CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 401

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	401	D401Y		nonsyn	Gat	Tat	15626	15624	0.999872	29474-29476
N	401	D401Y		nonsyn	GaT	TaC	15626	2	0.000127992	29474-29476
N	401	D401N		nonsyn	Gat	Aat	244	244	1	29474-29476
N	401	D401A		nonsyn	gAt	gCt	149	148	0.993289	29474-29476
N	401	D401A		nonsyn	gAT	gCA	149	1	0.00671141	29474-29476
N	401	D401H		nonsyn	Gat	Cat	147	147	1	29474-29476
N	401	D401D		syn	gaT	gaC	142	142	1	29474-29476
N	401	D401del		del	GAT	---	69	69	1	29474-29476
N	401	D401G		nonsyn	gAt	gGt	50	49	0.98	29474-29476
N	401	D401G		nonsyn	gAT	gGC	50	1	0.02	29474-29476
N	401	D401V		nonsyn	gAt	gTt	13	9	0.692308	29474-29476
N	401	D401V		nonsyn	gAT	gTC	13	3	0.230769	29474-29476
N	401	D401V		nonsyn	gAT	gTG	13	1	0.0769231	29474-29476
N	401	D401E		nonsyn	gaT	gaG	4	3	0.75	29474-29476
N	401	D401E		nonsyn	gaT	gaA	4	1	0.25	29474-29476
N	401	D401F		nonsyn	GAt	TTt	3	3	1	29474-29476
N	401	D401del1		del	Gat	-at	3	3	1	29474-29476
N	401	D401X		nonsyn	GaT	TaA	1	1	1	29474-29476
N	401	D401K		nonsyn	GaT	AaA	1	1	1	29474-29476
N	401	D401del2		del	GAt	--t	1	1	1	29474-29476

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	401	D401Y	Gat	Tat	15624	15626	All	0.002988
N	401	D401Y	GaT	TaC	2	15626	All	0
N	401	D401Y	Gat	Tat	8204	8204	B.1.438.1	0.879974
N	401	D401Y	Gat	Tat	1041	1041	B.1.588	0.947225
N	401	D401Y	Gat	Tat	977	977	B.1.1.7	0.000875
N	401	D401Y	Gat	Tat	690	690	AY.4	0.001074
N	401	D401Y	Gat	Tat	639	639	B.1.1.70	0.21794
N	401	D401Y	Gat	Tat	556	556	B.1.232	0.298764
N	401	D401Y	Gat	Tat	484	484	B.1.587	0.918406
N	401	D401Y	Gat	Tat	450	450	B.1	0.004122
N	401	D401Y	Gat	Tat	269	269	AY.9.2	0.00988
N	401	D401N	Gat	Aat	244	244	All	0.000047
N	401	D401A	gAt	gCt	148	149	All	0.000028
N	401	D401A	gAT	gCA	1	149	All	0
N	401	D401H	Gat	Cat	147	147	All	0.000028
N	401	D401Y	Gat	Tat	146	146	B.1.252	0.966887
N	401	D401Y	Gat	Tat	145	145	B.1.438	0.947712
N	401	D401D	gaT	gaC	142	142	All	0.000027
N	401	D401Y	Gat	Tat	139	139	B.1.1.50	0.094365
N	401	D401Y	Gat	Tat	129	129	B.1.617.2	0.000486
N	401	D401Y	Gat	Tat	120	120	B.1.1.306	0.052609
N	401	D401Y	Gat	Tat	89	89	AY.26	0.00252
N	401	D401Y	Gat	Tat	83	83	P.1	0.001308
N	401	D401Y	Gat	Tat	81	81	B.1.595	0.021138
N	401	D401Y	Gat	Tat	75	75	B.1.1.218	0.576923
N	401	D401Y	Gat	Tat	71	71	B.1.2	0.000625
N	401	D401del	GAT	---	69	69	All	0.000013
N	401	D401Y	Gat	Tat	54	54	AY.43	0.000239
N	401	D401Y	Gat	Tat	52	52	B.1.438.2	1
N	401	D401N	Gat	Aat	51	51	AY.4	0.000079
N	401	D401G	gAt	gGt	49	50	All	0.000009
N	401	D401G	gAT	gGC	1	50	All	0
N	401	D401Y	Gat	Tat	50	50	AY.103	0.00031
N	401	D401Y	Gat	Tat	49	49	AY.25	0.000295
N	401	D401N	Gat	Aat	49	49	B.1.1.7	0.000044
N	401	D401Y	Gat	Tat	48	48	B.1.1	0.000871
N	401	D401Y	Gat	Tat	48	48	B.1.177	0.000632
N	401	D401Y	Gat	Tat	48	48	B.1.429	0.001129
N	401	D401Y	Gat	Tat	43	43	B.1.438.4	0.914894
N	401	D401Y	Gat	Tat	39	40	AY.44	0.000237
N	401	D401Y	GaT	TaC	1	40	AY.44	0.000006
N	401	D401Y	Gat	Tat	38	38	AY.3	0.000378
N	401	D401Y	Gat	Tat	38	38	AY.71	0.018052
N	401	D401A	gAt	gCt	36	36	B.1.1.7	0.000032
N	401	D401A	gAt	gCt	29	29	AY.4	0.000045
N	401	D401Y	Gat	Tat	26	26	B.1.588.1	1
N	401	D401D	gaT	gaC	24	24	B.1.1.7	0.000021
N	401	D401H	Gat	Cat	24	24	B.1.177.81	0.004544
N	401	D401Y	Gat	Tat	20	20	AY.20	0.000777
N	401	D401Y	Gat	Tat	20	20	B.1.1.51	0.034364
N	401	D401Y	Gat	Tat	20	20	B.1.160	0.000624
N	401	D401A	gAt	gCt	19	19	AY.103	0.000118
N	401	D401H	Gat	Cat	19	19	B.1.1.7	0.000017
N	401	D401A	gAt	gCt	18	18	B.1.177.86	0.003302
N	401	D401Y	Gat	Tat	17	17	B.1.36.31	0.029772
N	401	D401Y	Gat	Tat	16	16	AY.29	0.000252
N	401	D401A	gAt	gCt	16	16	AY.47	0.000498
N	401	D401D	gaT	gaC	15	15	AY.4	0.000023
N	401	D401Y	Gat	Tat	15	15	AY.4.2	0.000325
N	401	D401N	Gat	Aat	15	15	P.1.7	0.004789
N	401	D401Y	Gat	Tat	14	14	B.1.427	0.000707
N	401	D401V	gAt	gTt	9	13	All	0.000002
N	401	D401V	gAT	gTC	3	13	All	0.000001
N	401	D401V	gAT	gTG	1	13	All	0
N	401	D401H	Gat	Cat	13	13	AY.4	0.00002
N	401	D401H	Gat	Cat	13	13	AY.44	0.000079
N	401	D401Y	Gat	Tat	13	13	B.1.1.28	0.004046
N	401	D401Y	Gat	Tat	13	13	B.1.258	0.000865
N	401	D401Y	Gat	Tat	13	13	B.1.258.17	0.001352
N	401	D401Y	Gat	Tat	13	13	B.1.438.3	1
N	401	D401Y	Gat	Tat	13	13	B.1.596	0.001133
N	401	D401H	Gat	Cat	13	13	B.1.617.1	0.001677
N	401	D401H	Gat	Cat	12	12	AY.5	0.000248
N	401	D401N	Gat	Aat	12	12	B.1	0.00011
N	401	D401Y	Gat	Tat	11	11	AY.3.1	0.000938
N	401	D401Y	Gat	Tat	11	11	B.1.526	0.000259
N	401	D401N	Gat	Aat	11	11	B.1.617.2	0.000041
N	401	D401Y	Gat	Tat	11	11	P.1.1	0.003494
N	401	D401Y	Gat	Tat	10	10	AY.102	0.000265
N	401	D401G	gAt	gGt	10	10	AY.4	0.000016
N	401	D401Y	Gat	Tat	10	10	B.1.177.12	0.001517
N	401	D401D	gaT	gaC	10	10	B.1.2	0.000088
N	401	D401Y	Gat	Tat	10	10	B.1.311	0.002746
N	401	D401Y	Gat	Tat	10	10	B.1.567	0.033333
N	401	D401Y	Gat	Tat	10	10	L.1	0.019048
N	401	D401N	Gat	Aat	9	9	AY.64	0.005357
N	401	D401Y	Gat	Tat	9	9	B.1.1.231	0.027864
N	401	D401Y	Gat	Tat	9	9	B.1.1.519	0.000357
N	401	D401D	gaT	gaC	9	9	B.1.311	0.002471
N	401	D401Y	Gat	Tat	9	9	B.1.628	0.003171
N	401	D401Y	Gat	Tat	9	9	P.2	0.00168
N	401	D401N	Gat	Aat	8	8	AY.103	0.00005
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	AY.120	0.000297
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	AY.121	0.001083
N	401	D401N	Gat	Aat	8	8	AY.20	0.000311
N	401	D401G	gAt	gGt	8	8	AY.3	0.00008
N	401	D401N	Gat	Aat	8	8	AY.39	0.000198
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	AY.39	0.000198
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	B.1.36.29	0.004139
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	B.1.466.2	0.00313
N	401	D401H	Gat	Cat	8	8	B.1.469	0.028881
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	B.1.632	0.053691
N	401	D401Y	Gat	Tat	8	8	P.1.10	0.002156
N	401	D401Y	Gat	Tat	7	7	AY.116.1	0.00218
N	401	D401Y	Gat	Tat	7	7	B.1.1.297	0.01566
N	401	D401N	Gat	Aat	7	7	B.1.2	0.000062
N	401	D401Y	Gat	Tat	7	7	B.1.36.8	0.007
N	401	D401N	Gat	Aat	7	7	B.1.526	0.000165
N	401	D401Y	Gat	Tat	7	7	B.1.548	0.25
N	401	D401Y	Gat	Tat	7	7	B.1.621	0.00062
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	6		0.277778
N	401	D401Y	GaT	TaC	1	6		0.055556
N	401	D401H	Gat	Cat	6	6	AY.10	0.00318
N	401	D401H	Gat	Cat	6	6	AY.111	0.001099
N	401	D401Y	Gat	Tat	6	6	AY.119	0.000212
N	401	D401D	gaT	gaC	6	6	AY.3	0.00006
N	401	D401del	GAT	---	6	6	B.1	0.000055
N	401	D401Y	Gat	Tat	6	6	B.1.636	0.040268
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	AY.39.1	0.000198
N	401	D401N	Gat	Aat	5	5	AY.43	0.000022
N	401	D401A	gAt	gCt	5	5	AY.44	0.00003
N	401	D401N	Gat	Aat	5	5	AY.44	0.00003
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	AY.46.2	0.003177
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	AY.5	0.000103
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	AY.75	0.00028
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	B.1.1.10	0.005574
N	401	D401G	gAt	gGt	5	5	B.1.1.7	0.000004
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	B.1.240	0.001078
N	401	D401del	GAT	---	5	5	B.1.241	0.004058
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	B.1.351	0.000149
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	B.1.36.1	0.005701
N	401	D401D	gaT	gaC	5	5	B.1.478	0.058824
N	401	D401H	Gat	Cat	5	5	B.1.526	0.000118
N	401	D401N	Gat	Aat	5	5	B.1.575	0.001517
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	B.1.617.1	0.000645
N	401	D401G	gAt	gGt	5	5	B.1.617.2	0.000019
N	401	D401D	gaT	gaC	5	5	B.1.617.2	0.000019
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	B.1.637	0.000365
N	401	D401N	Gat	Aat	5	5	P.1	0.000079
N	401	D401Y	Gat	Tat	5	5	P.1.17	0.000809
N	401	D401del	GAT	---	4	4		0.222222
N	401	D401E	gaT	gaG	3	4	All	0.000001
N	401	D401E	gaT	gaA	1	4	All	0
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	AY.2	0.001425
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	AY.25	0.000024
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	AY.4.2.1	0.000596
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	AY.42	0.000161
N	401	D401G	gAt	gGt	4	4	AY.43	0.000018
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	AY.44	0.000024
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	AY.51	0.003636
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	AY.6	0.000165
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.222	0.000816
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.464	0.005891
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	B.1.177.10	0.003512
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	B.1.177.65	0.002661
N	401	D401del	GAT	---	4	4	B.1.2	0.000035
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	B.1.221	0.000284
N	401	D401Y	Gat	Tat	4	4	B.1.243	0.000278
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	B.1.517	0.001708
N	401	D401D	gaT	gaC	4	4	B.1.617.1	0.000516
N	401	D401A	gAt	gCt	4	4	B.1.617.2	0.000015
N	401	D401del	GAT	---	4	4	C.37	0.000464
N	401	D401del1	Gat	-at	3	3	All	0.000001
N	401	D401F	GAt	TTt	3	3	All	0.000001
N	401	D401A	gAt	gCt	3	3	AY.100	0.000138
N	401	D401D	gaT	gaC	3	3	AY.103	0.000019
N	401	D401H	Gat	Cat	3	3	AY.103	0.000019
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	AY.104	0.005952
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	AY.118	0.000188
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	AY.120.2.1	0.001495
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	AY.24	0.001293
N	401	D401N	Gat	Aat	3	3	AY.25	0.000018
N	401	D401H	Gat	Cat	3	3	AY.26	0.000085
N	401	D401del	GAT	---	3	3	AY.4	0.000005
N	401	D401G	gAt	gGt	3	3	AY.44	0.000018
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	AY.47	0.000093
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	AY.6	0.000123
N	401	D401A	gAt	gCt	3	3	AY.99.2	0.000276
N	401	D401D	gaT	gaC	3	3	B.1	0.000027
N	401	D401del	GAT	---	3	3	B.1.1	0.000054
N	401	D401del	GAT	---	3	3	B.1.1.7	0.000003
N	401	D401H	Gat	Cat	3	3	B.1.177	0.00004
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	B.1.177.15	0.001893
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	B.1.210	0.006397
N	401	D401N	Gat	Aat	3	3	B.1.243	0.000209
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	B.1.36.17	0.001482
N	401	D401Y	Gat	Tat	3	3	B.1.36.38	0.004926
N	401	D401A	gAt	gCt	3	3	B.1.409	0.002344
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N	401	D401del	GAT	---	1	1	B.1.415	0.014286
N	401	D401del	GAT	---	1	1	B.1.416.1	0.001563
N	401	D401N	Gat	Aat	1	1	B.1.427	0.00005
N	401	D401E	gaT	gaA	1	1	B.1.429	0.000024
N	401	D401V	gAt	gTt	1	1	B.1.429	0.000024
N	401	D401D	gaT	gaC	1	1	B.1.429	0.000024
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	B.1.429.1	0.012048
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	B.1.436	0.001029
N	401	D401del	GAT	---	1	1	B.1.438.1	0.000107
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	B.1.439	0.005917
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	B.1.469	0.00361
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N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	P.1.7	0.000319
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	P.3	0.001595
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	Q.1	0.000126
N	401	D401D	gaT	gaC	1	1	Q.3	0.000145
N	401	D401Y	Gat	Tat	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.