CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 402

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N402D402YnonsynGatTat802480210.99962629477-29479
N402D402YnonsynGaTTaC802430.00037387829477-29479
N402D402HnonsynGatCat6736710.99702829477-29479
N402D402HnonsynGaTCaC67320.0029717729477-29479
N402D402DsyngaTgaC589589129477-29479
N402D402GnonsyngAtgGt3643620.99450529477-29479
N402D402GnonsyngATgGC36410.0027472529477-29479
N402D402GnonsyngATgGA36410.0027472529477-29479
N402D402VnonsyngAtgTt1871860.99465229477-29479
N402D402VnonsyngATgTA18710.0053475929477-29479
N402D402EnonsyngaTgaG1671530.91616829477-29479
N402D402EnonsyngaTgaA167140.083832329477-29479
N402D402AnonsyngAtgCt117117129477-29479
N402D402deldelGAT---5353129477-29479
N402D402NnonsynGatAat4848129477-29479
N402D402del1delgaTga-1080.829477-29479
N402D402del1delGat-at1020.229477-29479
N402D402del2delGAt--t420.529477-29479
N402D402FnonsynGAtTTt420.529477-29479
N402D402SnonsynGATTCC420.529477-29479
N402D402FnonsynGATTTC420.529477-29479
N402D402del2delgATg--420.529477-29479
N402D402SnonsynGATAGC410.2529477-29479
N402D402SnonsynGAtAGt410.2529477-29479
N402D402KnonsynGaTAaA22129477-29479
N402D402CnonsynGAtTGt210.529477-29479
N402D402CnonsynGATTGC210.529477-29479
N402D402RnonsynGATAGA11129477-29479
N402D402InonsynGATATC11129477-29479
N402D402LnonsynGAtCTt11129477-29479

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N402D402YGatTat80218024All0.001534
N402D402YGaTTaC38024All0.000001
N402D402YGatTat24232423P.10.038172
N402D402YGatTat896896AY.46.50.177778
N402D402HGatCat671673All0.000128
N402D402HGaTCaC2673All0
N402D402YGatTat661661B.1.1.70.000592
N402D402DgaTgaC589589All0.000113
N402D402YGatTat502502AY.940.222222
N402D402YGatTat425425B.1.617.20.0016
N402D402HGatCat394394B.1.4290.00927
N402D402GgAtgGt362364All0.000069
N402D402GgATgGC1364All0
N402D402GgATgGA1364All0
N402D402YGatTat266266AY.430.001179
N402D402YGatTat189191AY.40.000294
N402D402YGaTTaC2191AY.40.000003
N402D402VgAtgTt186187All0.000036
N402D402VgATgTA1187All0
N402D402YGatTat177177B.1.1770.002331
N402D402YGatTat170170B.10.001557
N402D402EgaTgaG153167All0.000029
N402D402EgaTgaA14167All0.000003
N402D402YGatTat165165B.1.2430.011481
N402D402DgaTgaC136136AY.330.009082
N402D402GgAtgGt131131B.1.1.70.000117
N402D402EgaTgaG122122AY.5.30.041161
N402D402YGatTat119119B.1.36.80.119
N402D402AgAtgCt117117All0.000022
N402D402YGatTat115115B.1.20.001013
N402D402DgaTgaC112112B.1.1.70.0001
N402D402YGatTat102102AY.60.004195
N402D402HGatCat9797B.1.1.70.000087
N402D402VgAtgTt8686B.1.1.70.000077
N402D402AgAtgCt7575B.1.4290.001765
N402D402YGatTat7373B.1.4290.001718
N402D402YGatTat7272AY.1030.000447
N402D402YGatTat7070B.1.1.500.047522
N402D402YGatTat6262P.1.140.002964
N402D402YGatTat5859B.1.10.001052
N402D402YGaTTaC159B.1.10.000018
N402D402delGAT---5353All0.00001
N402D402YGatTat5151AY.750.002857
N402D402NGatAat4848All0.000009
N402D402YGatTat4848B.1.6370.003507
N402D402YGatTat4646B.1.5260.001081
N402D402YGatTat4444B.1.2580.002928
N402D402YGatTat4444P.1.120.021297
N402D402YGatTat4343AY.460.004475
N402D402YGatTat4343B.1.5960.003747
N402D402DgaTgaC4242AY.430.000186
N402D402YGatTat4242M.10.976744
N402D402GgAtgGt3939B.1.177.600.008519
N402D402DgaTgaC3838AY.260.001076
N402D402DgaTgaC3838AY.40.000059
N402D402YGatTat3535AY.440.000213
N402D402YGatTat3535B.1.6090.016779
N402D402YGatTat3434B.1.2400.007329
N402D402YGatTat3333B.1.3930.942857
N402D402YGatTat3232B.1.1600.000998
N402D402YGatTat2828B.1.36.160.039886
N402D402DgaTgaC2828B.1.617.20.000105
N402D402YGatTat2727B.1.6210.00239
N402D402VgAtgTt2626AY.30.000259
N402D402YGatTat2626B.1.1.2140.001442
N402D402GgAtgGt2424AY.40.000037
N402D402HGatCat2222AY.40.000034
N402D402DgaTgaC2121AY.290.000331
N402D402YGatTat2121AY.980.001659
N402D402YGatTat2020AY.250.00012
N402D402GgAtgGt2020B.1.258.170.002079
N402D402DgaTgaC1818AY.210.034156
N402D402YGatTat1818B.1.258.70.034417
N402D402YGatTat1818C.370.002089
N402D402YGatTat1717AY.420.000684
N402D402YGatTat1717B.1.258.170.001768
N402D402YGatTat1717B.1.360.00248
N402D402YGatTat1717B.1.4270.000858
N402D402YGatTat1616AY.260.000453
N402D402YGatTat1616AY.39.10.000634
N402D402VgAtgTt1616B.1.20.000141
N402D402DgaTgaC1515B.1.6210.001328
N402D402HGatCat1414AY.1000.000644
N402D402YGatTat1414AY.290.000221
N402D402YGatTat1414B.1.3510.000416
N402D402YGatTat1414B.1.6230.007511
N402D402YGatTat1414P.20.002613
N402D402VgAtgTt1313AY.1030.000081
N402D402YGatTat1313AY.70.002548
N402D402YGatTat1313B.1.1.280.004046
N402D402NGatAat1313B.1.1.70.000012
N402D402YGatTat1313B.1.6280.004581
N402D402YGatTat1212AY.30.000119
N402D402HGatCat1212B.10.00011
N402D402YGatTat1212B.1.177.40.002533
N402D402YGatTat1212B.1.177.540.007277
N402D402GgAtgGt1212B.1.617.20.000045
N402D402YGatTat1111AY.1100.00124
N402D402YGatTat1111AY.390.000272
N402D402GgAtgGt1111AY.430.000049
N402D402YGatTat1111B.1.177.70.001813
N402D402YGatTat1111B.1.6310.037037
N402D402YGatTat1111P.1.100.002964
N402D402del1gaTga-810All0.000002
N402D402del1Gat-at210All0
N402D402GgAtgGt1010AY.1030.000062
N402D402VgAtgTt1010B.10.000092
N402D402AgAtgCt1010B.1.1.70.000009
N402D402HGatCat1010B.1.20.000088
N402D402DgaTgaC1010B.1.5260.000235
N402D402HGatCat1010B.1.617.20.000038
N402D402YGatTat1010D.20.00075
N402D402DgaTgaC99AY.1030.000056
N402D402AgAtgCt99AY.1030.000056
N402D402YGatTat99AY.140.000792
N402D402DgaTgaC99AY.190.010262
N402D402HGatCat99AY.430.00004
N402D402HGatCat99AY.440.000055
N402D402YGatTat99AY.50.000186
N402D402YGatTat99B.1.1.3180.002716
N402D402YGatTat99B.1.177.860.001651
N402D402HGatCat99B.1.5170.003843
N402D402YGatTat99B.1.5250.001018
N402D402YGatTat88AY.1000.000368
N402D402YGatTat88AY.1020.000212
N402D402YGatTat88AY.200.000311
N402D402GgAtgGt88AY.390.000198
N402D402EgaTgaG88B.1.20.00007
N402D402GgAtgGt88B.1.20.00007
N402D402YGatTat88B.1.617.10.001032
N402D402YGatTat77AY.340.000679
N402D402YGatTat77AY.4.20.000152
N402D402YGatTat77AY.610.000733
N402D402YGatTat77AY.930.001912
N402D402GgAtgGt77B.10.000064
N402D402YGatTat77B.1.1.5190.000278
N402D402DgaTgaC77B.1.20.000062
N402D402YGatTat77B.1.466.20.002739
N402D402YGatTat77P.1.170.001132
N402D402YGatTat66A.190.056604
N402D402GgAtgGt66AY.1190.000212
N402D402YGatTat66AY.130.000966
N402D402YGatTat66AY.46.60.000433
N402D402EgaTgaG66AY.480.002791
N402D402DgaTgaC66AY.750.000336
N402D402YGatTat66AY.780.009245
N402D402DgaTgaC66B.1.10.000109
N402D402EgaTgaA66B.1.1.2790.006726
N402D402DgaTgaC66B.1.4090.004687
N402D402YGatTat66C.180.015544
N402D402YGatTat55A.210.01385
N402D402GgAtgGt55AY.250.00003
N402D402HGatCat55AY.4.50.000537
N402D402GgAtgGt55AY.440.00003
N402D402DgaTgaC55AY.440.00003
N402D402EgaTgaG55AY.610.000524
N402D402YGatTat55B.1.160.220.033784
N402D402YGatTat55B.1.2410.004058
N402D402YGatTat55B.1.3200.006227
N402D402HGatCat55B.1.4270.000252
N402D402YGatTat55C.36.3.10.013587
N402D402YGatTat55P.1.10.001588
N402D402delGAT---440.222222
N402D402FGAtTTt240.111111
N402D402FGATTTC240.111111
N402D402SGATTCC24All0
N402D402del2GAt--t24All0
N402D402FGAtTTt24All0
N402D402FGATTTC24All0
N402D402del2gATg--24All0
N402D402SGAtAGt14All0
N402D402SGATAGC14All0
N402D402GgAtgGt44AY.1000.000184
N402D402GgAtgGt44AY.200.000155
N402D402EgaTgaA34AY.250.000018
N402D402EgaTgaG14AY.250.000006
N402D402YGatTat44AY.330.000267
N402D402GgAtgGt44AY.4.2.10.000596
N402D402YGatTat44AY.400.003857
N402D402DgaTgaC44AY.540.000381
N402D402YGatTat44AY.90.00027
N402D402YGatTat44B0.000511
N402D402del1gaTga-44B.10.000037
N402D402DgaTgaC44B.10.000037
N402D402YGatTat44B.1.1.2160.003562
N402D402YGatTat44B.1.1.3060.001754
N402D402EgaTgaG34B.1.1.70.000003
N402D402EgaTgaA14B.1.1.70.000001
N402D402YGatTat44B.1.214.20.002398
N402D402YGatTat44B.1.2360.008214
N402D402YGatTat44B.1.36.270.003053
N402D402YGatTat44B.1.3690.001141
N402D402YGatTat44B.1.5300.028571
N402D402VgAtgTt44B.1.617.20.000015
N402D402YGatTat44B.1.6340.013699
N402D402DgaTgaC44C.350.003096
N402D402YGatTat44C.360.003643
N402D402delGAT---44C.370.000464
N402D402DgaTgaC44P.20.000747
N402D402GgAtgGt44Q.80.00066
N402D402YGatTat33A0.001161
N402D402HGatCat33AY.1030.000019
N402D402DgaTgaC33AY.1070.001398
N402D402YGatTat33AY.1180.000188
N402D402GgAtgGt33AY.1200.000112
N402D402YGatTat33AY.1210.000406
N402D402YGatTat33AY.160.001139
N402D402HGatCat33AY.250.000018
N402D402DgaTgaC33AY.250.000018
N402D402YGatTat33AY.300.001187
N402D402GgAtgGt33AY.300.001187
N402D402HGatCat33AY.330.0002
N402D402NGatAat33AY.40.000005
N402D402NGatAat33AY.440.000018
N402D402YGatTat33AY.450.000365
N402D402YGatTat33AY.470.000093
N402D402GgAtgGt33AY.540.000286
N402D402YGatTat33AY.670.001393
N402D402YGatTat33AY.75.10.000541
N402D402YGatTat33AY.9.20.00011
N402D402YGatTat33AY.98.10.000145
N402D402delGAT---33B.10.000027
N402D402HGatCat33B.1.10.000054
N402D402NGatAat33B.1.10.000054
N402D402delGAT---33B.1.10.000054
N402D402YGatTat33B.1.1.2100.017143
N402D402YGatTat33B.1.1.2220.000612
N402D402GgAtgGt33B.1.1.2840.000322
N402D402YGatTat33B.1.1.3120.005736
N402D402DgaTgaC33B.1.1.3480.002389
N402D402HGatCat33B.1.1.4340.001046
N402D402delGAT---33B.1.1.70.000003
N402D402YGatTat33B.1.1.700.001023
N402D402YGatTat33B.1.110.30.002155
N402D402YGatTat33B.1.177.810.000568
N402D402delGAT---33B.1.20.000026
N402D402YGatTat33B.1.214.30.021429
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