CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 322

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
N322M322InonsynatGatT222813030.58482929237-29239
N322M322InonsynatGatA22288020.35996429237-29239
N322M322InonsynatGatC22281230.055206529237-29239
N322M322VnonsynAtgGtg646646129237-29239
N322M322TnonsynaTgaCg2122100.99056629237-29239
N322M322TnonsynaTGaCA21220.0094339629237-29239
N322M322LnonsynAtgTtg1711540.90058529237-29239
N322M322LnonsynAtgCtg171150.087719329237-29239
N322M322LnonsynAtGCtC17110.0058479529237-29239
N322M322LnonsynAtGCtT17110.0058479529237-29239
N322M322KnonsynaTgaAg2222129237-29239
N322M322deldelATG---1818129237-29239
N322M322RnonsynaTgaGg980.88888929237-29239
N322M322RnonsynaTGaGA910.11111129237-29239
N322M322del1delatGat-640.66666729237-29239
N322M322del1delAtg-tg610.16666729237-29239
N322M322del1delaTga-g610.16666729237-29239
N322M322SnonsynaTGaGC210.529237-29239
N322M322SnonsynATgTCg210.529237-29239
N322M322FnonsynAtGTtC210.529237-29239
N322M322FnonsynAtGTtT210.529237-29239
N322M322NnonsynaTGaAT11129237-29239
N322M322XnonsynATGTGA11129237-29239

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
N322M322IatGatT13032228All0.000249
N322M322IatGatA8022228All0.000153
N322M322IatGatC1232228All0.000024
N322M322VAtgGtg646646All0.000124
N322M322IatGatT418419AY.430.001852
N322M322IatGatA1419AY.430.000004
N322M322IatGatA242406B.1.1.70.000217
N322M322IatGatT158406B.1.1.70.000141
N322M322IatGatC6406B.1.1.70.000005
N322M322VAtgGtg244244AY.1030.001515
N322M322IatGatT210233AY.40.000327
N322M322IatGatA19233AY.40.00003
N322M322IatGatC4233AY.40.000006
N322M322TaTgaCg210212All0.00004
N322M322TaTGaCA2212All0
N322M322LAtgTtg154171All0.000029
N322M322LAtgCtg15171All0.000003
N322M322LAtGCtT1171All0
N322M322LAtGCtC1171All0
N322M322IatGatA131131B.1.1.2360.903448
N322M322VAtgGtg118118B.1.1.70.000106
N322M322IatGatT76104B.1.617.20.000286
N322M322IatGatA25104B.1.617.20.000094
N322M322IatGatC3104B.1.617.20.000011
N322M322IatGatC7989AY.450.009613
N322M322IatGatA989AY.450.001095
N322M322IatGatT189AY.450.000122
N322M322IatGatA7073B.1.1600.002183
N322M322IatGatT373B.1.1600.000094
N322M322TaTgaCg6666AY.1030.00041
N322M322VAtgGtg6161AY.40.000095
N322M322IatGatT5661P.10.000882
N322M322IatGatA561P.10.000079
N322M322IatGatA4355B.10.000394
N322M322IatGatT1255B.10.00011
N322M322IatGatT3346B.1.10.000599
N322M322IatGatA1246B.1.10.000218
N322M322IatGatC146B.1.10.000018
N322M322IatGatT2840AY.1030.000174
N322M322IatGatA1240AY.1030.000075
N322M322LAtgTtg3939AY.430.000173
N322M322TaTgaCg3838AY.40.000059
N322M322VAtgGtg2828AY.440.00017
N322M322TaTgaCg2828B.1.1.70.000025
N322M322IatGatT1328B.1.20.000114
N322M322IatGatA828B.1.20.00007
N322M322IatGatC728B.1.20.000062
N322M322LAtgTtg2727P.20.005039
N322M322IatGatA2626B.1.36.220.031401
N322M322IatGatT2525B.1.1.370.004822
N322M322IatGatT2325B.1.1770.000303
N322M322IatGatA125B.1.1770.000013
N322M322IatGatC125B.1.1770.000013
N322M322IatGatA2224AY.30.000219
N322M322IatGatT224AY.30.00002
N322M322IatGatA2223AY.1200.000818
N322M322IatGatT123AY.1200.000037
N322M322KaTgaAg2222All0.000004
N322M322VAtgGtg2121B.1.20.000185
N322M322VAtgGtg2020AY.690.003733
N322M322delATG---1818All0.000003
N322M322IatGatT1018AY.230.000697
N322M322IatGatC818AY.230.000558
N322M322IatGatT1218AY.250.000072
N322M322IatGatA618AY.250.000036
N322M322IatGatT817AY.440.000049
N322M322IatGatA717AY.440.000043
N322M322IatGatC217AY.440.000012
N322M322LAtgTtg1717B.1.617.20.000064
N322M322IatGatT1616B.1.1.10.005227
N322M322VAtgGtg1616B.1.617.20.00006
N322M322LAtgTtg1515AY.1030.000093
N322M322VAtgGtg1313AY.750.000728
N322M322IatGatT1313P.1.40.012695
N322M322IatGatT1212B.1.160.310.096774
N322M322IatGatT1011AY.390.000247
N322M322IatGatA111AY.390.000025
N322M322IatGatT1111B.1.1.630.004244
N322M322IatGatA1111P.1.150.002556
N322M322IatGatA611Q.10.000758
N322M322IatGatC511Q.10.000632
N322M322VAtgGtg1010AY.130.00161
N322M322IatGatA610AY.260.00017
N322M322IatGatT310AY.260.000085
N322M322IatGatC110AY.260.000028
N322M322LAtgTtg1010AY.40.000016
N322M322IatGatT1010B.1.2580.000665
N322M322RaTgaGg89All0.000002
N322M322RaTGaGA19All0
N322M322IatGatA99AY.610.000943
N322M322VAtgGtg99B.1.10.000163
N322M322VAtgGtg99B.1.1.3220.078947
N322M322KaTgaAg99B.1.1.70.000008
N322M322IatGatT59B.1.4270.000252
N322M322IatGatA49B.1.4270.000202
N322M322VAtgGtg88AY.250.000048
N322M322TaTgaCg88AY.250.000048
N322M322IatGatA58AY.4.20.000108
N322M322IatGatT38AY.4.20.000065
N322M322IatGatA88B.1.351.20.002421
N322M322IatGatA78B.1.6210.00062
N322M322IatGatT18B.1.6210.000089
N322M322LAtgTtg57B.1.1.70.000004
N322M322LAtgCtg27B.1.1.70.000002
N322M322IatGatT47B.1.4290.000094
N322M322IatGatA37B.1.4290.000071
N322M322del1atGat-46All0.000001
N322M322del1Atg-tg16All0
N322M322del1aTga-g16All0
N322M322VAtgGtg66AY.1070.002796
N322M322VAtgGtg66AY.200.000233
N322M322IatGatA56AY.290.000079
N322M322IatGatT16AY.290.000016
N322M322VAtgGtg66AY.420.000241
N322M322IatGatT66AY.540.000572
N322M322TaTgaCg66AY.60.000247
N322M322IatGatT66B.1.1.5190.000238
N322M322IatGatA56B.1.2430.000348
N322M322IatGatT16B.1.2430.00007
N322M322TaTgaCg66B.1.617.20.000023
N322M322VAtgGtg66C.370.000696
N322M322IatGatT55AY.1210.000677
N322M322TaTgaCg55AY.430.000022
N322M322IatGatA55AY.470.000156
N322M322IatGatT55AY.99.20.000461
N322M322RaTgaGg55B.1.1.70.000004
N322M322TaTgaCg55B.1.20.000044
N322M322VAtgGtg55B.1.360.00073
N322M322IatGatC240.111111
N322M322IatGatT240.111111
N322M322TaTgaCg44AY.390.000099
N322M322VAtgGtg44AY.430.000018
N322M322LAtgTtg44AY.46.60.000289
N322M322IatGatA24AY.50.000041
N322M322IatGatT24AY.50.000041
N322M322LAtgCtg24AY.50.000041
N322M322LAtgTtg24AY.50.000041
N322M322IatGatA44AY.75.10.000721
N322M322IatGatA44B.1.1.1890.006051
N322M322IatGatT44B.1.1.390.002039
N322M322IatGatT44B.1.2210.000284
N322M322LAtgTtg24P.10.000032
N322M322LAtgCtg24P.10.000032
N322M322IatGatT24P.20.000373
N322M322IatGatA14P.20.000187
N322M322IatGatC14P.20.000187
N322M322KaTgaAg330.166667
N322M322LAtGCtC130.055556
N322M322LAtgCtg130.055556
N322M322LAtGCtT130.055556
N322M322TaTgaCg33AY.100.00159
N322M322IatGatT23AY.1020.000053
N322M322IatGatA13AY.1020.000027
N322M322TaTgaCg33AY.1110.000549
N322M322IatGatA33AY.1160.00086
N322M322IatGatA33AY.1180.000188
N322M322TaTgaCg33AY.30.00003
N322M322KaTgaAg33AY.430.000013
N322M322KaTgaAg33AY.440.000018
N322M322VAtgGtg33AY.50.000062
N322M322IatGatT33AY.510.002727
N322M322IatGatT33AY.820.004071
N322M322LAtgTtg33AY.850.001282
N322M322TaTGaCA23AY.9.20.000073
N322M322TaTgaCg13AY.9.20.000037
N322M322LAtgCtg23AY.920.000575
N322M322LAtgTtg13AY.920.000287
N322M322IatGatA33B.1.1.2160.002671
N322M322IatGatT33B.1.1.2800.009259
N322M322IatGatA23B.1.1.3180.000604
N322M322IatGatT13B.1.1.3180.000302
N322M322IatGatT33B.1.1.500.002037
N322M322IatGatA33B.1.1.5210.016043
N322M322IatGatT33B.1.177.600.000655
N322M322IatGatT33B.1.2340.000396
N322M322IatGatA33B.1.3490.002144
N322M322LAtgTtg33B.1.3510.000089
N322M322TaTgaCg33B.1.351.20.000908
N322M322IatGatA33B.1.36.310.005254
N322M322VAtgGtg33B.1.3690.000856
N322M322IatGatT33B.1.5260.000071
N322M322IatGatT33B.420.1
N322M322VAtgGtg33D.20.000225
N322M322IatGatT33N.30.017442
N322M322VAtgGtg33Q.80.000495
N322M322VAtgGtg220.111111
N322M322SaTGaGC12All0
N322M322FAtGTtT12All0
N322M322FAtGTtC12All0
N322M322SATgTCg12All0
N322M322VAtgGtg22AY.1020.000053
N322M322IatGatT22AY.1170.000169
N322M322TaTgaCg22AY.1180.000125
N322M322IatGatT22AY.1190.000071
N322M322LAtgTtg22AY.120.20.002571
N322M322IatGatT22AY.200.000078
N322M322TaTgaCg22AY.290.000032
N322M322LAtgTtg12AY.30.00001
N322M322LAtgCtg12AY.30.00001
N322M322VAtgGtg22AY.300.000791
N322M322IatGatT22AY.320.001065
N322M322IatGatT22AY.340.000194
N322M322IatGatT22AY.34.10.00102
N322M322TaTgaCg22AY.39.10.000079
N322M322LAtgTtg22AY.4.20.000043
N322M322delATG---22AY.430.000009
N322M322TaTgaCg22AY.440.000012
N322M322IatGatA12AY.46.60.000072
N322M322IatGatT12AY.46.60.000072
N322M322IatGatT22AY.5.20.004926
N322M322IatGatA22AY.530.000575
N322M322VAtgGtg22AY.7.10.000225
N322M322LAtgTtg22AY.9.20.000073
N322M322TaTgaCg22B.10.000018
N322M322VAtgGtg22B.10.000018
N322M322delATG---22B.1.10.000036
N322M322LAtgTtg12B.1.10.000018
N322M322LAtgCtg12B.1.10.000018
N322M322IatGatA22B.1.1.1220.090909
N322M322IatGatA22B.1.1.280.000622
N322M322VAtgGtg22B.1.1.5190.000079
N322M322VAtgGtg22B.1.110.30.001437
N322M322delATG---22B.1.1770.000026
N322M322IatGatT22B.1.36.10.002281
N322M322VAtgGtg22B.1.4290.000047
N322M322TaTgaCg22B.1.4290.000047
N322M322LAtgCtg12B.1.4290.000024
N322M322LAtgTtg12B.1.4290.000024
N322M322RaTgaGg22B.1.5250.000226
N322M322IatGatT22B.1.5600.009259
N322M322del1atGat-22B.1.6270.00404
N322M322IatGatA22B.4.70.020202
N322M322LAtgTtg22B.60.00182
N322M322IatGatT22P.1.100.000539
N322M322SaTGaGC110.055556
N322M322RaTgaGg110.055556
N322M322NaTGaAT110.055556
N322M322IatGatA11A.190.009434
N322M322IatGatT11A.20.000662
N322M322IatGatA11A.2.5.20.001572
N322M322IatGatT11A.280.002646
N322M322IatGatA11AE.80.000489
N322M322NaTGaAT11All0
N322M322XATGTGA11All0
N322M322IatGatT11AU.10.001266
N322M322VAtgGtg11AY.100.00053
N322M322IatGatT11AY.1010.00049
N322M322TaTgaCg11AY.1020.000027
N322M322LAtgCtg11AY.1020.000027
N322M322IatGatT11AY.1130.000142
N322M322TaTgaCg11AY.1140.000231
N322M322VAtgGtg11AY.1160.000287
N322M322IatGatT11AY.116.10.000311
N322M322TaTgaCg11AY.1190.000035
N322M322LAtgTtg11AY.1190.000035
N322M322VAtgGtg11AY.1190.000035
N322M322IatGatT11AY.120.000316
N322M322VAtgGtg11AY.120.10.000321
N322M322IatGatA11AY.130.000161
N322M322IatGatT11AY.140.000088
N322M322TaTgaCg11AY.140.000088
N322M322IatGatT11AY.160.00038
N322M322TaTgaCg11AY.200.000039
N322M322FAtGTtC11AY.230.00007
N322M322VAtgGtg11AY.240.000431
N322M322LAtgTtg11AY.250.000006
N322M322delATG---11AY.250.000006
N322M322LAtgTtg11AY.260.000028
N322M322VAtgGtg11AY.260.000028
N322M322IatGatT11AY.270.000065
N322M322IatGatA11AY.280.00189
N322M322delATG---11AY.30.00001
N322M322TaTgaCg11AY.3.10.000085
N322M322LAtgCtg11AY.3.10.000085
N322M322IatGatA11AY.330.000067
N322M322VAtgGtg11AY.370.000316
N322M322IatGatT11AY.380.000499
N322M322LAtgTtg11AY.4.50.000107
N322M322IatGatT11AY.4.50.000107
N322M322del1atGat-11AY.440.000006
N322M322VAtgGtg11AY.450.000122
N322M322KaTgaAg11AY.450.000122
N322M322LAtgTtg11AY.450.000122
N322M322IatGatT11AY.460.000104
N322M322IatGatA11AY.46.20.000635
N322M322TaTgaCg11AY.46.60.000072
N322M322LAtgTtg11AY.470.000031
N322M322LAtgTtg11AY.520.000814
N322M322IatGatA11AY.570.000656
N322M322TaTgaCg11AY.580.000907
N322M322delATG---11AY.590.00053
N322M322VAtgGtg11AY.60.000041
N322M322IatGatT11AY.620.000436
N322M322delATG---11AY.670.000464
N322M322IatGatT11AY.730.000665
N322M322delATG---11AY.750.000056
N322M322IatGatA11AY.750.000056
N322M322LAtgTtg11AY.80.000606
N322M322VAtgGtg11AY.850.000427
N322M322IatGatT11AY.880.000884
N322M322TaTgaCg11AY.90.000068
N322M322IatGatT11AY.90.000068
N322M322IatGatT11AY.900.000684
N322M322IatGatA11AY.920.000287
N322M322LAtgTtg11AY.930.000273
N322M322IatGatA11AY.980.000079
N322M322IatGatA11AY.98.10.000048
N322M322IatGatA11B0.000128
N322M322delATG---11B.10.000009
N322M322VAtgGtg11B.1.1.1350.004695
N322M322delATG---11B.1.1.1390.022727
N322M322VAtgGtg11B.1.1.1860.003436
N322M322IatGatT11B.1.1.2140.000055
N322M322LAtgTtg11B.1.1.2200.001859
N322M322IatGatC11B.1.1.2220.000204
N322M322KaTgaAg11B.1.1.250.000569
N322M322VAtgGtg11B.1.1.250.000569
N322M322IatGatT11B.1.1.2510.007937
N322M322IatGatT11B.1.1.2730.006757
N322M322TaTgaCg11B.1.1.3060.000438
N322M322XATGTGA11B.1.1.3060.000438
N322M322IatGatA11B.1.1.3120.001912
N322M322VAtgGtg11B.1.1.3170.000412
N322M322IatGatT11B.1.1.4130.006897
N322M322delATG---11B.1.1.4200.001006
N322M322IatGatT11B.1.1.4200.001006
N322M322IatGatT11B.1.1.4640.001473
N322M322SATgTCg11B.1.1.70.000001
N322M322del1aTga-g11B.1.1.70.000001
N322M322delATG---11B.1.1.70.000001
N322M322VAtgGtg11B.1.1600.000031
N322M322IatGatA11B.1.160.260.002421
N322M322VAtgGtg11B.1.1770.000013
N322M322TaTgaCg11B.1.1770.000013
N322M322TaTgaCg11B.1.177.310.011494
N322M322TaTgaCg11B.1.177.560.000668
N322M322FAtGTtT11B.1.177.630.002703
N322M322delATG---11B.1.177.830.001481
N322M322LAtgCtg11B.1.20.000009
N322M322del1Atg-tg11B.1.2100.002132
N322M322IatGatA11B.1.2370.004975
N322M322IatGatA11B.1.2400.000216
N322M322VAtgGtg11B.1.2650.001271
N322M322VAtgGtg11B.1.3510.00003
N322M322TaTgaCg11B.1.3510.00003
N322M322IatGatC11B.1.351.30.000876
N322M322IatGatA11B.1.360.000146
N322M322VAtgGtg11B.1.36.170.000494
N322M322IatGatT11B.1.36.180.00042
N322M322IatGatA11B.1.36.290.000517
N322M322LAtgTtg11B.1.36.290.000517
N322M322IatGatT11B.1.36.80.001
N322M322IatGatT11B.1.3690.000285
N322M322VAtgGtg11B.1.3950.007042
N322M322IatGatT11B.1.3980.002976
N322M322del1atGat-11B.1.4000.000429
N322M322IatGatA11B.1.4200.010417
N322M322LAtgTtg11B.1.4270.00005
N322M322IatGatA11B.1.4280.00102
N322M322IatGatT11B.1.438.10.000107
N322M322VAtgGtg11B.1.466.20.000391
N322M322VAtgGtg11B.1.4760.1
N322M322KaTgaAg11B.1.4930.025641
N322M322VAtgGtg11B.1.4970.000315
N322M322IatGatC11B.1.4990.00105
N322M322IatGatA11B.1.5110.034483
N322M322IatGatT11B.1.5250.000113
N322M322TaTgaCg11B.1.5950.000261
N322M322VAtgGtg11B.1.5960.000087
N322M322IatGatT11B.1.617.10.000129
N322M322VAtgGtg11B.1.617.10.000129
N322M322KaTgaAg11B.1.617.20.000004
N322M322delATG---11B.1.617.20.000004
N322M322RaTGaGA11B.1.617.20.000004
N322M322VAtgGtg11B.1.6210.000089
N322M322delATG---11B.1.6300.005236
N322M322IatGatT11B.270.015385
N322M322LAtgTtg11B.270.015385
N322M322LAtgTtg11B.280.003279
N322M322TaTgaCg11B.550.00295
N322M322IatGatA11C.160.00106
N322M322TaTgaCg11C.370.000116
N322M322IatGatT11C.370.000116
N322M322TaTgaCg11D.20.000075
N322M322LAtgTtg11M.30.076923
N322M322VAtgGtg11P.10.000016
N322M322TaTgaCg11P.10.000016
N322M322IatGatT11P.1.10.000318
N322M322IatGatA11P.1.130.000898
N322M322IatGatA11P.1.140.000048
N322M322VAtgGtg11Q.10.000126
N322M322IatGatT11Q.30.000145
N322M322IatGatT11Q.80.000165
N322M322IatGatT11R.10.00009