CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 365

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	365	P365S		nonsyn	Cca	Tca	23495	23483	0.999489	29366-29368
N	365	P365S		nonsyn	CCA	AGC	23495	5	0.000212811	29366-29368
N	365	P365S		nonsyn	CCA	AGT	23495	4	0.000170249	29366-29368
N	365	P365S		nonsyn	CcA	TcC	23495	2	0.0000851245	29366-29368
N	365	P365S		nonsyn	CcA	TcG	23495	1	0.0000425622	29366-29368
N	365	P365L		nonsyn	cCa	cTa	11217	11050	0.985112	29366-29368
N	365	P365L		nonsyn	CCa	TTa	11217	154	0.0137292	29366-29368
N	365	P365L		nonsyn	cCA	cTT	11217	4	0.000356602	29366-29368
N	365	P365L		nonsyn	cCA	cTC	11217	4	0.000356602	29366-29368
N	365	P365L		nonsyn	cCA	cTG	11217	3	0.000267451	29366-29368
N	365	P365L		nonsyn	CCA	TTG	11217	2	0.000178301	29366-29368
N	365	P365P		syn	ccA	ccT	1300	1093	0.840769	29366-29368
N	365	P365P		syn	ccA	ccG	1300	155	0.119231	29366-29368
N	365	P365P		syn	ccA	ccC	1300	52	0.04	29366-29368
N	365	P365Q		nonsyn	cCa	cAa	454	448	0.986784	29366-29368
N	365	P365Q		nonsyn	cCA	cAG	454	6	0.0132159	29366-29368
N	365	P365R		nonsyn	cCa	cGa	179	157	0.877095	29366-29368
N	365	P365R		nonsyn	CCa	AGa	179	11	0.0614525	29366-29368
N	365	P365R		nonsyn	cCA	cGC	179	4	0.0223464	29366-29368
N	365	P365R		nonsyn	cCA	cGG	179	3	0.0167598	29366-29368
N	365	P365R		nonsyn	cCA	cGT	179	2	0.0111732	29366-29368
N	365	P365R		nonsyn	CCA	AGG	179	2	0.0111732	29366-29368
N	365	P365T		nonsyn	Cca	Aca	162	140	0.864198	29366-29368
N	365	P365T		nonsyn	CcA	AcT	162	10	0.0617284	29366-29368
N	365	P365T		nonsyn	CcA	AcC	162	8	0.0493827	29366-29368
N	365	P365T		nonsyn	CcA	AcG	162	4	0.0246914	29366-29368
N	365	P365K		nonsyn	CCa	AAa	71	63	0.887324	29366-29368
N	365	P365K		nonsyn	CCA	AAG	71	8	0.112676	29366-29368
N	365	P365del		del	CCA	---	57	57	1	29366-29368
N	365	P365A		nonsyn	Cca	Gca	41	35	0.853659	29366-29368
N	365	P365A		nonsyn	CcA	GcT	41	3	0.0731707	29366-29368
N	365	P365A		nonsyn	CcA	GcC	41	2	0.0487805	29366-29368
N	365	P365A		nonsyn	CcA	GcG	41	1	0.0243902	29366-29368
N	365	P365N		nonsyn	CCA	AAT	39	21	0.538462	29366-29368
N	365	P365N		nonsyn	CCA	AAC	39	18	0.461538	29366-29368
N	365	P365I		nonsyn	CCa	ATa	31	17	0.548387	29366-29368
N	365	P365I		nonsyn	CCA	ATT	31	10	0.322581	29366-29368
N	365	P365I		nonsyn	CCA	ATC	31	4	0.129032	29366-29368
N	365	P365H		nonsyn	cCA	cAT	24	13	0.541667	29366-29368
N	365	P365H		nonsyn	cCA	cAC	24	11	0.458333	29366-29368
N	365	P365E		nonsyn	CCa	GAa	17	15	0.882353	29366-29368
N	365	P365E		nonsyn	CCA	GAG	17	2	0.117647	29366-29368
N	365	P365X		nonsyn	CCa	TAa	15	10	0.666667	29366-29368
N	365	P365X		nonsyn	CCa	TGa	15	5	0.333333	29366-29368
N	365	P365V		nonsyn	CCa	GTa	13	7	0.538462	29366-29368
N	365	P365D		nonsyn	CCA	GAT	13	7	0.538462	29366-29368
N	365	P365D		nonsyn	CCA	GAC	13	6	0.461538	29366-29368
N	365	P365V		nonsyn	CCA	GTT	13	5	0.384615	29366-29368
N	365	P365V		nonsyn	CCA	GTC	13	1	0.0769231	29366-29368
N	365	P365Y		nonsyn	CCA	TAT	8	4	0.5	29366-29368
N	365	P365Y		nonsyn	CCA	TAC	8	4	0.5	29366-29368
N	365	P365F		nonsyn	CCA	TTT	4	3	0.75	29366-29368
N	365	P365C		nonsyn	CCA	TGC	4	3	0.75	29366-29368
N	365	P365del1		del	ccA	cc-	4	3	0.75	29366-29368
N	365	P365F		nonsyn	CCA	TTC	4	1	0.25	29366-29368
N	365	P365C		nonsyn	CCA	TGT	4	1	0.25	29366-29368
N	365	P365del1		del	Cca	-ca	4	1	0.25	29366-29368
N	365	P365M		nonsyn	CCA	ATG	3	3	1	29366-29368
N	365	P365G		nonsyn	CCa	GGa	2	2	1	29366-29368
N	365	P365del2		del	cCA	c--	2	1	0.5	29366-29368
N	365	P365del2		del	CCa	--a	2	1	0.5	29366-29368
N	365	P365W		nonsyn	CCA	TGG	1	1	1	29366-29368

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	365	P365S	Cca	Tca	23483	23495	All	0.004491
N	365	P365S	CCA	AGC	5	23495	All	0.000001
N	365	P365S	CCA	AGT	4	23495	All	0.000001
N	365	P365S	CcA	TcC	2	23495	All	0
N	365	P365S	CcA	TcG	1	23495	All	0
N	365	P365L	cCa	cTa	11050	11217	All	0.002113
N	365	P365L	CCa	TTa	154	11217	All	0.000029
N	365	P365L	cCA	cTC	4	11217	All	0.000001
N	365	P365L	cCA	cTT	4	11217	All	0.000001
N	365	P365L	cCA	cTG	3	11217	All	0.000001
N	365	P365L	CCA	TTG	2	11217	All	0
N	365	P365S	Cca	Tca	6485	6485	B.1.177	0.085392
N	365	P365S	Cca	Tca	6016	6016	B.1.177.12	0.912621
N	365	P365L	cCa	cTa	4001	4001	AY.4	0.006227
N	365	P365L	cCa	cTa	1895	1912	B.1.1.7	0.001696
N	365	P365L	CCa	TTa	6	1912	B.1.1.7	0.000005
N	365	P365L	cCA	cTC	4	1912	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365L	cCA	cTT	3	1912	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365L	cCA	cTG	2	1912	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365L	CCA	TTG	2	1912	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365S	Cca	Tca	1574	1574	A.2.5	0.785429
N	365	P365P	ccA	ccT	1093	1300	All	0.000209
N	365	P365P	ccA	ccG	155	1300	All	0.00003
N	365	P365P	ccA	ccC	52	1300	All	0.00001
N	365	P365L	cCa	cTa	1215	1215	AY.5	0.025089
N	365	P365S	Cca	Tca	1213	1213	B.1.177.35	0.838286
N	365	P365S	Cca	Tca	1035	1035	B.1.177.42	0.92576
N	365	P365S	Cca	Tca	943	943	B.1.177.44	0.489362
N	365	P365S	Cca	Tca	879	888	B.1.1.7	0.000787
N	365	P365S	CCA	AGT	4	888	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365S	CCA	AGC	4	888	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365S	CcA	TcG	1	888	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365P	ccA	ccT	780	780	AU.1	0.987342
N	365	P365L	cCa	cTa	665	667	AY.25	0.004
N	365	P365L	CCa	TTa	2	667	AY.25	0.000012
N	365	P365S	Cca	Tca	585	585	B.1.177.11	0.993209
N	365	P365S	Cca	Tca	563	563	B.1.177.33	0.925987
N	365	P365S	Cca	Tca	499	499	A.2.5.2	0.784591
N	365	P365Q	cCa	cAa	448	454	All	0.000086
N	365	P365Q	cCA	cAG	6	454	All	0.000001
N	365	P365S	Cca	Tca	405	405	AY.4	0.00063
N	365	P365S	Cca	Tca	390	390	B.1.177.41	0.975
N	365	P365L	cCa	cTa	355	355	B.1.617.2	0.001337
N	365	P365L	cCa	cTa	330	330	AY.44	0.002009
N	365	P365S	Cca	Tca	324	324	B.1.177.43	0.478582
N	365	P365L	cCa	cTa	213	239	B.1.177	0.002805
N	365	P365L	CCa	TTa	26	239	B.1.177	0.000342
N	365	P365L	cCa	cTa	205	205	AY.51	0.186364
N	365	P365L	cCa	cTa	184	184	B.1.2	0.00162
N	365	P365Q	cCa	cAa	180	180	AY.53	0.051754
N	365	P365S	Cca	Tca	179	179	A.2.5.1	0.860577
N	365	P365R	cCa	cGa	157	179	All	0.00003
N	365	P365R	CCa	AGa	11	179	All	0.000002
N	365	P365R	cCA	cGC	4	179	All	0.000001
N	365	P365R	cCA	cGG	3	179	All	0.000001
N	365	P365R	cCA	cGT	2	179	All	0
N	365	P365R	CCA	AGG	2	179	All	0
N	365	P365S	Cca	Tca	173	173	B.1.177.40	0.891753
N	365	P365T	Cca	Aca	140	162	All	0.000027
N	365	P365T	CcA	AcT	10	162	All	0.000002
N	365	P365T	CcA	AcC	8	162	All	0.000002
N	365	P365T	CcA	AcG	4	162	All	0.000001
N	365	P365S	Cca	Tca	159	159	B.1.1	0.002884
N	365	P365S	Cca	Tca	156	158	B.1	0.001429
N	365	P365S	CcA	TcC	2	158	B.1	0.000018
N	365	P365Q	cCa	cAa	131	131	AY.4	0.000204
N	365	P365P	ccA	ccG	59	129	B.1.1.7	0.000053
N	365	P365P	ccA	ccC	36	129	B.1.1.7	0.000032
N	365	P365P	ccA	ccT	34	129	B.1.1.7	0.00003
N	365	P365R	cCa	cGa	120	120	B.1.1.170	0.149626
N	365	P365L	cCa	cTa	118	118	AY.20	0.004586
N	365	P365S	Cca	Tca	112	112	AY.3	0.001114
N	365	P365L	cCa	cTa	104	104	AY.103	0.000646
N	365	P365S	Cca	Tca	103	103	B.1.617.2	0.000388
N	365	P365S	Cca	Tca	95	95	AY.9.2	0.003489
N	365	P365S	Cca	Tca	90	90	B.1.177.38	0.9375
N	365	P365P	ccA	ccT	86	86	B.1.427	0.004343
N	365	P365S	Cca	Tca	83	83	AY.43	0.000368
N	365	P365T	Cca	Aca	76	83	B.1.1.7	0.000068
N	365	P365T	CcA	AcG	3	83	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365T	CcA	AcC	2	83	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365T	CcA	AcT	2	83	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365L	cCa	cTa	80	80	B.1.526	0.00188
N	365	P365S	Cca	Tca	78	78	A.2.5.3	0.804124
N	365	P365S	Cca	Tca	77	77	AY.25	0.000463
N	365	P365L	cCa	cTa	76	77	AY.3	0.000756
N	365	P365L	CCa	TTa	1	77	AY.3	0.00001
N	365	P365L	cCa	cTa	73	74	AY.43	0.000323
N	365	P365L	cCA	cTG	1	74	AY.43	0.000004
N	365	P365K	CCa	AAa	63	71	All	0.000012
N	365	P365K	CCA	AAG	8	71	All	0.000002
N	365	P365P	ccA	ccT	61	71	AY.4	0.000095
N	365	P365P	ccA	ccG	9	71	AY.4	0.000014
N	365	P365P	ccA	ccC	1	71	AY.4	0.000002
N	365	P365L	cCa	cTa	70	70	B.1.637	0.005115
N	365	P365L	CCa	TTa	69	69	B.1.177.35	0.047685
N	365	P365S	Cca	Tca	69	69	B.1.429	0.001623
N	365	P365L	cCa	cTa	67	67	B.1.1.222	0.013668
N	365	P365S	Cca	Tca	66	66	B.1.2	0.000581
N	365	P365S	Cca	Tca	65	65	AY.44	0.000396
N	365	P365S	Cca	Tca	62	62	B.1.177.36	1
N	365	P365S	Cca	Tca	60	60	B.1.177.39	0.923077
N	365	P365L	cCa	cTa	58	58	B.1.351	0.001724
N	365	P365L	cCa	cTa	58	58	P.1	0.000914
N	365	P365del	CCA	---	57	57	All	0.000011
N	365	P365L	cCa	cTa	53	53	AY.4.2	0.00115
N	365	P365Q	cCa	cAa	47	52	B.1.1.7	0.000042
N	365	P365Q	cCA	cAG	5	52	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365L	cCa	cTa	51	51	AY.26	0.001444
N	365	P365L	cCa	cTa	49	49	AY.118	0.00307
N	365	P365L	cCa	cTa	49	49	AY.39	0.001211
N	365	P365S	Cca	Tca	46	46	B.1.160.30	0.136905
N	365	P365L	CCa	TTa	37	46	B.1.221	0.002628
N	365	P365L	cCa	cTa	9	46	B.1.221	0.000639
N	365	P365L	cCa	cTa	46	46	B.1.429	0.001082
N	365	P365A	Cca	Gca	35	41	All	0.000007
N	365	P365A	CcA	GcT	3	41	All	0.000001
N	365	P365A	CcA	GcC	2	41	All	0
N	365	P365A	CcA	GcG	1	41	All	0
N	365	P365L	cCa	cTa	40	41	B.1	0.000366
N	365	P365L	CCa	TTa	1	41	B.1	0.000009
N	365	P365L	cCa	cTa	41	41	B.1.1.25	0.023309
N	365	P365K	CCa	AAa	34	41	B.1.1.7	0.00003
N	365	P365K	CCA	AAG	7	41	B.1.1.7	0.000006
N	365	P365S	Cca	Tca	40	41	P.1	0.00063
N	365	P365S	CCA	AGC	1	41	P.1	0.000016
N	365	P365S	Cca	Tca	40	40	AY.103	0.000248
N	365	P365L	cCa	cTa	40	40	B.1.1.338	0.689655
N	365	P365N	CCA	AAT	21	39	All	0.000004
N	365	P365N	CCA	AAC	18	39	All	0.000003
N	365	P365L	cCa	cTa	39	39	B.1.1.28	0.012138
N	365	P365L	cCa	cTa	38	38	B.1.1	0.000689
N	365	P365L	cCa	cTa	34	34	AY.29	0.000536
N	365	P365L	cCa	cTa	33	34	B.1.627	0.066667
N	365	P365L	CCa	TTa	1	34	B.1.627	0.00202
N	365	P365T	Cca	Aca	25	33	B.1	0.000229
N	365	P365T	CcA	AcT	4	33	B.1	0.000037
N	365	P365T	CcA	AcC	4	33	B.1	0.000037
N	365	P365S	Cca	Tca	33	33	B.1.177.37	0.891892
N	365	P365I	CCa	ATa	17	31	All	0.000003
N	365	P365I	CCA	ATT	10	31	All	0.000002
N	365	P365I	CCA	ATC	4	31	All	0.000001
N	365	P365Q	cCa	cAa	30	30	B.1	0.000275
N	365	P365S	Cca	Tca	29	29	B.1.427	0.001464
N	365	P365L	cCa	cTa	28	28	AY.39.1	0.001109
N	365	P365S	Cca	Tca	28	28	B.1.282	0.41791
N	365	P365L	cCa	cTa	28	28	Q.1	0.003537
N	365	P365R	CCa	AGa	10	27	B.1.1.7	0.000009
N	365	P365R	cCa	cGa	7	27	B.1.1.7	0.000006
N	365	P365R	cCA	cGC	3	27	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365R	cCA	cGG	3	27	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365R	cCA	cGT	2	27	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365R	CCA	AGG	2	27	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365I	CCa	ATa	14	26	B.1.1.7	0.000013
N	365	P365I	CCA	ATT	8	26	B.1.1.7	0.000007
N	365	P365I	CCA	ATC	4	26	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365S	Cca	Tca	26	26	B.1.177.57	0.007305
N	365	P365N	CCA	AAT	13	25	B.1.1.7	0.000012
N	365	P365N	CCA	AAC	12	25	B.1.1.7	0.000011
N	365	P365L	cCa	cTa	25	25	B.1.596.1	0.233645
N	365	P365H	cCA	cAT	13	24	All	0.000002
N	365	P365H	cCA	cAC	11	24	All	0.000002
N	365	P365L	cCa	cTa	24	24	AY.102	0.000636
N	365	P365S	Cca	Tca	23	23	B.1.36	0.003356
N	365	P365P	ccA	ccT	15	22	B.1	0.000137
N	365	P365P	ccA	ccC	4	22	B.1	0.000037
N	365	P365P	ccA	ccG	3	22	B.1	0.000027
N	365	P365P	ccA	ccT	20	21	AY.6	0.000823
N	365	P365P	ccA	ccG	1	21	AY.6	0.000041
N	365	P365L	cCa	cTa	19	19	AY.109	0.014053
N	365	P365K	CCa	AAa	18	18	B.1	0.000165
N	365	P365E	CCa	GAa	15	17	All	0.000003
N	365	P365E	CCA	GAG	2	17	All	0
N	365	P365L	cCa	cTa	17	17	AY.9.2	0.000624
N	365	P365S	Cca	Tca	17	17	B.1.1.519	0.000675
N	365	P365L	cCa	cTa	17	17	B.1.1.519	0.000675
N	365	P365L	cCa	cTa	17	17	B.1.237	0.084577
N	365	P365S	Cca	Tca	17	17	P.1.15	0.00395
N	365	P365S	Cca	Tca	16	16	B.1.1.420	0.016097
N	365	P365A	Cca	Gca	14	16	B.1.1.7	0.000013
N	365	P365A	CcA	GcT	1	16	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365A	CcA	GcC	1	16	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365S	Cca	Tca	16	16	B.1.177.34	0.842105
N	365	P365L	cCa	cTa	16	16	B.1.234	0.002111
N	365	P365X	CCa	TAa	10	15	All	0.000002
N	365	P365X	CCa	TGa	5	15	All	0.000001
N	365	P365S	Cca	Tca	15	15	B.1.351	0.000446
N	365	P365S	Cca	Tca	14	14	AY.39	0.000346
N	365	P365S	Cca	Tca	14	14	B	0.001789
N	365	P365L	cCa	cTa	14	14	B.1.160	0.000437
N	365	P365L	cCa	cTa	14	14	P.1.14	0.000669
N	365	P365D	CCA	GAT	7	13	All	0.000001
N	365	P365V	CCa	GTa	7	13	All	0.000001
N	365	P365D	CCA	GAC	6	13	All	0.000001
N	365	P365V	CCA	GTT	5	13	All	0.000001
N	365	P365V	CCA	GTC	1	13	All	0
N	365	P365L	cCa	cTa	13	13	AY.100	0.000598
N	365	P365L	cCa	cTa	13	13	AY.75	0.000728
N	365	P365L	cCa	cTa	13	13	B.1.1.307	0.032911
N	365	P365L	cCa	cTa	13	13	B.1.1.316	0.012026
N	365	P365S	Cca	Tca	13	13	B.1.160	0.000405
N	365	P365S	Cca	Tca	13	13	B.1.177.6	0.012695
N	365	P365S	Cca	Tca	13	13	B.1.526	0.000306
N	365	P365P	ccA	ccT	11	13	B.1.617.2	0.000041
N	365	P365P	ccA	ccG	2	13	B.1.617.2	0.000008
N	365	P365L	cCa	cTa	12	13	C.37	0.001393
N	365	P365L	cCA	cTT	1	13	C.37	0.000116
N	365	P365L	cCa	cTa	12	12	AY.119	0.000424
N	365	P365S	Cca	Tca	12	12	AY.120	0.000446
N	365	P365L	cCa	cTa	12	12	AY.42	0.000483
N	365	P365S	Cca	Tca	12	12	AY.54	0.001144
N	365	P365E	CCa	GAa	11	12	B.1.1.7	0.00001
N	365	P365E	CCA	GAG	1	12	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365P	ccA	ccT	6	12	B.1.2	0.000053
N	365	P365P	ccA	ccG	5	12	B.1.2	0.000044
N	365	P365P	ccA	ccC	1	12	B.1.2	0.000009
N	365	P365L	cCa	cTa	12	12	P.2	0.00224
N	365	P365L	cCa	cTa	11	11	AY.33	0.000735
N	365	P365S	Cca	Tca	11	11	AY.4.2	0.000239
N	365	P365S	Cca	Tca	11	11	AY.5	0.000227
N	365	P365H	cCA	cAT	6	11	B.1.1.7	0.000005
N	365	P365H	cCA	cAC	5	11	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365S	Cca	Tca	11	11	B.1.177.75	0.011446
N	365	P365S	Cca	Tca	11	11	B.1.525	0.001245
N	365	P365del	CCA	---	11	11	B.1.621	0.000974
N	365	P365L	cCa	cTa	10	10	AM.4	0.035714
N	365	P365S	Cca	Tca	10	10	AY.102	0.000265
N	365	P365L	cCa	cTa	10	10	AY.120	0.000372
N	365	P365P	ccA	ccG	6	10	AY.44	0.000037
N	365	P365P	ccA	ccT	3	10	AY.44	0.000018
N	365	P365P	ccA	ccC	1	10	AY.44	0.000006
N	365	P365P	ccA	ccG	9	10	B.1.1	0.000163
N	365	P365P	ccA	ccT	1	10	B.1.1	0.000018
N	365	P365S	Cca	Tca	10	10	B.1.1.277	0.007587
N	365	P365L	cCa	cTa	10	10	B.1.1.33	0.004209
N	365	P365X	CCa	TAa	6	10	B.1.1.7	0.000005
N	365	P365V	CCa	GTa	5	10	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365X	CCa	TGa	4	10	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365V	CCA	GTT	4	10	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365V	CCA	GTC	1	10	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365L	cCa	cTa	10	10	B.1.525	0.001132
N	365	P365L	cCa	cTa	10	10	B.1.621	0.000885
N	365	P365S	Cca	Tca	9	9	AY.29	0.000142
N	365	P365S	Cca	Tca	9	9	AY.46.4	0.001481
N	365	P365L	cCa	cTa	9	9	AY.98	0.000711
N	365	P365D	CCA	GAC	5	9	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365D	CCA	GAT	4	9	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365S	Cca	Tca	9	9	B.1.258	0.000599
N	365	P365S	Cca	Tca	9	9	B.1.388	0.818182
N	365	P365P	ccA	ccT	8	9	B.1.466.2	0.00313
N	365	P365P	ccA	ccG	1	9	B.1.466.2	0.000391
N	365	P365S	Cca	Tca	9	9	B.1.517	0.003843
N	365	P365L	CCa	TTa	7	8	A.2.5	0.003493
N	365	P365L	cCa	cTa	1	8	A.2.5	0.000499
N	365	P365Y	CCA	TAC	4	8	All	0.000001
N	365	P365Y	CCA	TAT	4	8	All	0.000001
N	365	P365P	ccA	ccG	5	8	AY.3	0.00005
N	365	P365P	ccA	ccT	3	8	AY.3	0.00003
N	365	P365L	cCa	cTa	8	8	AY.37	0.002528
N	365	P365Q	cCa	cAa	8	8	AY.44	0.000049
N	365	P365H	cCA	cAT	4	8	B.1	0.000037
N	365	P365N	CCA	AAT	4	8	B.1	0.000037
N	365	P365N	CCA	AAC	4	8	B.1	0.000037
N	365	P365H	cCA	cAC	4	8	B.1	0.000037
N	365	P365S	Cca	Tca	8	8	B.1.1.433	0.011396
N	365	P365del	CCA	---	8	8	B.1.1.7	0.000007
N	365	P365S	Cca	Tca	8	8	B.1.177.9	0.010652
N	365	P365L	cCa	cTa	8	8	B.1.258	0.000532
N	365	P365L	cCa	cTa	8	8	B.1.427	0.000404
N	365	P365P	ccA	ccT	8	8	B.1.429	0.000188
N	365	P365L	cCa	cTa	8	8	D.2	0.0006
N	365	P365P	ccA	ccT	5	8	P.1	0.000079
N	365	P365P	ccA	ccG	2	8	P.1	0.000032
N	365	P365P	ccA	ccC	1	8	P.1	0.000016
N	365	P365S	Cca	Tca	7	7	AY.104	0.013889
N	365	P365S	Cca	Tca	7	7	AY.92	0.002011
N	365	P365L	cCa	cTa	7	7	B.1.1.63	0.002701
N	365	P365P	ccA	ccG	7	7	B.1.234	0.000924
N	365	P365S	Cca	Tca	7	7	B.1.503	0.017413
N	365	P365L	cCa	cTa	7	7	B.1.517	0.002989
N	365	P365L	cCa	cTa	6	6	A.1	0.001691
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	AY.100	0.000276
N	365	P365P	ccA	ccT	5	6	AY.20	0.000194
N	365	P365P	ccA	ccG	1	6	AY.20	0.000039
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	AY.26	0.00017
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	AY.39.1	0.000238
N	365	P365L	cCa	cTa	6	6	AY.61	0.000629
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	AY.9	0.000406
N	365	P365R	cCa	cGa	6	6	B.1	0.000055
N	365	P365L	cCa	cTa	6	6	B.1.1.1	0.00196
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.372	0.004132
N	365	P365Y	CCA	TAT	4	6	B.1.1.7	0.000004
N	365	P365Y	CCA	TAC	2	6	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	B.1.160.32	0.025751
N	365	P365del	CCA	---	6	6	B.1.177	0.000079
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	B.1.243	0.000418
N	365	P365L	cCa	cTa	6	6	B.1.243	0.000418
N	365	P365L	cCa	cTa	6	6	B.1.36	0.000875
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	B.1.375	0.004918
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	B.1.416.1	0.009375
N	365	P365L	cCa	cTa	6	6	B.1.595	0.001566
N	365	P365S	Cca	Tca	6	6	C.36	0.005464
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	AY.10	0.00265
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	AY.111	0.000916
N	365	P365L	cCa	cTa	5	5	AY.113	0.000712
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	AY.119	0.000177
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	AY.20	0.000194
N	365	P365L	cCa	cTa	5	5	AY.23	0.000349
N	365	P365L	cCa	cTa	5	5	AY.41	0.00147
N	365	P365P	ccA	ccT	2	5	AY.43	0.000009
N	365	P365P	ccA	ccG	2	5	AY.43	0.000009
N	365	P365P	ccA	ccC	1	5	AY.43	0.000004
N	365	P365del	CCA	---	5	5	AY.92	0.001436
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	AY.98.1	0.000242
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	AY.99.2	0.000461
N	365	P365A	Cca	Gca	4	5	B.1	0.000037
N	365	P365A	CcA	GcT	1	5	B.1	0.000009
N	365	P365del	CCA	---	5	5	B.1.1	0.000091
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	B.1.1.214	0.000277
N	365	P365P	ccA	ccG	5	5	B.1.1.519	0.000199
N	365	P365L	cCa	cTa	5	5	B.1.258.17	0.00052
N	365	P365L	cCa	cTa	5	5	B.1.265	0.006353
N	365	P365L	cCa	cTa	5	5	B.1.456	0.01634
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	B.1.621	0.000443
N	365	P365S	Cca	Tca	5	5	R.1	0.00045
N	365	P365C	CCA	TGC	3	4	All	0.000001
N	365	P365F	CCA	TTT	3	4	All	0.000001
N	365	P365del1	ccA	cc-	3	4	All	0.000001
N	365	P365C	CCA	TGT	1	4	All	0
N	365	P365del1	Cca	-ca	1	4	All	0
N	365	P365F	CCA	TTC	1	4	All	0
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	AY.113	0.00057
N	365	P365L	cCa	cTa	4	4	AY.114	0.000924
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	AY.121	0.000541
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	AY.23	0.000279
N	365	P365Q	cCa	cAa	4	4	AY.3	0.00004
N	365	P365Q	cCa	cAa	4	4	AY.39	0.000099
N	365	P365L	cCa	cTa	4	4	AY.6	0.000165
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.198	0.005874
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.273	0.027027
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.318	0.001207
N	365	P365L	cCa	cTa	4	4	B.1.1.39	0.002039
N	365	P365C	CCA	TGC	3	4	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365F	CCA	TTT	3	4	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365F	CCA	TTC	1	4	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365C	CCA	TGT	1	4	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365R	cCa	cGa	4	4	B.1.177	0.000053
N	365	P365P	ccA	ccT	3	4	B.1.177	0.00004
N	365	P365P	ccA	ccG	1	4	B.1.177	0.000013
N	365	P365L	cCa	cTa	4	4	B.1.177.20	0.00607
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.177.21	0.000306
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.177.31	0.045977
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.177.86	0.000734
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.221	0.000284
N	365	P365L	cCa	cTa	4	4	B.1.459	0.016327
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	B.1.466.2	0.001565
N	365	P365P	ccA	ccG	4	4	B.1.595	0.001044
N	365	P365T	Cca	Aca	4	4	B.1.617.2	0.000015
N	365	P365L	cCa	cTa	4	4	C.36.3	0.002269
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	D.2	0.0003
N	365	P365S	Cca	Tca	4	4	P.1.12	0.001936
N	365	P365M	CCA	ATG	3	3	All	0.000001
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	AY.117	0.000254
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	AY.118	0.000188
N	365	P365Q	cCa	cAa	3	3	AY.119	0.000106
N	365	P365P	ccA	ccG	2	3	AY.120	0.000074
N	365	P365P	ccA	ccT	1	3	AY.120	0.000037
N	365	P365Q	cCa	cAa	3	3	AY.25	0.000018
N	365	P365P	ccA	ccT	2	3	AY.25	0.000012
N	365	P365P	ccA	ccG	1	3	AY.25	0.000006
N	365	P365Q	cCa	cAa	3	3	AY.26	0.000085
N	365	P365P	ccA	ccG	2	3	AY.33	0.000134
N	365	P365P	ccA	ccT	1	3	AY.33	0.000067
N	365	P365R	cCa	cGa	3	3	AY.34	0.000291
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.36	0.000445
N	365	P365Q	cCa	cAa	3	3	AY.4.2	0.000065
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	AY.4.3	0.002525
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.45	0.000365
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	AY.45	0.000365
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.46	0.000312
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.47	0.000093
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	AY.57	0.001969
N	365	P365P	ccA	ccG	3	3	AY.61	0.000314
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.74	0.000347
N	365	P365Q	cCa	cAa	3	3	AY.75	0.000168
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.86	0.00249
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AY.99.2	0.000276
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	AZ.5	0.010526
N	365	P365X	CCa	TAa	3	3	B.1	0.000027
N	365	P365del	CCA	---	3	3	B.1	0.000027
N	365	P365Q	cCa	cAa	3	3	B.1.1	0.000054
N	365	P365T	Cca	Aca	2	3	B.1.1	0.000036
N	365	P365T	CcA	AcT	1	3	B.1.1	0.000018
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.216	0.002671
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.28	0.000934
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.306	0.001315
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.317	0.001235
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.318	0.000905
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.1.374	0.007126
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.389	0.018182
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.39	0.001529
N	365	P365M	CCA	ATG	3	3	B.1.1.7	0.000003
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.110.3	0.002155
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.160.14	0.006356
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.15	0.001893
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.177.17	0.002463
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.57	0.000843
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.177.73	0.001699
N	365	P365P	ccA	ccC	3	3	B.1.177.81	0.000568
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.177.86	0.00055
N	365	P365T	Cca	Aca	2	3	B.1.2	0.000018
N	365	P365A	Cca	Gca	2	3	B.1.2	0.000018
N	365	P365A	CcA	GcC	1	3	B.1.2	0.000009
N	365	P365T	CcA	AcC	1	3	B.1.2	0.000009
N	365	P365T	CcA	AcT	1	3	B.1.221	0.000071
N	365	P365T	CcA	AcG	1	3	B.1.221	0.000071
N	365	P365A	CcA	GcG	1	3	B.1.221	0.000071
N	365	P365T	Cca	Aca	1	3	B.1.221	0.000071
N	365	P365A	Cca	Gca	1	3	B.1.221	0.000071
N	365	P365A	CcA	GcT	1	3	B.1.221	0.000071
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.240	0.000647
N	365	P365P	ccA	ccT	3	3	B.1.243	0.000209
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.258.14	0.002941
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.258.17	0.000312
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.311	0.000824
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.332	0.01049
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.36.18	0.001261
N	365	P365P	ccA	ccT	3	3	B.1.459	0.012245
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.495	0.027273
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	B.1.506	0.071429
N	365	P365R	cCa	cGa	3	3	B.1.526	0.000071
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.561	0.001191
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.596	0.000261
N	365	P365T	Cca	Aca	3	3	B.1.617.1	0.000387
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	B.1.623	0.001609
N	365	P365P	ccA	ccT	3	3	B.1.637	0.000219
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	C.37	0.000348
N	365	P365P	ccA	ccG	3	3	N.9	0.017857
N	365	P365A	Cca	Gca	3	3	P.1	0.000047
N	365	P365R	cCa	cGa	1	3	P.1	0.000016
N	365	P365R	CCa	AGa	1	3	P.1	0.000016
N	365	P365R	cCA	cGC	1	3	P.1	0.000016
N	365	P365S	Cca	Tca	3	3	P.1.14	0.000143
N	365	P365L	cCa	cTa	3	3	Q.4	0.001364
N	365	P365P	ccA	ccC	2	2		0.111111
N	365	P365A	Cca	Gca	2	2		0.111111
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	A.23.1	0.001408
N	365	P365G	CCa	GGa	2	2	All	0
N	365	P365del2	cCA	c--	1	2	All	0
N	365	P365del2	CCa	--a	1	2	All	0
N	365	P365P	ccA	ccG	2	2	AY.102	0.000053
N	365	P365Q	cCa	cAa	2	2	AY.103	0.000012
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.110	0.000225
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.111	0.000366
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.114	0.000462
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.117	0.000169
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.13	0.000322
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.14	0.000176
N	365	P365I	CCa	ATa	1	2	AY.25	0.000006
N	365	P365I	CCA	ATT	1	2	AY.25	0.000006
N	365	P365V	CCA	GTT	1	2	AY.25	0.000006
N	365	P365V	CCa	GTa	1	2	AY.25	0.000006
N	365	P365P	ccA	ccT	2	2	AY.26	0.000057
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.27	0.000129
N	365	P365T	Cca	Aca	2	2	AY.29	0.000032
N	365	P365T	Cca	Aca	2	2	AY.3	0.00002
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.3.1	0.000171
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.3.1	0.000171
N	365	P365P	ccA	ccG	1	2	AY.39	0.000025
N	365	P365P	ccA	ccT	1	2	AY.39	0.000025
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.4.2.1	0.000298
N	365	P365T	Cca	Aca	2	2	AY.43	0.000009
N	365	P365T	Cca	Aca	2	2	AY.44	0.000012
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.46	0.000208
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.46.2	0.001271
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.48	0.00093
N	365	P365P	ccA	ccT	2	2	AY.53	0.000575
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.54	0.000191
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.63	0.000774
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.7.1	0.000225
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.71	0.00095
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.75	0.000112
N	365	P365P	ccA	ccG	2	2	AY.79	0.002421
N	365	P365R	cCa	cGa	2	2	AY.9.1	0.000167
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.9.1	0.000167
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	AY.98	0.000158
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	AY.98.1	0.000097
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B	0.000256
N	365	P365Y	CCA	TAC	2	2	B.1	0.000018
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.176	0.000879
N	365	P365T	Cca	Aca	2	2	B.1.1.192	0.004619
N	365	P365P	ccA	ccG	2	2	B.1.1.222	0.000408
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.282	0.023256
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.284	0.000215
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.303	0.005525
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.348	0.001592
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.348	0.001592
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.354	0.008772
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.432	0.002532
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.1.486	0.003155
N	365	P365G	CCa	GGa	2	2	B.1.1.7	0.000002
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.116	0.023256
N	365	P365P	ccA	ccG	1	2	B.1.160	0.000031
N	365	P365P	ccA	ccT	1	2	B.1.160	0.000031
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.160.10	0.016129
N	365	P365L	CCa	TTa	2	2	B.1.177.12	0.000303
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.3	0.015267
N	365	P365L	CCa	TTa	2	2	B.1.177.42	0.001789
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.45	0.000762
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.5	0.002484
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.52	0.003515
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.65	0.001331
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.179	0.007519
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.199	0.008264
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.206	0.001631
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.214.2	0.001199
N	365	P365P	ccA	ccG	2	2	B.1.218	0.010309
N	365	P365K	CCa	AAa	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365K	CCA	AAG	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365E	CCa	GAa	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365Q	cCA	cAG	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365P	ccA	ccG	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365E	CCA	GAG	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365P	ccA	ccT	1	2	B.1.221	0.000071
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.239	0.002442
N	365	P365P	ccA	ccT	2	2	B.1.260	0.006689
N	365	P365P	ccA	ccT	2	2	B.1.311	0.000549
N	365	P365T	Cca	Aca	2	2	B.1.351	0.000059
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.36.29	0.001035
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.36.39	0.004435
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.36.7	0.008
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.36.8	0.002
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.39	0.007812
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.400	0.000858
N	365	P365T	CcA	AcT	1	2	B.1.417	0.028571
N	365	P365T	Cca	Aca	1	2	B.1.417	0.028571
N	365	P365del	CCA	---	2	2	B.1.427	0.000101
N	365	P365del	CCA	---	2	2	B.1.438.1	0.000215
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.465	0.007605
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.466.2	0.000782
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.469	0.00722
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.524	0.002813
N	365	P365P	ccA	ccG	1	2	B.1.526	0.000024
N	365	P365P	ccA	ccT	1	2	B.1.526	0.000024
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.570	0.005882
N	365	P365P	ccA	ccG	2	2	B.1.588	0.00182
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.595	0.000522
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.596	0.000174
N	365	P365P	ccA	ccT	2	2	B.1.596	0.000174
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.617.1	0.000258
N	365	P365Q	cCa	cAa	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	B.1.628	0.000705
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	B.1.638	0.105263
N	365	P365I	CCA	ATT	1	2	C.37	0.000116
N	365	P365I	CCa	ATa	1	2	C.37	0.000116
N	365	P365T	Cca	Aca	1	2	C.37	0.000116
N	365	P365T	CcA	AcT	1	2	C.37	0.000116
N	365	P365del	CCA	---	2	2	P.1	0.000032
N	365	P365T	CcA	AcC	1	2	P.1	0.000016
N	365	P365T	Cca	Aca	1	2	P.1	0.000016
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	P.1.12	0.000968
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	P.1.16	0.000748
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	P.1.17	0.000324
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	P.2	0.000373
N	365	P365S	Cca	Tca	2	2	Q.8	0.00033
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	Q.8	0.00033
N	365	P365L	cCa	cTa	2	2	R.1	0.00018
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	A	0.000387
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	A.1	0.000282
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	A.1	0.000282
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	A.1	0.000282
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	A.2	0.000662
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	A.2.5	0.000499
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	A.27	0.001656
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AD.2	0.000219
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AD.2	0.000219
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AE.8	0.000489
N	365	P365W	CCA	TGG	1	1	All	0
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AW.1	0.003049
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.1	0.000396
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.10	0.00053
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.100	0.000046
N	365	P365V	CCa	GTa	1	1	AY.103	0.000006
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	AY.103	0.000006
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	AY.103	0.000006
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	AY.103	0.000006
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.106	0.000335
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	AY.106	0.000335
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.106	0.000335
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.108	0.001103
N	365	P365del	CCA	---	1	1	AY.114	0.000231
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.116	0.000287
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.116	0.000287
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	AY.119	0.000035
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.12	0.000316
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.121	0.000135
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.14	0.000088
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	AY.14	0.000088
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.16	0.00038
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.20	0.000039
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	AY.20	0.000039
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	AY.23	0.00007
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.23.1	0.000417
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.24	0.000431
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.24	0.000431
N	365	P365E	CCa	GAa	1	1	AY.25	0.000006
N	365	P365D	CCA	GAT	1	1	AY.25	0.000006
N	365	P365N	CCA	AAT	1	1	AY.25	0.000006
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	AY.25	0.000006
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	AY.26	0.000028
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	AY.26	0.000028
N	365	P365del	CCA	---	1	1	AY.26	0.000028
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.27	0.000065
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	AY.29	0.000016
N	365	P365del1	ccA	cc-	1	1	AY.3	0.00001
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	AY.3.1	0.000085
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.30	0.000396
N	365	P365P	ccA	ccC	1	1	AY.30	0.000396
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.33	0.000067
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.34	0.000097
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.34	0.000097
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.34.1	0.00051
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.35	0.000233
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.35	0.000233
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.38	0.000499
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	AY.39.1	0.00004
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	AY.39.1	0.00004
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	AY.4	0.000002
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	AY.4	0.000002
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	AY.4	0.000002
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	AY.4.2	0.000022
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.4.4	0.000409
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.4.5	0.000107
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.4.5	0.000107
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.43	0.000004
N	365	P365del	CCA	---	1	1	AY.43	0.000004
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	AY.44	0.000006
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.46.1	0.001027
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.46.2	0.000635
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	AY.46.4	0.000165
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.46.6	0.000072
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.46.6	0.000072
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	AY.47	0.000031
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.47	0.000031
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.49	0.003195
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.49	0.003195
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.5.4	0.000277
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.5.4	0.000277
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.51	0.000909
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	AY.53	0.000288
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.55	0.000917
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.59	0.00053
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.59	0.00053
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.6	0.000041
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.61	0.000105
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.62	0.000436
N	365	P365del	CCA	---	1	1	AY.67	0.000464
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.7	0.000196
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.7	0.000196
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.70	0.000209
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.71	0.000475
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.72	0.001361
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.74	0.000116
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	AY.75	0.000056
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.75.1	0.00018
N	365	P365del	CCA	---	1	1	AY.78	0.001541
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.78	0.001541
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.84	0.000437
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.9.1	0.000084
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	AY.9.2	0.000037
N	365	P365P	ccA	ccC	1	1	AY.9.2	0.000037
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.91	0.00073
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.91	0.00073
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	AY.92	0.000287
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.96	0.002075
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	AY.99	0.001049
N	365	P365D	CCA	GAT	1	1	B.1	0.000009
N	365	P365E	CCa	GAa	1	1	B.1	0.000009
N	365	P365del2	cCA	c--	1	1	B.1	0.000009
N	365	P365I	CCa	ATa	1	1	B.1	0.000009
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	B.1.1	0.000018
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.1	0.000018
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	B.1.1	0.000018
N	365	P365N	CCA	AAT	1	1	B.1.1	0.000018
N	365	P365H	cCA	cAT	1	1	B.1.1	0.000018
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.125	0.010204
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.137	0.0125
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.153	0.001095
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.157	0.000913
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.189	0.001513
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.220	0.001859
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.225	0.007194
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.244	0.015385
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.1.25	0.000569
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.1.253	0.002506
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.254	0.011236
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.263	0.001558
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.265	0.003155
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.269	0.001353
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.27	0.00565
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.1.28	0.000311
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.294	0.001266
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.299	0.012195
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.301	0.001179
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.302	0.002075
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.304	0.002809
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.315	0.008475
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.33	0.000421
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.1.33	0.000421
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.369	0.000446
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.1.37	0.000193
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.37	0.000193
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.385	0.004464
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.398	0.003226
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.416	0.000905
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.46	0.004367
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.482	0.023256
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.513	0.012346
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.521	0.005348
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.523	0.001563
N	365	P365W	CCA	TGG	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.83	0.00271
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.104	0.00369
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.147	0.000756
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.157	0.002985
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.160	0.000031
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.160	0.000031
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.160	0.000031
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.162	0.005025
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.170	0.00431
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.177	0.000013
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.177	0.000013
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.177	0.000013
N	365	P365X	CCa	TAa	1	1	B.1.177	0.000013
N	365	P365del2	CCa	--a	1	1	B.1.177	0.000013
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.16	0.000664
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.17	0.000821
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.23	0.003236
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.4	0.000211
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	B.1.177.4	0.000211
N	365	P365del1	ccA	cc-	1	1	B.1.177.45	0.000381
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.5	0.001242
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.50	0.004695
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.6	0.000977
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.65	0.000665
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.72	0.00339
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.177.73	0.000566
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.177.77	0.000726
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.81	0.000189
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.177.84	0.006667
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.179	0.003759
N	365	P365D	CCA	GAC	1	1	B.1.2	0.000009
N	365	P365H	cCA	cAC	1	1	B.1.2	0.000009
N	365	P365N	CCA	AAC	1	1	B.1.2	0.000009
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.2	0.000009
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.2	0.000009
N	365	P365E	CCa	GAa	1	1	B.1.2	0.000009
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.206	0.000816
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.210	0.002132
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.214.2	0.0006
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.221	0.000071
N	365	P365N	CCA	AAT	1	1	B.1.221	0.000071
N	365	P365H	cCA	cAT	1	1	B.1.221	0.000071
N	365	P365D	CCA	GAT	1	1	B.1.221	0.000071
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.221.3	0.000833
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.222	0.001692
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.222	0.001692
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.234	0.000132
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.240	0.000216
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.243	0.00007
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	B.1.243	0.00007
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.258	0.000067
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.258.11	0.000396
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.258.21	0.007752
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.258.4	0.003448
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.260	0.003344
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.265	0.001271
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.298	0.002114
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	B.1.306	0.005714
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.338	0.008621
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.349	0.000715
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.349	0.000715
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	B.1.351	0.00003
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.351.2	0.000303
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	B.1.351.2	0.000303
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.351.3	0.000876
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.36	0.000146
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.1	0.00114
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.18	0.00042
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.22	0.001208
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.22	0.001208
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.35	0.002604
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.36	0.000602
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.37	0.002778
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.36.38	0.001642
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.36.8	0.001
N	365	P365del1	Cca	-ca	1	1	B.1.36.8	0.001
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.360	0.012658
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.362	0.001541
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.367	0.000792
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.371	0.001122
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.371	0.001122
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.396	0.000706
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.415	0.014286
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.417	0.028571
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.417	0.028571
N	365	P365N	CCA	AAT	1	1	B.1.417	0.028571
N	365	P365H	cCA	cAT	1	1	B.1.417	0.028571
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.417	0.028571
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.429	0.000024
N	365	P365T	Cca	Aca	1	1	B.1.437	0.020833
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	B.1.437	0.020833
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.437	0.020833
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.462	0.007246
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.462	0.007246
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.469	0.00361
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	B.1.470	0.001404
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.471	0.002732
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.478	0.011765
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.497	0.000315
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.509	0.000866
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	B.1.525	0.000113
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.526	0.000024
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.540	0.009709
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.561	0.000397
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.565	0.00081
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.575	0.000303
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.575.1	0.002439
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.576	0.000907
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.577	0.000687
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.577	0.000687
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.585	0.027778
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.593	0.01087
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	B.1.596	0.000087
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.597	0.00463
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.606	0.006024
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.609	0.000479
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	B.1.609	0.000479
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.617.3	0.002985
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.619	0.000871
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.619.1	0.000641
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.621.1	0.000506
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.621.1	0.000506
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.623	0.000536
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.627	0.00202
N	365	P365del	CCA	---	1	1	B.1.630	0.005236
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.1.636	0.006711
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	B.1.9	0.006173
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	B.1.9.5	0.005682
N	365	P365R	cCa	cGa	1	1	B.55	0.00295
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	B.55	0.00295
N	365	P365X	CCa	TGa	1	1	B.55	0.00295
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	C.1.2	0.004255
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	C.35	0.000774
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	C.35	0.000774
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	C.36	0.000911
N	365	P365A	Cca	Gca	1	1	C.36.3	0.000567
N	365	P365P	ccA	ccT	1	1	C.37	0.000116
N	365	P365del1	ccA	cc-	1	1	C.37	0.000116
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	D.2	0.000075
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	D.3	0.005917
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	N.5	0.001767
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	N.9	0.005952
N	365	P365N	CCA	AAC	1	1	P.1	0.000016
N	365	P365K	CCa	AAa	1	1	P.1	0.000016
N	365	P365H	cCA	cAC	1	1	P.1	0.000016
N	365	P365Q	cCa	cAa	1	1	P.1	0.000016
N	365	P365P	ccA	ccG	1	1	P.1.15	0.000232
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	P.1.4	0.000977
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	P.1.9	0.004808
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	P.3	0.001595
N	365	P365L	cCa	cTa	1	1	Q.3	0.000145
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	W.1	0.008696
N	365	P365S	Cca	Tca	1	1	W.3	0.005263

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.