CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 412 & Codon = agT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	412	S412S		syn	agC	agT	120872	120872	1	29507-29509

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	412	S412S	agC	agT	120872	120872	All	0.023118
N	412	S412S	agC	agT	97802	97802	AY.3	0.972777
N	412	S412S	agC	agT	11464	11464	AY.3.1	0.977406
N	412	S412S	agC	agT	1557	1557	B.1.617.2	0.005863
N	412	S412S	agC	agT	1332	1332	B.1.1.7	0.001192
N	412	S412S	agC	agT	677	677	AY.11	0.906292
N	412	S412S	agC	agT	645	645	AY.25	0.00388
N	412	S412S	agC	agT	627	627	AY.4.2	0.013599
N	412	S412S	agC	agT	598	598	AY.117	0.050541
N	412	S412S	agC	agT	504	504	AY.47	0.015677
N	412	S412S	agC	agT	477	477	Q.3	0.069181
N	412	S412S	agC	agT	433	433	AY.92	0.12439
N	412	S412S	agC	agT	301	301	AY.103	0.001869
N	412	S412S	agC	agT	295	295	AY.44	0.001796
N	412	S412S	agC	agT	259	259	B.1.2	0.002281
N	412	S412S	agC	agT	226	226	AY.4	0.000352
N	412	S412S	agC	agT	209	209	AY.105	0.134405
N	412	S412S	agC	agT	203	203	AY.84	0.088801
N	412	S412S	agC	agT	169	169	AY.119	0.005967
N	412	S412S	agC	agT	166	166	AY.5.3	0.056005
N	412	S412S	agC	agT	150	150	AY.43	0.000665
N	412	S412S	agC	agT	141	141	AY.46.6	0.010181
N	412	S412S	agC	agT	140	140	AY.102	0.003712
N	412	S412S	agC	agT	114	114	AY.42	0.004586
N	412	S412S	agC	agT	91	91	AY.39	0.002249
N	412	S412S	agC	agT	91	91	AY.5	0.001879
N	412	S412S	agC	agT	89	89	AY.116	0.025523
N	412	S412S	agC	agT	82	82	AY.110	0.00924
N	412	S412S	agC	agT	76	76	B.1	0.000696
N	412	S412S	agC	agT	72	72	AY.26	0.002038
N	412	S412S	agC	agT	57	57	AY.45	0.006936
N	412	S412S	agC	agT	56	56	AY.98.1	0.002712
N	412	S412S	agC	agT	54	54	B.1.36.16	0.076923
N	412	S412S	agC	agT	54	54	B.1.427	0.002727
N	412	S412S	agC	agT	53	53	AY.46	0.005516
N	412	S412S	agC	agT	49	49	AY.118	0.00307
N	412	S412S	agC	agT	49	49	AY.33	0.003272
N	412	S412S	agC	agT	47	47	AY.113	0.006692
N	412	S412S	agC	agT	46	46	AY.106	0.015405
N	412	S412S	agC	agT	41	41	P.1	0.000646
N	412	S412S	agC	agT	40	40	AY.23	0.00279
N	412	S412S	agC	agT	38	38	AY.73	0.025283
N	412	S412S	agC	agT	36	36	AY.79	0.043584
N	412	S412S	agC	agT	34	34	B.1.177.73	0.019253
N	412	S412S	agC	agT	33	33	AY.62	0.014379
N	412	S412S	agC	agT	33	33	AY.95	0.025114
N	412	S412S	agC	agT	32	32	AY.82	0.043419
N	412	S412S	agC	agT	31	31	AY.99	0.032529
N	412	S412S	agC	agT	30	30	AY.55	0.027523
N	412	S412S	agC	agT	30	30	C.37	0.003482
N	412	S412S	agC	agT	29	29	AY.100	0.001334
N	412	S412S	agC	agT	27	27	B.1.177	0.000356
N	412	S412S	agC	agT	24	24	B	0.003067
N	412	S412S	agC	agT	23	23	AY.46.1	0.023614
N	412	S412S	agC	agT	23	23	AY.98	0.001817
N	412	S412S	agC	agT	23	23	B.1.1	0.000417
N	412	S412S	agC	agT	23	23	B.1.1.486	0.036278
N	412	S412S	agC	agT	22	22	AY.54	0.002098
N	412	S412S	agC	agT	21	21	AY.114	0.004853
N	412	S412S	agC	agT	20	20	AY.85	0.008543
N	412	S412S	agC	agT	19	19	AY.93	0.005188
N	412	S412S	agC	agT	19	19	AY.96	0.039419
N	412	S412S	agC	agT	19	19	B.1.405	0.234568
N	412	S412S	agC	agT	19	19	B.1.526	0.000447
N	412	S412S	agC	agT	18	18	AY.91	0.013148
N	412	S412S	agC	agT	18	18	B.1.177.84	0.12
N	412	S412S	agC	agT	18	18	B.1.466.2	0.007042
N	412	S412S	agC	agT	17	17	B.1.1.464	0.025037
N	412	S412S	agC	agT	17	17	B.1.243	0.001183
N	412	S412S	agC	agT	16	16	AY.20	0.000622
N	412	S412S	agC	agT	16	16	AY.34	0.001551
N	412	S412S	agC	agT	16	16	AY.88	0.014147
N	412	S412S	agC	agT	15	15	AY.90	0.010267
N	412	S412S	agC	agT	14	14	AY.120	0.000521
N	412	S412S	agC	agT	14	14	B.1.1.519	0.000556
N	412	S412S	agC	agT	13	13	AY.37	0.004109
N	412	S412S	agC	agT	12	12	AY.13	0.001932
N	412	S412S	agC	agT	12	12	AY.34.1	0.006119
N	412	S412S	agC	agT	12	12	AY.59	0.006356
N	412	S412S	agC	agT	12	12	AY.75	0.000672
N	412	S412S	agC	agT	12	12	Q.1	0.001516
N	412	S412S	agC	agT	11	11	AY.39.1	0.000436
N	412	S412S	agC	agT	11	11	B.1.177.35	0.007602
N	412	S412S	agC	agT	10	10	AY.99.2	0.000922
N	412	S412S	agC	agT	10	10	B.1.351	0.000297
N	412	S412S	agC	agT	9	9	AY.29	0.000142
N	412	S412S	agC	agT	9	9	AY.32	0.004792
N	412	S412S	agC	agT	9	9	AY.58	0.008167
N	412	S412S	agC	agT	9	9	AY.7	0.001764
N	412	S412S	agC	agT	9	9	AY.71	0.004276
N	412	S412S	agC	agT	9	9	B.1.497	0.002833
N	412	S412S	agC	agT	8	8	AY.38	0.003994
N	412	S412S	agC	agT	8	8	AY.41	0.002352
N	412	S412S	agC	agT	8	8	AY.63	0.003095
N	412	S412S	agC	agT	8	8	AY.69	0.001493
N	412	S412S	agC	agT	8	8	B.1.160	0.00025
N	412	S412S	agC	agT	7	7	AY.108	0.007718
N	412	S412S	agC	agT	7	7	AY.46.2	0.004447
N	412	S412S	agC	agT	7	7	AY.46.4	0.001152
N	412	S412S	agC	agT	7	7	AY.9.2	0.000257
N	412	S412S	agC	agT	7	7	B.1.429	0.000165
N	412	S412S	agC	agT	7	7	B.1.596	0.00061
N	412	S412S	agC	agT	7	7	B.6.6	0.006222
N	412	S412S	agC	agT	6	6	AY.61	0.000629
N	412	S412S	agC	agT	6	6	AY.74	0.000694
N	412	S412S	agC	agT	6	6	B.1.1.222	0.001224
N	412	S412S	agC	agT	5	5	AY.111	0.000916
N	412	S412S	agC	agT	5	5	AY.68	0.001369
N	412	S412S	agC	agT	5	5	B.1.1.317	0.002058
N	412	S412S	agC	agT	5	5	B.1.1.63	0.001929
N	412	S412S	agC	agT	5	5	B.1.221	0.000355
N	412	S412S	agC	agT	5	5	B.1.258	0.000333
N	412	S412S	agC	agT	5	5	D.2	0.000375
N	412	S412S	agC	agT	4	4	AY.109	0.002959
N	412	S412S	agC	agT	4	4	AY.4.2.1	0.000596
N	412	S412S	agC	agT	4	4	AY.4.3	0.003367
N	412	S412S	agC	agT	4	4	AY.53	0.00115
N	412	S412S	agC	agT	4	4	AY.6	0.000165
N	412	S412S	agC	agT	4	4	AY.75.1	0.000721
N	412	S412S	agC	agT	4	4	B.1.1.214	0.000222
N	412	S412S	agC	agT	4	4	B.1.1.312	0.007648
N	412	S412S	agC	agT	4	4	B.1.1.33	0.001684
N	412	S412S	agC	agT	4	4	B.1.111	0.0047
N	412	S412S	agC	agT	4	4	B.1.177.42	0.003578
N	412	S412S	agC	agT	4	4	C.36.3	0.002269
N	412	S412S	agC	agT	4	4	P.1.2	0.004624
N	412	S412S	agC	agT	4	4	P.2	0.000747
N	412	S412S	agC	agT	3	3	AY.10	0.00159
N	412	S412S	agC	agT	3	3	AY.121	0.000406
N	412	S412S	agC	agT	3	3	AY.4.5	0.000322
N	412	S412S	agC	agT	3	3	AY.5.4	0.00083
N	412	S412S	agC	agT	3	3	AY.57	0.001969
N	412	S412S	agC	agT	3	3	AY.64	0.001786
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.1.1	0.00098
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.1.28	0.000934
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.1.37	0.000579
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.139	0.002199
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.369	0.000856
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.517	0.001281
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.525	0.000339
N	412	S412S	agC	agT	3	3	B.1.621	0.000266
N	412	S412S	agC	agT	3	3	Q.8	0.000495
N	412	S412S	agC	agT	2	2	A.2.5	0.000998
N	412	S412S	agC	agT	2	2	A.23.1	0.001408
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.29.1	0.000441
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.48	0.00093
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.67	0.000929
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.7.1	0.000225
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.7.2	0.001119
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.9	0.000135
N	412	S412S	agC	agT	2	2	AY.9.1	0.000167
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.1.10	0.00223
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.1.301	0.002358
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.1.329	0.007692
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.1.398	0.006452
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.1.420	0.002012
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.234	0.000264
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.36	0.000292
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.36.29	0.001035
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.438.1	0.000215
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.453	0.006472
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.474	0.003802
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.560	0.009259
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.575.1	0.004878
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.576	0.001813
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.588	0.00182
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.604	0.034483
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.619	0.001742
N	412	S412S	agC	agT	2	2	B.1.628	0.000705
N	412	S412S	agC	agT	2	2	C.36	0.001821
N	412	S412S	agC	agT	1	1	A.19	0.009434
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AD.2	0.000219
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.1	0.000396
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.101	0.00049
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.107	0.000466
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.120.1	0.000321
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.120.2.1	0.000498
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.14	0.000088
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.16	0.00038
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.24	0.000431
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.35	0.000233
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.46.3	0.000934
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.52	0.000814
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.65	0.000533
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.70	0.000209
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.87	0.000833
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AY.89	0.004902
N	412	S412S	agC	agT	1	1	AZ.3	0.00152
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.153	0.001095
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.174	0.003378
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.25	0.000569
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.258	0.003257
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.273	0.006757
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.306	0.000438
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.351	0.002793
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.354	0.004386
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.368	0.003086
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.369	0.000446
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.409	0.002833
N	412	S412S	agC	agT	1	1	B.1.1.434	0.000349
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.