	I84L		nonsyn	Att	Ctt	4	2	0.5	28523-28525
N	84	I84L		nonsyn	AtT	CtG	4	1	0.25	28523-28525
N	84	I84L		nonsyn	AtT	TtG	4	1	0.25	28523-28525
N	84	I84F		nonsyn	Att	Ttt	3	3	1	28523-28525
N	84	I84M		nonsyn	atT	atG	3	3	1	28523-28525
N	84	I84del2		del	aTT	a--	2	2	1	28523-28525
N	84	I84del1		del	aTt	a-t	1	1	1	28523-28525

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	84	I84V	Att	Gtt	742	744	All	0.000142
N	84	I84V	AtT	GtG	1	744	All	0
N	84	I84V	AtT	GtA	1	744	All	0
N	84	I84V	Att	Gtt	378	379	B.1.1	0.006857
N	84	I84V	AtT	GtA	1	379	B.1.1	0.000018
N	84	I84V	Att	Gtt	115	115	B.1.1.329	0.442308
N	84	I84V	Att	Gtt	110	110	B.1.1.237	0.594595
N	84	I84V	Att	Gtt	25	25	B.1.1.419	0.185185
N	84	I84I	atT	atC	13	17	All	0.000002
N	84	I84T	aTt	aCt	12	17	All	0.000002
N	84	I84T	aTT	aCG	5	17	All	0.000001
N	84	I84I	atT	atA	4	17	All	0.000001
N	84	I84V	Att	Gtt	17	17	B.1	0.000156
N	84	I84V	Att	Gtt	14	14	B.1.165	0.166667
N	84	I84V	Att	Gtt	13	13	B.1.638	0.684211
N	84	I84S	aTt	aGt	9	9	All	0.000002
N	84	I84del	ATT	---	8	8	All	0.000002
N	84	I84I	atT	atC	6	7	B.1.1.7	0.000005
N	84	I84I	atT	atA	1	7	B.1.1.7	0.000001
N	84	I84V	Att	Gtt	6	6	AY.5	0.000124
N	84	I84V	Att	Gtt	5	5	B.1.1.7	0.000004
N	84	I84V	Att	Gtt	5	5	B.1.241	0.004058
N	84	I84V	Att	Gtt	5	5	B.1.438.1	0.000536
N	84	I84T	aTT	aCG	4	4		0.222222
N	84	I84S	aTt	aGt	4	4		0.222222
N	84	I84L	Att	Ctt	2	4	All	0
N	84	I84L	AtT	TtG	1	4	All	0
N	84	I84L	AtT	CtG	1	4	All	0
N	84	I84V	Att	Gtt	4	4	B.1.1.1	0.001307
N	84	I84F	Att	Ttt	3	3	All	0.000001
N	84	I84M	atT	atG	3	3	All	0.000001
N	84	I84T	aTt	aCt	2	3	B.1.1.7	0.000002
N	84	I84T	aTT	aCG	1	3	B.1.1.7	0.000001
N	84	I84V	Att	Gtt	3	3	B.1.429	0.000071
N	84	I84V	Att	Gtt	3	3	B.1.617.2	0.000011
N	84	I84del2	aTT	a--	2	2	All	0
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	AY.120	0.000074
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	AY.4	0.000003
N	84	I84L	AtT	TtG	1	2	AY.43	0.000004
N	84	I84L	Att	Ctt	1	2	AY.43	0.000004
N	84	I84F	Att	Ttt	2	2	AY.44	0.000012
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.220	0.003717
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.372	0.001377
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.432	0.002532
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.448	0.004065
N	84	I84S	aTt	aGt	2	2	B.1.1.7	0.000002
N	84	I84I	atT	atA	1	2	B.1.2	0.000009
N	84	I84I	atT	atC	1	2	B.1.2	0.000009
N	84	I84del2	aTT	a--	2	2	B.1.627	0.00404
N	84	I84V	Att	Gtt	2	2	P.1	0.000032
N	84	I84del1	aTt	a-t	1	1	A.1	0.000282
N	84	I84del1	aTt	a-t	1	1	All	0
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AV.1	0.005051
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	AY.102	0.000027
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	AY.117	0.000085
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AY.23	0.00007
N	84	I84I	atT	atC	1	1	AY.25	0.000006
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AY.26	0.000028
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AY.29	0.000016
N	84	I84I	atT	atC	1	1	AY.3	0.00001
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AY.3	0.00001
N	84	I84del	ATT	---	1	1	AY.3	0.00001
N	84	I84I	atT	atC	1	1	AY.4	0.000002
N	84	I84V	AtT	GtG	1	1	AY.40	0.000964
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	AY.43	0.000004
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	AY.44	0.000006
N	84	I84S	aTt	aGt	1	1	AY.44	0.000006
N	84	I84L	AtT	CtG	1	1	AY.44	0.000006
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AY.47	0.000031
N	84	I84del	ATT	---	1	1	AY.67	0.000464
N	84	I84M	atT	atG	1	1	AY.82	0.001357
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	AY.99.2	0.000092
N	84	I84S	aTt	aGt	1	1	B	0.000128
N	84	I84L	Att	Ctt	1	1	B.1	0.000009
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	B.1.1	0.000018
N	84	I84del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
N	84	I84I	atT	atC	1	1	B.1.1	0.000018
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.28	0.000311
N	84	I84M	atT	atG	1	1	B.1.1.291	0.000742
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.294	0.001266
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.336	0.016667
N	84	I84S	aTt	aGt	1	1	B.1.1.398	0.003226
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.409	0.002833
N	84	I84I	atT	atC	1	1	B.1.1.434	0.000349
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.46	0.004367
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.525	0.005464
N	84	I84F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	84	I84del	ATT	---	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.111	0.001175
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
N	84	I84del	ATT	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.2	0.000009
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	B.1.2	0.000009
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.243.1	0.022222
N	84	I84M	atT	atG	1	1	B.1.332	0.003497
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	B.1.36	0.000146
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.36	0.000146
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.399	0.001934
N	84	I84del	ATT	---	1	1	B.1.415	0.014286
N	84	I84del	ATT	---	1	1	B.1.427	0.00005
N	84	I84I	atT	atA	1	1	B.1.459	0.004082
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.466.2	0.000391
N	84	I84I	atT	atA	1	1	B.1.526	0.000024
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	B.1.526	0.000024
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.596	0.000087
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.609	0.000479
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.617.1	0.000129
N	84	I84T	aTt	aCt	1	1	B.1.621	0.000089
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	B.1.637	0.000073
N	84	I84V	Att	Gtt	1	1	C.6	0.037037
N	84	I84del	ATT	---	1	1	P.1	0.000016
N	84	I84I	atT	atC	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.