CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 33 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	33	S33I		nonsyn	aGt	aTt	3038	3038	1	28370-28372

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	33	S33I	aGt	aTt	3038	3038	All	0.000581
N	33	S33I	aGt	aTt	731	731	W.4	0.987838
N	33	S33I	aGt	aTt	301	301	AY.4	0.000468
N	33	S33I	aGt	aTt	268	268	B.1.1.7	0.00024
N	33	S33I	aGt	aTt	189	189	B.1.617.2	0.000712
N	33	S33I	aGt	aTt	130	130	B.1.120	1
N	33	S33I	aGt	aTt	111	111	AY.43	0.000492
N	33	S33I	aGt	aTt	78	78	B.1.526	0.001833
N	33	S33I	aGt	aTt	74	74	AY.3	0.000736
N	33	S33I	aGt	aTt	63	63	AY.117	0.005325
N	33	S33I	aGt	aTt	53	53	AY.44	0.000323
N	33	S33I	aGt	aTt	49	49	AY.20	0.001904
N	33	S33I	aGt	aTt	46	46	B.1	0.000421
N	33	S33I	aGt	aTt	42	42	B.1.2	0.00037
N	33	S33I	aGt	aTt	38	38	AY.103	0.000236
N	33	S33I	aGt	aTt	37	37	AY.98.1	0.001792
N	33	S33I	aGt	aTt	36	36	B.1.160	0.001123
N	33	S33I	aGt	aTt	36	36	B.1.160.30	0.107143
N	33	S33I	aGt	aTt	33	33	AY.102	0.000875
N	33	S33I	aGt	aTt	33	33	AY.26	0.000934
N	33	S33I	aGt	aTt	33	33	AY.9.2	0.001212
N	33	S33I	aGt	aTt	31	31	AY.25	0.000186
N	33	S33I	aGt	aTt	27	27	AY.14	0.002376
N	33	S33I	aGt	aTt	27	27	B.1.351	0.000803
N	33	S33I	aGt	aTt	26	26	AY.23	0.001813
N	33	S33I	aGt	aTt	21	21	P.1	0.000331
N	33	S33I	aGt	aTt	20	20	AY.99	0.020986
N	33	S33I	aGt	aTt	19	19	AY.46.6	0.001372
N	33	S33I	aGt	aTt	17	17	B.1.1	0.000308
N	33	S33I	aGt	aTt	16	16	AY.42	0.000644
N	33	S33I	aGt	aTt	16	16	P.1.17	0.002588
N	33	S33I	aGt	aTt	15	15	B.1.509	0.012987
N	33	S33I	aGt	aTt	14	14	AY.29	0.000221
N	33	S33I	aGt	aTt	14	14	B.1.177	0.000184
N	33	S33I	aGt	aTt	13	13	AY.39	0.000321
N	33	S33I	aGt	aTt	12	12	AY.119	0.000424
N	33	S33I	aGt	aTt	11	11	AY.34	0.001067
N	33	S33I	aGt	aTt	11	11	B.1.1.410	0.407407
N	33	S33I	aGt	aTt	11	11	B.1.258	0.000732
N	33	S33I	aGt	aTt	11	11	B.1.36.17	0.005435
N	33	S33I	aGt	aTt	10	10	AY.98	0.00079
N	33	S33I	aGt	aTt	9	9	B.1.389	0.009018
N	33	S33I	aGt	aTt	9	9	B.1.429	0.000212
N	33	S33I	aGt	aTt	8	8	AY.113	0.001139
N	33	S33I	aGt	aTt	8	8	B.1.1.519	0.000318
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	AY.100	0.000322
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	AY.111	0.001282
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	AY.33	0.000467
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	AY.4.2	0.000152
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	AY.47	0.000218
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	B.1.1.214	0.000388
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	B.1.177.53	0.016746
N	33	S33I	aGt	aTt	7	7	B.1.621	0.00062
N	33	S33I	aGt	aTt	6	6	B.1.1.28	0.001867
N	33	S33I	aGt	aTt	6	6	B.1.1.306	0.00263
N	33	S33I	aGt	aTt	6	6	B.1.243	0.000418
N	33	S33I	aGt	aTt	6	6	B.1.628	0.002114
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	AY.39.1	0.000198
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	AY.92	0.001436
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	B.1.1.517	0.034014
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	B.1.1.523	0.007812
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	B.1.177.79	0.01171
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	B.1.396	0.003529
N	33	S33I	aGt	aTt	5	5	P.2	0.000933
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	AY.118	0.000251
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	AY.45	0.000487
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	AY.46.4	0.000658
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	AY.9	0.00027
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	B	0.000511
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	B.1.1.51	0.006873
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	B.1.240	0.000862
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	B.1.596	0.000349
N	33	S33I	aGt	aTt	4	4	B.1.617.1	0.000516
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	AY.38	0.001498
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	AY.5	0.000062
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	AY.5.3	0.001012
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	AY.75	0.000168
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	AY.75.1	0.000541
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	AY.84	0.001312
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.37	0.000579
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.432	0.003797
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.36	0.000438
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.36.36	0.001806
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.427	0.000151
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.524	0.004219
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	B.1.530	0.021429
N	33	S33I	aGt	aTt	3	3	C.36	0.002732
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	AY.101	0.000981
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	AY.120.2.1	0.000997
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	AY.5.4	0.000553
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	AY.69	0.000373
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	AY.9.1	0.000167
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	AY.90	0.001369
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.220	0.003717
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.253	0.005013
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.63	0.000772
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.86	0.071429
N	33	S33I	aGt	aTt	2	2	B.1.177.81	0.000379
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	A	0.000387
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	A.2.5	0.000499
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.106	0.000335
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.107	0.000466
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.110	0.000113
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.13	0.000161
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.3.1	0.000085
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.39.2	0.001541
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.40	0.000964
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.46	0.000104
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.55	0.000917
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.61	0.000105
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.68	0.000274
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.7.1	0.000113
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.7.2	0.000559
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.73	0.000665
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.74	0.000116
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.78	0.001541
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.91	0.00073
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.93	0.000273
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	AY.99.2	0.000092
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.128	0.007092
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.174	0.003378
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.25	0.000569
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.262	0.015152
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.284	0.000107
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.294	0.001266
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.311	0.000358
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.317	0.000412
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.326	0.001761
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.336	0.016667
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.372	0.000689
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.39	0.00051
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.428	0.009434
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.434	0.000349
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.50	0.000679
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.110.3	0.000718
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.157	0.002985
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.160.23	0.004831
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.43	0.001477
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.75	0.001041
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.214.2	0.0006
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.232	0.000537
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.258.17	0.000104
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.320	0.001245
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.324	0.001605
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.36.29	0.000517
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.443	0.004673
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.462	0.007246
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.466.2	0.000391
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.525	0.000113
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.561	0.000397
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.575.1	0.002439
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.595	0.000261
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.1.634	0.003425
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.28	0.003279
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	B.3.1	0.001658
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	C.14	0.004329
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	C.36.3	0.000567
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	D.2	0.000075
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	P.1.12	0.000484
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	Q.1	0.000126
N	33	S33I	aGt	aTt	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.