CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 401

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N401D401YnonsynGatTat15626156240.99987229474-29476
N401D401YnonsynGaTTaC1562620.00012799229474-29476
N401D401NnonsynGatAat244244129474-29476
N401D401AnonsyngAtgCt1491480.99328929474-29476
N401D401AnonsyngATgCA14910.0067114129474-29476
N401D401HnonsynGatCat147147129474-29476
N401D401DsyngaTgaC142142129474-29476
N401D401deldelGAT---6969129474-29476
N401D401GnonsyngAtgGt50490.9829474-29476
N401D401GnonsyngATgGC5010.0229474-29476
N401D401VnonsyngAtgTt1390.69230829474-29476
N401D401VnonsyngATgTC1330.23076929474-29476
N401D401VnonsyngATgTG1310.076923129474-29476
N401D401EnonsyngaTgaG430.7529474-29476
N401D401EnonsyngaTgaA410.2529474-29476
N401D401FnonsynGAtTTt33129474-29476
N401D401del1delGat-at33129474-29476
N401D401XnonsynGaTTaA11129474-29476
N401D401KnonsynGaTAaA11129474-29476
N401D401del2delGAt--t11129474-29476

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N401D401YGatTat1562415626All0.002988
N401D401YGaTTaC215626All0
N401D401YGatTat82048204B.1.438.10.879974
N401D401YGatTat10411041B.1.5880.947225
N401D401YGatTat977977B.1.1.70.000875
N401D401YGatTat690690AY.40.001074
N401D401YGatTat639639B.1.1.700.21794
N401D401YGatTat556556B.1.2320.298764
N401D401YGatTat484484B.1.5870.918406
N401D401YGatTat450450B.10.004122
N401D401YGatTat269269AY.9.20.00988
N401D401NGatAat244244All0.000047
N401D401AgAtgCt148149All0.000028
N401D401AgATgCA1149All0
N401D401HGatCat147147All0.000028
N401D401YGatTat146146B.1.2520.966887
N401D401YGatTat145145B.1.4380.947712
N401D401DgaTgaC142142All0.000027
N401D401YGatTat139139B.1.1.500.094365
N401D401YGatTat129129B.1.617.20.000486
N401D401YGatTat120120B.1.1.3060.052609
N401D401YGatTat8989AY.260.00252
N401D401YGatTat8383P.10.001308
N401D401YGatTat8181B.1.5950.021138
N401D401YGatTat7575B.1.1.2180.576923
N401D401YGatTat7171B.1.20.000625
N401D401delGAT---6969All0.000013
N401D401YGatTat5454AY.430.000239
N401D401YGatTat5252B.1.438.21
N401D401NGatAat5151AY.40.000079
N401D401GgAtgGt4950All0.000009
N401D401GgATgGC150All0
N401D401YGatTat5050AY.1030.00031
N401D401YGatTat4949AY.250.000295
N401D401NGatAat4949B.1.1.70.000044
N401D401YGatTat4848B.1.10.000871
N401D401YGatTat4848B.1.1770.000632
N401D401YGatTat4848B.1.4290.001129
N401D401YGatTat4343B.1.438.40.914894
N401D401YGatTat3940AY.440.000237
N401D401YGaTTaC140AY.440.000006
N401D401YGatTat3838AY.30.000378
N401D401YGatTat3838AY.710.018052
N401D401AgAtgCt3636B.1.1.70.000032
N401D401AgAtgCt2929AY.40.000045
N401D401YGatTat2626B.1.588.11
N401D401DgaTgaC2424B.1.1.70.000021
N401D401HGatCat2424B.1.177.810.004544
N401D401YGatTat2020AY.200.000777
N401D401YGatTat2020B.1.1.510.034364
N401D401YGatTat2020B.1.1600.000624
N401D401AgAtgCt1919AY.1030.000118
N401D401HGatCat1919B.1.1.70.000017
N401D401AgAtgCt1818B.1.177.860.003302
N401D401YGatTat1717B.1.36.310.029772
N401D401YGatTat1616AY.290.000252
N401D401AgAtgCt1616AY.470.000498
N401D401DgaTgaC1515AY.40.000023
N401D401YGatTat1515AY.4.20.000325
N401D401NGatAat1515P.1.70.004789
N401D401YGatTat1414B.1.4270.000707
N401D401VgAtgTt913All0.000002
N401D401VgATgTC313All0.000001
N401D401VgATgTG113All0
N401D401HGatCat1313AY.40.00002
N401D401HGatCat1313AY.440.000079
N401D401YGatTat1313B.1.1.280.004046
N401D401YGatTat1313B.1.2580.000865
N401D401YGatTat1313B.1.258.170.001352
N401D401YGatTat1313B.1.438.31
N401D401YGatTat1313B.1.5960.001133
N401D401HGatCat1313B.1.617.10.001677
N401D401HGatCat1212AY.50.000248
N401D401NGatAat1212B.10.00011
N401D401YGatTat1111AY.3.10.000938
N401D401YGatTat1111B.1.5260.000259
N401D401NGatAat1111B.1.617.20.000041
N401D401YGatTat1111P.1.10.003494
N401D401YGatTat1010AY.1020.000265
N401D401GgAtgGt1010AY.40.000016
N401D401YGatTat1010B.1.177.120.001517
N401D401DgaTgaC1010B.1.20.000088
N401D401YGatTat1010B.1.3110.002746
N401D401YGatTat1010B.1.5670.033333
N401D401YGatTat1010L.10.019048
N401D401NGatAat99AY.640.005357
N401D401YGatTat99B.1.1.2310.027864
N401D401YGatTat99B.1.1.5190.000357
N401D401DgaTgaC99B.1.3110.002471
N401D401YGatTat99B.1.6280.003171
N401D401YGatTat99P.20.00168
N401D401NGatAat88AY.1030.00005
N401D401YGatTat88AY.1200.000297
N401D401YGatTat88AY.1210.001083
N401D401NGatAat88AY.200.000311
N401D401GgAtgGt88AY.30.00008
N401D401NGatAat88AY.390.000198
N401D401YGatTat88AY.390.000198
N401D401YGatTat88B.1.36.290.004139
N401D401YGatTat88B.1.466.20.00313
N401D401HGatCat88B.1.4690.028881
N401D401YGatTat88B.1.6320.053691
N401D401YGatTat88P.1.100.002156
N401D401YGatTat77AY.116.10.00218
N401D401YGatTat77B.1.1.2970.01566
N401D401NGatAat77B.1.20.000062
N401D401YGatTat77B.1.36.80.007
N401D401NGatAat77B.1.5260.000165
N401D401YGatTat77B.1.5480.25
N401D401YGatTat77B.1.6210.00062
N401D401YGatTat560.277778
N401D401YGaTTaC160.055556
N401D401HGatCat66AY.100.00318
N401D401HGatCat66AY.1110.001099
N401D401YGatTat66AY.1190.000212
N401D401DgaTgaC66AY.30.00006
N401D401delGAT---66B.10.000055
N401D401YGatTat66B.1.6360.040268
N401D401YGatTat55AY.39.10.000198
N401D401NGatAat55AY.430.000022
N401D401AgAtgCt55AY.440.00003
N401D401NGatAat55AY.440.00003
N401D401YGatTat55AY.46.20.003177
N401D401YGatTat55AY.50.000103
N401D401YGatTat55AY.750.00028
N401D401YGatTat55B.1.1.100.005574
N401D401GgAtgGt55B.1.1.70.000004
N401D401YGatTat55B.1.2400.001078
N401D401delGAT---55B.1.2410.004058
N401D401YGatTat55B.1.3510.000149
N401D401YGatTat55B.1.36.10.005701
N401D401DgaTgaC55B.1.4780.058824
N401D401HGatCat55B.1.5260.000118
N401D401NGatAat55B.1.5750.001517
N401D401YGatTat55B.1.617.10.000645
N401D401GgAtgGt55B.1.617.20.000019
N401D401DgaTgaC55B.1.617.20.000019
N401D401YGatTat55B.1.6370.000365
N401D401NGatAat55P.10.000079
N401D401YGatTat55P.1.170.000809
N401D401delGAT---440.222222
N401D401EgaTgaG34All0.000001
N401D401EgaTgaA14All0
N401D401YGatTat44AY.20.001425
N401D401DgaTgaC44AY.250.000024
N401D401YGatTat44AY.4.2.10.000596
N401D401YGatTat44AY.420.000161
N401D401GgAtgGt44AY.430.000018
N401D401DgaTgaC44AY.440.000024
N401D401YGatTat44AY.510.003636
N401D401DgaTgaC44AY.60.000165
N401D401YGatTat44B.1.1.2220.000816
N401D401YGatTat44B.1.1.4640.005891
N401D401DgaTgaC44B.1.177.100.003512
N401D401DgaTgaC44B.1.177.650.002661
N401D401delGAT---44B.1.20.000035
N401D401YGatTat44B.1.2210.000284
N401D401YGatTat44B.1.2430.000278
N401D401DgaTgaC44B.1.5170.001708
N401D401DgaTgaC44B.1.617.10.000516
N401D401AgAtgCt44B.1.617.20.000015
N401D401delGAT---44C.370.000464
N401D401del1Gat-at33All0.000001
N401D401FGAtTTt33All0.000001
N401D401AgAtgCt33AY.1000.000138
N401D401DgaTgaC33AY.1030.000019
N401D401HGatCat33AY.1030.000019
N401D401YGatTat33AY.1040.005952
N401D401YGatTat33AY.1180.000188
N401D401YGatTat33AY.120.2.10.001495
N401D401YGatTat33AY.240.001293
N401D401NGatAat33AY.250.000018
N401D401HGatCat33AY.260.000085
N401D401delGAT---33AY.40.000005
N401D401GgAtgGt33AY.440.000018
N401D401YGatTat33AY.470.000093
N401D401YGatTat33AY.60.000123
N401D401AgAtgCt33AY.99.20.000276
N401D401DgaTgaC33B.10.000027
N401D401delGAT---33B.1.10.000054
N401D401delGAT---33B.1.1.70.000003
N401D401HGatCat33B.1.1770.00004
N401D401YGatTat33B.1.177.150.001893
N401D401YGatTat33B.1.2100.006397
N401D401NGatAat33B.1.2430.000209
N401D401YGatTat33B.1.36.170.001482
N401D401YGatTat33B.1.36.380.004926
N401D401AgAtgCt33B.1.4090.002344
N401D401YGatTat33B.1.4680.017143
N401D401YGatTat33B.1.5750.00091
N401D401HGatCat33B.1.617.20.000011
N401D401delGAT---33B.1.617.20.000011
N401D401YGatTat33B.1.619.10.001924
N401D401YGatTat33C.370.000348
N401D401YGatTat33C.70.103448
N401D401YGatTat33P.1.140.000143
N401D401YGatTat33P.1.150.000697
N401D401FGAtTTt220.111111
N401D401YGatTat22A.90.090909
N401D401YGatTat22AY.1170.000169
N401D401GgAtgGt22AY.1190.000071
N401D401YGatTat22AY.130.000322
N401D401YGatTat22AY.140.000176
N401D401HGatCat22AY.230.000139
N401D401delGAT---22AY.250.000012
N401D401DgaTgaC22AY.290.000032
N401D401NGatAat22AY.30.00002
N401D401YGatTat22AY.330.000134
N401D401YGatTat22AY.360.000296
N401D401YGatTat22AY.39.20.003082
N401D401VgAtgTt22AY.40.000003
N401D401YGatTat22AY.450.000243
N401D401DgaTgaC22AY.470.000062
N401D401GgAtgGt22AY.50.000041
N401D401NGatAat22AY.50.000041
N401D401DgaTgaC22AY.50.000041
N401D401YGatTat22AY.5.30.000675
N401D401NGatAat22AY.750.000112
N401D401YGatTat22AY.75.10.000361
N401D401GgAtgGt22AY.780.003082
N401D401YGatTat22AY.90.000135
N401D401delGAT---22AY.9.20.000073
N401D401NGatAat22AY.980.000158
N401D401YGatTat22AY.980.000158
N401D401NGatAat22AY.990.002099
N401D401YGatTat22AY.99.20.000184
N401D401YGatTat22AZ.10.001735
N401D401YGatTat22B0.000256
N401D401VgATgTC22B.10.000018
N401D401YGatTat22B.1.1.10.000653
N401D401YGatTat22B.1.1.1700.002494
N401D401AgAtgCt22B.1.1.2140.000111
N401D401YGatTat22B.1.1.2170.007273
N401D401YGatTat22B.1.1.3770.002762
N401D401YGatTat22B.1.1.4200.002012
N401D401YGatTat22B.1.1.4320.002532
N401D401DgaTgaC22B.1.1.4340.000697
N401D401del1Gat-at22B.1.1.70.000002
N401D401YGatTat22B.1.1.950.039216
N401D401YGatTat22B.1.130.004751
N401D401delGAT---22B.1.1770.000026
N401D401DgaTgaC22B.1.1770.000026
N401D401AgAtgCt22B.1.1770.000026
N401D401HGatCat22B.1.20.000018
N401D401YGatTat22B.1.2230.005556
N401D401YGatTat22B.1.2360.004107
N401D401YGatTat22B.1.2370.00995
N401D401YGatTat22B.1.2390.002442
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