CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 412

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N412S412SsynagCagT120872120872129507-29509
N412S412RnonsynAgcCgc15019149340.9943429507-29509
N412S412RnonsynagCagA15019600.0039949429507-29509
N412S412RnonsynagCagG15019210.0013982329507-29509
N412S412RnonsynAgCCgT1501940.00026632929507-29509
N412S412InonsynaGcaTc111811070.99016129507-29509
N412S412InonsynaGCaTT1118110.00983929507-29509
N412S412NnonsynaGcaAc7697670.99739929507-29509
N412S412NnonsynaGCaAT76920.0026007829507-29509
N412S412GnonsynAgcGgc1231130.91869929507-29509
N412S412GnonsynAgCGgT12380.065040629507-29509
N412S412GnonsynAgCGgG12310.0081300829507-29509
N412S412GnonsynAgCGgA12310.0081300829507-29509
N412S412deldelAGC---2626129507-29509
N412S412CnonsynAgcTgc1717129507-29509
N412S412LnonsynAGcCTc1313129507-29509
N412S412TnonsynaGcaCc1313129507-29509
N412S412WnonsynAgCTgG1010129507-29509
N412S412VnonsynAGcGTc77129507-29509
N412S412KnonsynaGCaAA530.629507-29509
N412S412KnonsynaGCaAG520.429507-29509
N412S412DnonsynAGcGAc420.529507-29509
N412S412DnonsynAGCGAT420.529507-29509
N412S412del1delAgc-gc420.529507-29509
N412S412del1delaGca-c410.2529507-29509
N412S412del1delagCag-410.2529507-29509
N412S412EnonsynAGCGAG11129507-29509
N412S412del2delaGCa--11129507-29509

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N412S412SagCagT120872120872All0.023118
N412S412SagCagT9780297802AY.30.972777
N412S412RAgcCgc1493415019All0.002856
N412S412RagCagA6015019All0.000011
N412S412RagCagG2115019All0.000004
N412S412RAgCCgT415019All0.000001
N412S412RAgcCgc1470814712AY.270.951912
N412S412RAgCCgT414712AY.270.000259
N412S412SagCagT1146411464AY.3.10.977406
N412S412SagCagT15571557B.1.617.20.005863
N412S412SagCagT13321332B.1.1.70.001192
N412S412IaGcaTc11071118All0.000212
N412S412IaGCaTT111118All0.000002
N412S412NaGcaAc767769All0.000147
N412S412NaGCaAT2769All0
N412S412SagCagT677677AY.110.906292
N412S412SagCagT645645AY.250.00388
N412S412SagCagT627627AY.4.20.013599
N412S412SagCagT598598AY.1170.050541
N412S412SagCagT504504AY.470.015677
N412S412SagCagT477477Q.30.069181
N412S412SagCagT433433AY.920.12439
N412S412SagCagT301301AY.1030.001869
N412S412SagCagT295295AY.440.001796
N412S412SagCagT259259B.1.20.002281
N412S412IaGcaTc249249B.1.1770.003279
N412S412SagCagT226226AY.40.000352
N412S412SagCagT209209AY.1050.134405
N412S412SagCagT203203AY.840.088801
N412S412NaGcaAc178178B.1.6300.931937
N412S412SagCagT169169AY.1190.005967
N412S412SagCagT166166AY.5.30.056005
N412S412SagCagT150150AY.430.000665
N412S412SagCagT141141AY.46.60.010181
N412S412SagCagT140140AY.1020.003712
N412S412IaGcaTc134134B.1.1.70.00012
N412S412GAgcGgc113123All0.000022
N412S412GAgCGgT8123All0.000002
N412S412GAgCGgG1123All0
N412S412GAgCGgA1123All0
N412S412SagCagT114114AY.420.004586
N412S412IaGcaTc9494AY.440.000572
N412S412SagCagT9191AY.390.002249
N412S412SagCagT9191AY.50.001879
N412S412SagCagT8989AY.1160.025523
N412S412IaGcaTc8989AZ.40.298658
N412S412SagCagT8282AY.1100.00924
N412S412SagCagT7676B.10.000696
N412S412NaGcaAc7676B.1.1.70.000068
N412S412SagCagT7272AY.260.002038
N412S412NaGcaAc7272B.1.1770.000948
N412S412RAgcCgc6767AY.370.021176
N412S412IaGcaTc6565AY.1020.001723
N412S412NaGcaAc6060B.1.2580.003993
N412S412SagCagT5757AY.450.006936
N412S412SagCagT5656AY.98.10.002712
N412S412SagCagT5454B.1.36.160.076923
N412S412SagCagT5454B.1.4270.002727
N412S412SagCagT5353AY.460.005516
N412S412IaGcaTc5252B.1.617.20.000196
N412S412RAgcCgc4951B.1.617.20.000185
N412S412RagCagA251B.1.617.20.000008
N412S412IaGcaTc5050AY.40.000078
N412S412SagCagT4949AY.1180.00307
N412S412IaGcaTc4849AY.250.000289
N412S412IaGCaTT149AY.250.000006
N412S412SagCagT4949AY.330.003272
N412S412SagCagT4747AY.1130.006692
N412S412SagCagT4646AY.1060.015405
N412S412NaGcaAc4242AY.470.001306
N412S412SagCagT4141P.10.000646
N412S412SagCagT4040AY.230.00279
N412S412IaGcaTc3838AY.340.003685
N412S412SagCagT3838AY.730.025283
N412S412NaGcaAc3636AY.390.00089
N412S412SagCagT3636AY.790.043584
N412S412NaGcaAc3535AY.40.000054
N412S412SagCagT3434B.1.177.730.019253
N412S412SagCagT3333AY.620.014379
N412S412SagCagT3333AY.950.025114
N412S412SagCagT3232AY.820.043419
N412S412SagCagT3131AY.990.032529
N412S412SagCagT3030AY.550.027523
N412S412SagCagT3030C.370.003482
N412S412SagCagT2929AY.1000.001334
N412S412RagCagA2429B.1.1.70.000021
N412S412RagCagG429B.1.1.70.000004
N412S412RAgcCgc129B.1.1.70.000001
N412S412SagCagT2727B.1.1770.000356
N412S412IaGcaTc2727B.1.3690.007701
N412S412delAGC---2626All0.000005
N412S412IaGcaTc2424AY.1160.006883
N412S412SagCagT2424B0.003067
N412S412SagCagT2323AY.46.10.023614
N412S412SagCagT2323AY.980.001817
N412S412SagCagT2323B.1.10.000417
N412S412SagCagT2323B.1.1.4860.036278
N412S412NaGcaAc2323B.1.1600.000717
N412S412NaGcaAc2323P.10.000362
N412S412SagCagT2222AY.540.002098
N412S412GAgcGgc2222B.1.36.380.036125
N412S412NaGcaAc2222B.1.771
N412S412SagCagT2121AY.1140.004853
N412S412SagCagT2020AY.850.008543
N412S412NaGcaAc2020B.1.5880.018198
N412S412IaGcaTc1919AY.850.008116
N412S412SagCagT1919AY.930.005188
N412S412SagCagT1919AY.960.039419
N412S412SagCagT1919B.1.4050.234568
N412S412SagCagT1919B.1.5260.000447
N412S412GAgcGgc1818AY.440.00011
N412S412SagCagT1818AY.910.013148
N412S412SagCagT1818B.1.177.840.12
N412S412SagCagT1818B.1.466.20.007042
N412S412CAgcTgc1717All0.000003
N412S412SagCagT1717B.1.1.4640.025037
N412S412SagCagT1717B.1.2430.001183
N412S412RAgcCgc1616AY.160.006074
N412S412SagCagT1616AY.200.000622
N412S412SagCagT1616AY.340.001551
N412S412SagCagT1616AY.880.014147
N412S412NaGcaAc1515AY.330.001002
N412S412SagCagT1515AY.900.010267
N412S412NaGcaAc1515B.1.20.000132
N412S412NaGcaAc1515B.1.617.20.000056
N412S412SagCagT1414AY.1200.000521
N412S412IaGcaTc1414AY.430.000062
N412S412RAgcCgc1314AY.430.000058
N412S412RagCagA114AY.430.000004
N412S412SagCagT1414B.1.1.5190.000556
N412S412LAGcCTc1313All0.000002
N412S412TaGcaCc1313All0.000002
N412S412LAGcCTc1313AY.270.000841
N412S412SagCagT1313AY.370.004109
N412S412SagCagT1212AY.130.001932
N412S412IaGcaTc1012AY.200.000389
N412S412IaGCaTT212AY.200.000078
N412S412NaGcaAc1212AY.250.000072
N412S412SagCagT1212AY.34.10.006119
N412S412SagCagT1212AY.590.006356
N412S412RAgcCgc1212AY.740.001388
N412S412SagCagT1212AY.750.000672
N412S412IaGcaTc1212B.1.20.000106
N412S412SagCagT1212Q.10.001516
N412S412SagCagT1111AY.39.10.000436
N412S412GAgcGgc1111AY.40.000017
N412S412RAgcCgc1111AY.75.10.001983
N412S412RagCagA811B.10.000073
N412S412RAgcCgc311B.10.000027
N412S412SagCagT1111B.1.177.350.007602
N412S412WAgCTgG1010All0.000002
N412S412NaGcaAc1010AY.1030.000062
N412S412RAgcCgc1010AY.470.000311
N412S412GAgcGgc1010AY.690.001867
N412S412SagCagT1010AY.99.20.000922
N412S412SagCagT1010B.1.3510.000297
N412S412WAgCTgG1010P.10.000158
N412S412SagCagT99AY.290.000142
N412S412SagCagT99AY.320.004792
N412S412SagCagT99AY.580.008167
N412S412SagCagT99AY.70.001764
N412S412SagCagT99AY.710.004276
N412S412NaGcaAc99AY.750.000504
N412S412NaGcaAc99B.10.000082
N412S412IaGcaTc99B.1.3510.000268
N412S412SagCagT99B.1.4970.002833
N412S412RagCagG88AY.120.10.002568
N412S412RAgcCgc88AY.200.000311
N412S412SagCagT88AY.380.003994
N412S412SagCagT88AY.410.002352
N412S412SagCagT88AY.630.003095
N412S412SagCagT88AY.690.001493
N412S412IaGcaTc88B.10.000073
N412S412GAgcGgc88B.1.1.70.000007
N412S412SagCagT88B.1.1600.00025
N412S412GAgcGgc78B.1.617.20.000026
N412S412GAgCGgA18B.1.617.20.000004
N412S412VAGcGTc77All0.000001
N412S412SagCagT77AY.1080.007718
N412S412RAgcCgc47AY.250.000024
N412S412RagCagA37AY.250.000018
N412S412IaGCaTT77AY.30.00007
N412S412VAGcGTc77AY.440.000043
N412S412SagCagT77AY.46.20.004447
N412S412SagCagT77AY.46.40.001152
N412S412SagCagT77AY.9.20.000257
N412S412GAgcGgc77B.1.1.5250.038251
N412S412NaGcaAc77B.1.3110.001922
N412S412SagCagT77B.1.4290.000165
N412S412SagCagT77B.1.5960.00061
N412S412SagCagT77B.6.60.006222
N412S412IaGcaTc77C.370.000812
N412S412IaGcaTc66AY.1090.004438
N412S412RAgcCgc66AY.260.00017
N412S412IaGcaTc66AY.4.2.10.000894
N412S412SagCagT66AY.610.000629
N412S412SagCagT66AY.740.000694
N412S412IaGcaTc66B.1.1.1760.002636
N412S412SagCagT66B.1.1.2220.001224
N412S412IaGcaTc66B.1.5260.000141
N412S412KaGCaAA35All0.000001
N412S412KaGCaAG25All0
N412S412SagCagT55AY.1110.000916
N412S412IaGcaTc55AY.390.000124
N412S412RagCagG55AY.40.000008
N412S412IaGcaTc55AY.46.60.000361
N412S412RAgcCgc55AY.620.002179
N412S412SagCagT55AY.680.001369
N412S412IaGcaTc55AY.980.000395
N412S412NaGcaAc55AY.99.20.000461
N412S412SagCagT55B.1.1.3170.002058
N412S412SagCagT55B.1.1.630.001929
N412S412SagCagT55B.1.2210.000355
N412S412NaGcaAc55B.1.2340.00066
N412S412SagCagT55B.1.2580.000333
N412S412SagCagT55D.20.000375
N412S412DAGcGAc24All0
N412S412del1Agc-gc24All0
N412S412DAGCGAT24All0
N412S412del1agCag-14All0
N412S412del1aGca-c14All0
N412S412RagCagA44AY.1030.000025
N412S412IaGcaTc44AY.1030.000025
N412S412SagCagT44AY.1090.002959
N412S412IaGcaTc44AY.1190.000141
N412S412GAgCGgT44AY.3.10.000341
N412S412CAgcTgc44AY.40.000006
N412S412NaGcaAc44AY.4.20.000087
N412S412SagCagT44AY.4.2.10.000596
N412S412SagCagT44AY.4.30.003367
N412S412SagCagT44AY.530.00115
N412S412SagCagT44AY.60.000165
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