CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 367

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	367	E367E		syn	gaG	gaA	1974	1974	1	29372-29374
N	367	E367D		nonsyn	gaG	gaT	777	752	0.967825	29372-29374
N	367	E367D		nonsyn	gaG	gaC	777	25	0.032175	29372-29374
N	367	E367Q		nonsyn	Gag	Cag	450	430	0.955556	29372-29374
N	367	E367Q		nonsyn	GaG	CaA	450	20	0.0444444	29372-29374
N	367	E367G		nonsyn	gAg	gGg	273	266	0.974359	29372-29374
N	367	E367G		nonsyn	gAG	gGA	273	4	0.014652	29372-29374
N	367	E367G		nonsyn	gAG	gGT	273	3	0.010989	29372-29374
N	367	E367K		nonsyn	Gag	Aag	81	41	0.506173	29372-29374
N	367	E367K		nonsyn	GaG	AaA	81	40	0.493827	29372-29374
N	367	E367del		del	GAG	---	65	65	1	29372-29374
N	367	E367V		nonsyn	gAg	gTg	53	48	0.90566	29372-29374
N	367	E367V		nonsyn	gAG	gTA	53	3	0.0566038	29372-29374
N	367	E367V		nonsyn	gAG	gTT	53	2	0.0377358	29372-29374
N	367	E367A		nonsyn	gAg	gCg	50	41	0.82	29372-29374
N	367	E367A		nonsyn	gAG	gCA	50	6	0.12	29372-29374
N	367	E367A		nonsyn	gAG	gCC	50	2	0.04	29372-29374
N	367	E367A		nonsyn	gAG	gCT	50	1	0.02	29372-29374
N	367	E367X		nonsyn	Gag	Tag	35	22	0.628571	29372-29374
N	367	E367T		nonsyn	GAG	ACA	35	18	0.514286	29372-29374
N	367	E367X		nonsyn	GaG	TaA	35	13	0.371429	29372-29374
N	367	E367T		nonsyn	GAG	ACT	35	6	0.171429	29372-29374
N	367	E367T		nonsyn	GAG	ACC	35	6	0.171429	29372-29374
N	367	E367T		nonsyn	GAg	ACg	35	5	0.142857	29372-29374
N	367	E367I		nonsyn	GAG	ATA	32	17	0.53125	29372-29374
N	367	E367I		nonsyn	GAG	ATT	32	10	0.3125	29372-29374
N	367	E367I		nonsyn	GAG	ATC	32	5	0.15625	29372-29374
N	367	E367N		nonsyn	GaG	AaT	29	17	0.586207	29372-29374
N	367	E367N		nonsyn	GaG	AaC	29	12	0.413793	29372-29374
N	367	E367L		nonsyn	GAG	TTA	26	10	0.384615	29372-29374
N	367	E367L		nonsyn	GAG	CTA	26	6	0.230769	29372-29374
N	367	E367L		nonsyn	GAG	CTT	26	4	0.153846	29372-29374
N	367	E367L		nonsyn	GAg	TTg	26	4	0.153846	29372-29374
N	367	E367L		nonsyn	GAg	CTg	26	1	0.0384615	29372-29374
N	367	E367L		nonsyn	GAG	CTC	26	1	0.0384615	29372-29374
N	367	E367P		nonsyn	GAG	CCA	21	11	0.52381	29372-29374
N	367	E367P		nonsyn	GAG	CCC	21	4	0.190476	29372-29374
N	367	E367P		nonsyn	GAg	CCg	21	3	0.142857	29372-29374
N	367	E367P		nonsyn	GAG	CCT	21	3	0.142857	29372-29374
N	367	E367Y		nonsyn	GaG	TaC	14	7	0.5	29372-29374
N	367	E367Y		nonsyn	GaG	TaT	14	7	0.5	29372-29374
N	367	E367H		nonsyn	GaG	CaT	13	8	0.615385	29372-29374
N	367	E367H		nonsyn	GaG	CaC	13	5	0.384615	29372-29374
N	367	E367F		nonsyn	GAG	TTT	10	6	0.6	29372-29374
N	367	E367F		nonsyn	GAG	TTC	10	4	0.4	29372-29374
N	367	E367del2		del	gAG	g--	9	9	1	29372-29374
N	367	E367del1		del	Gag	-ag	8	3	0.375	29372-29374
N	367	E367del1		del	gAG	g-N	8	2	0.25	29372-29374
N	367	E367del1		del	GAG	-NN	8	2	0.25	29372-29374
N	367	E367del1		del	gAG	gG-	8	1	0.125	29372-29374
N	367	E367S		nonsyn	GAG	TCA	6	3	0.5	29372-29374
N	367	E367S		nonsyn	GAG	TCC	6	3	0.5	29372-29374
N	367	E367M		nonsyn	GAg	ATg	5	5	1	29372-29374
N	367	E367R		nonsyn	GAg	AGg	3	3	1	29372-29374
N	367	E367W		nonsyn	GAg	TGg	1	1	1	29372-29374

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	367	E367E	gaG	gaA	1974	1974	All	0.000378
N	367	E367D	gaG	gaT	752	777	All	0.000144
N	367	E367D	gaG	gaC	25	777	All	0.000005
N	367	E367Q	Gag	Cag	430	450	All	0.000082
N	367	E367Q	GaG	CaA	20	450	All	0.000004
N	367	E367E	gaG	gaA	421	421	B.1.2	0.003707
N	367	E367G	gAg	gGg	266	273	All	0.000051
N	367	E367G	gAG	gGA	4	273	All	0.000001
N	367	E367G	gAG	gGT	3	273	All	0.000001
N	367	E367E	gaG	gaA	237	237	B.1.1.7	0.000212
N	367	E367E	gaG	gaA	222	222	AY.9.1	0.018587
N	367	E367Q	Gag	Cag	156	174	B.1.1.7	0.00014
N	367	E367Q	GaG	CaA	18	174	B.1.1.7	0.000016
N	367	E367D	gaG	gaT	162	166	B.1.1.7	0.000145
N	367	E367D	gaG	gaC	4	166	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367Q	Gag	Cag	161	161	B.1.618	0.649194
N	367	E367D	gaG	gaT	148	148	B.1.617.2	0.000557
N	367	E367E	gaG	gaA	146	146	P.1	0.0023
N	367	E367D	gaG	gaT	133	133	B.1.556	1
N	367	E367E	gaG	gaA	92	92	AY.4	0.000143
N	367	E367G	gAg	gGg	91	91	B.1.36	0.013277
N	367	E367K	Gag	Aag	41	81	All	0.000008
N	367	E367K	GaG	AaA	40	81	All	0.000008
N	367	E367D	gaG	gaT	78	78	AY.35	0.018178
N	367	E367del	GAG	---	65	65	All	0.000012
N	367	E367E	gaG	gaA	62	62	B.1.617.2	0.000233
N	367	E367E	gaG	gaA	60	60	B.4.6	1
N	367	E367E	gaG	gaA	58	58	AY.103	0.00036
N	367	E367E	gaG	gaA	55	55	AY.43	0.000244
N	367	E367V	gAg	gTg	48	53	All	0.000009
N	367	E367V	gAG	gTA	3	53	All	0.000001
N	367	E367V	gAG	gTT	2	53	All	0
N	367	E367A	gAg	gCg	41	50	All	0.000008
N	367	E367A	gAG	gCA	6	50	All	0.000001
N	367	E367A	gAG	gCC	2	50	All	0
N	367	E367A	gAG	gCT	1	50	All	0
N	367	E367E	gaG	gaA	47	47	AY.44	0.000286
N	367	E367K	GaG	AaA	35	46	B.1.1.7	0.000031
N	367	E367K	Gag	Aag	11	46	B.1.1.7	0.00001
N	367	E367E	gaG	gaA	42	42	AY.100	0.001932
N	367	E367E	gaG	gaA	40	40	AY.3	0.000398
N	367	E367E	gaG	gaA	36	36	B.1	0.00033
N	367	E367X	Gag	Tag	22	35	All	0.000004
N	367	E367T	GAG	ACA	18	35	All	0.000003
N	367	E367X	GaG	TaA	13	35	All	0.000002
N	367	E367T	GAG	ACC	6	35	All	0.000001
N	367	E367T	GAG	ACT	6	35	All	0.000001
N	367	E367T	GAg	ACg	5	35	All	0.000001
N	367	E367E	gaG	gaA	34	34	AY.25	0.000205
N	367	E367E	gaG	gaA	33	33	B.1.1.377	0.04558
N	367	E367I	GAG	ATA	17	32	All	0.000003
N	367	E367I	GAG	ATT	10	32	All	0.000002
N	367	E367I	GAG	ATC	5	32	All	0.000001
N	367	E367T	GAG	ACA	16	31	B.1.1.7	0.000014
N	367	E367T	GAG	ACT	6	31	B.1.1.7	0.000005
N	367	E367T	GAg	ACg	5	31	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367T	GAG	ACC	4	31	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367I	GAG	ATA	16	30	B.1.1.7	0.000014
N	367	E367I	GAG	ATT	9	30	B.1.1.7	0.000008
N	367	E367I	GAG	ATC	5	30	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367N	GaG	AaT	17	29	All	0.000003
N	367	E367N	GaG	AaC	12	29	All	0.000002
N	367	E367L	GAG	TTA	10	26	All	0.000002
N	367	E367L	GAG	CTA	6	26	All	0.000001
N	367	E367L	GAg	TTg	4	26	All	0.000001
N	367	E367L	GAG	CTT	4	26	All	0.000001
N	367	E367L	GAg	CTg	1	26	All	0
N	367	E367L	GAG	CTC	1	26	All	0
N	367	E367N	GaG	AaT	16	26	B.1.1.7	0.000014
N	367	E367N	GaG	AaC	10	26	B.1.1.7	0.000009
N	367	E367E	gaG	gaA	25	25	AY.39	0.000618
N	367	E367D	gaG	gaT	25	25	AY.4	0.000039
N	367	E367L	GAG	TTA	10	24	B.1.1.7	0.000009
N	367	E367L	GAG	CTA	5	24	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367L	GAg	TTg	4	24	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367L	GAG	CTT	3	24	B.1.1.7	0.000003
N	367	E367L	GAg	CTg	1	24	B.1.1.7	0.000001
N	367	E367L	GAG	CTC	1	24	B.1.1.7	0.000001
N	367	E367D	gaG	gaT	22	22	AY.43	0.000097
N	367	E367P	GAG	CCA	11	21	All	0.000002
N	367	E367P	GAG	CCC	4	21	All	0.000001
N	367	E367P	GAG	CCT	3	21	All	0.000001
N	367	E367P	GAg	CCg	3	21	All	0.000001
N	367	E367E	gaG	gaA	21	21	B.1.1.284	0.002255
N	367	E367G	gAg	gGg	21	21	B.1.1.7	0.000019
N	367	E367P	GAG	CCA	11	21	B.1.1.7	0.00001
N	367	E367P	GAG	CCC	4	21	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367P	GAG	CCT	3	21	B.1.1.7	0.000003
N	367	E367P	GAg	CCg	3	21	B.1.1.7	0.000003
N	367	E367D	gaG	gaT	19	19	B.1.160	0.000593
N	367	E367E	gaG	gaA	19	19	B.1.221	0.00135
N	367	E367A	gAg	gCg	18	18	B.1.258	0.001198
N	367	E367Q	Gag	Cag	16	16	AY.43	0.000071
N	367	E367X	GaG	TaA	11	15	B.1.1.7	0.00001
N	367	E367X	Gag	Tag	4	15	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367E	gaG	gaA	15	15	B.1.177	0.000198
N	367	E367Y	GaG	TaC	7	14	All	0.000001
N	367	E367Y	GaG	TaT	7	14	All	0.000001
N	367	E367E	gaG	gaA	14	14	AY.119	0.000494
N	367	E367G	gAg	gGg	14	14	B.1.258	0.000932
N	367	E367Q	Gag	Cag	14	14	B.1.429	0.000329
N	367	E367G	gAg	gGg	14	14	C.1	0.033493
N	367	E367E	gaG	gaA	14	14	P.1.14	0.000669
N	367	E367H	GaG	CaT	8	13	All	0.000002
N	367	E367H	GaG	CaC	5	13	All	0.000001
N	367	E367E	gaG	gaA	12	12	B.1.1	0.000218
N	367	E367H	GaG	CaT	7	12	B.1.1.7	0.000006
N	367	E367H	GaG	CaC	5	12	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367G	gAg	gGg	12	12	B.1.149	0.041096
N	367	E367E	gaG	gaA	12	12	B.1.438.1	0.001287
N	367	E367E	gaG	gaA	12	12	B.1.596	0.001046
N	367	E367E	gaG	gaA	11	11	AY.26	0.000311
N	367	E367Q	Gag	Cag	11	11	AY.4.2	0.000239
N	367	E367A	gAg	gCg	7	11	B.1.1.7	0.000006
N	367	E367Y	GaG	TaT	6	11	B.1.1.7	0.000005
N	367	E367Y	GaG	TaC	5	11	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367A	gAG	gCA	3	11	B.1.1.7	0.000003
N	367	E367A	gAG	gCT	1	11	B.1.1.7	0.000001
N	367	E367D	gaG	gaT	11	11	B.1.177	0.000145
N	367	E367E	gaG	gaA	11	11	B.1.526	0.000259
N	367	E367del	GAG	---	11	11	B.1.621	0.000974
N	367	E367Q	Gag	Cag	11	11	P.1	0.000173
N	367	E367F	GAG	TTT	6	10	All	0.000001
N	367	E367F	GAG	TTC	4	10	All	0.000001
N	367	E367D	gaG	gaT	10	10	AY.102	0.000265
N	367	E367D	gaG	gaT	10	10	AY.118	0.000626
N	367	E367G	gAg	gGg	10	10	B.1	0.000092
N	367	E367E	gaG	gaA	10	10	B.1.1.519	0.000397
N	367	E367F	GAG	TTT	6	10	B.1.1.7	0.000005
N	367	E367F	GAG	TTC	4	10	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367D	gaG	gaT	5	10	B.1.2	0.000044
N	367	E367D	gaG	gaC	5	10	B.1.2	0.000044
N	367	E367V	gAg	gTg	10	10	C.1	0.023923
N	367	E367Q	Gag	Cag	9	9	A.2.5	0.004491
N	367	E367del2	gAG	g--	9	9	All	0.000002
N	367	E367E	gaG	gaA	9	9	AY.117	0.000761
N	367	E367V	gAg	gTg	4	9	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367V	gAG	gTA	3	9	B.1.1.7	0.000003
N	367	E367V	gAG	gTT	2	9	B.1.1.7	0.000002
N	367	E367D	gaG	gaT	9	9	B.1.177.12	0.001365
N	367	E367E	gaG	gaA	9	9	B.1.177.43	0.013294
N	367	E367G	gAg	gGg	9	9	B.1.2	0.000079
N	367	E367E	gaG	gaA	9	9	B.1.258	0.000599
N	367	E367E	gaG	gaA	9	9	B.1.351	0.000268
N	367	E367G	gAg	gGg	7	9	B.1.617.2	0.000026
N	367	E367G	gAG	gGA	1	9	B.1.617.2	0.000004
N	367	E367G	gAG	gGT	1	9	B.1.617.2	0.000004
N	367	E367del1	Gag	-ag	3	8	All	0.000001
N	367	E367del1	GAG	-NN	2	8	All	0
N	367	E367del1	gAG	g-N	2	8	All	0
N	367	E367del1	gAG	gG-	1	8	All	0
N	367	E367D	gaG	gaT	8	8	AY.44	0.000049
N	367	E367D	gaG	gaT	7	8	AY.9.2	0.000257
N	367	E367D	gaG	gaC	1	8	AY.9.2	0.000037
N	367	E367K	Gag	Aag	8	8	B.1	0.000073
N	367	E367del	GAG	---	8	8	B.1.1.7	0.000007
N	367	E367Q	Gag	Cag	8	8	B.1.621	0.000708
N	367	E367E	gaG	gaA	7	7	AY.102	0.000186
N	367	E367D	gaG	gaT	7	7	B.1.1	0.000127
N	367	E367G	gAg	gGg	7	7	B.1.243	0.000487
N	367	E367K	Gag	Aag	7	7	B.1.576	0.006346
N	367	E367E	gaG	gaA	7	7	C.37	0.000812
N	367	E367S	GAG	TCC	3	6	All	0.000001
N	367	E367S	GAG	TCA	3	6	All	0.000001
N	367	E367E	gaG	gaA	6	6	AY.5	0.000124
N	367	E367E	gaG	gaA	6	6	B.1.1.218	0.046154
N	367	E367E	gaG	gaA	6	6	B.1.1.37	0.001157
N	367	E367del	GAG	---	6	6	B.1.177	0.000079
N	367	E367G	gAg	gGg	4	6	B.1.617.1	0.000516
N	367	E367G	gAG	gGT	1	6	B.1.617.1	0.000129
N	367	E367G	gAG	gGA	1	6	B.1.617.1	0.000129
N	367	E367E	gaG	gaA	6	6	B.4	0.013245
N	367	E367M	GAg	ATg	5	5	All	0.000001
N	367	E367D	gaG	gaT	5	5	AY.16.1	0.00235
N	367	E367E	gaG	gaA	5	5	AY.46.4	0.000823
N	367	E367D	gaG	gaC	5	5	AY.9.1	0.000419
N	367	E367del	GAG	---	5	5	AY.92	0.001436
N	367	E367V	gAg	gTg	5	5	B.1	0.000046
N	367	E367del	GAG	---	5	5	B.1.1	0.000091
N	367	E367G	gAg	gGg	5	5	B.1.1	0.000091
N	367	E367K	Gag	Aag	5	5	B.1.1.372	0.003444
N	367	E367G	gAg	gGg	5	5	B.1.329	0.003038
N	367	E367Q	Gag	Cag	5	5	B.1.36.29	0.002587
N	367	E367E	gaG	gaA	5	5	B.1.564	0.002129
N	367	E367del	GAG	---	5	5	C.37	0.00058
N	367	E367G	gAg	gGg	5	5	C.37.1	0.013089
N	367	E367G	gAg	gGg	4	4	AY.103	0.000025
N	367	E367G	gAg	gGg	4	4	AY.43	0.000018
N	367	E367E	gaG	gaA	4	4	AY.98.1	0.000194
N	367	E367X	Gag	Tag	4	4	B.1	0.000037
N	367	E367del	GAG	---	4	4	B.1	0.000037
N	367	E367E	gaG	gaA	4	4	B.1.1.25	0.002274
N	367	E367V	gAg	gTg	4	4	B.1.1.448	0.00813
N	367	E367G	gAg	gGg	4	4	B.1.1.52	0.04878
N	367	E367M	GAg	ATg	4	4	B.1.1.7	0.000004
N	367	E367Q	Gag	Cag	4	4	B.1.160	0.000125
N	367	E367D	gaG	gaT	4	4	B.1.177.44	0.002076
N	367	E367A	gAg	gCg	4	4	B.1.177.83	0.005926
N	367	E367Q	Gag	Cag	4	4	B.1.2	0.000035
N	367	E367del1	Gag	-ag	2	4	B.1.2	0.000018
N	367	E367del1	GAG	-NN	1	4	B.1.2	0.000009
N	367	E367del1	gAG	g-N	1	4	B.1.2	0.000009
N	367	E367E	gaG	gaA	4	4	B.1.258.22	0.010667
N	367	E367E	gaG	gaA	4	4	B.1.470	0.005618
N	367	E367X	Gag	Tag	4	4	D.2	0.0003
N	367	E367D	gaG	gaC	2	4	D.2	0.00015
N	367	E367D	gaG	gaT	2	4	D.2	0.00015
N	367	E367D	gaG	gaT	4	4	Q.8	0.00066
N	367	E367R	GAg	AGg	3	3	All	0.000001
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	AY.117	0.000254
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	AY.13	0.000483
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	AY.26	0.000085
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	AY.3.1	0.000256
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	AY.33	0.0002
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	AY.48	0.001395
N	367	E367Q	Gag	Cag	3	3	AY.61	0.000314
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	AY.87	0.002498
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	AY.91	0.002191
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	AZ.2	0.002463
N	367	E367Q	Gag	Cag	3	3	B.1	0.000027
N	367	E367D	gaG	gaT	2	3	B.1	0.000018
N	367	E367D	gaG	gaC	1	3	B.1	0.000009
N	367	E367K	Gag	Aag	2	3	B.1.1	0.000036
N	367	E367K	GaG	AaA	1	3	B.1.1	0.000018
N	367	E367G	gAg	gGg	3	3	B.1.1.434	0.001046
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	B.1.1.519	0.000119
N	367	E367G	gAg	gGg	3	3	B.1.1.54	0.009063
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	B.1.234	0.000396
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	B.1.621	0.000266
N	367	E367V	gAg	gTg	3	3	C.16	0.003181
N	367	E367D	gaG	gaT	3	3	P.1	0.000047
N	367	E367E	gaG	gaA	3	3	P.1.7	0.000958
N	367	E367A	gAG	gCA	2	2		0.111111
N	367	E367del	GAG	---	2	2		0.111111
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2		0.111111
N	367	E367A	gAG	gCA	1	2	AY.102	0.000027
N	367	E367A	gAg	gCg	1	2	AY.102	0.000027
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	AY.103	0.000012
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	AY.108	0.002205
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.11	0.002677
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.120	0.000074
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	AY.19	0.002281
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	AY.23	0.000139
N	367	E367A	gAg	gCg	2	2	AY.25	0.000012
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	AY.25	0.000012
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	AY.25	0.000012
N	367	E367Q	GaG	CaA	1	2	AY.25	0.000006
N	367	E367I	GAG	ATA	1	2	AY.25	0.000006
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	2	AY.25	0.000006
N	367	E367L	GAG	CTT	1	2	AY.25	0.000006
N	367	E367I	GAG	ATT	1	2	AY.25	0.000006
N	367	E367L	GAG	CTA	1	2	AY.25	0.000006
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	AY.39	0.000049
N	367	E367D	gaG	gaT	1	2	AY.39.1	0.00004
N	367	E367D	gaG	gaC	1	2	AY.39.1	0.00004
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	AY.4	0.000003
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.42	0.00008
N	367	E367X	Gag	Tag	2	2	AY.43	0.000009
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	AY.44	0.000012
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.46.6	0.000144
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.47	0.000062
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	AY.5	0.000041
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.61	0.00021
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.74	0.000231
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	AY.75	0.000112
N	367	E367D	gaG	gaT	1	2	B	0.000128
N	367	E367D	gaG	gaC	1	2	B	0.000128
N	367	E367A	gAg	gCg	2	2	B.1	0.000018
N	367	E367R	GAg	AGg	2	2	B.1.1	0.000036
N	367	E367X	Gag	Tag	1	2	B.1.1	0.000018
N	367	E367S	GAG	TCA	1	2	B.1.1	0.000018
N	367	E367S	GAG	TCC	1	2	B.1.1	0.000018
N	367	E367X	GaG	TaA	1	2	B.1.1	0.000018
N	367	E367T	GAG	ACA	1	2	B.1.1	0.000018
N	367	E367T	GAG	ACC	1	2	B.1.1	0.000018
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.214	0.000111
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.28	0.000622
N	367	E367K	GaG	AaA	1	2	B.1.1.33	0.000421
N	367	E367K	Gag	Aag	1	2	B.1.1.33	0.000421
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.39	0.001019
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.398	0.006452
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.1.419	0.014815
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	B.1.1.448	0.004065
N	367	E367Q	Gag	Cag	2	2	B.1.1.519	0.000079
N	367	E367V	gAg	gTg	2	2	B.1.1.54	0.006042
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.1.63	0.000772
N	367	E367S	GAG	TCA	1	2	B.1.1.7	0.000001
N	367	E367S	GAG	TCC	1	2	B.1.1.7	0.000001
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	B.1.177	0.000026
N	367	E367X	Gag	Tag	2	2	B.1.2	0.000018
N	367	E367V	gAg	gTg	2	2	B.1.2	0.000018
N	367	E367del2	gAG	g--	2	2	B.1.2	0.000018
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.234	0.000264
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.243	0.000139
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.258.17	0.000208
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.351	0.000059
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	B.1.36	0.000292
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.367	0.001585
N	367	E367G	gAg	gGg	2	2	B.1.400	0.000858
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.427	0.000101
N	367	E367D	gaG	gaT	1	2	B.1.429	0.000024
N	367	E367D	gaG	gaC	1	2	B.1.429	0.000024
N	367	E367Q	Gag	Cag	2	2	B.1.582	0.000981
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	B.1.596	0.000174
N	367	E367D	gaG	gaC	2	2	B.1.617.1	0.000258
N	367	E367A	gAg	gCg	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	367	E367Q	Gag	Cag	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	367	E367del	GAG	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	367	E367del2	gAG	g--	2	2	C.37	0.000232
N	367	E367K	GaG	AaA	1	2	C.37	0.000116
N	367	E367K	Gag	Aag	1	2	C.37	0.000116
N	367	E367del	GAG	---	2	2	P.1	0.000032
N	367	E367T	GAG	ACA	1	2	P.1	0.000016
N	367	E367S	GAG	TCA	1	2	P.1	0.000016
N	367	E367T	GAG	ACC	1	2	P.1	0.000016
N	367	E367S	GAG	TCC	1	2	P.1	0.000016
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	P.1.2	0.002312
N	367	E367E	gaG	gaA	2	2	Q.1	0.000253
N	367	E367D	gaG	gaT	2	2	Q.3	0.00029
N	367	E367D	gaG	gaC	1	1	A.19	0.009434
N	367	E367X	Gag	Tag	1	1	A.2	0.000662
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	A.2	0.000662
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	A.2.4	0.003367
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	A.2.5	0.000499
N	367	E367W	GAg	TGg	1	1	All	0
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	AY.100	0.000046
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.100	0.000046
N	367	E367del	GAG	---	1	1	AY.101	0.00049
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	AY.103	0.000006
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.106	0.000335
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.106	0.000335
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.110	0.000113
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.113	0.000142
N	367	E367del	GAG	---	1	1	AY.114	0.000231
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.116	0.000287
N	367	E367del	GAG	---	1	1	AY.119	0.000035
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.119	0.000035
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	AY.120	0.000037
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.120	0.000037
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.121	0.000135
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.14	0.000088
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	AY.20	0.000039
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.23	0.00007
N	367	E367A	gAG	gCC	1	1	AY.23	0.00007
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.23	0.00007
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.23.1	0.000417
N	367	E367K	GaG	AaA	1	1	AY.25	0.000006
N	367	E367del2	gAG	g--	1	1	AY.25	0.000006
N	367	E367N	GaG	AaT	1	1	AY.25	0.000006
N	367	E367H	GaG	CaT	1	1	AY.25	0.000006
N	367	E367del	GAG	---	1	1	AY.25	0.000006
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.27	0.000065
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.28	0.00189
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.29	0.000016
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.29	0.000016
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.3	0.00001
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.3	0.00001
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.37	0.000316
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.38	0.000499
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.39	0.000025
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.39.1	0.00004
N	367	E367M	GAg	ATg	1	1	AY.4	0.000002
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.4.2.1	0.000149
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.4.3	0.000842
N	367	E367D	gaG	gaC	1	1	AY.42	0.00004
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	AY.43	0.000004
N	367	E367del	GAG	---	1	1	AY.43	0.000004
N	367	E367W	GAg	TGg	1	1	AY.43	0.000004
N	367	E367K	Gag	Aag	1	1	AY.44	0.000006
N	367	E367del1	Gag	-ag	1	1	AY.44	0.000006
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.45	0.000122
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.46	0.000104
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.46.2	0.000635
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.46.6	0.000072
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.46.6	0.000072
N	367	E367X	Gag	Tag	1	1	AY.5	0.000021
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.5.3	0.000337
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.5.3	0.000337
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.51	0.000909
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	AY.52	0.000814
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.52	0.000814
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.54	0.000095
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.59	0.00053
N	367	E367G	gAG	gGT	1	1	AY.61	0.000105
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.62	0.000436
N	367	E367A	gAg	gCg	1	1	AY.64	0.000595
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	AY.65	0.000533
N	367	E367del	GAG	---	1	1	AY.67	0.000464
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.73	0.000665
N	367	E367A	gAg	gCg	1	1	AY.73	0.000665
N	367	E367G	gAG	gGA	1	1	AY.75.1	0.00018
N	367	E367del2	gAG	g--	1	1	AY.84	0.000437
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	AY.9	0.000068
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	AY.9.2	0.000037
N	367	E367A	gAg	gCg	1	1	AY.9.2	0.000037
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	AY.92	0.000287
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B	0.000128
N	367	E367K	Gag	Aag	1	1	B	0.000128
N	367	E367Y	GaG	TaT	1	1	B.1	0.000009
N	367	E367Y	GaG	TaC	1	1	B.1.1	0.000018
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.1	0.000018
N	367	E367N	GaG	AaC	1	1	B.1.1	0.000018
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1	0.000018
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.1	0.000327
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.1	0.000327
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.117	0.009709
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.134	0.011364
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.163	0.007634
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.220	0.001859
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.222	0.000204
N	367	E367del2	gAG	g--	1	1	B.1.1.236	0.006897
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.241	0.00207
N	367	E367Q	GaG	CaA	1	1	B.1.1.27	0.00565
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.273	0.006757
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.273	0.006757
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.277	0.000759
N	367	E367X	Gag	Tag	1	1	B.1.1.28	0.000311
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.284	0.000107
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.289	0.002083
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.304	0.002809
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.318	0.000302
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.33	0.000421
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.361	0.045455
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.369	0.000446
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.372	0.000689
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.386	0.066667
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.416	0.000905
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.420	0.001006
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.434	0.000349
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.437	0.010417
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.459	0.015385
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.486	0.001577
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.50	0.000679
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.50	0.000679
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.52	0.012195
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.523	0.001563
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.53	0.013699
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.53	0.013699
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.72	0.030303
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.127	0.002198
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.160.16	0.000929
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.162	0.005025
N	367	E367del1	GAG	-NN	1	1	B.1.177	0.000013
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.16	0.000664
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.21	0.000076
N	367	E367del2	gAG	g--	1	1	B.1.177.62	0.001192
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.177.81	0.000189
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.81	0.000189
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.177.81	0.000189
N	367	E367K	Gag	Aag	1	1	B.1.2	0.000009
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.2	0.000009
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.221	0.000071
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.221	0.000071
N	367	E367A	gAg	gCg	1	1	B.1.239	0.001221
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.239	0.001221
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.240	0.000216
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.241	0.000812
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.241	0.000812
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.258.14	0.00098
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.258.19	0.007092
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.258.7	0.001912
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.260	0.003344
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.311	0.000275
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.351	0.00003
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.351	0.00003
N	367	E367A	gAg	gCg	1	1	B.1.351	0.00003
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.351.3	0.000876
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.356	0.001727
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.36.29	0.000517
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.36.31	0.001751
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.363	0.012987
N	367	E367X	Gag	Tag	1	1	B.1.398	0.002976
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.400	0.000429
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.415	0.014286
N	367	E367R	GAg	AGg	1	1	B.1.416	0.001269
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.427	0.00005
N	367	E367K	Gag	Aag	1	1	B.1.429	0.000024
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.429	0.000024
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.432	0.011236
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.451	0.008197
N	367	E367X	Gag	Tag	1	1	B.1.452	0.013699
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.466.2	0.000391
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.480	0.002488
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.499	0.00105
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.503	0.002488
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.526	0.000024
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.526	0.000024
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.526	0.000024
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.526	0.000024
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.533	0.009615
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.538	0.008065
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.564	0.000426
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.565	0.00081
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.575	0.000303
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.575	0.000303
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.576	0.000907
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.582	0.000491
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	B.1.595	0.000261
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.596	0.000087
N	367	E367K	Gag	Aag	1	1	B.1.596	0.000087
N	367	E367del1	gAG	g-N	1	1	B.1.596	0.000087
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.1.596	0.000087
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.599	0.00365
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.600	0.005848
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.609	0.000479
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
N	367	E367A	gAG	gCC	1	1	B.1.617.1	0.000129
N	367	E367G	gAG	gGA	1	1	B.1.617.3	0.002985
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.619.1	0.000641
N	367	E367V	gAg	gTg	1	1	B.1.621	0.000089
N	367	E367del2	gAG	g--	1	1	B.1.621.1	0.000506
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.1.623	0.000536
N	367	E367del1	gAG	gG-	1	1	B.1.628	0.000352
N	367	E367del	GAG	---	1	1	B.1.630	0.005236
N	367	E367K	Gag	Aag	1	1	B.1.637	0.000073
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	B.1.637	0.000073
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.11	0.005128
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	B.40	0.000364
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	B.40	0.000364
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	C.16	0.00106
N	367	E367G	gAg	gGg	1	1	C.37	0.000116
N	367	E367Y	GaG	TaC	1	1	P.1	0.000016
N	367	E367N	GaG	AaC	1	1	P.1	0.000016
N	367	E367K	GaG	AaA	1	1	P.1	0.000016
N	367	E367X	GaG	TaA	1	1	P.1	0.000016
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	P.1.10.1	0.00813
N	367	E367Q	Gag	Cag	1	1	P.1.12	0.000484
N	367	E367E	gaG	gaA	1	1	P.1.17	0.000162
N	367	E367D	gaG	gaT	1	1	P.2	0.000187

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.